Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001408438.1
Sequence Length
3647 nt
GC Content
0.4442
GCUGAGACUUCCUGGACGGGGGACAGGCUGUGGGGUUUCUCAGAUAACUGGGCCCCUGCGCUCAGGAGGCCUUCACCCUCUGCUCUGGUUCAUUGGAACAGAAAGAAAUGGAUUUAUCUGCUCUUCGCGUUGAAGAAGUACAAAAUGUCAUUAAUGCUAUGCAGAAAAUCUUAGAGUGUCCCAUCUGUCUGGAGUUGAUCAAGGAACCUGUCUCCACAAAGUGUGACCACAUAUUUUGCAAAUUUUGCAUGCUGAAACUUCUCAACCAGAAGAAAGGGCCUUCACAGUGUCCUUUAUGUAAGAAUGAUAUAACCAAAAGGAGCCUACAAGAAAGUACGAGAUUUAGUCAACUUGUUGAAGAGCUAUUGAAAAUCAUUUGUGCUUUUCAGCUUGACACAGGUUUGGAGUAUGCAAACAGCUAUAAUUUUGCAAAAAAGGAAAAUAACUCUCCUGAACAUCUAAAAGAUGAAGUUUCUAUCAUCCAAAGUAUGGGCUACAGAAACCGUGCCAAAAGACUUCUACAGAGUGAACCCGAAAAUCCUUCCUUGCAGGAAACCAGUCUCAGUGUCCAACUCUCUAACCUUGGAACUGUGAGAACUCUGAGGACAAAGCAGCGGAUACAACCUCAAAAGACGUCUGUCUACAUUGAAUUGGCUGCUUGUGAAUUUUCUGAGACGGAUGUAACAAAUACUGAACAUCAUCAACCCAGUAAUAAUGAUUUGAACACCACUGAGAAGCGUGCAGCUGAGAGGCAUCCAGAAAAGUAUCAGGGUGAAGCAGCAUCUGGGUGUGAGAGUGAAACAAGCGUCUCUGAAGACUGCUCAGGGCUAUCCUCUCAGAGUGACAUUUUAACCACUCAGCAGAGGGAUACCAUGCAACAUAACCUGAUAAAGCUCCAGCAGGAAAUGGCUGAACUAGAAGCUGUGUUAGAACAGCAUGGGAGCCAGCCUUCUAACAGCUACCCUUCCAUCAUAAGUGACUCUUCUGCCCUUGAGGACCUGCGAAAUCCAGAACAAAGCACAUCAGAAAAAGUAUUAACUUCACAGAAAAGUAGUGAAUACCCUAUAAGCCAGAAUCCAGAAGGCCUUUCUGCUGACAAGUUUGAGGUGUCUGCAGAUAGUUCUACCAGUAAAAAUAAAGAACCAGGAGUGGAAAGGUCAUCCCCUUCUAAAUGCCCAUCAUUAGAUGAUAGGUGGUACAUGCACAGUUGCUCUGGGAGUCUUCAGAAUAGAAACUACCCAUCUCAAGAGGAGCUCAUUAAGGUUGUUGAUGUGGAGGAGCAACAGCUGGAAGAGUCUGGGCCACACGAUUUGACGGAAACAUCUUACUUGCCAAGGCAAGAUCUAGAGGGAACCCCUUACCUGGAAUCUGGAAUCAGCCUCUUCUCUGAUGACCCUGAAUCUGAUCCUUCUGAAGACAGAGCCCCAGAGUCAGCUCGUGUUGGCAACAUACCAUCUUCAACCUCUGCAUUGAAAGUUCCCCAAUUGAAAGUUGCAGAAUCUGCCCAGAGUCCAGCUGCUGCUCAUACUACUGAUACUGCUGGGUAUAAUGCAAUGGAAGAAAGUGUGAGCAGGGAGAAGCCAGAAUUGACAGCUUCAACAGAAAGGGUCAACAAAAGAAUGUCCAUGGUGGUGUCUGGCCUGACCCCAGAAGAAUUUAUGCUCGUGUACAAGUUUGCCAGAAAACACCACAUCACUUUAACUAAUCUAAUUACUGAAGAGACUACUCAUGUUGUUAUGAAAACAGAUGCUGAGUUUGUGUGUGAACGGACACUGAAAUAUUUUCUAGGAAUUGCGGGAGGAAAAUGGGUAGUUAGCUAUUUCUGGGUGACCCAGUCUAUUAAAGAAAGAAAAAUGCUGAAUGAGCAUGAUUUUGAAGUCAGAGGAGAUGUGGUCAAUGGAAGAAACCACCAAGGUCCAAAGCGAGCAAGAGAAUCCCAGGACAGAAAGAUCUUCAGGGGGCUAGAAAUCUGUUGCUAUGGGCCCUUCACCAACAUGCCCACAGAUCAACUGGAAUGGAUGGUACAGCUGUGUGGUGCUUCUGUGGUGAAGGAGCUUUCAUCAUUCACCCUUGGCACAGGUGUCCACCCAAUUGUGGUUGUGCAGCCAGAUGCCUGGACAGAGGACAAUGGCUUCCAUGCAAUUGGGCAGAUGUGUGAGGCACCUGUGGUGACCCGAGAGUGGGUGUUGGACAGUGUAGCACUCUACCAGUGCCAGGAGCUGGACACCUACCUGAUACCCCAGAUCCCCCACAGCCACUACUGACUGCAGCCAGCCACAGGUACAGAGCCACAGGACCCCAAGAAUGAGCUUACAAAGUGGCCUUUCCAGGCCCUGGGAGCUCCUCUCACUCUUCAGUCCUUCUACUGUCCUGGCUACUAAAUAUUUUAUGUACAUCAGCCUGAAAAGGACUUCUGGCUAUGCAAGGGUCCCUUAAAGAUUUUCUGCUUGAAGUCUCCCUUGGAAAUCUGCCAUGAGCACAAAAUUAUGGUAAUUUUUCACCUGAGAAGAUUUUAAAACCAUUUAAACGCCACCAAUUGAGCAAGAUGCUGAUUCAUUAUUUAUCAGCCCUAUUCUUUCUAUUCAGGCUGUUGUUGGCUUAGGGCUGGAAGCACAGAGUGGCUUGGCCUCAAGAGAAUAGCUGGUUUCCCUAAGUUUACUUCUCUAAAACCCUGUGUUCACAAAGGCAGAGAGUCAGACCCUUCAAUGGAAGGAGAGUGCUUGGGAUCGAUUAUGUGACUUAAAGUCAGAAUAGUCCUUGGGCAGUUCUCAAAUGUUGGAGUGGAACAUUGGGGAGGAAAUUCUGAGGCAGGUAUUAGAAAUGAAAAGGAAACUUGAAACCUGGGCAUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCAGAUCACUGGAGGUCAGGAGUUCGAAACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAGAAAUUAGCCGGUCAUGGUGGUGGACACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGUGGCUAAGGCAGGAGAAUCACUUCAGCCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCAUACCACGGCACUCCAGCCUGGGUGACAGUGAGACUGUGGCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAUGAAACUAGAAGAGAUUUCUAAAAGUCUGAGAUAUAUUUGCUAGAUUUCUAAAGAAUGUGUUCUAAAACAGCAGAAGAUUUUCAAGAACCGGUUUCCAAAGACAGUCUUCUAAUUCCUCAUUAGUAAUAAGUAAAAUGUUUAUUGUUGUAGCUCUGGUAUAUAAUCCAUUCCUCUUAAAAUAUAAGACCUCUGGCAUGAAUAUUUCAUAUCUAUAAAAUGACAGAUCCCACCAGGAAGGAAGCUGUUGCUUUCUUUGAGGUGAUUUUUUUCCUUUGCUCCCUGUUGCUGAAACCAUACAGCUUCAUAAAUAAUUUUGCUUGCUGAAGGAAGAAAAAGUGUUUUUCAUAAACCCAUUAUCCAGGACUGUUUAUAGCUGUUGGAAGGACUAGGUCUUCCCUAGCCCCCCCAGUGUGCAAGGGCAGUGAAGACUUGAUUGUACAAAAUACGUUUUGUAAAUGUUGUGCUGUUAACACUGCAAAUAAACUUGGUAGCAAACACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1080.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1151.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 1140.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(((((((..(((....((((.(((((((((((((....)))((((((((....)))).))))...(((((((.(((((((((....))))........((((((...(((((.....(((((((.((.((.....)).)).)))))))...)))))...((((....((.(((.(((((.((((((((.((((........(((((.(((((((((....)))))))))........((((.((.((((((.(((..(((((....((((((((...(((((.(((......))).)))))........(((((.(((......))).........(((((...((((((((((...(((...))).....))))))))))))))).((((((((..(((((.............((((((((..(((((.....(((((...(((..(((....(((((........)))))....((((((..........))))))....))).)))...)))))...........)))))..))))))))......(((((..((((((..........)))).))..))))).(((((((.((((.(((((.(((......((((.((((....))))...))))))).)))))))))...(((((.((((((..(((.............(((..(((((((((.....(((.......((((.((((...((......(((.((....)))))....)).))))))))......))))))))).)))..)))..)))..)))))).)))))...)))))))....((((((.(((((..........))))).).))))).....)))))..)).)))))).....)))))....(((..(((((....(((..(((((......)))))(((((((..(((.........)))...))))))).....(((.((.(((((...(((........)))....)))))...)))))..........(((((.(((.(........).))).))))).)))..)))))...))).))))))))))))).))).)))))).))))))..((((((.(((((..............))))).(((((.(((.......))).))))).......((((....))))..(((((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((......((((.((((.(...(((......)))).)))).))))(((..((.(((..(((((((.((((.(((...(((((.(.((..........(((((....))))).....(((((...))))).))).))))))))..)))).)))))))))).))..)))...))))....)))))))))).....))))))).))))).))))..).....))))))))......((((((.....((((....))))......)))))))))))).(((.......)))(((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..))))))))))))))))........)))))))))))))))))..))).))....))))..)))))).(((((((((((((((....)))..((((((.(((....))).))))))))))))...))))))...(((((((..((((.............((((((((((............((((((.....))))))((((......)))).......((((((.(......).))))))..))))))))))........(((((...)))))(((.....))).......(((((.....))))))))))))))))))))).))).).))).......))))))).))).))))...(((((((((((.......((((........))))((((((((.((..((((((((.((((((((((((((((....(((((((...((.(((............))).))))))).)).....))))))))).)).((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((...((.(.(((((..(((((......))).)).))))).))).)))))))))........)).)))))))))).....))))).))))))).))))((.((((((.(((((((.(.(((((..(((((....((.(((((..(((((((((.((((((((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...((((..((((((....((.(((((....)))))))..)))))).......))))..))))).)).))))))))((((...............(((.(((((((((..((((((.((......)).))))))...........(((((((((..((((...((((((..((((((((........))))))))..))))))...))))....((((((....)))))).........)))))).))).((((((.........)))))).............))))))))).)))))))....))))))..)))))))))))))(((((((.((((((.((((((....))..))))...))))))...((.((.((((......)))).)).)).....(((((....)))))((((((((.(((((.((((((.(((((...)))))..))))))((((((...(((((.((((((.......))))))...)))))...)))))).(((((.((((...............)))).))))).(((.((((.....))))))).)))))))))))))..)))))))..)))))..))))..))).))))))))).......))))))))))).(((.((((..(((((((..((.((((...........))))..))..)))).)))...)))))))..((((((((((....))))))..(((.((((.....)))).))).))))))))))))))))).)).((((.((.........(((......)))(((((.(((((...))))).)))))..................(((..(((..((((((..((((((....))))))..(((((((((..(((....)))..)))))))))..........((((((((.((..(((.....)))....)).)))))))).....((((.((((((..(......)..)))))).)).)).)))))).)))..))).....(((((.....)))))..))))))(((((...)))))..)))))...))))))))..((((..(((((((((....)))))))))..)))).........))..))))))))..((((........))))...........)))))))))))....((((((......)))))).....)))....)))))))..)))).))))...((((((...(((((((((.((.((((.............)))))).)))))))))....(((((((....)))))))..((((.(((((((((..............)))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(((((((..(((((((((.(.(,.((((.((((((({..{(((,,,,,({{{{|,||,||,,.....}}|||..((({{(((....))))))).......((((((.(((((.....(((((((.((.{{.....}).)).)))))))...)))))))))))..)))))))))}..)))))}|}}..}}))..}.}.))))))))).(((((((((....))))))))),,,...{{|((((((,,..(((((.....)))))(((((((((....)).)))))))......(((((,((({{((,...{(((,,(((((.{{.,.{{,..,{{,.(((((...((((((((((.,.(({...})).....))))))))))))))).{{(({{{{((((.{(({{{..........}))))}....((((.......,.}))}...(((((...})))).,({{{({.||,{{{{,,((,((({.,,,{,..{||||||{.....,,{{{,.,{||||....,,.....,|{({(({..,}}}},.,,..((((((((((({,,,(({,,,(((((((.,.{{....}}))))})}(({(((((((.(((......(({{.((((....))))...)))}))).)))))))))....,{{{.((((((..(((..,,.....,..,{,{{.({{((((((.....,((.,{,...((((.((((...{{.,....(((.{{....)))))....}}.))))))))..,)),},})))))),))),,})}..)))..)))))),||,{(((((((((((((((((((((.(((((..........))))).).)))))({,.(((.(({.,....{{{{.....,,,.,,,}})}...{(((({...{{{,{(((({,{,...}}}||.|||.|}}))}}}}}}}},}}|||..((((((((...,,{(((((({{((((((((((((.((((({,..{({{{{,....{{{,.,{{{.....((((,.{{(,({{......},})),})}}}..,...,({{,,,,.,,....}}|,||||||||{,,,.,|||,.||}}||,|||||,.(((((..............})))).{(({{{(({,.{{...}}},))))),...,||{(((....}))),.{((((((({..((((((((((((((((.((((((((({{{{{......((((.(({{.{,.{{({.....,}})).)))).))))(((..((.(((..(((((((.((((.({(,,.(({((.(.((..........(((((....)))))...,,(((((...))))).})),))}}}))}..)))).))))))}))).))..)))...}}}}....}))))))))).....))))))).))))).)))),|}.....)))))))}......((((((,{...((({....}})}...,}.)))))),,|||}|||}}.|||,}|||(((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..)))))))))))({,,{.,{,....{{{{{.,||||....)}},}.)))}}.....,..},}}}.,,(((((((((((((((....)))..((((((.(((....))).)))))))))))}...)))))).,|.|{{{,..,,,{,...,,,.})}}}||||.,|{{{{{{{,,|..,..}}}}}}}},},,))}}}}||||....},))}),},....,,}))}.}}}.}}))|||.|||...||||},|{{{{....,{({((({{(((,,|(((......,,.,(((,.(((((.....)))))..))))....},.,,,.))))}.)))),.{((......}}}....((((((.((({({({{((...((((..((.(((....)))))..)))}.......)))}))))).)))))),{((((({.{{{(((((((.{{(..{{,.......{{{.{||.{|{|||||,|,....{||||||||,.,,}}})}}}||,|||,,,|,||||||,||||||(((((((((,..{(.(.(((((..{{(((......))).}}.))))).))),)))))))))..}}}.}))).)))),,))))}}}}}))})),{((((((((,..((((...(((((.....))))).....)))))))))))))}}}}}.,}}}},.}}}|||{.(((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...{(((.,((((((.,..((.(((((....)))))))..))))))...,.,.)))}..))))).)).)))))))){{{,.............,,(((.(((((((((.,(((({{,({{{....}|||||}}},,,..{{,...,,,.|||||}}{{{|,,.{(((((..((((((((........))))))))..)))))}...)})},},.|{{{{,....,}}}},.{{{{.....}),)).,{,.((((((.........)))))).....,,,},,,.))))))))).))),})).,..))))))..)))))))))))))})))))}}}),((({(,{,(({{{..,.,{|,,..})),,,,.,}}}},,,})))).....))))))))))))....|||..)))))))).,|}))).))).}))...,.(.(((((...))))).})))))))}})))))))),}},..,|||})))}})}})))))))),))..,)))))))}{{||{.{{{,.........,....})),}.)))))||}|||||(((,,,|}}}|}},.,|||}.,}}}})}}},},}},|||||||..,.((((((..(((((((.{{,...,})...)))))))..},.})))}.,{|||||||,..,,........,,..,}},|(((|,.{{{{{||{{{.|,||{||,,{{{{({(({(.,..}))))}..{||,||{{..,,,)))},))),)))))}))).))))))})}}}|))}..,}}}}.}}..|||}}}}}})))}|(((.(((((...))))).)))),.................{((((,..,...,({((({{..{||||,...{|,{,{(((((((((..(((....)))..)))))))}}}}....,...||||{{||,||.,|,.....,}}),...}}.}}))))}}..|}}}}..,||,...,,|,,....}}}}},)).))))))))))))).))),..,))))).(((((.....)))))..}}}))}}|},,.,}}}}}..,,......,,},,}}},..((((..(((((((((....)))))))))..)))).{(((((((((({((....{(..((((........))))..)}.,,,....,}}}...)).)))))))))))}.{,{{||..,..,}}},}....)))))))..)))).))))...{(((((...(((((((((.((.((((...{,...,}...)))))).))))))))).,.,((((({,.,,.|}}})))..|{||}|||{{{|||,,,{||........}}}})))}},,},)))))}
Back