Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001408443.1
Sequence Length
3653 nt
GC Content
0.4440
GCUGAGACUUCCUGGACGGGGGACAGGCUGUGGGGUUUCUCAGAUAACUGGGCCCCUGCGCUCAGGAGGCCUUCACCCUCUGCUCUGGGUAAAGUUCAUUGGAACAGAAAGAAAUGGAUUUAUCUGCUCUUCGCGUUGAAGAAGUACAAAAUGUCAUUAAUGCUAUGCAGAAAAUCUUAGAGUGUCCCAUCUGUCUGGAGUUGAUCAAGGAACCUGUCUCCACAAAGUGUGACCACAUAUUUUGCAAAUUUUGCAUGCUGAAACUUCUCAACCAGAAGAAAGGGCCUUCACAGUGUCCUUUAUGUAAGAAUGAUAUAACCAAAAGGAGCCUACAAGAAAGUACGAGAUUUAGUCAACUUGUUGAAGAGCUAUUGAAAAUCAUUUGUGCUUUUCAGCUUGACACAGGUUUGGAGUAUGCAAACAGCUAUAAUUUUGCAAAAAAGGAAAAUAACUCUCCUGAACAUCUAAAAGAUGAAGUUUCUAUCAUCCAAAGUAUGGGCUACAGAAACCGUGCCAAAAGACUUCUACAGAGUGAACCCGAAAAUCCUUCCUUGCAGGAAACCAGUCUCAGUGUCCAACUCUCUAACCUUGGAACUGUGAGAACUCUGAGGACAAAGCAGCGGAUACAACCUCAAAAGACGUCUGUCUACAUUGAAUUGGCUGCUUGUGAAUUUUCUGAGACGGAUGUAACAAAUACUGAACAUCAUCAACCCAGUAAUAAUGAUUUGAACACCACUGAGAAGCGUGCAGCUGAGAGGCAUCCAGAAAAGUAUCAGGGUGAAGCAGCAUCUGGGUGUGAGAGUGAAACAAGCGUCUCUGAAGACUGCUCAGGGCUAUCCUCUCAGAGUGACAUUUUAACCACUCAGAGGGAUACCAUGCAACAUAACCUGAUAAAGCUCCAGCAGGAAAUGGCUGAACUAGAAGCUGUGUUAGAACAGCAUGGGAGCCAGCCUUCUAACAGCUACCCUUCCAUCAUAAGUGACUCUUCUGCCCUUGAGGACCUGCGAAAUCCAGAACAAAGCACAUCAGAAAAAGCAGUAUUAACUUCACAGAAAAGUAGUGAAUACCCUAUAAGCCAGAAUCCAGAAGGCCUUUCUGCUGACAAGUUUGAGGUGUCUGCAGAUAGUUCUACCAGUAAAAAUAAAGAACCAGGAGUGGAAAGGUCAUCCCCUUCUAAAUGCCCAUCAUUAGAUGAUAGGUGGUACAUGCACAGUUGCUCUGGGAGUCUUCAGAAUAGAAACUACCCAUCUCAAGAGGAGCUCAUUAAGGUUGUUGAUGUGGAGGAGCAACAGCUGGAAGAGUCUGGGCCACACGAUUUGACGGAAACAUCUUACUUGCCAAGGCAAGAUCUAGAGGGAACCCCUUACCUGGAAUCUGGAAUCAGCCUCUUCUCUGAUGACCCUGAAUCUGAUCCUUCUGAAGACAGAGCCCCAGAGUCAGCUCGUGUUGGCAACAUACCAUCUUCAACCUCUGCAUUGAAAGUUCCCCAAUUGAAAGUUGCAGAAUCUGCCCAGAGUCCAGCUGCUGCUCAUACUACUGAUACUGCUGGGUAUAAUGCAAUGGAAGAAAGUGUGAGCAGGGAGAAGCCAGAAUUGACAGCUUCAACAGAAAGGGUCAACAAAAGAAUGUCCAUGGUGGUGUCUGGCCUGACCCCAGAAGAAUUUAUGCUCGUGUACAAGUUUGCCAGAAAACACCACAUCACUUUAACUAAUCUAAUUACUGAAGAGACUACUCAUGUUGUUAUGAAAACAGAUGCUGAGUUUGUGUGUGAACGGACACUGAAAUAUUUUCUAGGAAUUGCGGGAGGAAAAUGGGUAGUUAGCUAUUUCUGGGUGACCCAGUCUAUUAAAGAAAGAAAAAUGCUGAAUGAGCAUGAUUUUGAAGUCAGAGGAGAUGUGGUCAAUGGAAGAAACCACCAAGGUCCAAAGCGAGCAAGAGAAUCCCAGGACAGAAAGAUCUUCAGGGGGCUAGAAAUCUGUUGCUAUGGGCCCUUCACCAACAUGCCCACAGAUCAACUGGAAUGGAUGGUACAGCUGUGUGGUGCUUCUGUGGUGAAGGAGCUUUCAUCAUUCACCCUUGGCACAGGUGUCCACCCAAUUGUGGUUGUGCAGCCAGAUGCCUGGACAGAGGACAAUGGCUUCCAUGCAAUUGGGCAGAUGUGUGAGGCACCUGUGGUGACCCGAGAGUGGGUGUUGGACAGUGUAGCACUCUACCAGUGCCAGGAGCUGGACACCUACCUGAUACCCCAGAUCCCCCACAGCCACUACUGACUGCAGCCAGCCACAGGUACAGAGCCACAGGACCCCAAGAAUGAGCUUACAAAGUGGCCUUUCCAGGCCCUGGGAGCUCCUCUCACUCUUCAGUCCUUCUACUGUCCUGGCUACUAAAUAUUUUAUGUACAUCAGCCUGAAAAGGACUUCUGGCUAUGCAAGGGUCCCUUAAAGAUUUUCUGCUUGAAGUCUCCCUUGGAAAUCUGCCAUGAGCACAAAAUUAUGGUAAUUUUUCACCUGAGAAGAUUUUAAAACCAUUUAAACGCCACCAAUUGAGCAAGAUGCUGAUUCAUUAUUUAUCAGCCCUAUUCUUUCUAUUCAGGCUGUUGUUGGCUUAGGGCUGGAAGCACAGAGUGGCUUGGCCUCAAGAGAAUAGCUGGUUUCCCUAAGUUUACUUCUCUAAAACCCUGUGUUCACAAAGGCAGAGAGUCAGACCCUUCAAUGGAAGGAGAGUGCUUGGGAUCGAUUAUGUGACUUAAAGUCAGAAUAGUCCUUGGGCAGUUCUCAAAUGUUGGAGUGGAACAUUGGGGAGGAAAUUCUGAGGCAGGUAUUAGAAAUGAAAAGGAAACUUGAAACCUGGGCAUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCAGAUCACUGGAGGUCAGGAGUUCGAAACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAGAAAUUAGCCGGUCAUGGUGGUGGACACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGUGGCUAAGGCAGGAGAAUCACUUCAGCCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCAUACCACGGCACUCCAGCCUGGGUGACAGUGAGACUGUGGCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAUGAAACUAGAAGAGAUUUCUAAAAGUCUGAGAUAUAUUUGCUAGAUUUCUAAAGAAUGUGUUCUAAAACAGCAGAAGAUUUUCAAGAACCGGUUUCCAAAGACAGUCUUCUAAUUCCUCAUUAGUAAUAAGUAAAAUGUUUAUUGUUGUAGCUCUGGUAUAUAAUCCAUUCCUCUUAAAAUAUAAGACCUCUGGCAUGAAUAUUUCAUAUCUAUAAAAUGACAGAUCCCACCAGGAAGGAAGCUGUUGCUUUCUUUGAGGUGAUUUUUUUCCUUUGCUCCCUGUUGCUGAAACCAUACAGCUUCAUAAAUAAUUUUGCUUGCUGAAGGAAGAAAAAGUGUUUUUCAUAAACCCAUUAUCCAGGACUGUUUAUAGCUGUUGGAAGGACUAGGUCUUCCCUAGCCCCCCCAGUGUGCAAGGGCAGUGAAGACUUGAUUGUACAAAAUACGUUUUGUAAAUGUUGUGCUGUUAACACUGCAAAUAAACUUGGUAGCAAACACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1086.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1154.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 1248.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((..(((((((((((..(((.((((((((..(((....)))((((((((....)))).))))...((((........)))).(((((((((............))))))))).(((((.....(((((((.((.((.....)).)).)))))))...))))))))))))).))))))))..))))))))))))..))).((((..(((..((((((((((((....)))))))))....((((((((((((...(((((.....)))))(((((((((....)).))))))).................((....(((((.(((......))).........(((((...((((((((((...(((...))).....))))))))))))))).((((((((..(((((.............((((((((..(((((.....(((((...(((..(((....(((((........)))))....((((((..........))))))....))).)))...)))))...........)))))..))))))))......(((((..((((((..........)))).))..))))).(((((((.((((.(((((.(((......((((.((((....))))...))))))).)))))))))...(((((.((((((..(((.............(((..(((((((((.....(((.......((((.((((...((......(((.((....)))))....)).))))))))......))))))))).)))..)))..)))..)))))).)))))...))))))).(((((.(((.(((((..........))))).)))))))).)))))..)).)))))).....)))))....))....(((((........(((((......)))))..((((((((((((((((((((((((((((((.....((((((.((((((((((((((((..((((.............................)))).......(((((.........))))).........(((.((((.((....))...))))))).....(((((.((((((.((((((.(((((..............))))).(((((.(((.......))).))))).......((((....))))..(((((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((......((((.((((.(...(((......)))).)))).))))(((..((.(((..(((((((.((((.(((...(((((.(.((..........(((((....))))).....(((((...))))).))).))))))))..)))).)))))))))).))..)))...))))....)))))))))).....))))))).))))).))))..).....))))))))......((((((.....((((....))))......)))))))))))).....((((((((.(((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..)))))))))))(((.(..(.....(((((...(((....)))...))))).....)..).))).(((((((.(((((((((....)))..((((((.(((....))).))))))))))))....((((((((.((((.(((..((........))...((((((((((............((((((.....))))))((((......)))).......((((((.(......).))))))..))))))))))........(((((...)))))(((.....))).((((..(((((.....)))))..))))..))).))))..))))))))...........)))))))..(((((.(((.((((.((...((((..((.(((....)))))..)))).......))))))))).)))))(((((((((....(((((((...((.(((............))).))))))).)).....))))))))).(((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((...((.(.(((((..(((((......))).)).))))).))).)))))))))........)).)))))))))).....))))).))))))).)))).)))...(((((.....)))))....))))))))........)))))).)))))...(((.(((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...((((..((((((....((.(((((....)))))))..)))))).......))))..))))).)).))))))))((((...............(((.(((((((((..((((((.((......)).))))))...........(((((((((..((((...((((((..((((((((........))))))))..))))))...))))....((((((....)))))).........)))))).))).((((((.........)))))).............))))))))).)))))))....))))))..)))))))))))))))))))))))........(((((((((...(((((((.((((.....(((.((....)).))).))))))).))))(((((....)))))((((((((.(((((.((((((.(((((...)))))..))))))((((((...(((((.((((((.......))))))...)))))...)))))).(((((.((((...............)))).))))).(((.((((.....))))))).))))))))))))))))))))))(((((((....((((((..(((((((.(((...)))...)))))))..)..)))))...)))))))..........(((((......((((.......))))......))))).....((((((....))))))..))))))))).))))))......)))))).).((((((.(((..(((.............)))))).))))))((((.(((((...))))).))))...................(((((.((...((.(((((..(((((....((...((((((((((..(((....)))..))))))).)))...))...))))).))))).))...)).)))))..((((((((((....(((((..((((((...((((((((((((((.((((((....((((..............(((((.....)))))..((((.(((....................))).))))...((((..(((((((((....)))))))))..)))).............((........))....))))))))))...)))))).)))))))))))))))))))((((((...))))))...............)))))))))).)))))))))))))).)).)))..)))))))))....))))))))))))((((((.....(((((.((((((..(((.....)))....)))))).))))))))))).........)))..))).....)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(((((((.,((((((((({(,({{(((({{{((({,..,}|((((((((....)))).))))}..((((........)))).,,((((,,,.}}}}.......,,,||||||.(((((.....(((((((.((.{{.....}).)).)))))))...))))))))))),},}}}}}}}}|,||}}}|||||..|,}}..|,|.,}|||}}}}.(((((((((....))))))))),,,..,{{{(((((({...(((((.....)))))(((((((((....)).)))))))......{{{{{,{{{{{((....|{((,,((({{.,,.,,{,,,.,{{,.(((((...((((((((((...(({...})}...,.))))))))))))))).{{((||{{{{({,{({|{{..........}})))}....((((.......,,|}}}...(((((...})))).,{{{{{{.||,|{{{,,((,((({.,,,{,..{||||||{.....,,{{{,.,{||||...,,,.....||{({(({.,,}|}},.,,..((((((((((({,,,(({,,{(,{{{{{,{{{{,,,.,||{{{{||((,(((((((.(((......(({{.((((....))))...)))}))).)))))))}}...{{(((.((((((..(((..,,.....,,.,{,{{.{{{((((((.....,{{.,{{...((((.((((...{{.,...,(({.{{..,.)))))....}}.))))))))..,)),},})))))),))),,}),..})}..)))))).}}}}|{{{(|||{((,(((((.(((.(((((..........))))).))))))))||..||,.,,...|{||....,|||,{,|||}|,..,(((({..{{,...(((((......))))).}||,||,}}|||{{{{{{,,{{{..(((((({{...,,{(((((({{(((((,(((,(({{((({,...,||||......||,...,.,....,{{{(((({..{(((((......,,|}}|}},,,,,,....{{{,,......,..}}|,{|{((((|{,{,.,|,,.,,,}}}|,|}|||..{{{({..............})))).{(({{|(({,.||...}}},)))))....{{{{(((,,..})))},,||||{{{,..{{{{(((({((((((({(({((({{{,.,||,,},.,||{{.{{,,}||.||||.....,}}}}.))}},))))||(,{((.((({{(((,{(,{(((({(,((({((,(({({((.....,,,..(((((....))))).,,,,(((((...))))}..))})),|||||..||||.,||,}},}}),})..}}}},.}}}}.,..|||||,,,,)}}}..,))))))}))),)})))){||.....,,))),,,......((((((,{...((({....})))...,}.))))))..,,))}}})}.|}}}}}}}{|||||{{{{{.{|,,||,|||,,,,,.....)}}.||,.}|,.}}}||||||}|((,,{,{({,,..{((((..|(((....))}.}.))))}.....,..|||||..,(((((((((((((((....)))..((((((.(((....))).))))))))))))...)))))).,|.{{{{,..,,,{,...,,,.})}}}||||.,|{(({{{{{{|.....}}}}}||},},,))}}}}{{||...,}})))),,,..,,{|||||,||...,|}|||.|||...||||},{{{{{....,{({((({{{{{|,|(((......,,.,(((,.(((((.....)))))..))))....}}..,},))))}.)))),.{((......}}}....((((((.((({((({{((...((((..((.(((....)))))..)))}.......)))}))))).)))))|,{((((({.{{{(((((((.{{(,.{{{.......{{{.{||,{|||||||,|,....{||||||||,.,,}}}}}}|||,|||,,,|,||||||,||||||(((((((((,..{(.(.(((((..{{(((......))).}}.))))).))),)))))))))..}}}.}))).)))),,))))}}}}}))})),|||||||{{,,.(({(.,.(((((.....})))),,,..}})}}})}}}}}}|||}}.,}}|},.||}|||,|(((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...{(((.,((((((.,..((.(((((....)))))))..))))))...,.,.)))}..))))).}).)))))))){{{,.............,,(((.(((((((((.,(((({{,(({,....}|||||}}},,,..{{,...,,,.|||||}|{{{|,,.{(((((..((((((((........))))))))..)))))}...)})},},.|{{{{,....,}}}},.{{{{.....}),)).,{,.((((((.........)))))).....,,,},,,.))))))))).))),}))....))))))..))))))))))))}|||||||.||||||||,|||||||}}}}.,}}}},})))))}...}}}|,,|}|}}.,,,.)))))))}))}}...,|||,.}}}))))),{||||{|}||||,.{{{{{(.(((((...))))).,}))))))}}}})})})}|||,,,,|||})}}}}})})))))))),))..,}))))))}{{{{{.{{{{........,,....}))}}.)))))}|||}|||({{,,.|)))})},.,}}}},,}}}))}})}}}}}}|||||||..,,{{{{{{,.{{{((({.|,,....,),..)))))))..},.|))}}.,{|||||||,,.{,........,,...}},|{{{|,.||||{|||{{.|}|||||,.{{{{({(({(....}))))}..{||,||{{..,,,)))},)}),)))))}))),))))))}}}|||||}..,}|||,||..|||,}},}})))}|{((.(((({...})))).)))),.................{((((,..,...,({(((,{..{||||,...{|,{{(((((({(((..(((....)))..))))})}}}}}....,...||||{{||,||.,|,,....,}}},...}}.}}))))}}..|},||..,|||,,,,,|,,....}}}}},)),}))}))})}}}}}.}}},..,))}}}.(((((.....)))))..}}}))}}|},}.,}}}}}..,,,.......}},}}},..((((..(((((((((....)))))))))..)))).|{{|||||{{{{||...,{{..((((........))))..)}.,,,....}}}},,,)),}))))))}}}}}.{,{|||,,}...,,}}}....)))))))..)))).))))...{(((((,..(((((((((.((.((((...{,...,}...)))))).))))))))}.,.{(((((,..,,.,}}})))..|{||}|||,|||||,,||||........,}}}}))}},,},)))))}
Back