Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001408462.1
Sequence Length
3984 nt
GC Content
0.4501
GCUGAGACUUCCUGGACGGGGGACAGGCUGUGGGGUUUCUCAGAUAACUGGGCCCCUGCGCUCAGGAGGCCUUCACCCUCUGCUCUGGGUAAAGGUAGUAGAGUCCCGGGAAAGGGACAGGGGGCCCAAGUGAUGCUCUGGGGUACUGGCGUGGGAGAGUGGAUUUCCGAAGCUGACAGAUGGUUCAUUGGAACAGAAAGAAAUGGAUUUAUCUGCUCUUCGCGUUGAAGAAGUACAAAAUGUCAUUAAUGCUAUGCAGAAAAUCUUAGAGUGUCCCAUCUGACUUUGGCUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACAAUCUCGGCUCACUACAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUGCUGCCUCAGCCUCCGGAGUACCUGGGAUUGCAGUCUGGAGUUGAUCAAGGAACCUGUCUCCACAAAGUGUGACCACAUAUUUUGCAAAUUUUGCAUGCUGAAACUUCUCAACCAGAAGAAAGGGCCUUCACAGUGUCCUUUAUGUAAGAAUGAUAUAACCAAAAGGAGCCUACAAGAAAGUACGAGAUUUAGUCAACUUGUUGAAGAGCUAUUGAAAAUCAUUUGUGCUUUUCAGCUUGACACAGGUUUGGAGUAUGCAAACAGCUAUAAUUUUGCAAAAAAGGAAAAUAACUCUCCUGAACAUCUAAAAGAUGAAGUUUCUAUCAUCCAAAGUAUGGGCUACAGAAACCGUGCCAAAAGACUUCUACAGAGUGAACCCGAAAAUCCUUCCUUGGAAACCAGUCUCAGUGUCCAACUCUCUAACCUUGGAACUGUGAGAACUCUGAGGACAAAGCAGCGGAUACAACCUCAAAAGACGUCUGUCUACAUUGAAUUGGGAUCUGAUUCUUCUGAAGAUACCGUUAAUAAGGCAACUUAUUGCAGUGUGGGAGAUCAAGAAUUGUUACAAAUCACCCCUCAAGGAACCAGGGAUGAAAUCAGUUUGGAUUCUGCAAAAAAGGCUGCUUGUGAAUUUUCUGAGACGGAUGUAACAAAUACUGAACAUCAUCAACCCAGUAAUAAUGAUUUGAACACCACUGAGAAGCGUGCAGCUGAGAGGCAUCCAGAAAAGUAUCAGGGUGAAGCAGCAUCUGGGUGUGAGAGUGAAACAAGCGUCUCUGAAGACUGCUCAGGGCUAUCCUCUCAGAGUGACAUUUUAACCACUCAGCAGAGGGAUACCAUGCAACAUAACCUGAUAAAGCUCCAGCAGGAAAUGGCUGAACUAGAAGCUGUGUUAGAACAGCAUGGGAGCCAGCCUUCUAACAGCUACCCUUCCAUCAUAAGUGACUCUUCUGCCCUUGAGGACCUGCGAAAUCCAGAACAAAGCACAUCAGAAAAAGCAGUAUUAACUUCACAGAAAAGUAGUGAAUACCCUAUAAGCCAGAAUCCAGAAGGCCUUUCUGCUGACAAGUUUGAGGUGUCUGCAGAUAGUUCUACCAGUAAAAAUAAAGAACCAGGAGUGGAAAGGUCAUCCCCUUCUAAAUGCCCAUCAUUAGAUGAUAGGUGGUACAUGCACAGUUGCUCUGGGAGUCUUCAGAAUAGAAACUACCCAUCUCAAGAGGAGCUCAUUAAGGUUGUUGAUGUGGAGGAGCAACAGCUGGAAGAGUCUGGGCCACACGAUUUGACGGAAACAUCUUACUUGCCAAGGCAAGAUCUAGAGGGAACCCCUUACCUGGAAUCUGGAAUCAGCCUCUUCUCUGAUGACCCUGAAUCUGAUCCUUCUGAAGACAGAGCCCCAGAGUCAGCUCGUGUUGGCAACAUACCAUCUUCAACCUCUGCAUUGAAAGUUCCCCAAUUGAAAGUUGCAGAAUCUGCCCAGAGUCCAGCUGCUGCUCAUACUACUGAUACUGCUGGGUAUAAUGCAAUGGAAGAAAGUGUGAGCAGGGAGAAGCCAGAAUUGACAGCUUCAACAGAAAGGGUCAACAAAAGAAUGUCCAUGGUGGUGUCUGGCCUGACCCCAGAAGAAUUUAUGCUCGUGUACAAGUUUGCCAGAAAACACCACAUCACUUUAACUAAUCUAAUUACUGAAGAGACUACUCAUGUUGUUAUGAAAACAGAUGCUGAGUUUGUGUGUGAACGGACACUGAAAUAUUUUCUAGGAAUUGCGGGAGGAAAAUGGGUAGUUAGCUAUUUCUGGGUGACCCAGUCUAUUAAAGAAAGAAAAAUGCUGAAUGAGCAUGAUUUUGAAGUCAGAGGAGAUGUGGUCAAUGGAAGAAACCACCAAGGUCCAAAGCGAGCAAGAGAAUCCCAGGACAGAAAGAUCUUCAGGGGGCUAGAAAUCUGUUGCUAUGGGCCCUUCACCAACAUGCCCACAGAUCAACUGGAAUGGAUGGUACAGCUGUGUGGUGCUUCUGUGGUGAAGGAGCUUUCAUCAUUCACCCUUGGCACAGGUGUCCACCCAAUUGUGGUUGUGCAGCCAGAUGCCUGGACAGAGGACAAUGGCUUCCAUGCAAUUGGGCAGAUGUGUGAGGCACCUGUGGUGACCCGAGAGUGGGUGUUGGACAGUGUAGCACUCUACCAGUGCCAGGAGCUGGACACCUACCUGAUACCCCAGAUCCCCCACAGCCACUACUGACUGCAGCCAGCCACAGGUACAGAGCCACAGGACCCCAAGAAUGAGCUUACAAAGUGGCCUUUCCAGGCCCUGGGAGCUCCUCUCACUCUUCAGUCCUUCUACUGUCCUGGCUACUAAAUAUUUUAUGUACAUCAGCCUGAAAAGGACUUCUGGCUAUGCAAGGGUCCCUUAAAGAUUUUCUGCUUGAAGUCUCCCUUGGAAAUCUGCCAUGAGCACAAAAUUAUGGUAAUUUUUCACCUGAGAAGAUUUUAAAACCAUUUAAACGCCACCAAUUGAGCAAGAUGCUGAUUCAUUAUUUAUCAGCCCUAUUCUUUCUAUUCAGGCUGUUGUUGGCUUAGGGCUGGAAGCACAGAGUGGCUUGGCCUCAAGAGAAUAGCUGGUUUCCCUAAGUUUACUUCUCUAAAACCCUGUGUUCACAAAGGCAGAGAGUCAGACCCUUCAAUGGAAGGAGAGUGCUUGGGAUCGAUUAUGUGACUUAAAGUCAGAAUAGUCCUUGGGCAGUUCUCAAAUGUUGGAGUGGAACAUUGGGGAGGAAAUUCUGAGGCAGGUAUUAGAAAUGAAAAGGAAACUUGAAACCUGGGCAUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCAGAUCACUGGAGGUCAGGAGUUCGAAACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAGAAAUUAGCCGGUCAUGGUGGUGGACACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGUGGCUAAGGCAGGAGAAUCACUUCAGCCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCAUACCACGGCACUCCAGCCUGGGUGACAGUGAGACUGUGGCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAUGAAACUAGAAGAGAUUUCUAAAAGUCUGAGAUAUAUUUGCUAGAUUUCUAAAGAAUGUGUUCUAAAACAGCAGAAGAUUUUCAAGAACCGGUUUCCAAAGACAGUCUUCUAAUUCCUCAUUAGUAAUAAGUAAAAUGUUUAUUGUUGUAGCUCUGGUAUAUAAUCCAUUCCUCUUAAAAUAUAAGACCUCUGGCAUGAAUAUUUCAUAUCUAUAAAAUGACAGAUCCCACCAGGAAGGAAGCUGUUGCUUUCUUUGAGGUGAUUUUUUUCCUUUGCUCCCUGUUGCUGAAACCAUACAGCUUCAUAAAUAAUUUUGCUUGCUGAAGGAAGAAAAAGUGUUUUUCAUAAACCCAUUAUCCAGGACUGUUUAUAGCUGUUGGAAGGACUAGGUCUUCCCUAGCCCCCCCAGUGUGCAAGGGCAGUGAAGACUUGAUUGUACAAAAUACGUUUUGUAAAUGUUGUGCUGUUAACACUGCAAAUAAACUUGGUAGCAAACACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1272.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1347.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 1103.09
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(((((((..(((...((((((((.((((((.(((....)))((((((((....)))).))))(((.(((((((((((.......)).)))))))....)))))((.((((((((((....(.(((((((((((((.(((.(((((((((((((((.((((...((........((((....))))....))...))))...)))))))))))(((((((.((.((.....)).)).))))))))))))))...))))))))))))).)...(((((.(((((((((((((((((((((((((((.((((....((((.((((((((.((((((((((((((((((((.(((..(((((.((((((.((((.((.(((((.(((((((((((.(((((...(((((.....((((((((((.(((((((..........(((((((((.((((((((((....(((((.....)))))(((((((((....)).))))))).................((....))....(((......)))(.((((((.(((((...((((((((((...(((...))).....)))))))))))))))..)))))).)))))))))))..........))))))))).((((.........))))...(((((...)))))((((((((.((((.....((((((..........))))))......((((.....)))).........((((((.((((((((.((..((((((((((((...(((((((.((((((((((.......((((((((........((......))((..(((.((.((.(((.(((((((..(((.(((((((((.(((.....((.((.((((((....)))))))).))(((((.((((...............(((.((((.........)))).)))......((((((...(((......((((((.(((.....((((.((..((.(((..(((((((((.............))))).......)))).))))).)).))))))).)))))).....)))))))))...(((((((((((...((((.(((((...((((((((..(((...(((.((((.......)))))))...((((((.(((((..........))))).).)))))....((((((((((......(((..((((((...((((..(..(((..((....(((((......)))))(((((((..(((.........)))...))))))).....(.((.((((.(((((((..((((((.....((((((((...(((...............(((((.(((.(........).))).))))).......(((...........)))...(((((.((((.........)))).)))))..(((((..............))))).(((((.(((.......))).))))).......((((....))))..(((((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((......((((.((((.(...(((......)))).)))).))))(((..((.(((..(((((((.((((.(((...(((((.(.((..........(((((....))))).....(((((...))))).))).))))))))..)))).)))))))))).))..)))...))))....)))))))))).....))))))).))))).))))..).....))))))))......((((((.....((((....))))......))))))..(((((((...(((..((((((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..)))))))))).(((.(..(.....(((((...(((....)))...))))).....)..).)))...(((((((((((((((....)))..((((((.(((....))).))))))))))))...)))))).((.(((((..((((...)))).))))).))....(((((....)))))..((((((.....))))))((((......)))).((((...))))........))))..)))...)))))))...)))..))))))))((((..((((......((..((((.(((((.....)))))..))))....)).....))))..))))..(((......)))...)))))).))).).))).)))).)).)))..)))..)..))))...))))))....))))))))).))))(((((((((((....(((((((...((.(((............))).))))))).)).....))))))))).)).((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((...((.(.(((((..(((((......))).)).))))).))).)))))))))........)).)))))))))).....))))).))))))).))))...)))..))))))..))...))))).))))..)))...))))))))....)))).)))))(((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...((((..((((((....((.(((((....)))))))..)))))).......))))..))))).)).))))))))((((...............(((.(((((((((..((((((.((......)).))))))...........(((((((((..((((...((((((..((((((((........))))))))..))))))...))))....((((((....)))))).........)))))).))).((((((.........)))))).............))))))))).)))))))....))))))..)))))))))))))........((((((.((((((....))..))))...)))))).....(((.((....)).)))))))))))))))))))))))))...))).)))))))..)).......(.(((((...))))).)...))))))))))))))).)))..)))))))))).))))))))).))...)))))))).))).)))....))))...)))))))).....(((((((.((((.....))))))....))))))))))))))))))..)))).....))))))))))(((((((.(((...)))...))))))).....((((..(((((((..((.((((...........))))..))..)))).)))...))))))))))))))).))))).)).)))).)))))).)))))..))).)))))))))))))))))))).)))))))).))))....)))).))))))))))))))))))))).))).))).)).)))...............(((((((((......(((((.....)))))......((((((((...(((((((...........(((........)))..((((((((.((..(((.....)))....)).)))))))).....((((.((((((..(......)..)))))).)).))...(((........)))....(((((.....)))))..)))))))...)))))))).((((..........))))..((((..(((((((((....)))))))))..))))....))))))))))))))))))).)))))))).))))))))...........((.(((....))).))((((((...)))))).....)))....)))))))..)))).))))...((((((...(((((((((.((.((((.............)))))).)))))))))....(((((((....)))))))..((((.(((((((((..............)))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(((((((..{(({..{(((((((.((((((.(((....}}|((((((((....)))).))}|{(,.((({{{{{{{{,,,,..})),}}}}))),,,,}}},.{|,|{((((((((,,..{.(((((((((((((.((,{((((((((({{{{{|,|||(,,,{{,.,,,,{{((((,,,.}}}}....,,.,,))))...))))))}))))(((((((.((.{{.....}).)).))))))))))))))...))))))))))))).,...{{{((.{((((((((((((((((((((((((((.((((.,..((((.((((((((.((((((((((((((((((((.(((..(((((.((((((.((((.((.(((((.((((((((((((.,{{({{....|}..,,,...,{{|{(({(,,{,(((({{{.,...|{(((((({.((((((((((....(((((.....))))){((((((((....}).))))))|,{{{.......,,,,..((....))..,,{{{......}}}{.{{{{{,.(((((...((((((((((.,.(({...})}.....)))))))))))))))..}))))).})))))))))}..........}))))))}}.((((.........))))...(((((...))))).,(({(((.{{,{(((,{((,((((,((,{,..((((((((.....,,((,....}}}}...........,(({.((((((((.((..((((((((((((...(((((((,((((({{{((....,,|||||||((..,,{,,{{{......}}{{,..(({(,,{{,|||.((((({,..(((.(((((((({{(({...{{{{.(,{((((((....)))))))).)}|||||,||{{..,,,,{........(((.((((.........)))).))).....,|{{{|||,,|{{......{|||||,|||.....((({,((,,({.(((..(({{{{{{{....,..,..,,,|||}.....,,.}}}}.}||||.||,|}}}}|}.}}}}||,.,,.}}}))))),...||{||||||||...||{{.|||||}},|||{{||{..|||.,||||||,{|}|||{|||{{{({{(((((((((.(((((..........))))).).)))))||},{{{,{({.,,...,{{{....,{{{,,.,||||,..{(((({...{{,,{(((({,,,...}}}}}.||{.||}))}},))))}.}}}}|,.{{{{{{{{.....,{{{{(((((((((,(({,(({(((({{...{{{{{,,....|{,,.,,,,,...{{{{(((({.,{({(((......,,|))}}},}}.,,....({{...........}||,{|(((((,{{{,.,,,,....}}}|,|}|||..{{(({..............})))).,{{|||{{|,,||...}}},}))))....,||{(((....}))),.{{((((({{..((((((((((((((((.(((((((({{,{||..,,.,(({{.{{{{,||.||{{.....,},)).)))).)))){((.,((.(((,,(((((({.((((,({({{,(({((,(,((......,...(((((....)))))..,,,(((((...))))}.,)),))}}}}}|..||||.}}}}}}}))).))..))),..}}}}....}})))))))).....))))))),)))}),)))),||.....}})))}}}......(((((({{...((({....}})}...,}.))))))..|||||||},.|||,,|||(((((((((((.{{..{|.(((..........))).}}..}}..})))))))))|({,,{,,{|,,..{((((..|(((....))},,.))))}.....,..|||||...(((((((((((((((....)))..((((((.(((....))).)))))))))))}...)))))).,,.{{{{,..,,.{,...,,,.})}}}|||,.,{{(({{{{{{|..,..}}}}|||},}},))}}}}{{||....},))}},,,....,|||||.||,.,,})|||.|||...||||}}|||{|},.}}|||||{{((((,,{(((......,,.,(((,.(((((.....)))))..))))....,}.,,,,)))),.)))),.{((......}}}....((((((.(((|{{(|,{(...((((..((.(((....)))))..)))).......))))))))).)))))},{((((({.{{,(((((((.{,(,.(({.......,{|.,||,{|||||}|,|,...,||||||||}}.}}}||||,|||{|||.{{{{||||||{||||||(((((((((,..{(.(.(((((..{{(((......))).}}.))))).))),)))))))))..,,,.,})).))))}})))),,,,,))))),|||||||,|},,,,{|}}.,||||}}..,),,,)}}}}.)))),,)))),,))))))}},,,,}})),)))}}(((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...{(((.,((((((.,..((.(((((....)))))))..))))))...,.,.)))}..))))).)).)))))))){{{,.............,,(((.(((((((((.,(((({{,(({,....}|||||}}},,,..{{,...,,,.|||||}|{{{|,,.{(((((..((((((((........))))))))..)))))}...)})},},.|{{{{,....,}}}},.{{{{.....}),)).,{,.((((((.........)))))).....,,,},,,.))))))))).))),}))....))))))..))))))))))))),},,,},.|||(({|{{||||,,,,}},.}))),,,))))))...,}|||,|}}}}.}}.,))))))))))))}}}})})}}))),,}))},}})})})}}},,,...,.(.(((((...))))).}})}))))))))))))))),)),..)))))))))),,)))))))).))...)))))))),|||,.||,,........,{,...})),,.,}))})))))))){((....)))}}}}.,||||..}}})))))}|},..(((((((....((((((..(((((((.({,...,}}...)))))))..),.}))))...)))))))...,,........,,,.,,),},,))))}))}))))))),)})))))))))))).))))).)).)))).)))))).)))))..))).)))))))))))))))))))).)))))))).))))..,.)))).))))))))))))))))))))).))).))}.)).))}...............(((((((((.,,...(((((,...|})))}...|},{(((((((.,.(((((((..{{{...{{{,{{,{{||...,,,..|(({{({{,||..{{,...,.|},....)).}))))))}.....,,,{.{{{({(,.{,.....}..)))))),)).,}...{((........)))....{{{{{.....}))))..)))))))...)))))))}.,{{,.......,,.,}},..((((..(((((((((....)))))))))..)))).,,.))))))))))))))))))).)})))))).))))))))....,,...,{({.(((....}}).))|{{||,.,,})},,}.....)))....)))))))..)))).))))...{(((((...(((((((((.((.((((...{,...,}...)))))).))))))))).,.,((((({,..,.}}}))))..|{||||||{{{{|,..,{{|........}}}})))}}},},)))))}
Back