Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001408468.1
Sequence Length
3883 nt
GC Content
0.4453
GCUGAGACUUCCUGGACGGGGGACAGGCUGUGGGGUUUCUCAGAUAACUGGGCCCCUGCGCUCAGGAGGCCUUCACCCUCUGCUCUGGUUCAUUGGAACAGAAAGAAAUGGAUUUAUCUGCUCUUCGCGUUGAAGAAGUACAAAAUGUCAUUAAUGCUAUGCAGAAAAUCUUAGAGUGUCCCAUCUGUCUGGAGUUGAUCAAGGAACCUGUCUCCACAAAGUGUGACCACAUAUUUUGCAAGGUCUUACUCUGUUGUCCCAGCUGGAGUACAGUGGUGCGAUCAUGAGGCUUACUGUUGCCUUGACCUCCUAGGCUCAAGCGAUCCUAUCACCUCAGUCUCCCAAGUAGCUGGGACUAUUUUGCAUGCUGAAACUUCUCAACCAGAAGAAAGGGCCUUCACAGUGUCCUUUAUGUAAGAAUGAUAUAACCAAAAGGAGCCUACAAGAAAGUACGAGAUUUAGUCAACUUGUUGAAGAGCUAUUGAAAAUCAUUUGUGCUUUUCAGCUUGACACAGGUUUGGAGUAUGCAAACAGCUAUAAUUUUGCAAAAAAGGAAAAUAACUCUCCUGAACAUCUAAAAGAUGAAGUUUCUAUCAUCCAAAGUAUGGGCUACAGAAACCGUGCCAAAAGACUUCUACAGAGUGAACCCGAAAAUCCUUCCUUGGAAACCAGUCUCAGUGUCCAACUCUCUAACCUUGGAACUGUGAGAACUCUGAGGACAAAGCAGCGGAUACAACCUCAAAAGACGUCUGUCUACAUUGAAUUGGGAUCUGAUUCUUCUGAAGAUACCGUUAAUAAGGCAACUUAUUGCAGUGUGGGAGAUCAAGAAUUGUUACAAAUCACCCCUCAAGGAACCAGGGAUGAAAUCAGUUUGGAUUCUGCAAAAAAGGCUGCUUGUGAAUUUUCUGAGACGGAUGUAACAAAUACUGAACAUCAUCAACCCAGUAAUAAUGAUUUGAACACCACUGAGAAGCGUGCAGCUGAGAGGCAUCCAGAAAAGUAUCAGGGUGAAGCAGCAUCUGGGUGUGAGAGUGAAACAAGCGUCUCUGAAGACUGCUCAGGGCUAUCCUCUCAGAGUGACAUUUUAACCACUCAGCAGAGGGAUACCAUGCAACAUAACCUGAUAAAGCUCCAGCAGGAAAUGGCUGAACUAGAAGCUGUGUUAGAACAGCAUGGGAGCCAGCCUUCUAACAGCUACCCUUCCAUCAUAAGUGACUCUUCUGCCCUUGAGGACCUGCGAAAUCCAGAACAAAGCACAUCAGAAAAAGUAUUAACUUCACAGAAAAGUAGUGAAUACCCUAUAAGCCAGAAUCCAGAAGGCCUUUCUGCUGACAAGUUUGAGGUGUCUGCAGAUAGUUCUACCAGUAAAAAUAAAGAACCAGGAGUGGAAAGGUCAUCCCCUUCUAAAUGCCCAUCAUUAGAUGAUAGGUGGUACAUGCACAGUUGCUCUGGGAGUCUUCAGAAUAGAAACUACCCAUCUCAAGAGGAGCUCAUUAAGGUUGUUGAUGUGGAGGAGCAACAGCUGGAAGAGUCUGGGCCACACGAUUUGACGGAAACAUCUUACUUGCCAAGGCAAGAUCUAGAGGGAACCCCUUACCUGGAAUCUGGAAUCAGCCUCUUCUCUGAUGACCCUGAAUCUGAUCCUUCUGAAGACAGAGCCCCAGAGUCAGCUCGUGUUGGCAACAUACCAUCUUCAACCUCUGCAUUGAAAGUUCCCCAAUUGAAAGUUGCAGAAUCUGCCCAGAGUCCAGCUGCUGCUCAUACUACUGAUACUGCUGGGUAUAAUGCAAUGGAAGAAAGUGUGAGCAGGGAGAAGCCAGAAUUGACAGCUUCAACAGAAAGGGUCAACAAAAGAAUGUCCAUGGUGGUGUCUGGCCUGACCCCAGAAGAAUUUAUGCUCGUGUACAAGUUUGCCAGAAAACACCACAUCACUUUAACUAAUCUAAUUACUGAAGAGACUACUCAUGUUGUUAUGAAAACAGAUGCUGAGUUUGUGUGUGAACGGACACUGAAAUAUUUUCUAGGAAUUGCGGGAGGAAAAUGGGUAGUUAGCUAUUUCUGGGUGACCCAGUCUAUUAAAGAAAGAAAAAUGCUGAAUGAGCAUGAUUUUGAAGUCAGAGGAGAUGUGGUCAAUGGAAGAAACCACCAAGGUCCAAAGCGAGCAAGAGAAUCCCAGGACAGAAAGAUCUUCAGGGGGCUAGAAAUCUGUUGCUAUGGGCCCUUCACCAACAUGCCCACAGAUCAACUGGAAUGGAUGGUACAGCUGUGUGGUGCUUCUGUGGUGAAGGAGCUUUCAUCAUUCACCCUUGGCACAGGUGUCCACCCAAUUGUGGUUGUGCAGCCAGAUGCCUGGACAGAGGACAAUGGCUUCCAUGCAAUUGGGCAGAUGUGUGAGGCACCUGUGGUGACCCGAGAGUGGGUGUUGGACAGUGUAGCACUCUACCAGUGCCAGGAGCUGGACACCUACCUGAUACCCCAGAUCCCCCACAGCCACUACUGACUGCAGCCAGCCACAGGUACAGAGCCACAGGACCCCAAGAAUGAGCUUACAAAGUGGCCUUUCCAGGCCCUGGGAGCUCCUCUCACUCUUCAGUCCUUCUACUGUCCUGGCUACUAAAUAUUUUAUGUACAUCAGCCUGAAAAGGACUUCUGGCUAUGCAAGGGUCCCUUAAAGAUUUUCUGCUUGAAGUCUCCCUUGGAAAUCUGCCAUGAGCACAAAAUUAUGGUAAUUUUUCACCUGAGAAGAUUUUAAAACCAUUUAAACGCCACCAAUUGAGCAAGAUGCUGAUUCAUUAUUUAUCAGCCCUAUUCUUUCUAUUCAGGCUGUUGUUGGCUUAGGGCUGGAAGCACAGAGUGGCUUGGCCUCAAGAGAAUAGCUGGUUUCCCUAAGUUUACUUCUCUAAAACCCUGUGUUCACAAAGGCAGAGAGUCAGACCCUUCAAUGGAAGGAGAGUGCUUGGGAUCGAUUAUGUGACUUAAAGUCAGAAUAGUCCUUGGGCAGUUCUCAAAUGUUGGAGUGGAACAUUGGGGAGGAAAUUCUGAGGCAGGUAUUAGAAAUGAAAAGGAAACUUGAAACCUGGGCAUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCAGAUCACUGGAGGUCAGGAGUUCGAAACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAGAAAUUAGCCGGUCAUGGUGGUGGACACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGUGGCUAAGGCAGGAGAAUCACUUCAGCCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCAUACCACGGCACUCCAGCCUGGGUGACAGUGAGACUGUGGCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAUGAAACUAGAAGAGAUUUCUAAAAGUCUGAGAUAUAUUUGCUAGAUUUCUAAAGAAUGUGUUCUAAAACAGCAGAAGAUUUUCAAGAACCGGUUUCCAAAGACAGUCUUCUAAUUCCUCAUUAGUAAUAAGUAAAAUGUUUAUUGUUGUAGCUCUGGUAUAUAAUCCAUUCCUCUUAAAAUAUAAGACCUCUGGCAUGAAUAUUUCAUAUCUAUAAAAUGACAGAUCCCACCAGGAAGGAAGCUGUUGCUUUCUUUGAGGUGAUUUUUUUCCUUUGCUCCCUGUUGCUGAAACCAUACAGCUUCAUAAAUAAUUUUGCUUGCUGAAGGAAGAAAAAGUGUUUUUCAUAAACCCAUUAUCCAGGACUGUUUAUAGCUGUUGGAAGGACUAGGUCUUCCCUAGCCCCCCCAGUGUGCAAGGGCAGUGAAGACUUGAUUGUACAAAAUACGUUUUGUAAAUGUUGUGCUGUUAACACUGCAAAUAAACUUGGUAGCAAACACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1188.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1261.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 946.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(((((((..(((((((((.(.(..((((.((((((((..((((.....((((((.(((((.......)))))..((((.(((....))))))).......((((((.(((((.....(((((((.((.((.....)).)).)))))))...)))))))))))..))))))))))..))))).)))..))))..).).))))))))).(((((((((....)))))))))((.(((((((((..((((.((((((((((((.(.((((((.((((....((((((((((.(((((.(((((((.((((.(((.(((.((....(((.((((.((..(((((((((((....((((((((((....(((((.....)))))(((((((((....)).))))))).................((....))....(((......)))(.((((((.(((((...((((((((((...(((...))).....)))))))))))))))..)))))).)))))))))))..((.........)).....((((.........))))...(((((...)))))((((((((.((((.....((((((..........))))))......((((.....)))).........((((((.((((((((.((..((((((((((((...(((((((.((((((((((.......((((((((........((......))((..(((.((.((.(((.(((((((..(((.(((((((((.(((.....((.((.((((((....)))))))).))(((((.((((...............(((.((((.........)))).)))......((((((...(((......((((((.(((.....((((.((..((.(((..(((((((((.............))))).......)))).))))).)).))))))).)))))).....)))))))))...(((((((((((...((((.(((((...((((((((..(((...(((.((((.......)))))))...((((((.(((((..........))))).).)))))....((((((((((......(((..((((((...((((..(..(((..((....(((((......)))))(((((((..(((.........)))...))))))).....(.((.((((.(((((((..((((((.....((((((((...(((............(((((.(((.(........).))).))))).......(((...........)))...(((((.((((.........)))).)))))..(((((..............))))).(((((.(((.......))).))))).......((((....))))..(((((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((......((((.((((.(...(((......)))).)))).))))(((..((.(((..(((((((.((((.(((...(((((.(.((..........(((((....))))).....(((((...))))).))).))))))))..)))).)))))))))).))..)))...))))....)))))))))).....))))))).))))).))))..).....))))))))......((((((.....((((....))))......))))))..(((((((...(((..((((((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..)))))))))).(((.(..(.....(((((...(((....)))...))))).....)..).)))...(((((((((((((((....)))..((((((.(((....))).))))))))))))...)))))).((.(((((..((((...)))).))))).))....(((((....)))))..((((((.....))))))((((......)))).((((...))))........))))..)))...)))))))...)))..))))))))((((..((((......((..((((.(((((.....)))))..))))....)).....))))..))))..(((......)))...)))))).))).).))).)))).)).)))..)))..)..))))...))))))....))))))))).))))(((((((((((....(((((((...((.(((............))).))))))).)).....))))))))).)).((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((...((.(.(((((..(((((......))).)).))))).))).)))))))))........)).)))))))))).....))))).))))))).))))...)))..))))))..))...))))).))))..)))...))))))))....)))).)))))(((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...((((..((((((....((.(((((....)))))))..)))))).......))))..))))).)).))))))))((((...............(((.(((((((((..((((((.((......)).))))))...........(((((((((..((((...((((((..((((((((........))))))))..))))))...))))....((((((....)))))).........)))))).))).((((((.........)))))).............))))))))).)))))))....))))))..)))))))))))))........((((((.((((((....))..))))...)))))).....(((.((....)).)))))))))))))))))))))))))...))).)))))))..)).......(.(((((...))))).)...))))))))))))))).)))..)))))))))).))))))))).))...)))))))).))).)))....))))...)))))))).....(((((((.((((.....))))))....)))))((((((((....))))))))..(((....)))..(((((((.(((...)))...))))))).(((.((((..(((((((..((.((((...........))))..))..)))).)))...)))))))..)))))))))))..)).)))).)))....)).))).))).)))).))))))).))))).))))))))))..)))).)))))).).))))))).)))))))))))))))))).)).......................(((((.((...((.(((((..(((((....((...((((((((((..(((....)))..))))))).)))...))...))))).))))).))...)).)))))(((((((.(.((((...((((..((((((...((((((((((((((.((((((....((((..............(((((.....)))))..((((.(((....................))).))))...((((..(((((((((....)))))))))..)))).............((........))....))))))))))...)))))).))))))))))))))))))))))..).))))))).............)))))))..)))).))))...((((((...(((((((((.((.((((.............)))))).)))))))))....(((((((....)))))))..((((.(((((((((..............)))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(((((((..(((((((((.(.(..((((.((((((((..((((.,,,.({(({{,|{{{|.......}}}||..((({,(((....))))))).......((((((.(((((.....(((((((.((.{{.....}).)).)))))))...)))))))))))..))))))))))..)))))}}))..))))..).}.))))))))).(((((((((....)))))))))((.((((((({.,{((((.((((((((((((.{.((((((.((((.,..((((((((((.(((((.(((((((.((((.(((.(((.((....(((.((((.((..(((((((((((.{,,((((((((((....(((((.....))))){((((((((....)).))))))|,{{{.......,,,,..((....))..,,{{{......}}}{.{{{{{,.(((((...((((((((((.,.(({...})}.....)))))))))))))))..}))))).})))))))))}..((.......,,)).....((((.........))))...(((((...}))))..{{.{{{{{{{,(((,,{{{({(({({.{,..((((((((.....,,(({....}}}}...........,{{{.((((((((.((..((((((((((((...(((((((.((((((((((.....,{((((((((....,...{{......}|{{,.,((,(,,((.{{{.(((((({..(((.(((((((({{(((...,,{{.(,{((((((....)))))))).}}||(((.((((..,...,........(((.((((.........)))).))}......{(((((,..{((......((((((.(((.....((((.((..((.(((..(((((((((.............)))),......,)))).))))).)).))))))).)))))).....))))))))}...(((((((((((...((((.(((((.,,{{((((((..(({.,{({({{{{,}|}|.|}}||||||(((((((((.(((((..........))))).).)))))}}}}{{{{{({{{{...,{{{....{(({{{.,|,{{{,.{(((((...({{,{(((({,,,...}}}}}.||{,||}}}}},}}}}}.}}))),.,|||||,{.....,||{{(((({((({(((,,(({((({,,..,(((((({...{{(,...,.......((((,.{{(,{{{......},})),})}}}.......({{...........}}|,{|(((((,{{{,.,,,,....}}}|.|}|}|..{((({..............})))).,{{|||||||,||...}},,})))),...,,,((((....)))),.(((((((((..((((((((((((((((.(((((((((({(({......((((.((({.{,.{,((.....,)})).)))).))))(((..((.(((..(((((((.((((.(((...(((((.(.((..........(((((....))))).....(((((...))))).})).))))))))..)))).)))))))))).))..)))...}}}}....)))))))))).....))))))).))))).)))).,}.....)))))))).,....(((((({{...((((....}}}}...}}.}))))),.(((((((...(((..((((((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..))))))))))|({,.{..|,....{((((..|(((....)}},,.))))}.....,..|,|||...(((((((((((((((....)))..((((((.(((....))).)))))))))))}...)))))).,,.{{{{,..,,.{....,,,.})}}}|||,.,{{(({{{{{{|.....}}|||||,.},}))}}}}{{{|....,,)))},{{,....,))),.},,...))))..)))...))))))),}.))}.,)))}||||{{{{,,|(((......,,.,{({..(((((.....)))))..))))....,},,}},))))}.)))}..|{{......}},...,|||||{,||{|{|||,||},.{(((..((.(({....)))))..)))).,.....}}))))))},)))|||((((((((.{{.(((((((.,.({.(((........,,..}}}.)}))))).))...}}))))))))).))}||((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((,..((.(.(((((..{{(((......))).}}.))))).))),))))))))).......})).)))))))))).....))))).))))))).))}}...)))..))))))..})...))))).))))..)))}..})))))))....)))).)))}}(((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...{(((.,((((((.,..((.(((((....)))))))..))))))...,.,.)))}..))))).)).)))))))){{{,.............,,(((.(((((((((.,(((({{,(({,....}|||||}}},,,..{{,...,,,.|||||}|{{{|,,.{(((((..((((((((........))))))))..)))))}...)})},},.|{{{{,....,}}}},.{{{{.....}),)).,{,.((((((.........)))))).....,,,},,,.))))))))).))),}))....))))))..))))))))))))),}}..,,.((((((,((((((....,}..})))...))))))....,||{,{|,,,.},.}))))))))))))))))))))))))..,)}),)))})))}}},.....,,(.(((((...))))).},},))))))))))))))),))}..)))))))))),,)))))))).))...)))))))),|||,.||,,........{{....})),,.,}))})))))))){{|,...)))}}}}.{||||,.,,,)))))}|||,.(((((((....((((((..(((((((.{{{...,})...)))))))..},.|)))}...))))))}...,,.............,)))}},)},.}))})))}},,))},))}.)))))))))))..)).)))).)))..,,)).))).))).)))).))))))).))))).))))))))))..)))).)))))).,.)))))))},))))))))))))))))).)).......................((({{.,{...((.(((((..(((({....{{.,,{(((((((((..(((....)))..)))))))}}}}...,,...))))}.))))).}}...,|.}}))}{((((((.{,{{{{..{((((..((((({..,((((((((((((((.{(((((,...((({.......|||....(((((.....)))))..,,||},{(,,,,,,.}}},..,..,...,,},,}}}...((((..(((((((((....)))))))))..)))).......,,.,,.((.....,..}}.|,.}}}}}}))))..,)))))),}))))))))))))))))))}}}.,}.)))))))....,.,,.....)))))))..)))).))))...{(((((...(((((((((.((.((((...{,...,}...)))))).))))))))).,.,((((({,..,.}}}))))..|{||||||{{{{|,..,{{|........}}}})))}}},},)))))}
Back