Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001408489.1
Sequence Length
3754 nt
GC Content
0.4435
GCUGAGACUUCCUGGACGGGGGACAGGCUGUGGGGUUUCUCAGAUAACUGGGCCCCUGCGCUCAGGAGGCCUUCACCCUCUGCUCUGGGUAAAGUUCAUUGGAACAGAAAGAAAUGGAUUUAUCUGCUCUUCGCGUUGAAGAAGUACAAAAUGUCAUUAAUGCUAUGCAGAAAAUCUUAGAGUGUCCCAUCUGUCUGGAGUUGAUCAAGGAACCUGUCUCCACAAAGUGUGACCACAUAUUUUGCAAAUUUUGCAUGCUGAAACUUCUCAACCAGAAGAAAGGGCCUUCACAGUGUCCUUUAUGAGCCUACAAGAAAGUACGAGAUUUAGUCAACUUGUUGAAGAGCUAUUGAAAAUCAUUUGUGCUUUUCAGCUUGACACAGGUUUGGAGUAUGCAAACAGCUAUAAUUUUGCAAAAAAGGAAAAUAACUCUCCUGAACAUCUAAAAGAUGAAGUUUCUAUCAUCCAAAGUAUGGGCUACAGAAACCGUGCCAAAAGACUUCUACAGAGUGAACCCGAAAAUCCUUCCUUGCAGGAAACCAGUCUCAGUGUCCAACUCUCUAACCUUGGAACUGUGAGAACUCUGAGGACAAAGCAGCGGAUACAACCUCAAAAGACGUCUGUCUACAUUGAAUUGGGAUCUGAUUCUUCUGAAGAUACCGUUAAUAAGGCAACUUAUUGCAGUGUGGGAGAUCAAGAAUUGUUACAAAUCACCCCUCAAGGAACCAGGGAUGAAAUCAGUUUGGAUUCUGCAAAAAAGGCUGCUUGUGAAUUUUCUGAGACGGAUGUAACAAAUACUGAACAUCAUCAACCCAGUAAUAAUGAUUUGAACACCACUGAGAAGCGUGCAGCUGAGAGGCAUCCAGAAAAGUAUCAGGGUGAAGCAGCAUCUGGGUGUGAGAGUGAAACAAGCGUCUCUGAAGACUGCUCAGGGCUAUCCUCUCAGAGUGACAUUUUAACCACUCAGAGGGAUACCAUGCAACAUAACCUGAUAAAGCUCCAGCAGGAAAUGGCUGAACUAGAAGCUGUGUUAGAACAGCAUGGGAGCCAGCCUUCUAACAGCUACCCUUCCAUCAUAAGUGACUCUUCUGCCCUUGAGGACCUGCGAAAUCCAGAACAAAGCACAUCAGAAAAAGCAGUAUUAACUUCACAGAAAAGUAGUGAAUACCCUAUAAGCCAGAAUCCAGAAGGCCUUUCUGCUGACAAGUUUGAGGUGUCUGCAGAUAGUUCUACCAGUAAAAAUAAAGAACCAGGAGUGGAAAGGUCAUCCCCUUCUAAAUGCCCAUCAUUAGAUGAUAGGUGGUACAUGCACAGUUGCUCUGGGAGUCUUCAGAAUAGAAACUACCCAUCUCAAGAGGAGCUCAUUAAGGUUGUUGAUGUGGAGGAGCAACAGCUGGAAGAGUCUGGGCCACACGAUUUGACGGAAACAUCUUACUUGCCAAGGCAAGAUCUAGAGGGAACCCCUUACCUGGAAUCUGGAAUCAGCCUCUUCUCUGAUGACCCUGAAUCUGAUCCUUCUGAAGACAGAGCCCCAGAGUCAGCUCGUGUUGGCAACAUACCAUCUUCAACCUCUGCAUUGAAAGUUCCCCAAUUGAAAGUUGCAGAAUCUGCCCAGAGUCCAGCUGCUGCUCAUACUACUGAUACUGCUGGGUAUAAUGCAAUGGAAGAAAGUGUGAGCAGGGAGAAGCCAGAAUUGACAGCUUCAACAGAAAGGGUCAACAAAAGAAUGUCCAUGGUGGUGUCUGGCCUGACCCCAGAAGAAUUUAUGCUCGUGUACAAGUUUGCCAGAAAACACCACAUCACUUUAACUAAUCUAAUUACUGAAGAGACUACUCAUGUUGUUAUGAAAACAGAUGCUGAGUUUGUGUGUGAACGGACACUGAAAUAUUUUCUAGGAAUUGCGGGAGGAAAAUGGGUAGUUAGCUAUUUCUGGGUGACCCAGUCUAUUAAAGAAAGAAAAAUGCUGAAUGAGCAUGAUUUUGAAGUCAGAGGAGAUGUGGUCAAUGGAAGAAACCACCAAGGUCCAAAGCGAGCAAGAGAAUCCCAGGACAGAAAGAUCUUCAGGGGGCUAGAAAUCUGUUGCUAUGGGCCCUUCACCAACAUGCCCACAGAUCAACUGGAAUGGAUGGUACAGCUGUGUGGUGCUUCUGUGGUGAAGGAGCUUUCAUCAUUCACCCUUGGCACAGGUGUCCACCCAAUUGUGGUUGUGCAGCCAGAUGCCUGGACAGAGGACAAUGGCUUCCAUGCAAUUGGGCAGAUGUGUGAGGCACCUGUGGUGACCCGAGAGUGGGUGUUGGACAGUGUAGCACUCUACCAGUGCCAGGAGCUGGACACCUACCUGAUACCCCAGAUCCCCCACAGCCACUACUGACUGCAGCCAGCCACAGGUACAGAGCCACAGGACCCCAAGAAUGAGCUUACAAAGUGGCCUUUCCAGGCCCUGGGAGCUCCUCUCACUCUUCAGUCCUUCUACUGUCCUGGCUACUAAAUAUUUUAUGUACAUCAGCCUGAAAAGGACUUCUGGCUAUGCAAGGGUCCCUUAAAGAUUUUCUGCUUGAAGUCUCCCUUGGAAAUCUGCCAUGAGCACAAAAUUAUGGUAAUUUUUCACCUGAGAAGAUUUUAAAACCAUUUAAACGCCACCAAUUGAGCAAGAUGCUGAUUCAUUAUUUAUCAGCCCUAUUCUUUCUAUUCAGGCUGUUGUUGGCUUAGGGCUGGAAGCACAGAGUGGCUUGGCCUCAAGAGAAUAGCUGGUUUCCCUAAGUUUACUUCUCUAAAACCCUGUGUUCACAAAGGCAGAGAGUCAGACCCUUCAAUGGAAGGAGAGUGCUUGGGAUCGAUUAUGUGACUUAAAGUCAGAAUAGUCCUUGGGCAGUUCUCAAAUGUUGGAGUGGAACAUUGGGGAGGAAAUUCUGAGGCAGGUAUUAGAAAUGAAAAGGAAACUUGAAACCUGGGCAUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCAGAUCACUGGAGGUCAGGAGUUCGAAACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAGAAAUUAGCCGGUCAUGGUGGUGGACACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGUGGCUAAGGCAGGAGAAUCACUUCAGCCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCAUACCACGGCACUCCAGCCUGGGUGACAGUGAGACUGUGGCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAUGAAACUAGAAGAGAUUUCUAAAAGUCUGAGAUAUAUUUGCUAGAUUUCUAAAGAAUGUGUUCUAAAACAGCAGAAGAUUUUCAAGAACCGGUUUCCAAAGACAGUCUUCUAAUUCCUCAUUAGUAAUAAGUAAAAUGUUUAUUGUUGUAGCUCUGGUAUAUAAUCCAUUCCUCUUAAAAUAUAAGACCUCUGGCAUGAAUAUUUCAUAUCUAUAAAAUGACAGAUCCCACCAGGAAGGAAGCUGUUGCUUUCUUUGAGGUGAUUUUUUUCCUUUGCUCCCUGUUGCUGAAACCAUACAGCUUCAUAAAUAAUUUUGCUUGCUGAAGGAAGAAAAAGUGUUUUUCAUAAACCCAUUAUCCAGGACUGUUUAUAGCUGUUGGAAGGACUAGGUCUUCCCUAGCCCCCCCAGUGUGCAAGGGCAGUGAAGACUUGAUUGUACAAAAUACGUUUUGUAAAUGUUGUGCUGUUAACACUGCAAAUAAACUUGGUAGCAAACACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1110.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1182.60
Frequency: 0.0000
Diversity: 1141.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(((((((..((((((((..((.(.((((((((((......(((((((((....)))).)))))..((((........))))...((((....))))........((((((...(((((.....(((((((.((.((.....)).)).)))))))...)))))...((((....((.(((.(((((.((((((((.((((........(((((.(((((((((....))))))))).....((((((((((....(((((.....)))))(((((((((....)).))))))).......(((......)))(.((((((.(((((...((((((((((...(((...))).....)))))))))))))))..)))))).)))))))))))(((((....((((((((..(((((.....(((((...(((..(((....(((((........)))))....((((((..........))))))....))).)))...)))))...........)))))..))))))))...((((((((..((((((..........)))).))..)))))...))).((((......((((((................(((((..((.((.(((((((.(((...((((((....((((.((.((((((....)))))))).))))))))))...)))...........(((.((((.........)))).)))......(((((((((((......((((((((((((((.((((.((((((..(((.............(((..(((((((((.....(((.......((((.((((...((......(((.((....)))))....)).))))))))......))))))))).)))..)))..)))..)))))).))))((((((...((.(((((.(((.(((((..........))))).))))))))))............(((((...(((.((((........))))........(((((......)))))(((((((..(((.........)))...)))))))..........(((((.......))))).(((.(....)))).....)))..)))))....))))))......))))))....))))).......)))......))))))))))).(((...(((((.((((.........)))).)))))..(((((..............))))).(((((.(((.......))).)))))....)))((((....))))..(((((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((......((((.((((.(...(((......)))).)))).))))(((..((.(((..(((((((.((((.(((...(((((.(.((..........(((((....))))).....(((((...))))).))).))))))))..)))).)))))))))).))..)))...))))....)))))))))).....))))))).))))).))))..).....))))))))((((........))))......))))))).)).)).))))))))))).....)))))))))(((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..))))))))))))))))........)))))))))))))))))..))).))....))))..)))))).(((((((((((((((....)))..((((((.(((....))).))))))))))))...))))))......................))).))))))).).))..)))))......((((((.....)))))).((((((.((((((((((((((((.........(((.(((((.((((((........))))))(((((...)))))(((.....))).......(((((.....)))))((((....))))((..((..(((((.((.((((((..........((((((.(((.((((.((...((((..((.(((....)))))..)))).......))))))))).)))))))))..)))...)).)))))..))..))(((((((((.(((((((((.((((((.....(((((((((....))))))))).(((.((((((((((((((((((((((((((...((.(.(((((..(((((......))).)).))))).))).)))))))))........)).)))))))))).....))))).)))(((.((((.((.((((((.(((((((.(.(((((..(((((....((.(((((..(((((((((.((((((((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...((((..((((((....((.(((((....)))))))..)))))).......))))..))))).)).))))))))((((...............(((.(((((((((..((((((.((......)).))))))...........(((((((((..((((...((((((..((((((((........))))))))..))))))...))))....((((((....)))))).........)))))).))).((((((.........)))))).............))))))))).)))))))....))))))..)))))))))))))(((((((.((((((.((((((....))..))))...))))))...((.((.((((......)))).)).)).....(((((....)))))((((((((.(((((.((((((.(((((...)))))..))))))((((((...(((((.((((((.......))))))...)))))...)))))).(((((.((((...............)))).))))).(((.((((.....))))))).)))))))))))))..)))))))..)))))..))))..))).))))))))).......))))))))))).(((.((((..(((((((..((.((((...........))))..))..)))).)))...)))))))..((((((((((....))))))..(((.((((.....)))).))).))))))))))))))))).))..)))).))).))))))(((......)))(((((.(((((...))))).))))).................(((((..............((((((....))))))..(((((((((..(((....)))..)))))))))..........((((((((.((..(((.....)))....)).))))))))..)))))((.((((((..(......)..)))))).)))))))...))))...)))))))))(((((.....)))))))))).))).)))))))))..((((..........))))..((((..(((((((((....)))))))))..)))).((((((((((((((....((..((((........))))..))...............)).)))))))))))))))))))))))))..)))....)))))))..)))).))))...((((((...(((((((((.((.((((.............)))))).)))))))))....(((((((....)))))))..((((.(((((((((..............)))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(((((((..((((,,,(((({(({(((((({(((.,..},|((((((((....)))).))))}..((((........))))...((((....))))........,,((((({.(((((.....(((((((.((.{{.....}).)).)))))))...)))))}))))},,,,{((,{{(.{((((,((((((((.(({{.....,|,{((((.,...((((({((({|,.|{(((((({.((((((((((....(((((.....)))))(((((((((....)).)))))))..,,,,,({{......}}},.{{{{{,.(((((...((((((((((.,.{({...})}...,.)))))))))))))))..}))))).,)))))))))}........,.}))))))}}.((({.......,,|}}}...(((({...}}}})..,,,,(({{{{{(.,..(,(((({{...{{{{.||||||.....,,,(((,.{{{(((...,,,,....{{{(((({.,,|||||....,({((({{(((({,........,,|||||.,..|}}},})))))))),....}}}|||},,.,...,(({,.((((.,,,||}}...||||..{(((,{{{({{((((((,.,,(({(,(,,{(((((....)))))})).))))|||}}}|},.,,...........|{{.{{{{...,,....}|||,||}......((((((((((({.....{{((((((((({{,,((((.((((((..(((..,,.....,..,{,{|.({{((((((.....,((.,{{...((((.((((...{{.,....(((.((....)))))....}}.))))))))..,}},},})))))),))),,}),..)))..)))))).))))|{((({,,,((.(((((.(((.(((((..........))))).))))))))))..},........(({{{...(({...||,((,,.{(((((...((({{((((,{{{...,|},,.||,.}}}}}}},))))).)))))}...}}}}.|,,...|}|..{{{{{.,.....)))}}.||||,....,},}.....,})..}))))....)))))}......|||||,....,}}})},,,...}}}....}.))))))))))).{(((((((((((..,..((((...,{,,({{.{||...,))}..},}......,...))))..,.))))))))))))})))).))))....|||}|||,|,.})))))})))}}},}})))|,||||||{{{{|{,|||||||||,.,}}},},.}|||,,|||,,{|,{{({{.,,,|||||.||||,||||{{|,|||.((({{(((,{{,{((((((,((((((.(((((((,....,,,..(((((....))))).,{{{(((((...))))}..))})),|||({.,((((..||.,,,},),}},.,}}}}.||||,,..|||||,.,.)))),..})))}))))).))))))|||.......)}},,.......((((((|{...{{({....}}))...,},))))))....))))))),))))))))(((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..))))))))))))}}}}........}}}}}})))))}})}))..)}),)},.....,..,|}||.{{((((({(((((((((....)))..((((((.(((....))).)))))))))))}...))))||,{|,|{||,||,,,||,..,...|}},}}|{{{,{{(({,{{,,|..,..,}}||||,,,,})}}}}}||,|,...}})))),|}.,,.,|||||.|.....,}}}}}))}..,}})))}}}},,}}....(((((...))))){{{.....}}}.{{({..(((((.....)))))..)))},,)})}|}))|,))})}))},..{{{,,,..||},},..|||{{{.((({({({{((...{{{{..({.{{{....))))|,|||||{,,,...}}}}}}}}}.}}|||{((((((({.{{.(((((((...{{.(((........,,,.}}).)}))))).))...}}))))))))).}}}|{((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((,..((.(.(((((..{{(((......))).}}.))))).))),))))))))).......,)).)))))))))).....))))).))))))).)))}||.{(({((.(({((((.{.(((((,.{((((.,..{{.(((({..({(((((((.((((({((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...{(((..((((((.,..((.(((((....)))))))..)))))).,.,,,.}))}..))))).}}.)))))))){{{{.............,,(((.(((((((((.,(((({{,(({,....}|||||}}},,,..{{,...,,,.|||||}|{{{|,,.{(((((..((((((((........))))))))..)))))}...)})},},.|{{{{,....,}}}},.{{{{.....}),)).,{,.((((((.........)))))).....,,,},,,.))))))))).)))}})).,..))))))..))))))))))))|(((((((.((((((.((((((....}},.})))...))))))...,{.((,({((.....,,))),}).}}.....(((((....)))))((((((({{(((((.((((((.(((((...)))))..})))))((((({...(((((.{(((((.......)))))).}})))},...)))))),(((((.(({,........,,....,))}}.))))).(((.((((.....))))))).)))))))))))))..))))))),.)))))..)))}.,))).)))))))})...,...))))))))))}.{({.((((..{((((((..{{.(({,...........})))..})..}})),))}...)))))))..((((((((((....))))))..(((.((((.....)))).))).))))))))))))))))).|{{((({,,.{{{{{{{,.(((......)))|||||,{{{||,,.,))})}))))}.................,((({,,.,...,({(({,{,,|||}},..,||||{(((((({{{(,,(((,...}}}..}}}}}|}|}}}...,,,..||||{{|{,||..|,,....,}}}....)).}))))))}..,,,||,,.{{{({{.,(,,,,..}.,))}))},}},|},,,{{{,.......))}....{((((.....))))),,))))))|{{,}}}})))),.,{,.......},.}}},..((((..(((((((((....)))))))))..)))).,,,}}}})}}},})}}))})..||||..,,,.,,)))),.....,,...}}})}}}}))},,,)}}}|{{,,,.,,)))))).....)))....)))))))..)))).))))...{(((((...(((((((((.((.((((...{,...,}...)))))).))))))))).,.,((((({,.,,.|}}})))..|{||||||{{{{|,..,{{|........}}}})))}}},},)))))}
Back