Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001408503.1
Sequence Length
3766 nt
GC Content
0.4485
GCUGAGACUUCCUGGACGGGGGACAGGCUGUGGGGUUUCUCAGAUAACUGGGCCCCUGCGCUCAGGAGGCCUUCACCCUCUGCUCUGGUUCAUUGGAACAGAAAGAAAUGGAUUUAUCUGCUCUUCGCGUUGAAGAAGUACAAAAUGUCAUUAAUGCUAUGCAGAAAAUCUUAGAGUGUCCCAUCUGACUUUGGCUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACAAUCUCGGCUCACUACAACCUCCACCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUGCUGCCUCAGCCUCCGGAGUACCUGGGAUUGCAGUCUGGAGUUGAUCAAGGAACCUGUCUCCACAAAGUGUGACCACAUAUUUUGCAAAUUUUGCAUGCUGAAACUUCUCAACCAGAAGAAAGGGCCUUCACAGUGUCCUUUAUGUAAGAAUGAUAUAACCAAAAGGAGCCUACAAGAAAGUACGAGAUUUAGUCAACUUGUUGAAGAGCUAUUGAAAAUCAUUUGUGCUUUUCAGCUUGACACAGGUUUGGAGUAUGCAAACAGCUAUAAUUUUGCAAAAAAGGAAAAUAACUCUCCUGAACAUCUAAAAGAUGAAGUUUCUAUCAUCCAAAGUAUGGGCUACAGAAACCGUGCCAAAAGACUUCUACAGAGUGAACCCGAAAAUCCUUCCUUGGAAACCAGUCUCAGUGUCCAACUCUCUAACCUUGGAACUGUGAGAACUCUGAGGACAAAGCAGCGGAUACAACCUCAAAAGACGUCUGUCUACAUUGAAUUGGCUGCUUGUGAAUUUUCUGAGACGGAUGUAACAAAUACUGAACAUCAUCAACCCAGUAAUAAUGAUUUGAACACCACUGAGAAGCGUGCAGCUGAGAGGCAUCCAGAAAAGUAUCAGGGUGAAGCAGCAUCUGGGUGUGAGAGUGAAACAAGCGUCUCUGAAGACUGCUCAGGGCUAUCCUCUCAGAGUGACAUUUUAACCACUCAGCAGAGGGAUACCAUGCAACAUAACCUGAUAAAGCUCCAGCAGGAAAUGGCUGAACUAGAAGCUGUGUUAGAACAGCAUGGGAGCCAGCCUUCUAACAGCUACCCUUCCAUCAUAAGUGACUCUUCUGCCCUUGAGGACCUGCGAAAUCCAGAACAAAGCACAUCAGAAAAAGCAGUAUUAACUUCACAGAAAAGUAGUGAAUACCCUAUAAGCCAGAAUCCAGAAGGCCUUUCUGCUGACAAGUUUGAGGUGUCUGCAGAUAGUUCUACCAGUAAAAAUAAAGAACCAGGAGUGGAAAGGUCAUCCCCUUCUAAAUGCCCAUCAUUAGAUGAUAGGUGGUACAUGCACAGUUGCUCUGGGAGUCUUCAGAAUAGAAACUACCCAUCUCAAGAGGAGCUCAUUAAGGUUGUUGAUGUGGAGGAGCAACAGCUGGAAGAGUCUGGGCCACACGAUUUGACGGAAACAUCUUACUUGCCAAGGCAAGAUCUAGAGGGAACCCCUUACCUGGAAUCUGGAAUCAGCCUCUUCUCUGAUGACCCUGAAUCUGAUCCUUCUGAAGACAGAGCCCCAGAGUCAGCUCGUGUUGGCAACAUACCAUCUUCAACCUCUGCAUUGAAAGUUCCCCAAUUGAAAGUUGCAGAAUCUGCCCAGAGUCCAGCUGCUGCUCAUACUACUGAUACUGCUGGGUAUAAUGCAAUGGAAGAAAGUGUGAGCAGGGAGAAGCCAGAAUUGACAGCUUCAACAGAAAGGGUCAACAAAAGAAUGUCCAUGGUGGUGUCUGGCCUGACCCCAGAAGAAUUUAUGCUCGUGUACAAGUUUGCCAGAAAACACCACAUCACUUUAACUAAUCUAAUUACUGAAGAGACUACUCAUGUUGUUAUGAAAACAGAUGCUGAGUUUGUGUGUGAACGGACACUGAAAUAUUUUCUAGGAAUUGCGGGAGGAAAAUGGGUAGUUAGCUAUUUCUGGGUGACCCAGUCUAUUAAAGAAAGAAAAAUGCUGAAUGAGCAUGAUUUUGAAGUCAGAGGAGAUGUGGUCAAUGGAAGAAACCACCAAGGUCCAAAGCGAGCAAGAGAAUCCCAGGACAGAAAGAUCUUCAGGGGGCUAGAAAUCUGUUGCUAUGGGCCCUUCACCAACAUGCCCACAGAUCAACUGGAAUGGAUGGUACAGCUGUGUGGUGCUUCUGUGGUGAAGGAGCUUUCAUCAUUCACCCUUGGCACAGGUGUCCACCCAAUUGUGGUUGUGCAGCCAGAUGCCUGGACAGAGGACAAUGGCUUCCAUGCAAUUGGGCAGAUGUGUGAGGCACCUGUGGUGACCCGAGAGUGGGUGUUGGACAGUGUAGCACUCUACCAGUGCCAGGAGCUGGACACCUACCUGAUACCCCAGAUCCCCCACAGCCACUACUGACUGCAGCCAGCCACAGGUACAGAGCCACAGGACCCCAAGAAUGAGCUUACAAAGUGGCCUUUCCAGGCCCUGGGAGCUCCUCUCACUCUUCAGUCCUUCUACUGUCCUGGCUACUAAAUAUUUUAUGUACAUCAGCCUGAAAAGGACUUCUGGCUAUGCAAGGGUCCCUUAAAGAUUUUCUGCUUGAAGUCUCCCUUGGAAAUCUGCCAUGAGCACAAAAUUAUGGUAAUUUUUCACCUGAGAAGAUUUUAAAACCAUUUAAACGCCACCAAUUGAGCAAGAUGCUGAUUCAUUAUUUAUCAGCCCUAUUCUUUCUAUUCAGGCUGUUGUUGGCUUAGGGCUGGAAGCACAGAGUGGCUUGGCCUCAAGAGAAUAGCUGGUUUCCCUAAGUUUACUUCUCUAAAACCCUGUGUUCACAAAGGCAGAGAGUCAGACCCUUCAAUGGAAGGAGAGUGCUUGGGAUCGAUUAUGUGACUUAAAGUCAGAAUAGUCCUUGGGCAGUUCUCAAAUGUUGGAGUGGAACAUUGGGGAGGAAAUUCUGAGGCAGGUAUUAGAAAUGAAAAGGAAACUUGAAACCUGGGCAUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCAGAUCACUGGAGGUCAGGAGUUCGAAACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAGAAAUUAGCCGGUCAUGGUGGUGGACACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGUGGCUAAGGCAGGAGAAUCACUUCAGCCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCAUACCACGGCACUCCAGCCUGGGUGACAGUGAGACUGUGGCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAUGAAACUAGAAGAGAUUUCUAAAAGUCUGAGAUAUAUUUGCUAGAUUUCUAAAGAAUGUGUUCUAAAACAGCAGAAGAUUUUCAAGAACCGGUUUCCAAAGACAGUCUUCUAAUUCCUCAUUAGUAAUAAGUAAAAUGUUUAUUGUUGUAGCUCUGGUAUAUAAUCCAUUCCUCUUAAAAUAUAAGACCUCUGGCAUGAAUAUUUCAUAUCUAUAAAAUGACAGAUCCCACCAGGAAGGAAGCUGUUGCUUUCUUUGAGGUGAUUUUUUUCCUUUGCUCCCUGUUGCUGAAACCAUACAGCUUCAUAAAUAAUUUUGCUUGCUGAAGGAAGAAAAAGUGUUUUUCAUAAACCCAUUAUCCAGGACUGUUUAUAGCUGUUGGAAGGACUAGGUCUUCCCUAGCCCCCCCAGUGUGCAAGGGCAGUGAAGACUUGAUUGUACAAAAUACGUUUUGUAAAUGUUGUGCUGUUAACACUGCAAAUAAACUUGGUAGCAAACACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1202.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1271.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 922.48
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(((((((..(((..((((((..(((((((((((((.....(((((((((....)))).)))))......)))).(((((((((((((.(((.........((((((.(((((.....(((((((.((.((.....)).)).)))))))...))))))))))).....))).))...(((((.(((((((((((((((((((((((((((.((((....((((.((((((((.((((((((((((((((((((.(((..(((((.((((((.((((.((.(((((.(((((((((((.(((((...(((((.....((((((((((.(((((((..........(((((((((.((((((((((....(((((.....)))))(((((((((....)).))))))).................((....))....(((......)))(.((((((.(((((...((((((((((...(((...))).....)))))))))))))))..)))))).)))))))))))..........))))))))).((((.........))))...(((((...)))))((((((((.((((.....((((((..........))))))......((((.....)))).........((((((.((((((((.((..((((((((((((...(((((((.((((((((((.......((((((((.(((((((.(((......((((.((((....))))...))))))).))))))).....(((((.((((((..(((.............(((..(((((((((.....(((.......((((.((((...((......(((.((....)))))....)).))))))))......))))))))).)))..)))..)))..)))))).)))))(((((..(((((..((((((.(((((..........))))).).))))).........((........))....))))).))))).....(((((..(((...(((((......))))).)))....)))))((((((..(((..((((((((...((((((((((.((((((((((((..((((.............................)))).......(((((.........))))).........(((.((((.((....))...))))))).....(((((.((((((.((((((.(((((..............))))).(((((.(((.......))).))))).......((((....))))..(((((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((......((((.((((.(...(((......)))).)))).))))(((..((.(((..(((((((.((((.(((...(((((.(.((..........(((((....))))).....(((((...))))).))).))))))))..)))).)))))))))).))..)))...))))....)))))))))).....))))))).))))).))))..).....))))))))......((((((.....((((....))))......)))))))))))).....((((((((.(((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..)))))))))))(((.(..(.....(((((...(((....)))...))))).....)..).))).(((((((.(((((((((....)))..((((((.(((....))).))))))))))))....((((((((.((((.(((..((........))...((((((((((............((((((.....))))))((((......)))).......((((((.(......).))))))..))))))))))........(((((...)))))(((.....))).((((..(((((.....)))))..))))..))).))))..))))))))...........)))))))..(((((.(((.((((.((...((((..((.(((....)))))..)))).......))))))))).)))))(((((((((....(((((((...((.(((............))).))))))).)).....))))))))).(((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((...((.(.(((((..(((((......))).)).))))).))).)))))))))........)).)))))))))).....))))).))))))).)))).)))...(((((.....)))))....))))))))........)))))).)))))...(((.(((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...((((..((((((....((.(((((....)))))))..)))))).......))))..))))).)).))))))))((((...............(((.(((((((((..((((((.((......)).))))))...........(((((((((..((((...((((((..((((((((........))))))))..))))))...))))....((((((....)))))).........)))))).))).((((((.........)))))).............))))))))).)))))))....))))))..))))))))))))))))))))))).(((((...(((((....(((....))).....)))))...))))).....))))))))))))....)))..))))))))..)))..)))))).......(.(((((...))))).)...))))))))))))))).)))..)))))))))).))))))))).))...)))))))).))).)))....))))...)))))))).....(((((((.((((.....))))))....))))))))))))))))))..)))).....))))))))))(((((((.(((...)))...))))))).....((((..(((((((..((.((((...........))))..))..)))).)))...))))))))))))))).))))).)).)))).)))))).)))))..))).)))))))))))))))))))).)))))))).))))....)))).))))))))))))))))))))).))).))).)).)))......................)))).))))))))))))))))....)))))).(((((((((..(((....)))..)))))))))..........((((((((.((..(((.....)))....)).))))))))..(((((..((((((...((((((((((((((.((((((....((((..............(((((.....)))))..((((.(((....................))).))))...((((..(((((((((....)))))))))..)))).............((........))....))))))))))...)))))).)))))))))))))))))))((((((...)))))).....)))....)))))))..)))).))))...((((((...(((((((((.((.((((.............)))))).)))))))))....(((((((....)))))))..((((.(((((((((..............)))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(((((((..{(({..{(((((((,((((((,(((,...,.{((((((((....)))).))))}......|||,.(((({(((....))})))}.,,,...((((((.(((((.....(((((((.((.{{.....}).)).)))))))...))))))))))).,{{{|||,,,...{||{{.{{{((((((((((((((((((((((((.((((.,..((((.((((((((.((((((((((((((((((((.(((..(((((.((((((.((((.((.(((((.((((((((((((.,{{({{....|}..,,,...,{{|{(({(,,{,(((({{{.,...|{(((((({.((((((((((....(((((.....))))){((((((((....}).))))))|,{{{.......,,,,..((....))..,,{{{......}}}{.{{{{{,.(((((...((((((((((.,.(({...})}.....)))))))))))))))..}))))).})))))))))}..........}))))))}}.((((.........))))...(((((...))))).,(({(((.{{,{(((,{((,((((,((,{,..((((((((.....,,((,....}}}}...........,(({.((((((((.((..((((((((((((.,,(({{{,(((((((...{{....,}))))))}(({(((((((.(((......((({.((((....))))...)))}))).))))))))).....,{{.((((((..(((..,,.....,...{,({,({{((((((.....,((.,{,...((((.((((...{{.,....(((.((....)))))....}}.))))))))...)).}}})))))),))).,})}..)))..)))))),||,((((((((((((((((((((((.(((((..........))))).).)))))((,.(((.(({.,....{(({............}}))...{(((({...{{,,{(((({{{{...|}}||.|||.,,}))))}))))},}}}||..((((((((...,,{(((((({{(((((.(((,(({(((({{...,||||......|||,.........((((((((({.{(((((,.....,{{|||},,,,,,,....(((...........|||,{|(((((,{{{,.,,,,....}}}|,|}|||..{{{{{..............})))).,(({{,(({,,||...}}},)))))....{{{{(((,,..})))},,|||||{,,..{|{{((((,((((((({((,(((,,,...}}}}}}.}|||,.,,.,}}}.}}||.....,},}}.))}}}))))||({(((.((({{(({,,{,{((((((,((((((.(((((((.....,,,..(((((....))))).,{{{(((((...))))}..))})),||||{..{{{{.,||,||,}}),}),.,}}},.|}}},,..|||||,,,,)}}},.,)))))))))).)})))){{|.......))),,.......((((((,{...((({....})))...,}.))))))...,))))))).}))))))),|||||,,,{{.,|}}}}}|||}{{{{.....,,,.||{.||{{,,,||||||||((,{({(({{{..{((((..{(((....))),,.))))}........|{|||..,(((((((((((((((....)))..((((((.(((....))).))))))))))))...)))))).,,.{{{{,..,..{,...,,,.})}}}|||,.,{{(({{{{{{|.....}}}}|||},}}}))}}}}{{||....}})))}.....{{{{{||{,|{,..,|,(((.(((...((((..(((((....,(({((((((((,.((((......,,.,(((,.(((((.....)))))..))))....,,..,..)))),.))))}.(((......))}....((((((.((({({(,{((...((((..((.(((....)))))..)))).......))))))))).))))))..{(((({,{{((((((((.(((..,,.....,..(((.(((.(((((({({{.....(((((((({....})))))))).}}}}..,.)))))).))))))(((((((((,..{(.(.(((((..{{(((......))).}}.))))).))),)))))))))..))).)))).))))..)))))))))))})))(((((((((...((((...(((((.....))))).....))))))))))))))))))..))))..)))))).,(((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...{(((.,((((((.,..((.(((((....)))))))..))))))...,.,.)))}..))))).)).)))))))){{{,.............,,(((.(((((((((.,(((({{,(({,....}|||||}}},,,..{{,...,,,.|||||}|{{{|,,.{(((((..((((((((........))))))))..)))))}...)})},},.|{{{{,....,}}}},.{{{{.....}),)).,{,.((((((.........)))))).....,,,},,,.))))))))).))),}))....))))))..))))))))))))).},))),,))}|||||.}}||}|}}})}..}}}}})))})}},,.)))}.,,)))).}}}.))))))))))))....,},..))))))))..,}))).))).,)).....(.(((((...))))).}))))))))))))))))).})}...,}}))))))),,)))))))).))...)))))))),|||,.||,.........,{,...})),,.,}))})))))))){((....)))}}}}.,||||..}}})))))}|},..(((((((....((((((..(((((((.({,...,}}...)))))))..),.}))))...)))))))...,,........,,,.,,),},,))))}))}))))))),)})))))))))))).))))).)).)))).)))))).)))))..))).)))))))))))))))))))).)))))))).))))..,.)))).))))))))))))))))))))).))).}}}.}).))}...............{{{(((({|.|,..,{|{{{||,,||}}},..,}}}|{((((((,{,({{(((,..,||,..|||}||}||||...,,,..|{{{{{{{,||..{{,.....}}}....)).}))))))}..,,,{{.,,(((({{.,({{{{{,|,{||||}|{||,{|...(((,.......}}}....(((((.....)))))..}})))}|,,.}}}}}))}..,{,.......},.}}}...((((..(((((((((....)))))))))..))))....}}}}}}}}}((.....,..)).)))))).))))))},.,,,||}..||||,|||,},,)))}))|{{{{,.,,}))}}}.....)))....)))))))..)))).))))...{(((((...(((((((((.((.((((...{,...,}...)))))).))))))))).,.,((((({,..,.}}}))))..|{||||||{{{{|,..,{{|........}}}})))}}},},)))))}
Back