Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001408512.1
Sequence Length
3473 nt
GC Content
0.4483
GCUGAGACUUCCUGGACGGGGGACAGGCUGUGGGGUUUCUCAGAUAACUGGGCCCCUGCGCUCAGGAGGCCUUCACCCUCUGCUCUGGUCUGGAGUUGAUCAAGGAACCUGUCUCCACAAAGUGUGACCACAUAUUUUGCAAGAGCCUACAAGAAAGUACGAGAUUUAGUCAACUUGUUGAAGAGCUAUUGAAAAUCAUUUGUGCUUUUCAGCUUGACACAGGUUUGGAGUAUGCAAACAGCUAUAAUUUUGCAAAAAAGGAAAAUAACUCUCCUGAACAUCUAAAAGAUGAAGUUUCUAUCAUCCAAAGUAUGGGCUACAGAAACCGUGCCAAAAGACUUCUACAGAGUGAACCCGAAAAUCCUUCCUUGCAGGAAACCAGUCUCAGUGUCCAACUCUCUAACCUUGGAACUGUGAGAACUCUGAGGACAAAGCAGCGGAUACAACCUCAAAAGACGUCUGUCUACAUUGAAUUGGCUGCUUGUGAAUUUUCUGAGACGGAUGUAACAAAUACUGAACAUCAUCAACCCAGUAAUAAUGAUUUGAACACCACUGAGAAGCGUGCAGCUGAGAGGCAUCCAGAAAAGUAUCAGGGUGAAGCAGCAUCUGGGUGUGAGAGUGAAACAAGCGUCUCUGAAGACUGCUCAGGGCUAUCCUCUCAGAGUGACAUUUUAACCACUCAGCAGAGGGAUACCAUGCAACAUAACCUGAUAAAGCUCCAGCAGGAAAUGGCUGAACUAGAAGCUGUGUUAGAACAGCAUGGGAGCCAGCCUUCUAACAGCUACCCUUCCAUCAUAAGUGACUCUUCUGCCCUUGAGGACCUGCGAAAUCCAGAACAAAGCACAUCAGAAAAAGCAGUAUUAACUUCACAGAAAAGUAGUGAAUACCCUAUAAGCCAGAAUCCAGAAGGCCUUUCUGCUGACAAGUUUGAGGUGUCUGCAGAUAGUUCUACCAGUAAAAAUAAAGAACCAGGAGUGGAAAGGUCAUCCCCUUCUAAAUGCCCAUCAUUAGAUGAUAGGUGGUACAUGCACAGUUGCUCUGGGAGUCUUCAGAAUAGAAACUACCCAUCUCAAGAGGAGCUCAUUAAGGUUGUUGAUGUGGAGGAGCAACAGCUGGAAGAGUCUGGGCCACACGAUUUGACGGAAACAUCUUACUUGCCAAGGCAAGAUCUAGAGGGAACCCCUUACCUGGAAUCUGGAAUCAGCCUCUUCUCUGAUGACCCUGAAUCUGAUCCUUCUGAAGACAGAGCCCCAGAGUCAGCUCGUGUUGGCAACAUACCAUCUUCAACCUCUGCAUUGAAAGUUCCCCAAUUGAAAGUUGCAGAAUCUGCCCAGAGUCCAGCUGCUGCUCAUACUACUGAUACUGCUGGGUAUAAUGCAAUGGAAGAAAGUGUGAGCAGGGAGAAGCCAGAAUUGACAGCUUCAACAGAAAGGGUCAACAAAAGAAUGUCCAUGGUGGUGUCUGGCCUGACCCCAGAAGAAUUUAUGCUCGUGUACAAGUUUGCCAGAAAACACCACAUCACUUUAACUAAUCUAAUUACUGAAGAGACUACUCAUGUUGUUAUGAAAACAGAUGCUGAGUUUGUGUGUGAACGGACACUGAAAUAUUUUCUAGGAAUUGCGGGAGGAAAAUGGGUAGUUAGCUAUUUCUGGGUGACCCAGUCUAUUAAAGAAAGAAAAAUGCUGAAUGAGCAUGAUUUUGAAGUCAGAGGAGAUGUGGUCAAUGGAAGAAACCACCAAGGUCCAAAGCGAGCAAGAGAAUCCCAGGACAGAAAGAUCUUCAGGGGGCUAGAAAUCUGUUGCUAUGGGCCCUUCACCAACAUGCCCACAGAUCAACUGGAAUGGAUGGUACAGCUGUGUGGUGCUUCUGUGGUGAAGGAGCUUUCAUCAUUCACCCUUGGCACAGGUGUCCACCCAAUUGUGGUUGUGCAGCCAGAUGCCUGGACAGAGGACAAUGGCUUCCAUGCAAUUGGGCAGAUGUGUGAGGCACCUGUGGUGACCCGAGAGUGGGUGUUGGACAGUGUAGCACUCUACCAGUGCCAGGAGCUGGACACCUACCUGAUACCCCAGAUCCCCCACAGCCACUACUGACUGCAGCCAGCCACAGGUACAGAGCCACAGGACCCCAAGAAUGAGCUUACAAAGUGGCCUUUCCAGGCCCUGGGAGCUCCUCUCACUCUUCAGUCCUUCUACUGUCCUGGCUACUAAAUAUUUUAUGUACAUCAGCCUGAAAAGGACUUCUGGCUAUGCAAGGGUCCCUUAAAGAUUUUCUGCUUGAAGUCUCCCUUGGAAAUCUGCCAUGAGCACAAAAUUAUGGUAAUUUUUCACCUGAGAAGAUUUUAAAACCAUUUAAACGCCACCAAUUGAGCAAGAUGCUGAUUCAUUAUUUAUCAGCCCUAUUCUUUCUAUUCAGGCUGUUGUUGGCUUAGGGCUGGAAGCACAGAGUGGCUUGGCCUCAAGAGAAUAGCUGGUUUCCCUAAGUUUACUUCUCUAAAACCCUGUGUUCACAAAGGCAGAGAGUCAGACCCUUCAAUGGAAGGAGAGUGCUUGGGAUCGAUUAUGUGACUUAAAGUCAGAAUAGUCCUUGGGCAGUUCUCAAAUGUUGGAGUGGAACAUUGGGGAGGAAAUUCUGAGGCAGGUAUUAGAAAUGAAAAGGAAACUUGAAACCUGGGCAUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGGUGGGCAGAUCACUGGAGGUCAGGAGUUCGAAACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAGAAAUUAGCCGGUCAUGGUGGUGGACACCUGUAAUCCCAGCUACUCAGGUGGCUAAGGCAGGAGAAUCACUUCAGCCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCAUACCACGGCACUCCAGCCUGGGUGACAGUGAGACUGUGGCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAUGAAACUAGAAGAGAUUUCUAAAAGUCUGAGAUAUAUUUGCUAGAUUUCUAAAGAAUGUGUUCUAAAACAGCAGAAGAUUUUCAAGAACCGGUUUCCAAAGACAGUCUUCUAAUUCCUCAUUAGUAAUAAGUAAAAUGUUUAUUGUUGUAGCUCUGGUAUAUAAUCCAUUCCUCUUAAAAUAUAAGACCUCUGGCAUGAAUAUUUCAUAUCUAUAAAAUGACAGAUCCCACCAGGAAGGAAGCUGUUGCUUUCUUUGAGGUGAUUUUUUUCCUUUGCUCCCUGUUGCUGAAACCAUACAGCUUCAUAAAUAAUUUUGCUUGCUGAAGGAAGAAAAAGUGUUUUUCAUAAACCCAUUAUCCAGGACUGUUUAUAGCUGUUGGAAGGACUAGGUCUUCCCUAGCCCCCCCAGUGUGCAAGGGCAGUGAAGACUUGAUUGUACAAAAUACGUUUUGUAAAUGUUGUGCUGUUAACACUGCAAAUAAACUUGGUAGCAAACACUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1037.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1105.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 1128.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.(((((((..(((..((((.(((((((...(((((....))))).))).(((((((((..(((((((((((.((((....(((((((((..(((..(((((((((((..(((((((((....)))))))))...)))..(((......))).........(((((...((((((((((...(((...))).....)))))))))))))))))))))))...((((((............((((((((..(((((.....(((((...(((..(((....(((((........)))))....((((((..........))))))....))).)))...)))))...........)))))..))))))))......(((((((((((..((((....(((((((...((....)))))))))....)).)).)))..............((((((((((.((..(((((.((.....)).)))))..))))))))))))......(((((.............)))))................)))))))).))))))...)))..))).))))))..))))..)))))))))..)).)))))))))(((((.((..(.(((((((....)))).)))...)....))))))).(((((..........))))).(((..((....)).)))..)))).))))......((.(((((((..............((((((((((.....(((((.((((((((((((((..........((((((.....((((((.((((((((((((((((..((((.............................)))).......(((((.........))))).........(((.((((.((....))...))))))).....(((((.((((((.((((((.(((((..............))))).(((((.(((.......))).))))).......((((....))))..(((((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((......((((.((((.(...(((......)))).)))).))))(((..((.(((..(((((((.((((.(((...(((((.(.((..........(((((....))))).....(((((...))))).))).))))))))..)))).)))))))))).))..)))...))))....)))))))))).....))))))).))))).))))..).....))))))))......((((((.....((((....))))......)))))))))))).....((((((((.(((((((((((.((..((.(((..........))).))..))..)))))))))))(((.(..(.....(((((...(((....)))...))))).....)..).))).(((((((.(((((((((....)))..((((((.(((....))).))))))))))))....((((((((.((((.(((..((........))...((((((((((............((((((.....))))))((((......)))).......((((((.(......).))))))..))))))))))........(((((...)))))(((.....))).((((..(((((.....)))))..))))..))).))))..))))))))...........)))))))..(((((.(((.((((.((...((((..((.(((....)))))..)))).......))))))))).)))))(((((((((....(((((((...((.(((............))).))))))).)).....))))))))).(((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((...((.(.(((((..(((((......))).)).))))).))).)))))))))........)).)))))))))).....))))).))))))).)))).)))...(((((.....)))))....))))))))........)))))).)))))...(((.(((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...((((..((((((....((.(((((....)))))))..)))))).......))))..))))).)).))))))))((((...............(((.(((((((((..((((((.((......)).))))))...........(((((((((..((((...((((((..((((((((........))))))))..))))))...))))....((((((....)))))).........)))))).))).((((((.........)))))).............))))))))).)))))))....))))))..)))))))))))))))))))))))........(((((((((...(((((((.((((.....(((.((....)).))).))))))).))))(((((....)))))((((((((.(((((.((((((.(((((...)))))..))))))((((((...(((((.((((((.......))))))...)))))...)))))).(((((.((((...............)))).))))).(((.((((.....))))))).))))))))))))))))))))))(((((((....((((((..(((((((.(((...)))...)))))))..)..)))))...)))))))..........(((((......((((.......))))......))))).....((((((....))))))..))))))))).))))))......)))))).))))))))...(((((((((.(((((((..(((......)))..)))....))))..)).)))))))...............(((((((((......(((((.....)))))......((((((((...(((((((...........(((........)))..((((((((.((..(((.....)))....)).)))))))).....((((.((((((..(......)..)))))).)).))...(((........)))....(((((.....)))))..)))))))...)))))))).((((..........))))..((((..(((((((((....)))))))))..))))....)))))))))))))))...))))).....)))))))))).............))))))).))((((((......)))))).....)))....)))))))..)))).))))...((((((...(((((((((.((.((((.............)))))).)))))))))....(((((((....)))))))..((((.(((((((((..............)))))))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((.(((((((..((((.,((({(((({(({,.{{(((....}}|||||||{(.,,,||||.||||{{{{{({({{{{{{(((,((((((,,{{{,...{{{{((({{{|,.(((((((((....)))))))))...}}|,,(((......}}}.,.......(((((...((((((((((...{({...}}}...,.)))))))))))))))}}}}|}}|,,,{{,{((,,,..,,.....{|||}||....,|,|.......{{||||{..(((((...}))))..{{,{{{.||,|({{,,{{,({((,{{,{,..{(((((((.......,{{{.{{{||{....,......,|,{{(({...)))),.,,..((((((((((({.,,((,,,,({(((((...{{....,}))))))}(({{((((((.(((......({{{.((((....))))...)))}))).)))))))))....,,{{.((((((..(((..,,.....{,..{,{{.{{,((((((.....,{{.,{{...((((.((((...{{.,,...(({.{{..,.)))))....)}.)))))))),,,}},},})))))),))),,}}}..}))..)))))),||,{{(((((((((({(((((((((.(((((..........))))).).))))){{,.(({.((,.,....{{{{......,,.,,,||}}...,{((({...{{{{{(((({{{,...|||||.||{.||}))}}|}}}}}.}}|||..((((((((...{{{(((((({{(((((,(((,(({(((({{...,||||,.....||{,..,.,....{{(((((((,.{(((((,.....,,||}|}},,,.,,....(((........,..|||,{,(((((,{{{,.,,,,....}}}|.|}|||..{{{{{..............})))).,(({{|(({,,||...}}},)))))....{{{{(((,,..})))},,|||{{{{,..{{{{(((({(((((((,(({((({{{,,,||,,}}.}|||{.{{,|}|}.||||.....,},}}.))}},))))||(,{((.((({{(((,{(,,(((({({({{{((,(({({((......,...(((((....))))).,,,,(((((...))))}.,))})),||}||..||||.,||,}}}}}),})..})},,.}}}}....|||||},}}),},..}))))))}))),)}))))|||.....,,))),,,......((((((,{...((({....})))...,}.))))))..,,}}}||}}.|||}}}|}{|||||{{{{{.{|,,||,|||,,,,,.....}}}.||,.||,,}}}||||||}|((,{{{{({{{..{((((..{(((....))),,.))))}........|{|||..,(((((((((((((((....)))..((((((.(((....))).)))))))))))}...)))))).,,.{{{{,..,..{,...,,,.})}}}|||,.,{{(({{{{{{|.....}}}}|||},}}}))}}}}{{||....}})))}.....,,{{||||,||,..,|}||{.(((...{(((,,{((((...,,{({((((((((,,{(((......,,.,(((,.(((((.....)))))..))))....,,..,,.)))),.)))),.{((......))}....((((((.((({({({{((...((((..((.(((....)))))..)))).......))))))))).)))))),,((((({,{{((((((((.(((..{{,.......{((.(((.((((((|{{|.....{(((((({|....})))))))).}}}}..,.)))))).)))))}(((((((((,..{(.(.(((((..{{(((......))).}}.))))).))),)))))))))..)}).)))).))))..)))))))}}))}))}(((((((((...((((...(((((.....))))).....)))))))))))))))))).,))}}..)))}||.|(((((((.(((..(((..((((((.((((.((((((....(((((...{(((.,((((((.,..((.(((((....)))))))..))))))...,.,.)))}..))))).)).)))))))){{{,.............,,(((.(((((((((.,(((({{,(({,....}|||||}}},,,..{{,...,,,.|||||}|{{{|,,.{(((((..((((((((........))))))))..)))))}...)})},},.|{{{{,....,}}}},.{{{{.....}),)).,{,.((((((.........)))))).....,,,},,,.))))))))).))),}))....))))))..))))))))))))),}})))}.))}|||||.}}|||||}}}}.,|}}}}}))}}}},..}}}|,,|)))).}}}.))))))))))))....|||..}))))))).,|}))}.))),,}}..,,,(.(((((...))))).})))))))}})))))))),}},...|}}))))}))}})))))))),))..})))))))}(((((.{{{{........,,....,))}}.))))))))))))){{{,..,)))}}},.{||||,.}}}}))))}||||,{((((({..,.((((((..(((((((.{{,...,,)...)))))))..},.})))}.,,|||||}},..,,.............,}}||||},..}|||}}}|},}}}}|}}...,{,((((((....))))))..})))))))},)))))))}).)}))))))))))))))},.,|||||||...{{{{,{{..(((......)))|||||,{{{{|,..}))})})))))...............,{{((((({.{,..,({(((,,..|||}},...||,{(((((((,{,({{((({..,||,..|||}||}||}|...,,,..||||{{|{,||.,|{,....,}}}....}),}))))))}..,,,{{.,,{{{{{{.,{{,,,,.|,,}}}}}}|}}||},,.{((........})}....{((((.....)))))..}})))}|,,.}}}}}))}..,{,.......},.}}},..((((..(((((((((....)))))))))..)))).,,,}}}}}}}}}||.,,,.|.,}}|},,,}}.})))))},,,.,,,...,|||,|||}},}}))})}|||||,..,}}}}}}.....)))....)))))))..)))).))))...{(((((...(((((((((.((.((((...{,...,}...)))))).))))))))).,.,((((({,.,,.|}}})))..|{||||||{{{||,,.,{||........}}}})))}}},},)))))}
Back