Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001412776.1
Sequence Length
4390 nt
GC Content
0.5253
GGGCGCUGCUGGGCUGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGUGGUUACUAUGGCGGAGUCGGCCGGAGCCUCCUCCUUCUUCCCCCUUGUUGUCCUCCUGCUCGCCGGCAGCGGCGGGUCCGGGCCCCGGGGGGUCCAGGCUCUGCUGUGUGCGUGCACCAGCUGCCUCCAGGCCAACUACACGUGUGAGACAGAUGGGGCCUGCAUGGUUUCCAUUUUCAAUCUGGAUGGGAUGGAGCACCAUGUGCGCACCUGCAUCCCCAAAGUGGAGCUGGUCCCUGCCGGGAAGCCCUUCUACUGCCUGAGCUCGGAGGACCUGCGCAACACCCACUGCUGCUACACUGACUACUGCAACAGGAUCGACUUGAGGGUGCCCAGUGGUCACCUCAAGGAGCCUGAGCACCCGUCCAUGUGGGGCCCGGUGGAGCUGGUAGGCAUCAUCGCCGGCCCGGUGUUCCUCCUGUUCCUCAUCAUCAUCAUUGUUUUCCUUGUCAUUAACUAUCAUCAGCGUGUCUAUCACAACCGCCAGAGACUGGACAUGGAAGAUCCCUCAUGUGAGAUGUGUCUCUCCAAAGACAAGACGCUCCAGGAUCUUGUCUACGAUCUCUCCACCUCAGGGUCUGGCUCAGAACGGUCUUGGUUCAGGGAAGCAGAGAUAUACCAGACGGUCAUGCUGCGCCAUGAAAACAUCCUUGGAUUUAUUGCUGCUGACAAUAAAGAUAAUGGCACCUGGACACAGCUGUGGCUUGUUUCUGACUAUCAUGAGCACGGGUCCCUGUUUGAUUAUCUGAACCGGUACACAGUGACAAUUGAGGGGAUGAUUAAGCUGGCCUUGUCUGCUGCUAGUGGGCUGGCACACCUGCACAUGGAGAUCGUGGGCACCCAAGGGAAGCCUGGAAUUGCUCAUCGAGACUUAAAGUCAAAGAACAUUCUGGUGAAGAAAAAUGGCAUGUGUGCCAUAGCAGACCUGGGCCUGGCUGUCCGUCAUGAUGCAGUCACUGACACCAUUGACAUUGCCCCGAAUCAGAGGGUGGGGACCAAACGAUACAUGGCCCCUGAAGUACUUGAUGAAACCAUUAAUAUGAAACACUUUGACUCCUUUAAAUGUGCUGAUAUUUAUGCCCUCGGGCUUGUAUAUUGGGAGAUUGCUCGAAGAUGCAAUUCUGGAGGAGUCCAUGAAGAAUAUCAGCUGCCAUAUUACGACUUAGUGCCCUCUGACCCUUCCAUUGAGGAAAUGCGAAAGGUUGUAUGUGAUCAGAAGCUGCGUCCCAACAUCCCCAACUGGUGGCAGAGUUAUGAGGCACUGCGGGUGAUGGGGAAGAUGAUGCGAGAGUGUUGGUAUGCCAACGGCGCAGCCCGCCUGACGGCCCUGCGCAUCAAGAAGACCCUCUCCCAGCUCAGCGUGCAGGAAGACGUGAAGAUCUAACUGCUCCCUCUCUCCACACGGAGCUCCUGGCAGCGAGAACUACGCACAGCUGCCGCGUUGAGCGUACGAUGGAGGCCUACCUCUCGUUUCUGCCCAGCCCUCUGUGGCCAGGAGCCCUGGCCCGCAAGAGGGACAGAGCCCGGGAGAGACUCGCUCACUCCCAUGUUGGGUUUGAGACAGACACCUUUUCUAUUUACCUCCUAAUGGCAUGGAGACUCUGAGAGCGAAUUGUGUGGAGAACUCAGUGCCACACCUCGAACUGGUUGUAGUGGGAAGUCCCGCGAAACCCGGUGCAUCUGGCACGUGGCCAGGAGCCAUGACAGGGGCGCUUGGGAGGGGCCGGAGGAACCGAGGUGUUGCCAGUGCUAAGCUGCCCUGAGGGUUUCCUUCGGGGACCAGCCCACAGCACACCAAGGUGGCCCGGAAGAACCAGAAGUGCAGCCCCUCUCACAGGCAGCUCUGAGCCGCGCUUUCCCCUCCUCCCUGGGAUGGACGCUGCCGGGAGACUGCCAGUGGAGACGGAAUCUGCCGCUUUGUCUGUCCAGCCGUGUGUGCAUGUGCCGAGGUGCGUCCCCCGUUGUGCCUGGUUCGUGCCAUGCCCUUACACGUGCGUGUGAGUGUGUGUGUGUGUCUGUAGGUGCGCACUUACCUGCUUGAGCUUUCUGUGCAUGUGCAGGUCGGGGGUGUGGUCGUCAUGCUGUCCGUGCUUGCUGGUGCCUCUUUUCAGUAGUGAGCAGCAUCUAGUUUCCCUGGUGCCCUUCCCUGGAGGUCUCUCCCUCCCCCAGAGCCCCUCAUGCCACAGUGGUACUCUGUGUCUGGCAGGCUACUCUGCCCACCCCAGCAUCAGCACAGCUCUCCUCCUCCAUCUCAGACUGUGGAACCAAAGCUGGCCCAGUUGUCCAUGACAAAAGAGGCUUUUGGGCCAAAAUGUGAGGGUGGUGGGUGGGAUGGGCAGGGAAGGAAUCCUGGUGGAAGUCUUGGGUGUUAGUGUCAGCCAUGGGAAAUGAGCCAGCCCAAGGGCAUCAUCCUCAGCAGCAUCGAGGAAGGGCCGAGGAAUGUGAAGCCAGAUCUCGGGACUCAGAUUGGAAUGUUACAUCUGUCUUUCAUCUCCCAGAUCCUGGAAACAGCAGUGUAUAUUUUUGGUGGUGGUGGGUUUGGGGUGGGGAAGGGAAGGGCGGGCAAGGAGUGGGGAGGGAGUCUGGGGUGGGAGGGAGGCAUCUGCAUGGGUCUUCUUUUACUGGACUGUCUGAUCAGGGUGGAGGGAAGGUGAGAGGUUUGCAUCCACUUCAGGAGCCCUACUGAAGGGAACAGCCUGAGCCGAACAUGUUAUUUAACCUGAGUAUAGUAUUUAACGAAGCCUAGAAGCACGGCUGUGGGUGGUGAUUUGGUCAGCAUAUCUUAGGUAUAUAAUAACUUUGAAGCCAUAACUUUUAACUGGAGUGGUUUGAUUUCUUUUUUUAAUUUUAUUGGGAGGGUUUGGAUUUUAACUUUUUUUAAUGUUGUUAAAUAUUAAGUUUUUGUAAAAGGAAAACCAUCUCUGUGAUUACCUCUCAAUCUAUUUGUUUUUAAAGAAAUCCCUAAAAAAAAAAAUUAUCCAAUUGAACGCACAUAGCUCAAUCACACUGGAAAUGUUUGUCCUUGCACCUGAGCCUGUUCCCACUCAGCAGUGAGAGUUCCUCUUUGCCCUGAGGCUCAGUCUCUCUCGUAUUUUGUCCCCACCCCCAAUUCCUUGAGUGGUUUUUGCUCUAGGGCCCUUUCUUGCACUGUCCAGCUGGUUGUACCCUCUCCAGGCAUUUAUUCAACAAAUGUGGGUGAAGUGCCUGCUGGGUGCCAGGUGCUGGGAAUACAUCUGUGGACAAGACAUGCUUGGGUCCUACUCCUGGAGCACUGUAAAAAGAGCUGAUUCAAGUAAGUAGAUGCCUGUUUUGAGACCAGAAGGUUUCAUAAUUGGUUCUACGACCCUUUUGAGCCUAGAAUUAUUGUUCUUAUAUAAGAUCACUGAAGAAAGAGGAACCCCCACAACCCCCUCCACAAAGAGACCAGGGGCGGGUGAUGAGACCUGGGGUUUAGAACCCCAGGUGAGACCUCAAAUCACUGCAUUCAUUCUGAGCCCCCUUCCUGUCCCCAGGGGAGGUGUAUUGUGUAUGUAGCCUUAGAGCAUCUCUGCCUCCAACCCAGCAGUUCUCUGCCAAAGCUUGUGGAGGAGGGAGAGCCCUGUCCCUGCCCUCAGGCUCCCCAGUGCUCCUGGCCCUUCUAUUUAUUUGACUGAUUAUUGCUUCUUUCCUUGCAUUAAAGGAGAUCUUCCCCUAACCUUUGGGCCAAUUUACUGGCCACUAAUUUCGUUUAAAUACCAUUGUGUCAUUGGGGGGACCGUCUUUACCCCUGCUGACCUCCCACCUAUCCGCCCUGCAGCAGAACCUUGGCGGUUUAUAGGUAAUGAUGGAACUUAGACUCCUCUUCCCAGAGUCACAAGUAGCCUCUGGGAUCUGCCAACACACGUCCACUCCCAAGCCACUAGCCCACUCCCCAGUUGGCCCUUCUGCCCUUACCCCACACACAGUCCAACUCUUCCACCUCUGGGGAAGAUGGAGCAGGUCUUUGGGAAGCUCCCACACCCACCUCUGCCACUCUUAACACUAAGUGAGAGUUGGGGAGAAACUGAAGCCGUGUUUUUGGCCCCCCGAGGCUAACCCUGAUCCAUAGUGCUACCUGCACCUCUGGAUUCUGGAUUCACAGACCAAGUCCAAGCCCGUUCUUACGUCGCCAUAAAGGCCCCCGAACGGCAUUCUCGGUACUUCUGUUUGUUUUUGUACAUUUUAUUAGAAAGGACUGUAAAAUAGCCACUUAGACACUUUACCUCUUCAGUAUGCAAAUGUAAAUAAAUUGUAAUAUAGGAAAUCUUUUGUUUUAAUAUAAGAAUGAGCCUGUCCAAUUUCUGCUGUACAUUAUUAAAAGUUUUAUUCACAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1608.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1690.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 958.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((.(((((....)))))..))))))))((.((....)).))(((((...(((((((((.((((.((((((((.......(((((((((((((((....))))(((((.((((((....)))))).))))).((((.(((....))))))).(((((((((((((((((...((((.(.((((.((((((((...((..((((.........)))).((((.((.((((((.(((((((((((((........((((.(((((((((((..(((((((((((.....((...((((...((.((.((.((((((((........(((((..(((...(((..((((..(..(((((((..(((....)))..)))))))..))))).)))...)))..)))))((((((((((.(((....))).))))))..))))((((..((((((.(((((((.(((((.(((..((((.((.((((((((.((((((((.(((((((..(((.(((.((((((..((((...(((((((((.....((.((((......)))))).((((((((..(....)..))))))))..))))).))))..))))..))))))(((((..((.(((((((((.((.((((((((((..((.....((((.((.(((..(((((..((....))..)))))))).)))))).............(((.(((....))).)))))..)))))))).)).)).))))).)))).))...)))))...((((.((((((...((((....)))).(((((((....(((((((((.((((((((((....)))((((((((.(((.(((.....(((((((((.(((.((....)))))...)))))).)))((((...))))........((((.....))))..)))))).)))))))).)))))))..))))).)))).........((((((((..(((((((...((((.((((((..(((..(((((((((.((....((....(((((..((((.((.(((.(((....(((....))).........((((((((((....(.(((((((.((.(((....))).)).))))))).)((((((........)))))).))))))))))))).))).)).))))..)))))....)).....)).)))....))))))..)))..))....))))...))))...))).))))..))))))))....))))))).))))))..))))))).)))))))).)).))))))))((.((.(((.(((((..((((((....))))))((((((...(((....))).))))))............(((((((.(((((((((((((......(((.((.(((..(((((......((((....)))).....)))))..))).)).)))....))).))))))))))..((((..((((....))))))))(((((.....(((((((((((((((...))))).)))).)))))).)))))...))))))).)))))))))).)).....(((((((...))))).))................)))))))).))))))..))))).(((...((((((...........)))))).)))....((((...(((((....)))))..)))).(((((.((((...((((((.....)))))).)))).))))))))))))))).)))))))))).)))))))))))).)).))))))...))))))))))).))))))))))))))).((((((((....(((..((((((.(..(((((((((.((.((((((.(((((((((..((.(((((.((((.........)))).)).))).))..)))).))))).)).)))).))...))).)))))))))).))).)))(((((.(((((.(((.(((((((........)))))))))).)))))))))).(((((((....)))))))....)).)))))).)))))))))))))..((((((....((.......))....))))))((((((((((.....)))))).))))(((((((((.((........)).)))))))))..............)))))))).)))).(((((......)))))))))).))))))).))))))))))))....)).)))))).)))).......(((((((.(.((((..(((((((.......(((((........))))).....)))((((((((..(((..(......)..)))..))))))))...))))..)))).))))))))..)))))))..)))).....((((((((..((((((((..((((..(((.((((...........))))..)))......((((.((.(((((((((...(((......(((....((((((((.((((..(((((.(........)))))).........)))))))).))))..)))...).))...))))))))).)).))))...(((((((((...((((((((.(((..((((((((..((..((.(((((((((.((((((..((.(((.((((...........((((.((((((((((.((((((((..(((...(((...((.(((......)))))))).((((.((((((((.((.((.(((((((((((((..(((((((............((.((((.........)))).)).(((.((((...)))).)))..)))))))....))))))....(((((((..(........)..)))))))(((((((((...(((.(..(((((((((((((...(((((......(((((((((....)))))))))......)))))...)))))(((.....)))...))))))))..).))).....))))))))).................(((((((((..((.....))))))).....)))).))))))).........)).)).))))))))..))))..(((.(.((((((((((.....(((((...)))))............................(((.((((((((((((((((((((((..((((((((..((((((.....((((((....((((((((((((((.......)))))).))))))))..)))))).....)))))).........)))..))))).......))))......)))))))))........((.(((.(.....((..(((((.(((.(((.(((((((....))))))).))).)))))))).)).....).)))))(((((....))))).....))))))))).))))))))))))).).))).)))))))))))..((((.((((((((((((...(((((((((((((...))))))))))((((.(((......((((((.(((.....(((.((..((((....)))))).))).....))).)))))).....)))..))))...)))..)))).((((....))))...((((((.((.(.(((((........))))).))).)))))).......))))))))...))))..........))))))).......(((((((......)))))))....(((((((......(((((......)))))...............((((....))))..)))))))))).))))..)))).))).))))))))((((((((((((((...)))......)))))...))))))...((.(((........))))).((((((((.(.......).))))))))..............))))).)))).))..))..))))))))...))).))))))))..)))))))))))))))).)))))..))))))))...)))))))).)))).))).))))))...)))))....)))..((((.(.(((((((........))))))).).))))..(((((((..((((((((((((......)))))).((.((((((..((((.....))))...))))))..))....((((((.((((((.((.((((((....(((........)))....))))))....)).)).))))..)))))).....................((.((((...))))))....)))))).......))))))).....((((((...((((((....(((((.....((((((......)))))).....))))).))))))......)))))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((.(({{{.,,.}))))}})|||||}(((((......{({.(((((...(((((((((.((((.((((((((.......((((((((((((({{,,,,|||}(((((.((((((....)))))).))))),||||}{{|,..,))}}}}}.((((((((((((,.{{(,{.((((.(.(({{.((((((((.,,((..{|||,........|}}}.((((.((.((((((.(((((((((((((........((((.(((((((((((..(((((((((((,....((...((((...((.(,{((.((((((((,.......{((((..(((...(((..((((..(..(((((((..(((....)))..)))))))..})))).)))...)))..))))|((((((((((.(((....))).))}))),,))))},(,{(((((((.(((((((.{{,,{.(((..(((((((.((((((((.{(((((((.((((((({.{{(.{{{.((((((..((((...(((((((((.....{(.((((......)))))}.((((((((,.{....},.))))))))..))))).))))..))))..))))))(((((,,((.(((((((((.((.((((((((((..{{....{(((({((((.((((,{....{{...,{|..((((((({....).)))))))..},)})}|..,})).).))))})))),,)))))))).)).)).))))).)))).}),,,)))))...((((.((((((...((((....)))).(((((((....(((((((((.((((((((((....)))((((((((.(((.(((.....(((((((((.((,{((....)))))...)))))).)))((((...))))........{(((.....)))}..)))))).)))))))).)))))))..))))).)))).........((((((((..(((((((,.,{{{(,{{{({.,,,.{{{((((((((({,(,{..,,....{||||,,|{({.((.{((,(((....|||,,..}}}.........((((((((({....{.(((((((.({.(((....))).||.))))))),}{{{{((,,....,.))))}},)}))))))))))},))).)).))))..}}))}....}}.....))})))}}}})}|}||{,,||,.)).}}})})),.}))))}..))).))))..))))))))....))))))).))))))..))))))}.)))))))).)).)))))))|(({,(.(((.(((((..{(((((....)))))}((((((...(((....))).))))))............(((((((.(((((((((((((.....,(({.((.(((..(((((......((((....)))).....)))))..))).)),))}....)))}})))))))))..{{((.{((((....))))}))),,,,({....(((((((((((((((...)))))))})),}))))).),),),..))))))).)))))})}}}|||.....{({{,||||.,||},.,),,,}}}.....,,,,.)))))))).))))))..)))}}.(((...((((((.........,.)))))).)))..,,((((...(((((....)))))..)))).{((((.{(((...((((((.....)))))).)))}.)))))}))))))))).)))))))))}.)))))))))))).)).))))))...))))))))))).))))))))))))))).(((((({{....(((..((((({.,,,(((((((((.((.((((((.(((((((((..((.(((((.((((.........)))).)).))).))..)))).))))).))}}))).))...)))},))))))))).))).)))(((((.(((((.(((.(((((((........)))))))))).)))))))))).(((((((....))))))).},)))})))}}..)))))))))))))..((((((.,{.((.......)).,..)))))){(({(((((({...,)))))).}))}(((((((((.((........)).)))))))))||.....,......)))))))).)))).(((((......))))).}))).)))))}}.))))))))))}),...)).)))))).))))..,,,,{(((({((((.((((..((({{((.......(((((........))))).....}}}{(((((((..(((..{......,,.)))..))))))))...})))..)))).)))))))).,)))))))}.|))}...,.((((((((..((((((((..((({..{{..{(({...,,.,||..,..{{{|||,...|{(((.........)))||((((((((((,.{((,...((((((((.((((..(((({,(........}))))).........)))))))),})))..,|,,,,.,.........{(({({(((((({((((((((((((((((,,((((.((((.(((((((..(.(((((((((((((((((.((.(((.(((....(((((((((((....((,,.{.,,,.,||((((((,(({((((((,((((...{,.(((.((((((........)))))||||,{{|}{{,{(|(((({{{((((((,,(((((((.((,,,.....,{{.,(((({..,{(...))).))))),.||,|,.,)},,,)})),)))))))..,.))))))....(((((((..(........)..)))))))(((((((((...{((.,..(((((((((((((...(((({.,....(((((((((....)))))))))......)))))...))))}{((.....))}..}))))))))..}.}}).....))))))))).................(((((((((..({.....)}))))).....)))).}}}}}}}..|.,}|..|||||,|}}},},}.|||||,||,{{(,,..,)})}}}}},}}))))}}))),}}})))},,}}}}}.}},})))}}.......(((.(((((((({(((((((((((((..,{,(({{{{((((({(...,.((((((....((((((((((((({,{....})))))))))))))))..)))))),||,,}}}}},...,}},,,)))},))})}.,.....))))}},...,,}))))))........{(,(((,(,,,,{(...(((((.(((.(((.(((((((....))))))).))).))))))))....,,..}.))}}}{{{{{....))))).....))))))))).))))))))))},)))......((((((((((((.,......((((((((.((((..((((((((((...)))))))))).....{{{......((((((.(((.....((({((,.{(((....)))))).))).....))).))))))...,.}}))))))))))))),......((((....)))).....,))))))))).))))))))))).)))).)))).))))))))))..})))))).)))).,,.........,...|{........,,(((((((......))))))).....))))..))}}}.(((((......))))).........((((((.,.(((((((((((.{(((((...........)))))}.)))).....(((((((((((,,{...,,}......)))))...)))))).)))))))...))))))......((((((((.{.......).))))))))...,..........})))).)))))))))))).})))}},},,..))))))))},)}))))}....,))}}))).)))))..))))))))...)))))))).)))).))).))))))...)))))}.}}.))))),||}||(((((((.,.....,))))))).||||}|,.{{{{{{(,,(,{,,,,|||||,,,,,,||||},.({.((((((.{((((.....)))).}.)))))),.))....{(((({.,(((((.{(.((((((....({{,,,.....)))....)))))),...}}.)).)))),,))}|||,,.,,{,,{,{{{,.,||,,.{{.||||,,,))})}}....})))},..,,,.,}}}}}||,((({{,{........,})))}.,||{{|...,,(({(((....,,)}))))...,,)))))))....,{{{,((,.....,......,,......,)))),
Back