Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413249.1
Sequence Length
1331 nt
GC Content
0.4583
AGCCGCCUGCAUCUGUAUCCAGCGCCAGGUCCCGCCAGUCCCAGCUGCGCGCGCCCCCCAGUCCCGCACCCGUUCGGCCCAGGCUAAGUUAGCCCUCACCAUGCCGGUCAAAGGAGGCACCAAGUGCAUCAAAUACCUGCUGUUCGGAUUUAACUUCAUCUUCUGGAUGGGAACACUGAAGCAAUAGAAUAUGAAGCUAGACUCUGCAGCCCCUCGUGGUGGAAGCACACCUCCCUGGCAGGAGCAAAUCCCCUUAUGCUCCUGGGGGGUAGCUUGCCGGGAUUGCUGUCCUUGCCAUUGGACUAUGGCUCCGAUUCGACUCUCAGACCAAGAGCAUCUUCGAGCAAGAAACUAAUAAUAAUAAUUCCAGCUUCUACACAGGAGUCUAUAUUCUGAUCGGAGCCGGCGCCCUCAUGAUGCUGGUGGGCUUCCUGGGCUGCUGCGGGGCUGUGCAGGAGUCCCAGUGCAUGCUGGGACUGUUCUUCGGCUUCCUCUUGGUGAUAUUCGCCAUUGAAAUAGCUGCGGCCAUCUGGGGAUAUUCCCACAAGGAUGAGGUGAUUAAGGAAGUCCAGGAGUUUUACAAGGACACCUACAACAAGCUGAAAACCAAGGAUGAGCCCCAGCGGGAAACGCUGAAAGCCAUCCACUAUGCGUUGAACUGCUGUGGUUUGGCUGGGGGCGUGGAACAGUUUAUCUCAGACAUCUGCCCCAAGAAGGACGUACUCGAAACCUUCACCGUGAAGUCCUGUCCUGAUGCCAUCAAAGAGGUCUUCGACAAUAAAUUCCACAUCAUCGGCGCAGUGGGCAUCGGCAUUGCCGUGGUCAUGAUAUUUGGCAUGAUCUUCAGUAUGAUCUUGUGCUGUGCUAUCCGCAGGAACCGCGAGAUGGUCUAGAGUCAGCUUACAUCCCUGAGCAGGAAAGUUUACCCAUGAAGAUUGGUGGGAUUUUUUGUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUGUUGUUUGUUGUUUGUUUUUUUGCCACUAAUUUUAGUAUUCAUUCUGCAUUGCUAGAUAAAAGCUGAAGUUACUUUAUGUUUGUCUUUUAAUGCUUCAUUCAAUAUUGACAUUUGUAGUUGAGCGGGGGGUUUGGUUUGCUUUGGUUUAUAUUUUUUCAGUUGUUUGUUUUUGCUUGUUAUAUUAAGCAGAAAUCCUGCAAUGAAAGGUACUAUAUUUGCUAGACUCUAGACAAGAUAUUGUACAUAAAAGAAUUUUUUUGUCUUUAAAUAGAUACAAAUGUCUAUCAACUUUAAUCAAGUUGUAACUUAUAUUGAAGACAAUUUGAUACAUAAUAAAAAAUUAUGACAAUGUCCUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-422.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -447.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 320.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((.(((((((((((....((((((.(((((((((((((((((((((.((..(((((((((((......(((((((((.......(((((..((((.((..((((..((.(((.((..((((.((...(((..(((((..(((((((.((((((.(((((..((............)).))))).)))))).)))).)))))))).....)))...)).)))).....(((((((((.....(((((((.........)))))))..)))))))))......((((........))))...((((((((((.((((((.......))))....(((......)))...................((((((....))))))......)).)))))))))))).)))))..))))))))))))))).))))))))).)))))))))).)..)).))....))))).))))))))))......((((...((.((((((...))))))..))...))))))))..))))))))))))........))))))))))..........(((((((......((((((.((..(((((((((...((((..(((((((((..(((((.....)))))..(((((.((((...(((......))).))))..))))).(((((..(((...((((.....)))).))))))))..(((((.((....))...))))).....((((.(((.(..((((...)))).).))).))))(((((.(((((((((...(((......(((((...((((...)))).(((((((........)))))))(((((.((.(((((((((((((.....)))))....)))))))).)))).)))((.(((((......)))))..)).......)))))...)))..))))))))).))))).))))))))).....))))...)))))))))..)).))))))..((((....)))).........((((((..((((((..(((((((...))))).))))))))..)))))).............((((((((((..(((((.((((..........)))).)))))....((((((.((((..(((((((((((......)))))))))))...))))))))))((((.(((((((((((...)))).).)))))).))))(((((((....)))))))...........))))))))))...........((((((((((..(((......))))))))))))).((((((.....))))))......)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((.(((((((((((....((((((.((((((((((((((((((({,,((,.(((((((((((...,..(((((((((.......{((({..((((.((..((((..((,(((.((..{{((.{(...,,,..(((((..(({((((.((((((.(((((..({,.....,,....},.))))).)))))).)))).))}))))).....|}||||||,||}},,,{{((,(((({({((..{{(((({,.......,))))))).}))))))))),..,,.((((........))))...((((((((((.((((((.......})))..,,{{{......}}}..............,,...{{{{{{....})))))......}}.)))))))))))).))))),.))))))))))))))),))))))))),)))))))))).)..)).))....))))).))))))))))......((((...((.((((((...))))))..))...))))))))..))))))))))))........))))))))))..........{((((((.....,(((((({({..(((((((((..,((((.,(((((((((..(((((.....)))))..(((((.((((...(((......})),))))..))))).((((({.(({...({{{.....}}}).))))))))..(((((.((....))...))))).....((((.(((.{..((((...)))).}.))).)))){((((.{((((((((,.,{((,,|,,,(((((,,.((((...)))),{((((((........))))))|{({((.((.(((((((({({((,....})))}....)))))))).)))).))}||.(((({......}))}).,|,.......))}}),..))}..))))))))).))))).))))))))}}}}},))))}}})),))))}),})).,,,|||{,((((,,.{(((((({......((((((..((((({{,{{{((({...,)))}.})))))))..)))))).......}))))))}.||,.|}|}}||,}}}|((((((((((......{(({....,,{((((({,((((..(((((((((((......)))))))))))...))))))))))}|)))}.,...))))))))))||{{{{({,|{{,|.,.....|.,,,..)))))))}....{((((({....)))))))........((((((((((..(({......))))))))))))).((((((.....))))))..,,..))))))}
Back