Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413251.1
Sequence Length
1191 nt
GC Content
0.4450
GAGCACUUUAGCUCGCCUAGGAUUUGAGCUGGGGUGUGUGUCUGCUCCCAGCUCAAGUCCCUCCGAGUGCCAGAGAGGAAGGCAGGGAGAAGCGGAGCACCCCUCUUUGGGCCAAGGCCAAGGAGGACUGUGCUUGCCGGGAUUGCUGUCCUUGCCAUUGGACUAUGGCUCCGAUUCGACUCUCAGACCAAGAGCAUCUUCGAGCAAGAAACUAAUAAUAAUAAUUCCAGCUUCUACACAGGAGUCUAUAUUCUGAUCGGAGCCGGCGCCCUCAUGAUGCUGGUGGGCUUCCUGGGCUGCUGCGGGGCUGUGCAGGAGUCCCAGUGCAUGCUGGGACUGUUCUUCGGCUUCCUCUUGGUGAUAUUCGCCAUUGAAAUAGCUGCGGCCAUCUGGGGAUAUUCCCACAAGGAUGAGGUGAUUAAGGAAGUCCAGGAGUUUUACAAGGACACCUACAACAAGCUGAAAACCAAGGAUGAGCCCCAGCGGGAAACGCUGAAAGCCAUCCACUAUGCGUUGAACUGCUGUGGUUUGGCUGGGGGCGUGGAACAGUUUAUCUCAGACAUCUGCCCCAAGAAGGACGUACUCGAAACCUUCACCGUGAAGUCCUGUCCUGAUGCCAUCAAAGAGGUCUUCGACAAUAAAUUCCACAUCAUCGGCGCAGUGGGCAUCGGCAUUGCCGUGGUCAUGAUAUUUGGCAUGAUCUUCAGUAUGAUCUUGUGCUGUGCUAUCCGCAGGAACCGCGAGAUGGUCUAGAGUCAGCUUACAUCCCUGAGCAGGAAAGUUUACCCAUGAAGAUUGGUGGGAUUUUUUGUUUGUUUGUUUUGUUUUGUUUGUUGUUUGUUGUUUGUUUUUUUGCCACUAAUUUUAGUAUUCAUUCUGCAUUGCUAGAUAAAAGCUGAAGUUACUUUAUGUUUGUCUUUUAAUGCUUCAUUCAAUAUUGACAUUUGUAGUUGAGCGGGGGGUUUGGUUUGCUUUGGUUUAUAUUUUUUCAGUUGUUUGUUUUUGCUUGUUAUAUUAAGCAGAAAUCCUGCAAUGAAAGGUACUAUAUUUGCUAGACUCUAGACAAGAUAUUGUACAUAAAAGAAUUUUUUUGUCUUUAAAUAGAUACAAAUGUCUAUCAACUUUAAUCAAGUUGUAACUUAUAUUGAAGACAAUUUGAUACAUAAUAAAAAAUUAUGACAAUGUCCUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-381.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -407.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 359.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((.((((((.(((((((((((((((.((......))))))))))))))))).....(((.((((.(.(.(((((((.((....((((((((.(((((((((.(...).)))))))))...)))))..)))...)).))).)))).)).)))))))..((((((((((.((((((.......))))....(((......)))...................((((((....))))))......)).))))))))))...(((((((......))).))))..((((.((.(((....))).)).))))(((((((((....)))))))))...((.(((((...((.((((((...))))))..))...))))).)).((((((((((...)))).)..)))))))))))))))))...(((((((......((((((.((..(((((((((...((((..(((((((((..(((((.....)))))..(((((.((((...(((......))).))))..))))).(((((..(((...((((.....)))).))))))))..(((((.((....))...))))).....((((.(((.(..((((...)))).).))).))))(((((.(((((((((...(((......(((((...((((...)))).(((((((........)))))))(((((.((.(((((((((((((.....)))))....)))))))).)))).)))((.(((((......)))))..)).......)))))...)))..))))))))).))))).))))))))).....))))...)))))))))..)).))))))..((((....)))).........((((((..((((((..(((((((...))))).))))))))..)))))).............((((((((((..(((((.((((..........)))).)))))....((((((.((((..(((((((((((......)))))))))))...))))))))))((((.(((((((((((...)))).).)))))).))))(((((((....)))))))...........))))))))))...........((((((((((..(((......))))))))))))).((((((.....))))))......)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((......)))).,{,.(((((((((((((((,({......))})))))))))))))),{((,{{((((.{{({{,,.((((((((..,(((((((((.(((((((((.(...,,)))))))))...)))))}.},,...,}})),)))))})),{{{{{,...{|{||||||{.{,|||||,{{{{,{|||{,.,,{{{,{{,{|{{{{.,,,,,,,,...,,{,.(((((,...,||||}|,....|}}|},,,)))}|||{{({{{,,..|.,||})}|||||(((((,((((((.(((((((((...{(.(((((((((....))))))))).)).,.))))))),{{.((((((...))))))..},....)).)))))|,{{(((((,...)))).}..,}}},,,...,,,.)))})))))|{{|||,,.,,,|||||,|,.(((((((((..{((((..{((((((((..(((((.....)))))..(((((.((((...(((......|)),))))..))))).((((({.(({...({{{.....}}}).))))))))..(((((.((....))...))))).....((((.(((.{..((((...)))).}.))).)))){((({.{((((((((,.,{{(,,|,,,(((((,,.((((...)))),{((((((........))))))|{({((.((.(((((((({({((,....})))}....)))))))).)))).))}||.({{{{......}))}).,||.......}}}}},..))}.,))))))))).))))).))))))))})))),)))))))))}))))))},))}}}}}||||{({(,,.{{{{{{{{......((((((..((((({{,{{{((({...,)))}.,)))))))..)))))).....,.}}))}})).,},,}}})}})}))}}|||||||||,.,}}}}|||}},.....,(((({,((((..(((((((((((......)))))))))))...)))))))))))}))),...{{|((({...)))).}}}(({{{{|{.|,,,{,{,,.,..}}||||||,,..(((((({....)))))))........{(((((((({..{{{.....,))))))))))))).((((({.....))))))}}}}})))}))),
Back