Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413282.1
Sequence Length
1115 nt
GC Content
0.5498
AGUGGGGCCGAGGCUGGAGGUGUGGGGGUGUGACGGCCGGUCCUACUCUCCGGCCUGUUCAGAUCAGCUCCUUCUGGGGACCACCCCUGGCACACAAGGGAGGGAGGCAGCUUGAUCCCCCUAGCCCGCUUCCAGCCCUCACCUGGCUUUGUCUUCUGGGAUAAGACGGGGAAAUCCAGAGGAUCUCUCCGCCCCGGCGCUCAGAGGGUAACUCUCACCCACCUCGUCCGCUUCUCUGAACCAGAGUGACCCAGGCUGCGCUCCGCCCCGCUCUCCUACCCCGAGUUGGCACGGAGGCCCGGCAGCCAUGGCGGUGGAAGGAGGAAUGAAAUGUGUGAAGUUCUUGCUCUACGUCCUCCUGCUGGCCUUUUGCGCCUGUGCAGUGGGACUGAUUGCCGUGGGUGUCGGGGCACAGCUUGUCCUGAGUCAGACCAUAAUCCAGGGGGCUACCCCUGGCUCUCUGUUGCCAGUGGUCAUCAUCGCAGUGGGUGUCUUCCUCUUCCUGGUGGCUUUUGUGGGCUGCUGCGGGGCCUGCAAGGAGAACUAUUGUCUUAUGAUCACGUUUGCCAUCUUUCUGUCUCUUAUCAUGUUGGUGGAGGUGGCCGCAGCCAUUGCUGGCUAUGUGUUUAGAGAUAAGGUGAUGUCAGAGUUUAAUAACAACUUCCGGCAGCAGAUGGAGAAUUACCCGAAAAACAACCACACUGCUUCGAUCCUGGACAGGAUGCAGGCAGAUUUUAAGUGCUGUGGGGCUGCUAACUACACAGAUUGGGAGAAAAUCCCUUCCAUGUCGAAGAACCGAGUCCCCGACUCCUGCUGCAUUAAUGUUACUGUGGGCUGUGGGAUUAAUUUCAACGAGAAGGCGAUCCAUAAGGAGGGCUGUGUGGAGAAGAUUGGGGGCUGGCUGAGGAAAAAUGUGCUGGUGGUAGCUGCAGCAGCCCUUGGAAUUGCUUUUGUCGAGGUUUUGGGAAUUGUCUUUGCCUGCUGCCUCGUGAAGAGUAUCAGAAGUGGCUACGAGGUGAUGUAGGGGUCUGGUCUCCUCAGCCUCCUCAUCUGGGGGAGUGGAAUAGUAUCCUCCAGGUUUUUCAAUUAAACGGAUUAUUUUUUCAGACCGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-434.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -455.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 255.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((..(((((((((((((((((((((.(((((((((.........)))))).)))))((((((((((((((((((....))))..............)))))).))).)))))))))))...))))))))).)))).))).)))..((((...(((((((..((((((((((..((((((((.(((((((((((.....((((.(((((((.((.(((((((((((((((((((...)))).....(((((((((((((((((..((.((((...((......))...))))))((((((.(((((((((((((.(.((((((............)))))).))))))(((((.((((.((((....).)))...)))).)))))....)))))))).))))))((((((.....((((.((((((.((.....(((((((....)))))))((((((((((((.((((((((....(((((((..(((..((.......)).)))(((((((((((.(...).)))))))))))....)))))))...)))))))).((((.((((..(((((((((...(((((.(.(((.((((((....)))))).))).).)))))...)))))).))).)))).))))(((....))).......)))))))))..))).....(((((.......(((((((((((..(((((....)))))..)))))...........(((((((........)).)))))..((((((.......))))))(.(((..(((...((((((((...(((((...............))))).)).))))))...)))..))).).(((..(((....)))..)))))))))......))))))))))))).))))....))))))))))).)))....))))))..)))...(((((((..((((((...((.((......)).))....))))))..)))))))...)))))))..))))))))..)).))))).)).))))....))).((......))))).)))))..)).))))))..)))))))).......))..)))))))...))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((.(((..(((((((((((((((((((..,(((((((((.........)))))).)}))}(((((((((((((((({,.,,.}|||(,.....,.,}}}.)))))).)))}}))))))))))...)))))))))))})).))).))},,((((.{{((({{{{,.((((((,((({.{,||||,|}||||||||||.....,((({{...}})},.,,{((((((((((((((((((...}}},.....(((((((((((((((((,.((,((((...,{,,....))...))))}|((((((.((((((({((((,,(.((((((............)))))).))))))(((((.((((.((((....).)))...)))).)))))....}))))))).))))))|(((((..|,.((((.((((((.((.....(((((((....)))))))((((((((((((.((((((((.,..(((((((...(({{({.,..{{,||,||{{{,{{{{||||,|,..)}))}}})}}))))}}.)))))))..,)))))))).{(((.((((..(,(((((((...(((((.(,(((.((((((....)))))).))},),)))))...))))))).)).)))).)))}(((....,}}.......))))))))}.,))).....(((({.......(((((((((((..(((((....)))))..)))))|......,{.,(((((,({.,.....}|.)))}},,{((((,....,}})}}}},,.{{{..{{,...(((((({{|||{({{{,{{{,,..|,|,.,.},}}}.,)}))})))..,|||..}},,),{((..(((....)))..))}))))))......))))))))))))).))))....)))))}))))).)))..,.)))))},,)))...(((((((..((((((...((.((......)).))....))))))..)))))))..,)))))))..)))))))|(((.{((((.((((.....}))),))))})))|{{{|||,,}},,..,,.})))))},)||||}}}....,,,)},,}}}}},,.,,)))}.,,...
Back