Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413497.1
Sequence Length
3850 nt
GC Content
0.4626
CCUCUUAUCUGAUCCUGGGCUCCCAGCUGGAGAGGCGGAGGCAGCUCCAGGGGGCUGGAAGUGGAAGCGCAGCGGCAGAAGGAGAGGGAGAGAGAAAGAGAGAGAGGCUAAUUAAAAAAGGAUACUCCGAGGGAAGAGAGCAAGGGCGGUGCGCCGCCAAGGACCAACUAGCGGCGGAGCUUCGAUCUUGCCUAGGCGCGGAGAGCUCCCAACCUGGGCUGGAACCUUGCCCAGCACAGGUGGCUGCUACACCCCAUGUAAAAAGCGGAAAAUAAAAUGAAGAUUUUCCAGCGCAAGAUGCGGUACUGGUUGCUUCCACCUUUUUUGGCAAUUGUUUAUUUCUGCACCAUUGUCCAAGGUCAAGUGGCUCCACCCACAAGGUUAAGAUAUAAUGUAAUAUCUCAUGACAGUAUACAGAUUUCAUGGAAGGCUCCAAGAGGGAAAUUUGGUGGUUACAAACUUCUUGUGACUCCAACUUCAGGUGGAAAAACUAACCAGCUGAAUCUGCAGAACACUGCAACUAAAGCAAUUAUUCAAGGCCUUAUGCCAGACCAGAAUUACACAGUUCAAAUUAUUGCAUACAAUAAAGAUAAAGAAAGCAAGCCAGCUCAAGGCCAAUUCAGAAAAGUGAAAUUUGUCUGUCAAACUCCAGCAAUUGCUGACAUUGUAAUCCUGGUCGAUGGUUCAUGGAGUAUUGGAAGAUUCAACUUCAGACUGGUUCGGCAUUUCUUGGAAAACCUGGUUACAGCAUUCGAUGUGGGCUCAGAGAAGACACGAAUUGGUCUUGCACAGUAUAGUGGUGACCCCAGAAUAGAAUGGCACUUGAAUGCAUUUAGCACAAAAGAUGAAGUGAUUGAAGCUGUCCGAAACCUCCCAUAUAAAGGAGGAAAUACACUAACAGGUCUUGCUUUGAACUACAUUUUUGAAAAUAGCUUCAAACCAGAAGCAGGAUCAAGGACUGGAGUAUCCAAAAUUGGCAUUUUAAUCACAGAUGGAAAAUCCCAAGAUGACAUUAUUCCACCAUCUAGAAAUCUUCGUGAGUCUGGUGUAGAACUGUUUGCCAUAGGGGUGAAAAACGCGGAUGUGAAUGAGCUGCAGGAGAUCGCCUCUGAACCAGACAGCACUCAUGUGUACAAUGUUGCCGAAUUCGAUCUGAUGCACACAGUUGUGGAGAGUCUGACCAGGACUCUCUGCUCUAGAGUGGAAGAACAGGACAGAGAAAUUAAAGCCUCAGCCCAUGCCAUCACUGGGCCGCCUACGGAGUUGAUUACUUCUGAAGUCACUGCCAGAAGCUUUAUGGUUAACUGGACUCAUGCCCCAGGAAAUGUGGAAAAAUACAGAGUUGUGUAUUAUCCUACCAGGGGUGGAAAACCAGACGAGGUGGUGGUAGAUGGAACUGUAUCUUCCACAGUGUUGAAAAACUUGAUGUCUUUAACUGAAUAUCAGAUAGCAGUCUUUGCAAUCUAUGCCCACACUGCUAGUGAAGGCCUACGGGGAACUGAAACUACACUUGCUUUACCGAUGGCUUCUGACCUUCUACUGUACGACGUGACUGAGAACAGCAUGCGAGUCAAAUGGGAUGCAGUGCCUGGGGCCUCAGGUUACCUGAUCCUUUAUGCUCCUCUAACAGAGGGCCUGGCUGGGGAUGAAAAAGAGAUGAAAAUUGGAGAGACCCACACAGAUAUUGAAUUGAGUGGGUUGUUGCCCAAUACAGAAUACACAGUCACAGUUUAUGCCAUGUUUGGAGAAGAGGCCAGUGAUCCUGUUACGGGACAAGAAACAACAUUGGCUUUAAGUCCACCAAGAAACCUGAGAAUCUCCAAUGUUGGCUCUAACAGUGCUCGAUUAACCUGGGACCCAACUUCAAGACAGAUCAAUGGUUAUCGAAUUGUAUAUAACAAUGCAGAUGGGACUGAAAUCAAUGAGGUUGAAGUCGAUCCUAUUACUACCUUCCCUCUGAAGGGCUUGACACCUCUCACAGAGUAUACUAUUGCUAUUUUCUCCAUCUAUGAUGAAGGACAGUCAGAGCCUCUGACUGGAGUUUUUACCACCGAGGAAGUUCCAGCCCAGCAAUACUUAGAAAUUGAUGAGGUGACGACAGACAGUUUUAGGGUGACCUGGCAUCCCCUCUCAGCUGAUGAAGGGCUACACAAAUUGAUGUGGAUUCCAGUCUAUGGGGGGAAGACUGAGGAGGUUGUCCUGAAAGAAGAGCAGGACUCACAUGUUAUUGAAGGCCUGGAGCCCGGUACGGAGUAUGAAGUUUCACUAUUGGCCGUACUUGAUGAUGGAAGCGAGAGUGAGGUGGUGACUGCUGUCGGGACCACACUUGACAGUUUUUGGACAGAACCAGCUACAACCAUAGUGCCUACCACAUCUGUGACUUCAGUUUUCCAGACGGGAAUCAGAAACCUAGUUGUAGGUGAUGAAACUACUUCUAGCCUGCGGGUAAAAUGGGACAUUUCUGACAGCGAUGUGCAGCAGUUUAGGGUGACCUACAUGACAGCUCAAGGGGACCCUGAGGAAGAAGUCAUAGGAACGGUUAUGGUGCCUGGAAGCCAGAACAACCUCCUUCUGAAGCCUCUGCUUCCUGAUACUGAAUACAAAGUCACAGUGACUCCCAUCUACACGGAUGGCGAAGGCGUCAGCGUCUCCGCUCCUGGAAAAACCUUACCAUCCUCGGGGCCCCAGAACUUGCGGGUGUCCGAGGAAUGGUAUAACCGGUUGCGCAUUACGUGGGACCCCCCAUCUUCCCCGGUGAAAGGCUAUAGAAUUGUCUACAAACCUGUCAGUGUUCCUGGUCCAACACUGGAAACGUUUGUGGGAGCUGACAUUAACACCAUCCUUAUCACAAACCUCCUCAGCGGAAUGGACUACAAUGUGAAGAUAUUUGCCUCCCAGGCCUCAGGCUUCAGCGACGCCCUGACAGGCAUGGUGAAAACAUUGUUCUUGGGUGUUACCAAUCUCCAAGCCAAACAUGUUGAAAUGACCAGCUUGUGUGCCCACUGGCAGGUACAUCGCCAUGCCACAGCCUAUAGGGUUGUUAUAGAAUCCCUCCAGGAUAGGCAAAAGCAAGAAUCCACUGUGGGUGGAGGGACAACCAGGCAUUGCUUCUAUGGACUUCAGCCUGAUUCUGAAUAUAAAAUCAGUGUUUAUACAAAGCUCCAGGAGAUUGAAGGACCUAGUGUGAGCAUAAUGGAAAAAACACAAUCACUUCCUACACGACCACCAACUUUUCCUCCAACCAUUCCACCAGCAAAAGAAGUAUGUAAGGCGGCCAAGGCUGACCUGGUAUUUAUGGUGGAUGGAUCCUGGAGCAUUGGAGAUGAAAAUUUCAAUAAGAUCAUCAGCUUUCUAUACAGCACUGUUGGAGCCCUGAACAAGAUUGGCACAGAUGGAACCCAACACUAUUCACAGUAACAAACAUGGAAUGCCCAUCAAUGGUGGACUGCGUAAAGAAAAUGUGGUGAACAUACAGCAAGAAAUACUACGCAGCCAUAAAAAAGAACAAAAUCAUGUUCUUUGCAGCAACACGGGUGCCUCUGGAAGCCAUUAUCUUGUGCAAAUUAACACAGAAACAUGAAACCAAAUACUGCAUGCUCUCACUUAGAAGUGGGAGCUAAACAUCGAGUACACACGGACGUAAAGACGGGAACAAUAGACACUAGGGGCUACUAGUAGGGGGAGAAUAGAAGGAGGCUGAAGGUUGAAAAACUGCCUAUUGGGAACUAUGCUCACUACCUGGGGGACAGAAUCAUUUGUACACCACCUCUCAGUGACAUGCCGUUUACCCAUGUAACAAACCUACACAAUGUACCCUCUGAAUCUAAAAUAAAAUUUUUAAAAAAGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1170.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1242.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 1183.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((((.(((((.((((((..((((((..((....))..)))))).)))...........))).))).))))))..))))))...(((...((((.((((((.................((((.(((..((.((((((((((((((((((((..((......)).)))))(((((((...((((((....))).))))))))))..(((((.(((((........))))).))))).(((..((((.....))))...)))(((((((.........)))))))(.((((...)))).).(((((((((.((((...(((((((((((((........)))..)))).))))))....))))(((((((((((......((((((......))))))(((((.(((......))))))))..((((((..((((((((..((((.((((((((.....)))))))))))).(((((.(((.........))).)))))..(((((....)))))..................(((.....))).((((((.((((((..((.....((((((....))))))(((((((........(((.......)))...((((......)))).))))))).........((((....))))))..)))))).))))))...((((.((.((((((((..(((.(((((....((....(((((..((((((((.......(((((.(((..(((.(((((((((((.((((((((((...((((...(((......)))..)))).((((...((((((((.......(((((..(((((..((.((..((((((((((.((.((((..(((((........))))).............(((((((((((..........((((((......))))))...)))))))))))......((((...))))...)))))))))))))))).((((....(((....)))..))))....(((((((..(((...)))..))...))))).....(((((((...(((((((((....(((((...........)))).)....)))))))))...)))))))))))..)))))..)))))))))..))))..))))............(((((((((((.....)))))))))))......((((((((((((....(((..........)))........((((((((..(((((((.((.(((((((((((((((..........)))))).....)))))))))((.....((((((.((......(((..((((((......)))))).)))..)).)))))).....))...)))))))))))).)))))..)))).))))))))...(((....)))))).)))))))..)))).....((((.(((.....))).))))..)))))))..((.((((.((.....(((....)))...)).)))).)).....)))..)))..))))).............((((.(((....))))))).(((.((...(((((.(((.((((((....))))))...))))))))...)))))((((...))))(((..(((((..(((..........((...(((((...(((((((.(((........))).))))))).....))))).)).........))).)))))...))).....((((...((((((((((.((.((((....)))).)).....))))))))))...)))))))))))).)))))....))....))))).)))..)))))))).)).))))...((((.....((......)).....)))).......(((((......)))))(((((((.(((..(((((...)))))..))).)))))))......))))))))...))))))..(((((((((..........(((((((((((((((((((...)))).....((((((((...))))))))..............))))))))........))))))).........))).))))))........((((((....(((.(((..((((..((...))..))))..))).)))..))))))..((((((((..((((.((((((((...(((((((((((((((((.........))))))......(((((((..(((.....))).((((((((((((((....))).))))..))))))).......(((((((((.((((((.(((....(((((((((......)))))))))((((((......((((.....((((((......(((...(((((((((((...(((((....)))))(((((((((((.((((((((...(((.....)))..)))))))).).....)))...)))))))..((........))..((((((((..(((...(((....))))))..))))))))...)))))))))))...)))))))))..))))...))))))..))).)))).....))))).))))))((((..((....))..)))))))))))............((((((.(..((.((((((.(((((((..((((........(((((((((((((((((((.....)).)))).))))))).))))))...))))..)))..((((..((((..........))))..)))).((((.........))))((((((...((((((((........))))))))....)))))))))))))))).))..).))))))........))))))))))).((..(((.....(((((....)))))......)))..))((((((.((...)).).)))))..((((((((((.(((((.(((((((((.(((...))).))))))...))))))))....(((((.(((.(((....))).))).))).))))))))))))(((((((...))))))).......))))))))))))..((....))..))))))))))))))))))))).)))))))))))))))........((((((((((((.((((........)))).)))....(((.(((((((((..(((.((((...((((((..(.....((((.............)))).....)..)))..)))..)))).)))((((.((((((.......((((((...(((((((....)))).))).)))))).)))))))))).))))))))).)))..(((((..............)))))..((((((((.(..(.(((((((((((((..(((((((((((.((((.((.((((...(((......)))..((...((((.....))))...))((((.(((((((.........((.((......)).))........)))))))))))...((((((((......))))))))..........)))).))))))...))))..)))))))(((.............................)))..(((((((((....))))))))).......((........))..(((....)))................)))))).)))))))..)..).)))))))))))))))))(((....)))(.((....)).).)).))))).)).))).))))(((((....)))))......)))))).((.(((((.........))))).)).....((((...))))..))))...))).........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.((((.(((((.((((((((((((((..((....))..))))),..})))),....,}.})).))).))))))..))))))...(((...((((.((((((.............,...((((,{((..{{,({((({(({(((,((,(((({.((......)).}})))||{||{||,.{|||||,,..})}}))})|||}}|{.{((((.(((((........))))).)))))}|{{}}|{{,,,,{,}|||...}||(((((((.........))))))).,{{({..,})}},|.(((((((((,((((,,.{((((((((((((........)}},.}))).)}))}}....||||(((((((({{,.,|,..((((((......)))))),{(({|{{{.....,,|||||||,,,{({(({.,{(({{{,..((((.((((((((.....)))))))))))}.(((((.(((.........))).))))}..(((((....))))).....,,,..........((({,,..|||,((((((.((((((..{{,,...((((((....)))))}.,........{{{...,..}}}..{|||.,,((((......)))),)),)))),........((((....)))),}..)))))).))))))..,|||{,,{|{{({{{(({{{{,.|||{|,||{(({{(((((({,,{(((((((,....(((,{{,|{|(,{{{,,{|((({,{{{|||{(({{.||,,,,||||},,(((......}||,|}},}|||,,...,,,||{(({{{,..{((,{{,.|||....,}.}}..((((((((((.((,(({,..(((((........))))).............(((((((((((,,.,,,....{{{{{{....,.))))))...)))))))))))..,,,,((({...}))}...,|)))}}))))))))).{,({{...,|,}}},|||{.,..,.,||{{{{{{{|.({..,,,}}.,)},||}))|},,|,.(((((((...(((((((((....(((((.,.........)))).)....)))))))))...))))))){{{,..,)))|..},,|||}}}},,}}},,}}}}.,}||||,,,..(((((((((((.....))))))))))),,||.|(((((((,,((({,{.(((...,,,,..{|||.{{(({.{{{,{{{{|}}||{{,{,.{||{{{{{{{{,{|||||.,|}}.}},,|||}||,,...})))},,||((..,,.,(((((,((...{{,(((,.,(((((....,.|}|}||,}||||||.}|}}|||....)))..),})))))})))}}}))}..))))})}))))))|,|{{{....,}}|{((((({,....,,)},}})))}.(((((((....(({.....)))....)))))))||||{|||{..{{(,.,,}}|,........},}}}},,}}},.})))}}}}.,}}}}}}}|,},{(.((((.(((....)))))))}},{{{,..,{{{{|{{{{{(((((({{{{{(((({{,{|||{{{{{{,.,{{,(((({...}))))}},}},,,|)}}},,,...,,.,,|....(((((.,,(((((((.(((........))).))))))).,,..)))))...........,|,|{{.|||..,||||..,|{(((,,.((((((((((.{{|({{{...,}}|,.}|.....))))))))))...}}}.,},,},,,.})},}..})))}}}.||)))||||||)|)))}|{{{|,{{{|...{{.|......,..,...}.}}...)))))))),.,((({{....,,))}}}(((((((.(((..(((((...}))))..))).))))))}....{{{||,,,,.}}}))},|{{.(((((((((..,,,{{...{{{((((,,,(((({({((...}}}),|}},((((((((...)))))))),,,{||,,......}})))))),,,,,...)))}))),,}......))).)))))).}}},...,|||,,||}}|||,|||},,.(((((({,.{{{{{.,||,}}}{{{(({,...,,.}||||,|||}}|{||.{|||||||.{.(((((((((((((((((.........)))))),,,...,,,,.||,.(((,,{{.|||.(((((((,({{(({....))).}}},..))))))},|,,,|,(({{({{{({({(((({(((,...(((((((((......))))))))},,{(((.,....|||{,,.,.,((({{{{{,,.{{(...{((((((((((...{((((....))))}{((((((((((.{(((((((...(({.....}))..))))))}}.},...,|)|...})))))|,.({..,.,,,.||..{(((((((..(((...(((....))))))..)))))))}...))))))))))}...))},}|)))}|||||..|}|||||..,}}.},))},|..||}}},)))))),,.,,,{,.......|||{,,,,})}}|,{{{{{{....||||||.|,,||}{|||{|,||||||{,,||||,....,,.(((((((((((({((((((,...,)).)))).}))))))},)))))...,,||||}|||.,,.,))||)},,.}}}}},,},}}})))}..||||,..,,...,}}||((((((.,.((((((((........))))))))....))))))))),)))))),,,..),}))})),,,},,..))))))))))),((..{((....,(((((....))))),},,,,)})}}))|{{|||.{{.,.)}.)))))))..((((((((({.((((,{(((((((((.(,,...,},,))))))...))))))))....{{(((.(((.(((....))).))).))).)}))))))))))(((((((...))))))).......}}}}}}||||||..((....))..,,)))),}))))))))))))).}}}))))))))))),}},,}.},||{{((((({{{.((((........)))).))}....(((.(((((((((..{((.((((...((((((..(.....((((.............)))).....)..)))..)))..)))).))}(((,{((((((.......,{((((...(((((((....)))).))).)))))}.)))))))))).))))))))).))),,((({{..,||}}.....,,)}})).,(({{{{{{.{.,|.{{{||||||||{(,.(((((((((((.((((.((.{(((....,{,{,,.,|||.....,,,|||,,,,.}}}}...,}((((.(((((((.........((.((......)).))........)))))))))))...((((((((......))))))))..........)))).))))))...))))..))))))),}}........,,......}}....,...,,}))},,(((((((((....)))))))))......,{,.,,.....,,,.{{{....})).............,,.)))))).))))))),,)..}.)))))}))))))))))){{{....}})|,||,...}),,.},.})))}.}).)}),)))}(((({....)))))......)))))).({.(((((.........))))).}).....{(({...,)))..))))...)))..........{{|,......,,...
Back