Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001413539.1
Sequence Length
1058 nt
GC Content
0.4669
GGGAUCUCGGACUCCCUGGACCCUCCCUCCAGCCCAGCCUCGCUAGCUCCGCCUGCGGUACGUGCUCCCGCCUCCGACUCAAAAUGCCUGUCUGGGGAGGUGGAAACAAGUGUGGGGCCUGUGGGAGGACCGUGUACCACGCAGAAGAGGUGCAGUGUGAUGGCAGGAGCUUCCACCGCUGCUGCUUUCUCUGCAUGGUUUGCAGGAAAAAUUUAGAUAGCACAACAGUGGCAAUUCACGAUGAAGAGAUCUACUGCAAAUCCUGCUACGGAAAGAAGUAUGGGCCAAAAGGCUACGGUUAUGGCCAGGGCGCUGGCACGCUUAACAUGGACCGUGGCGAGAGGCUGGGCAUCAAACCAGAGAGCAUUCCAAGCUGUAUCAAGGAGUCGUGUUCUCAAAAGCAAGUGAUUUGUAUUUACUUCAAUUUCACAGCACCUUGGAGACCGGAUGUCAUGAAAUUAAAUGGUAGAGAAAUGUGCUGUGUGAAUCAUGAGAGGUGUUUCUCAUGUGCAAUUGUUCAGCCUCACAGGCCUACAACAAAUCCAAACACUUCUAAAUUUGCUCAGAAAUAUGGAGGUGCUGAGAAGUGUUCCAGAUGUGGGGAUUCUGUAUAUGCUGCCGAGAAGAUAAUUGGAGCUGGAAAGCCCUGGCACAAAAACUGUUUCCGAUGUGCAAAGUGUGGGAAGAGUCUUGAAUCAACAACUCUGACUGAAAAAGAAGGUGAAAUCUAUUGUAAAGGAUGCUAUGCAAAGAACUUUGGGCCCAAGGGAUUUGGCUAUGGCCAAGGAGCAGGGGCUCUUGUUCAUGCCCAGUAAGAUGUAAACCCUGAACUAAACAUCACACACUGAGAAUCUCUUCAUAAUCUAGGCACAGAUAAUCUUUAACACUAAACUACUGUGAAAUUCUACCAGCAUUAAGUACUGUAUAUCGCCCUGUACUUGGAUAGGCUGGCUAACUCGUAGGAAGAGAGCACUGUAUGGUAUCCUUUUGCUUUAUUCACCAGCAUUUUGGGGGAACAUUUCUUUUACAUUUUAAAUAAAACUUCAGCUUGAUUUGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-328.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -348.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 207.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((.((....)).)))))).(((....((((((((((........((((.(((((.((((...(((((((((((...........)))...))))))))....(((((((.(((((.(((...((((((..((((.(((((.(((((((((((((..(((....)))..)).)))))).))))).))))).))))..((((((......(((((..(......(((......)))......)..))))).......))))))(((........)))..((((....))))))))))....))).)).)))..)))))))..)))).))))))))).)))))))))).........(((((((((((............)))...))))))))..(((((((((((((((......((((....((((((((.((....(((((((........)))...)))).....)).)))))))))))).((((((((....))))))))......(((...((((...))))..))))))))))....((((((((.((((......)))).))))))))..(((((((((((((((..((..(((((......((.(((((...........((.(((....))))))))))))...(((.((((((...(....)...)))))).)))...)))))..))..)))..((.((((.(..((((((...((..(((((((((((((((((..((((...((((((..(...((((((....))))))...)..))))))..)))).....((((..(((((..............)))))....))))....(((((((..........(((((.((...((((....)))).)))))))........(((((..(((((((.............))))))).....)))))(((.....))))))))))....)))))))))))).)))))..))))))))..).)))).))))))))))))))................))))..)))).....)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((,(((.((....)).)))}}},{{{.,,,((((((((((......,,((((.((((,.((((...(((((((((((...........)))...))))))))....{((((((,{((((.(((...((((((,.((((.(((((.(((((((((((((..(((....)))..)),}))))).))))).))))).))))..((((((......(((((..(......((({....})))..,...)..))))).......))))))({(........))}.,((((....))))))))))....))),)).}))..))))))}..)))).})))))))).)))))))))).........(((((((((((............))),..))))))))..,,,{((((((..,.,,,|||,}|,..,,.((((((((.((....((((,,{........}}}...)))).....}}.)))))))),))},((((((({....}))))))).....,{((|..((({...})))..,.})}},.......((((((((.((((......)))).))))))))..((((((((((((.,.{{({(((.{(({,.....(((.((((........)))))))|}},,,,}))},))}|,.....,.,,{((({.{({{......|||,.{((({.,{|...,..,,)))))..||.,,,..,..((((((...((..(((((((((((((((((..((((...((((((..(...((((((....))))))...)..))))))..)))).....((((..(((((..............)))))....)))).|..(((((((......{,,,(((((.{,...{{{,....,}},.}})))))........(((((.{(((((((.,...........))))))),....))))),|,.....}}})))))))....))))))))))))))))))..)))))))).})}),))}))))))))))))))........,,,,,,.....}},})))).,,}))}
Back