Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001416.4
Sequence Length
1758 nt
GC Content
0.4966
CCUAGUUUCUAAGGAUCAUGUCUGCGAGCCAGGAUUCCCGAUCCAGAGACAAUGGCCCCGAUGGGAUGGAGCCCGAAGGCGUCAUCGAGAGUAACUGGAAUGAGAUUGUUGACAGCUUUGAUGACAUGAACCUCUCGGAGUCCCUUCUCCGUGGCAUCUACGCGUAUGGUUUUGAGAAGCCCUCUGCCAUCCAGCAGCGAGCCAUUCUACCUUGUAUCAAGGGUUAUGAUGUGAUUGCUCAAGCCCAAUCUGGGACUGGGAAAACGGCCACAUUUGCCAUAUCGAUUCUGCAGCAGAUUGAAUUAGAUCUAAAAGCCACCCAGGCCUUGGUCCUAGCACCCACUCGAGAAUUGGCUCAGCAGAUACAGAAGGUGGUCAUGGCACUAGGAGACUACAUGGGCGCCUCCUGUCACGCCUGUAUCGGGGGCACCAACGUGCGUGCUGAGGUGCAGAAACUGCAGAUGGAAGCUCCCCACAUCAUCGUGGGUACCCCUGGCCGUGUGUUUGAUAUGCUUAACCGGAGAUACCUGUCCCCCAAAUACAUCAAGAUGUUUGUACUGGAUGAAGCUGACGAAAUGUUAAGCCGUGGAUUCAAGGACCAGAUCUAUGACAUAUUCCAAAAGCUCAACAGCAACACCCAGGUAGUUUUGCUGUCAGCCACAAUGCCUUCUGAUGUGCUUGAGGUGACCAAGAAGUUCAUGAGGGACCCCAUUCGGAUUCUUGUCAAGAAGGAAGAGUUGACCCUGGAGGGUAUCCGCCAGUUCUACAUCAACGUGGAACGAGAGGAGUGGAAGCUGGACACACUAUGUGACUUGUAUGAAACCCUGACCAUCACCCAGGCAGUCAUCUUCAUCAACACCCGGAGGAAGGUGGACUGGCUCACCGAGAAGAUGCAUGCUCGAGAUUUCACUGUAUCCGCCAUGCAUGGAGAUAUGGACCAAAAGGAACGAGACGUGAUUAUGAGGGAGUUUCGUUCUGGCUCUAGCAGAGUUUUGAUUACCACUGACCUGCUGGCCAGAGGCAUUGAUGUGCAGCAGGUUUCUUUAGUCAUCAACUAUGACCUUCCCACCAACAGGGAAAACUAUAUCCACAGAAUCGGUCGAGGUGGACGGUUUGGCCGUAAAGGUGUGGCUAUUAACAUGGUGACAGAAGAAGACAAGAGGACUCUUCGAGACAUUGAGACCUUCUACAACACCUCCAUUGAGGAAAUGCCCCUCAAUGUUGCUGACCUCAUCUGAGGGGCUGUCCUGCCACCCAGCCCCAGCCAGGGCUCAAUCUCUGGGGGCUGAGGAGCAGCAGGAGGGGGGAGGGAAGGGAGCCAAGGGAUGGACAUCUUGUCAUUUUUUUUCUUUGAAUAAAUGUCACUUUUUGAGGCAAAAGAAGGAACCGUGAACAUUUUAGACACCCUUUUCUUUGGGGUAGGCUCUUGCCCCAGGCGCCGGCUCUUCUCCCAAAAAAAAAAAAAAAACACUAAUCCAUUUCCCUAACCUAGUAACCUCCAGAUCCCAGAGGCUCUCCUCACCUCAGCUGAGCUCCUUUGAAAGUGAUUCAAGGGACUAUGUCACUCAGCCUCAUUUGCUGGACCAAAUCUGGAGGGAGAACCCCUAAAACCCCUAAGUGAGGUUGCCCAGGGGGUUGUCCCCAGGUGGGGGGAAGCAGGGGAGAGAAAAUGGUAGCCAUUUUUACAUUGUUUUGUAUAGUAUUUAUUGAUUCAGGAAACAAACACAAAAUUCUGAAUAAAAUGACUUGGAAACUGCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-578.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -608.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 537.82
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((..(((((((...(((((((.(.((.((.(((((..((.(((((.((..((((......))))..)).))))).....))..))))).)).)).).)))...))))....)))))))..(((((((((......))))(((((.((...((..(((((...(((.....))).)))))...))...)))))))....((((((.....(((((.(((.((....))))))))))..((((((((((((...(((((((.(((..((((((((((((((....(((((......)))))....(((.....)))..((((((.(((..(((((((((..(((((((((((.((.(((((((((....((((((...((((((((.((((.(((((..(.(((((.(((...((.....)).))).)))))).)))))(((......(((.((((.((...(((((......))))).....))..)))).)))......)))......((.(((....))).))((((((........))))))..(((..(((.(((...(((((((.....((((((((.........)))))))))))).)))....)))))).))).....)))).))))))))...))..))))...))))))))))).))).))))....))))....))).((..(((.(((.(((((((((((.(......).)))))).....))))))))..)))..))(((((((......))))))).....))))))..))))))).))....((((((.....(((((((((..(((((.((((.(((((((((((.((........)).)))))).))))).))..(((.....(((((((..((.(((........))))).))))))).......))).((....)).(((((((..............)))))))(((((((..(((((.(((.((.....))..)))))))))))))))))...)))))..)))..))))))...))))))...........(((((.......)))))...........))))))))))....))))..))).)))))))..((((..((.........(((((..............((((.(((...........))).))))........((((....))))....(((((((((((..(....)..))).))))))))..((((((..(((((((((...(((((......)))))))))))).))....))))))((((((((((..((..((((((((.((.......((((((.((((((((((.......((((.(.....).))))))))))))))..))).))).......))))))).....((((((((....))))))))))).))..))))))))))................))))).........))..)))).......))))).)))))))...(((((((((((..((..((.(((((((((.....)))))))))))..))...(((((.......))))).(((....))).((((.(((((((..((((.(.....).)))).....))))))).)))).))))))))))).)))))))))))(((((((...)))))))((((......))))......(((((.((((((((.............))))))))..))))))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((((({,((({((((.,({{{{,({{,{,.{|,|||{{,,{{,{(((({((..,((({,.{,{|||,..||||||||{,{{,||..|||,,,|,.||.|,}},.,,))))},)})))},},..||||{((((.,,..,|||||{{({.,|,.,||{{((((({,.((({{{{{,,((((|||,..||.{.((((((.((((((((.,.((..((((..((({((((((((,....((({...}))).(((((.....(((.......)))...(((({{(((...}}))}})}....||||,....(((.....))).,||(((({(((..((((((,,{..{(({(((((((.((.(((((((((....(((({,.,{((((((((.((((,(((((..(.(((((.(((...{(.....)).))).)))))).)))))|{{{...,,|||.{{((.,{...(((((......))))).....||{{}}||{|||,,,...}||,,..,.((,{,,....|}}|,,(({{{({,......})}}))..,{|},|{..(((..,{,,,{||||,},{{((({{{,........))))))))}}}}.})),...}||}},.}))}..,.)))).)))))))).}})}..))))...))))))))))).)))}}))).,,,}}||...,}}}.{{.{(({,{{|.{{{||{{(({{.{,.....},}}}}}),.,,,}}||,})},.})).}},(((((((......))))))).....))))))..))))),|{{{...,}}}........{....,,,|,,||,,,}})))))))))),..,)))})..)))).))..)))))))).)))))).|{{,....{((((((..((.(((........))))).)))))))}}.,,..,)).|{....}},(((((((.,..........,.)))))))|((((({,.(((((.(((.{(.....}}..))))))))))))))},}}.,.)))).))))..))))))||..(((((,....}}}}}.{((((.......))))),,}}}}},,,.{{||.,|((({(((|{|.,{|{|.}}))))}.....|{{,({{{{....})))).)),,,,,,.....{((((.,((,,{{{....}}))),,)))))....,,||||,{{{||||....{{{||||||||..,..,,}}.},),))}|||||,,,,,,||,.{{|||||||.,||{|||,,,..,))))})))))}|.||,|..|||||}(((((((((({.((((((((((((.((.......((((((.((((((((((.......{{((.,.....}.})))))))))))))..)))},)).......)))))))...,{((((((({....}))))))))),.,,))))))),))))..........................,}})))}..}}}.},..,}})},,.||||,}},|{(((((((((({..(({{((.(((((((((.....))))))))),,..},..,|||||......,|||}}.(({..,,})).((((.(((((((..((((.(.....).)))).....))))))).)))),)))))))))),})),}))))},|(((((((...)))))))|{|{,,,,..)}},......{((((.((((((((.............))))))))..))))))))))))))))..
Back