Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001424012.1
Sequence Length
3785 nt
GC Content
0.5532
AGUGUGCGUGGAGAUUAGGUCCAAGCGCCCGCCCAGAGGCAGGCAGUCCGCGAGCCCAGCCGCCGCUGUCGCCGCCAGUAGCAGCCUUCGCCAGCAGCGCCGCGGCGGAACCGGGCGCAGGGGAGCGAGCCCGGCCCCGCCAGCCCAGCCCAGCCCAGCCCUACUCCCUCCCCACGCCAGGGCAGCAGCCGUUGCUCAGAGAGAAGGUGGAGGAAGAAAUCCAGACCCUAGCACGCGCGCACCAUCAUGGACCAUUAUGAUUCUCAGCAAACCAACGAUUACAUGCAGCCAGAAGAGGACUGGGACCGGGACCUGCUCCUGGACCCGGCCUGGGAGAAGCAGCAGAGAAAGACAUUCACGGCAUGGUGUAACUCCCACCUCCGGAAGGCGGGGACACAGAUCGAGAACAUCGAAGAGGACUUCCGGGAUGGCCUGAAGCUCAUGCUGCUGCUGGAGGUCAUCUCAGGUGAACGCUUGGCCAAGCCAGAGCGAGGCAAGAUGAGAGUGCACAAGAUCUCCAACGUCAACAAGGCCCUGGAUUUCAUAGCCAGCAAAGGCGUCAAACUGGUGUCCAUCGGAGCCGAAGAAAUCGUGGAUGGGAAUGUGAAGAUGACCCUGGGCAUGAUCUGGACCAUCAUCCUGCGCUUUGCCAUCCAGGACAUCUCCGUGGAAGAGACUUCAGCCAAGGAAGGGCUGCUCCUGUGGUGUCAGAGAAAGACAGCCCCUUACAAAAAUGUCAACAUCCAGAACUUCCACAUAAGCUGGAAGGAUGGCCUCGGCUUCUGUGCUUUGAUCCACCGACACCGGCCCGAGCUGAUUGACUACGGGAAGCUGCGGAAGGAUGAUCCACUCACAAAUCUGAAUACGGCUUUUGACGUGGCAGAGAAGUACCUGGACAUCCCCAAGAUGCUGGAUGCCGAAGACAUCGUUGGAACUGCCCGACCGGAUGAGAAAGCCAUCAUGACUUACGUGUCUAGCUUCUACCACGCCUUCUCUGGAGCCCAGAAGGCGGAGACAGCAGCCAAUCGCAUCUGCAAGGUGUUGGCCGUCAACCAGGAGAACGAGCAGCUUAUGGAAGACUACGAGAAGCUGGCCAGUGAUCUGUUGGAGUGGAUCCGCCGCACAAUCCCGUGGCUGGAGAACCGGGUGCCCGAGAACACCAUGCAUGCCAUGCAACAGAAGCUGGAGGACUUCCGGGACUACCGGCGCCUGCACAAGCCGCCCAAGGUGCAGGAGAAGUGCCAGCUGGAGAUCAACUUCAACACGCUGCAGACCAAGCUGCGGCUCAGCAACCGGCCUGCCUUCAUGCCCUCUGAGGGCAGGAUGGUCUCGGACAUCAACAAUGCCUGGGGCUGCCUGGAGCAGGUGGAGAAGGGCUAUGAGGAGUGGUUGCUGAAUGAGAUCCGGAGGCUGGAGCGACUGGACCACCUGGCAGAGAAGUUCCGGCAGAAGGCCUCCAUCCACGAGGCCUGGACUGACGGCAAAGAGGCCAUGCUGCGACAGAAGGACUAUGAGACCGCCACCCUCUCGGAGAUCAAGGCCCUGCUCAAGAAGCAUGAGGCCUUCGAGAGUGACCUGGCUGCCCACCAGGACCGUGUGGAGCAGAUUGCCGCCAUCGCACAGGAGCUCAAUGAGCUGGACUAUUAUGACUCACCCAGUGUCAACGCCCGUUGCCAAAAGAUCUGUGACCAGUGGGACAAUCUGGGGGCCCUAACUCAGAAGCGAAGGGAAGCUCUGGAGCGGACCGAGAAACUGCUGGAGACCAUUGACCAGCUGUACUUGGAGUAUGCCAAGCGGGCUGCACCCUUCAACAACUGGAUGGAGGGGGCCAUGGAGGACCUGCAGGACACCUUCAUUGUGCACACCAUUGAGGAGAUCCAGGGACUGACCACAGCCCAUGAGCAGUUCAAGGCCACCCUCCCUGAUGCCGACAAGGAGCGCCUGGCCAUCCUGGGCAUCCACAAUGAGGUGUCCAAGAUUGUCCAGACCUACCACGUCAAUAUGGCGGGCACCAACCCCUACACAACCAUCACGCCUCAGGAGAUCAAUGGCAAAUGGGACCACGUGCGGCAGCUGGUGCCUCGGAGGGACCAAGCUCUGACGGAGGAGCAUGCCCGACAGCAGCACAAUGAGAGGCUACGCAAGCAGUUUGGAGCCCAGGCCAAUGUCAUCGGGCCCUGGAUCCAGACCAAGAUGGAGGAGAUCGGGAGGAUCUCCAUUGAGAUGCAUGGGACCCUGGAGGACCAGCUCAGCCACCUGCGGCAGUAUGAGAAGAGCAUCGUCAACUACAAGCCAAAGAUUGAUCAGCUGGAGGGCGACCACCAGCUCAUCCAGGAGGCGCUCAUCUUCGACAACAAGCACACCAACUACACCAUGGAGCACAUCCGUGUGGGCUGGGAGCAGCUGCUCACCACCAUCGCCAGGACCAUCAAUGAGGUAGAGAACCAGAUCCUGACCCGGGAUGCCAAGGGCAUCAGCCAGGAGCAGAUGAAUGAGUUCCGGGCCUCCUUCAACCACUUUGACCGGGAUCACUCCGGCACACUGGGUCCCGAGGAGUUCAAAGCCUGCCUCAUCAGCUUGGGUUAUGAUAUUGGCAACGACCCCCAGGGAGAAGCAGAAUUUGCCCGCAUCAUGAGCAUUGUGGACCCCAACCGCCUGGGGGUAGUGACAUUCCAGGCCUUCAUUGACUUCAUGUCCCGCGAGACAGCCGACACAGAUACAGCAGACCAAGUCAUGGCUUCCUUCAAGAUCCUGGCUGGGGACAAGUUACAGGAGGGAGGCAAAAUGCAAACGGCACAUGCUGCCUUCACGCCGCCAGGCUUUGCGGCUGUGUCGGGCCGCGCCGCUUUACGGCUGCUGGACUUUGCGGCCUUCCUGACCACUCUCUCCUCGCAGAACUACAUUACCAUGGACGAGCUGCGCCGCGAGCUGCCACCCGACCAGGCUGAGUACUGCAUCGCGCGGAUGGCCCCCUACACCGGCCCCGACUCCGUGCCAGGUGCUCUGGACUACAUGUCCUUCUCCACGGCGCUGUACGGCGAGAGUGACCUCUAAUCCACCCCGCCCGGCCGCCCUCGUCUUGUGCGCCGUGCCCUGCCUUGCACCUCCGCCGUCGCCCAUCUCCUGCCUGGGUUCGGUUUCAGCUCCCAGCCUCCACCCGGGUGAGCUGGGGCCCACGUGGCAUCGAUCCUCCCUGCCCGCGAAGUGACAGUUUACAAAAUUAUUUUCUGCAAAAAAGAAAAAAAAGUUACGUUAAAAACCAAAAAACUACAUAUUUUAUUAUAGAAAAAGUAUUUUUUCUCCACCAGACAAAUGGAAAAAAAGAGGAAAGAUUAACUAUUUGCACCGAAAUGUCUUGUUUUGUUGCGACAUAGGAAAAUAACCAAGCACAAAGUUAUAUUCCAUCCUUUUUACUGAUUUUUUUUUCUUCUAUCUGUUCCAUCUGCUGUAUUCAUUUCUCCAAUCUCAUGUCCAUUUUGGUGUGGGAGUCGGGGUAGGGGGUACUCUUGUCAAAAGGCACAUUGGUGCAUGUGUGUUUGCUAGCUCACUUGUCCAUGAAAAUAUUUUAUGAUAUUAAAGAAAAUCUUUUGAAAUGGCUGUUUUUUAAGGAAGAGAAUUUAUGUGGCUUCUCAUUUUUAAAUCCCCUCAGAGGUGUGACUAGUCUCUUUAUCAGCACACACUUAAAAAAUUUUUAAUAUUGUCUAUUAAAAAUAGGACAAACUUGGAGAGUAUGGACAACUUUGAUAUUGCUUGGCACAGAUGGUAUUAAAAAAACCACACUCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1352.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1422.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 878.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((((((((.((...(((((.(((....)))..((..(((.(..((((..(((((((.(.(((.((..((..........))..)).)))).)))))))....))))...).))))).(((((..(.(((((.((((((..((((((..........(((((((...((.(((((((....))))))).).)....)).)))))..(((((((((..(((..((.(((..((((((((((......)))))).....(((..............))).........(((.(((((.((((((.....)))))).))))))))(((((..(((.((......((...))......)).)))..)))))..(((((.....))))).......((((.....))))(((.(((((((((.(((((.(((...))).)))).).))))))))).)))..))))..))).))(((..((....))..)))..((((.(((..(....)..)))...))))....)))..)))))))))...........((((((.....((((((((.((((.((((.(((..((.(((((((.((.((((.(((((...(((............)))))))).).))).)).))))))).))..)))..(((((((((((...((((.(((..((((((((.((.((....)).))..)).))))))...................(((...(((((((....).))))))..)))))).))))...)).))))..)))))......))))))))(((((.....(((((((...(((((..(((...(((((((((...((((..((((........)))).))))...))...(((......)))(((.(((((((((..(((.(((.(((((......)))))..((((.......))))))).)))..))))))))).))).(..(((((..(((((...))))))))))..)...((.((((...((((((...)))))))))).))((((..(((..((..(((((((.((........))..))))).))..))..))))))))))))))))).)))))...)))))))(((((((..(((((.((((.((.......(((((...))))).......)).).)).).)))))..)).))))).(((((((............))))))).(((((...............))))).....(((((((......)))))))))))).((((.((((((((((.......)))))))))).))))...))))))))...)))))).)))))).)))).)).))))).)..))))).(((((.(.((((...((((((((.(((((((((((((((((((((((....(((((.((.((...(((...(((((((.......))))))).....((((((...((((...(((.(((..((((((((.(((((.((((((..(((((((......((((((((((.....)))).).))))))))))))((((.(((((((((....))...((((((.((........))..)))))).((((.(((((((((((((.................((((((.....(((((((((...(((.((((((.((((........((((((((....((((....((((((.((((((((......(((((..((.(((((..........))))).)).)))))......)))...)))))...)))))).....))))..((((((((((.((((....((((.(((...(((((.((.......)).)))))...))).(((.(((....))))))....)))))))).)))).)))))).....((((((..((((.(.(((((.(((.((((((((((...)).)))))))).))).).)))).))).))..))).....))))))).....)))).......))))..((((((.(((((((((((((...(((....((((((((((((((((.((((.(.((..(((.((((((.(((.(.......)))).))).)))..........(((.....))).(((((((..(((((((..........)).))))).))))))).........(((((((.....)))))))...........)))..)).).)))))))))))..)))...(((....)))........))).)))...)))...))))....))))))((((((.((....)).))))))..)))..))))))..............(((((..........(((.(((((.....))))))))((((((((((....)))).))).....)))..........(((((((((.........(((((((((((((((((...)))))).(((.(((((..........))))).))).....((((.....))))(((((.....)))))....)))))))...)))).........)))))))))..)))))))))))))).)))))))))(((((((((..(..(((.....)))(((((..........))))).......)..)))))))))..)))))))))))...)))))))))))).((((..((......)).))))........)))).))).))))))))........((..(((((((((((.........((((((((((((...)))...(((((((.(((((......(((....)))...))))))))))))((((((((((.....))))...........))))))..........)))))))))(((((.....(((....)))......))))).((((((((((((.((.....)).)).)))..)).)))))(((..((((.........))))))).))))).))))))..))..)).)).))))))))))).((((((((..((.((((((.(((.((.................)).))).)))))).)).))))))))...)))...))))))).))))))))).)).)))))))..)))))))))...))).)))))))))...(((((((((((((((.((((((.(((((((.((((((((((.(((.((((....)))).......((((((.......))))))...((((................))))..............(((((((....)))))))....(((.((.((((((....((((((((((........(((((.((((((.....)))))).)))))....((((.(((((..........))))).))))..................)))))))))).....)))))).)))))...............(((((((.(((...)))))))))).)))))))))))))......((((....)))).))))))))))))).)))..))))))))))))..(((((((...)))))))((((.(((.....((((((((((........)))))..)))))...)))))))))..))))))))...))))))))))..))))))))))))))))......)))))).........((((((((((.....))))))))))..........(((.((((.(((.....((((((((((((......)).))))))))))....))).)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((..((((((((({((...(((((.(((....))).}||..(((.(..((((.,(((((((.(.(((.((..{{.{,.......))..)).)))).)))))))....)))).,.).))},}.(((((..(.(((((.((((((..((((((,{,.......(((((((.,.((.(((((((....))))))).}.).,..)).)))))..(((((((((..(((.,({.(((..(((({(((((,.....)))))}{{{..(({..............})).,..,,,..(((.(((((.((((((.....)))))).))))))))(((((..(((.((..,...,....}}......)).)))..)))))..(((((.....))))).......((((.....)))){((,(((((((((.(((((.(({...})}.)))).).))))))))).))),.))))..))).}}(((..((....))..)))..((((.(((..(....)..)))...))))....)))..)))))))))...,,,.....{|||({.....((((((((.((((.((((.{((..((.(((((((.((.(((.,(((((...(((.,......,,,.)))))))).}.))).)).))))))).))..))}{.(((((((((((...((((.(((,,((((((((,((.((....)).))..}).)))))).,,,,,....|},...,,,(((...(((((({....}.))))))..)))))).))))...)).))))..))))).}....))))))))(((((....{(((((((...(((((..({{.,,(((((((,(...((((..((((........)))).))))...}}...(((......))}(((.(((((((({.,(((.(({,(((((......)))))..((((.,....,))))})).))).,))))))))).))).,..(((((,,({(((...))))))))))..}...{{.((((...((((({...)))))))))).))({{(,,(((..((..{((((((.((........)}..)))))),}..))..))))))))))))))))).)))))...)))))))|{((({{..(((((,((((.{(....,..(((((...)))))......,)),}.)}.}.|))))..)}.))))}.(((((({...,,......,))))))).|||||.}},}}|({{(.....)))),....(((((((......)))))))))))).((({.((((((((((.......)))))))))).})))...))))))))...}})))),)))))).)))).)).))))).)..))))).(((((.(.((((...((((((((.(((((((((((((((((((((((.,..((((({((.(....(((...(((((((.......))))))).....((((((...((((...(((.(({..((((((((.(((((.(((,(({{{{({((({,...,((((((((((.....)))).).))))))}}}|||{|.{{{({{((((((({,,,...|,||||.||},,,{{{{{{..,,||||.{{(({((,,,|||||{{,......((((.{.....}.)))}...{{((((((((...{((({,(((,,.((((((((((((((({((({,...{(((..,.((((((.((({({{{.{{{..(((((..((.(((((..,....}..))))).)).)))))....,,))}...)))))...))))))..,..}})}..{{{{||((((.((((,,..(({{.(((,.{({{((,((.{....,|}.||}||.,.|||.(((.(((....))))))..,.}))))))}.))||.}})))|.,({((({..|,.{({|,|..,,)),.})))}))}}))}.,,,}),))))))),})))))))).{,{...,,.,|||....|||}|||......)))},,.........}}|,,,||},{|||||,,|}||,,,}}}}.|}.,|}||((((((((((.((((.{,((,.(({.(((((,.,,,.|}}}}.,{{|||.,||{|||.,..,.....(({.....}}}.(((((((..(((((((..........))))}))).))))))).....,,,.(((((((.....))))))).,},,,,,}}.)))..))}).)))))))))))..)))...,}}}}}}||.,{{,..,,|||||,}}..,,....|||,...,}}|||,((((((.((....)).)))))).,))},|}})))}|||.,,,,......,,|||..........,,.,{{(({,....||}||||}((,(((((((....)))).)))}}..,{||,{{{...,,.((((((({(.(,,,...,(((((((((((((((((...)))))).(((.(((((.......,..))))).))),,,,.{,,,......||,(((((.....)))))},..)))))))..,)))),.......,)))))))))..)))))))))}})}}.})))},||,(((((((((..,..(((,...,)))(((((..........))))).......,..))))))))).)),...,))}}}}},,})))))}}},,.||||,.||,,..,,)}||}}}..,,....||,{,|,,.))).}}))},,,..,..}.}}})))}}|||{|..{{{..{(((((((,,(((,,.|||...((((({,.(({(({,.,,.(((,,..}}}...)))))})))}})|||,||(({(.....)))),)}.},..}}})),})))))))}...}))}))))),|((((.,{,.((,..,,,||,.,|.,}}|||.,{|{||||||{,,||,.}}})).))})),}})).,}|||((({.((((.........)))),,}.,)))),)}..))))}},))).)).))))))))))).((((((((..,{.((((((.(((.((.................)).))).)))))).,,.))))))))...}))...))))))).))))))))),.))))))))).,)))))))))...)))})})))))))...((((((((((((,((.((((({{(((((((.((((((((((.{(({((((..,,,,......,,.((((((.......))))))...,|||..,,............,,................(((((({....)))))))....(((.((.((((((....((((((((((..{,.,,,(((((.((((((.....)))))).))))).,,,((((.(((((..........))))).))))............,.}}..)))))))))).....)))))).)))))...,}}}}}}.....(((((((.(({...}))))))))).,})))))))))))......((((....)))).))))))))))))).)),..))))))))))))..(((((({...})))))),,,,,{{{,,...{{{|{{{{((......,,}}}}},}})}}),..}}},,,.))..))))))))...))))))))))..})))})))))))))))......))))))...........,||||{..{((((({{|...})),}})))}...{((.((((.(((.....(((((((((({(,,...,)).))))))))))....))).)))))),
Back