Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001424016.1
Sequence Length
3680 nt
GC Content
0.5511
AGUGUGCGUGGAGAUUAGGUCCAAGCGCCCGCCCAGAGGCAGGCAGUCCGCGAGCCCAGCCGCCGCUGUCGCCGCCAGUAGCAGCCUUCGCCAGCAGCGCCGCGGCGGAACCGGGCGCAGGGGAGCGAGCCCGGCCCCGCCAGCCCAGCCCAGCCCAGCCCUACUCCCUCCCCACGCCAGGGCAGCAGCCGUUGCUCAGAGAGAAGGUGGAGGAAGAAAUCCAGACCCUAGCACGCGCGCACCAUCAUGGACCAUUAUGAUUCUCAGCAAACCAACGAUUACAUGCAGCCAGAAGAGGACUGGGACCGGGACCUGCUCCUGGACCCGGCCUGGGAGAAGCAGCAGAGAAAGACAUUCACGGCAUGGUGUAACUCCCACCUCCGGAAGGCGGGGACACAGAUCGAGAACAUCGAAGAGGACUUCCGGGAUGGCCUGAAGCUCAUGCUGCUGCUGGAGGUCAUCUCAGGUGAACGCUUGGCCAAGCCAGAGCGAGGCAAGAUGAGAGUGCACAAGAUCUCCAACGUCAACAAGGCCCUGGAUUUCAUAGCCAGCAAAGGCGUCAAACUGGUGUCCAUCGGAGCCGAAGAAAUCGUGGAUGGGAAUGUGAAGAUGACCCUGGGCAUGAUCUGGACCAUCAUCCUGCGCUUUGCCAUCCAGGACAUCUCCGUGGAAGAGACUUCAGCCAAGGAAGGGCUGCUCCUGUGGUGUCAGAGAAAGACAGCCCCUUACAAAAAUGUCAACAUCCAGAACUUCCACAUAAGCUGGAAGGAUGGCCUCGGCUUCUGUGCUUUGAUCCACCGACACCGGCCCGAGCUGAUUGACUACGGGAAGCUGCGGAAGGAUGAUCCACUCACAAAUCUGAAUACGGCUUUUGACGUGGCAGAGAAGUACCUGGACAUCCCCAAGAUGCUGGAUGCCGAAGACAUCGUUGGAACUGCCCGACCGGAUGAGAAAGCCAUCAUGACUUACGUGUCUAGCUUCUACCACGCCUUCUCUGGAGCCCAGAAGGCGGAGACAGCAGCCAAUCGCAUCUGCAAGGUGUUGGCCGUCAACCAGGAGAACGAGCAGCUUAUGGAAGACUACGAGAAGCUGGCCAGUGAUCUGUUGGAGUGGAUCCGCCGCACAAUCCCGUGGCUGGAGAACCGGGUGCCCGAGAACACCAUGCAUGCCAUGCAACAGAAGCUGGAGGACUUCCGGGACUACCGGCGCCUGCACAAGCCGCCCAAGGUGCAGGAGAAGUGCCAGCUGGAGAUCAACUUCAACACGCUGCAGACCAAGCUGCGGCUCAGCAACCGGCCUGCCUUCAUGCCCUCUGAGGGCAGGAUGGUCUCGGACAUCAACAAUGCCUGGGGCUGCCUGGAGCAGGUGGAGAAGGGCUAUGAGGAGUGGUUGCUGAAUGAGAUCCGGAGGCUGGAGCGACUGGACCACCUGGCAGAGAAGUUCCGGCAGAAGGCCUCCAUCCACGAGGCCUGGACUGACGCCAUGUGGCCCUCUCUCAACCCAGGCAAAGAGGCCAUGCUGCGACAGAAGGACUAUGAGACCGCCACCCUCUCGGAGAUCAAGGCCCUGCUCAAGAAGCAUGAGGCCUUCGAGAGUGACCUGGCUGCCCACCAGGACCGUGUGGAGCAGAUUGCCGCCAUCGCACAGGAGCUCAAUGAGCUGGACUAUUAUGACUCACCCAGUGUCAACGCCCGUUGCCAAAAGAUCUGUGACCAGUGGGACAAUCUGGGGGCCCUAACUCAGAAGCGAAGGGAAGCUCUGGAGCGGACCGAGAAACUGCUGGAGACCAUUGACCAGCUGUACUUGGAGUAUGCCAAGCGGGCUGCACCCUUCAACAACUGGAUGGAGGGGGCCAUGGAGGACCUGCAGGACACCUUCAUUGUGCACACCAUUGAGGAGAUCCAGGGACUGACCACAGCCCAUGAGCAGUUCAAGGCCACCCUCCCUGAUGCCGACAAGGAGCGCCUGGCCAUCCUGGGCAUCCACAAUGAGGUGUCCAAGAUUGUCCAGACCUACCACGUCAAUAUGGCGGGCACCAACCCCUACACAACCAUCACGCCUCAGGAGAUCAAUGGCAAAUGGGACCACGUGCGGCAGCUGGUGCCUCGGAGGGACCAAGCUCUGACGGAGGAGCAUGCCCGACAGCAGCACAAUGAGAGGCUACGCAAGCAGUUUGGAGCCCAGGCCAAUGUCAUCGGGCCCUGGAUCCAGACCAAGAUGGAGGAGAUCGGGAGGAUCUCCAUUGAGAUGCAUGGGACCCUGGAGGACCAGCUCAGCCACCUGCGGCAGUAUGAGAAGAGCAUCGUCAACUACAAGCCAAAGAUUGAUCAGCUGGAGGGCGACCACCAGCUCAUCCAGGAGGCGCUCAUCUUCGACAACAAGCACACCAACUACACCAUGGAGCACAUCCGUGUGGGCUGGGAGCAGCUGCUCACCACCAUCGCCAGGACCAUCAAUGAGGUAGAGAACCAGAUCCUGACCCGGGAUGCCAAGGGCAUCAGCCAGGAGCAGAUGAAUGAGUUCCGGGCCUCCUUCAACCACUUUGACCGGGAUCACUCCGGCACACUGGGUCCCGAGGAGUUCAAAGCCUGCCUCAUCAGCUUGGGUUAUGAUAUUGGCAACGACCCCCAGGGAGAAGCAGAAUUUGCCCGCAUCAUGAGCAUUGUGGACCCCAACCGCCUGGGGGUAGUGACAUUCCAGGCCUUCAUUGACUUCAUGUCCCGCGAGACAGCCGACACAGAUACAGCAGACCAAGUCAUGGCUUCCUUCAAGAUCCUGGCUGGGGACAAGAACUACAUUACCAUGGACGAGCUGCGCCGCGAGCUGCCACCCGACCAGGCUGAGUACUGCAUCGCGCGGAUGGCCCCCUACACCGGCCCCGACUCCGUGCCAGGUGCUCUGGACUACAUGUCCUUCUCCACGGCGCUGUACGGCGAGAGUGACCUCUAAUCCACCCCGCCCGGCCGCCCUCGUCUUGUGCGCCGUGCCCUGCCUUGCACCUCCGCCGUCGCCCAUCUCCUGCCUGGGUUCGGUUUCAGCUCCCAGCCUCCACCCGGGUGAGCUGGGGCCCACGUGGCAUCGAUCCUCCCUGCCCGCGAAGUGACAGUUUACAAAAUUAUUUUCUGCAAAAAAGAAAAAAAAGUUACGUUAAAAACCAAAAAACUACAUAUUUUAUUAUAGAAAAAGUAUUUUUUCUCCACCAGACAAAUGGAAAAAAAGAGGAAAGAUUAACUAUUUGCACCGAAAUGUCUUGUUUUGUUGCGACAUAGGAAAAUAACCAAGCACAAAGUUAUAUUCCAUCCUUUUUACUGAUUUUUUUUUCUUCUAUCUGUUCCAUCUGCUGUAUUCAUUUCUCCAAUCUCAUGUCCAUUUUGGUGUGGGAGUCGGGGUAGGGGGUACUCUUGUCAAAAGGCACAUUGGUGCAUGUGUGUUUGCUAGCUCACUUGUCCAUGAAAAUAUUUUAUGAUAUUAAAGAAAAUCUUUUGAAAUGGCUGUUUUUUAAGGAAGAGAAUUUAUGUGGCUUCUCAUUUUUAAAUCCCCUCAGAGGUGUGACUAGUCUCUUUAUCAGCACACACUUAAAAAAUUUUUAAUAUUGUCUAUUAAAAAUAGGACAAACUUGGAGAGUAUGGACAACUUUGAUAUUGCUUGGCACAGAUGGUAUUAAAAAAACCACACUCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1300.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1369.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 1132.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((((((((.((...(((((.(((....)))..((..(((.(..((((..(((((((.(.(((.((..((..........))..)).)))).)))))))....))))...).))))).(((((..(.(((((.((((((..((((((..........(((((((...((.(((((((....))))))).).)....)).)))))..(((((((((..(((..((.(((..((((((((((......)))))).....(((..............))).........(((.(((((.((((((.....)))))).))))))))(((((..(((.((......((...))......)).)))..)))))..(((((.....))))).......((((.....))))(((.(((((((((.(((((.(((...))).)))).).))))))))).)))..))))..))).))(((..((....))..)))..((((.(((..(....)..)))...))))....)))..)))))))))...........((((((.....((((((((.((((.((((.(((..((.(((((((.((.((((.(((((...(((............)))))))).).))).)).))))))).))..)))..(((((((((((...((((.(((..((((((((.((.((....)).))..)).))))))...................(((...(((((((....).))))))..)))))).))))...)).))))..)))))......))))))))(((((.....(((((((...(((((..(((...(((((((((...((((..((((........)))).))))...))...(((......)))(((.(((((((((..(((.(((.(((((......)))))..((((.......))))))).)))..))))))))).))).(..(((((..(((((...))))))))))..)...((.((((...((((((...)))))))))).))((((..(((..((..(((((((.((........))..))))).))..))..))))))))))))))))).)))))...)))))))(((((((..(((((.((((.((.......(((((...))))).......)).).)).).)))))..)).))))).(((((((............))))))).(((((...............))))).....(((((((......)))))))))))).((((.((((((((((.......)))))))))).))))...))))))))...)))))).)))))).)))).)).))))).)..))))).(((((.(.((((...((((((((.(((((((((((((((((((((((....(((((((((((((((((....(((((((((....((((((((((.((.(((...((.(((...((..(((((((((...((((((.((((......((((....(((((..((((...(((((((......((((((((((.....)))).).))))))))))))...((((((((((((((......).)))).))))((((((((....((((.(((((((...))))).........((((.(.....).))))...((((((((((...(((((.(((...((((((((((((..(((((((...((((....((((((.((((((((......(((((..((.(((((..........))))).)).)))))......)))...)))))...)))))).....))))..((((((((((.((((....((((.(((...(((((.((.......)).)))))...))).(((.(((....))))))....)))))))).)))).))))))..((((((.(...(((((.....))..)))).)))))).......))).)))).))))))))).(((.......)))....(((.(((......)))))).........)))...)))..)))))..)))).)))))).))..))))((((((((((.((((.(.((..(((.((((((.(((.(.......)))).))).)))..........(((.....))).(((((((..(((((((..........)).))))).))))))).........(((((((.....)))))))...........)))..)).).)))))))))))..)))....))))))))..((........))(((((((.........)).))))).((((((.((....)).))))))...))))).))))))))))))).......)))).........(((.(((((.....))))))))((((((((((....)))).))).....))).)).)).)).(((((((((.........(((((((((((((((((...)))))).(((.(((((..........))))).))).....((((.....))))(((((.....)))))....)))))))...)))).........)))))))))..)))))))))..))....))).)).(((((((((..(..(((.....)))(((((..........))))).......)..))))))))).))).)).)))))))))).......(((.((((((......((((((.............((.(((.....))))).............)))))))))))).)))..........))))).).)))..)))).)))))......((((..(((.(((....((((((((((((.((((.........)))).....)))))))..)))))...((((.....)))).....((((((((..((.((((((.(((.((.................)).))).)))))).)).))))))))...(((...))).))).)))))))....))).)))))..)))))))))...))).)))))))))...(((((((((((((((.((((((.(((((((.((((((((((.(((.((((....)))).......((((((.......))))))...((((................))))..............(((((((....)))))))....(((.((.((((((....((((((((((........(((((.((((((.....)))))).)))))....((((.(((((..........))))).))))..................)))))))))).....)))))).)))))...............(((((((.(((...)))))))))).)))))))))))))......((((....)))).))))))))))))).)))..))))))))))))..(((((((...)))))))((((.(((.....((((((((((........)))))..)))))...)))))))))..))))))))...))))))))))..))))))))))))))))......)))))).........((((((((((.....))))))))))..........(((.((((.(((.....((((((((((((......)).))))))))))....))).)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((..(((((((((,((...(((((,(((....|||.|{{.,{{,{(,.(({{.,(|||{||,|,{((,((..{,.{{.,,,...}}..)).)))}.)))))))..,,)))),}.|,||||,,((|||||(.||((|.((,{,|,.{{{{{{.|||,,.|||({{((((,{,((,(((((((....))))))).|.|,,..||,|||}}..{{{{{{{{{..{{{.{(,.{{{.,{{{{{((((({.....}}}||},{{..(({..............|||.,,,||,..(((.(((((.((((((.....)))))).))))))))(((((..(((,((,.,...{,..,||.,.,..}}.)))..))))),,({(({...,,|))||,......((((.....)))}{((.(((((((((.({(((.({{...})}.)))}.}.))))))))).)))|.))))..|||{||((,..||},.,))}.}||..({((.(((..(....)..)))...}}}}....,||,,|||||||||,,.,{{.,,...{(({{.....((((((((.((((.((((.{((..((.(((((((.((.(((.,(((((...(((.,......,,,.)))))))).}.))).)).))))))).))..))}{,((((({(((((...((((.(((,.((((((((,((.((....)).))..}).)))))).,,,,,....|},...,,,(((...(((((({....}.))))))..)))))).))))...)).)))}..))))).},...)))))))}(((({....{(((((((...(((((..(({.,,(((((((,(...((((..((((........)))).))))...}}...(((......))}(((.(((((((((.,(((.(({,(((((......)))))..((((.,....,))))})).)))..))))))))).))).,..(((((,,({(((...))))))))))..}...{{.((((...((((({...}))))))))).)){{{(,,({(..((..{((((((.((........)}..)))))),}..))..))))))))))))))))}.)))))...)))))))|{((({{..||{((,({{{.{{..,,,,.(((({...))))).....,,}|,|.}}.|,||}}}..}}.))))|.(((((({...,,......,))))))).|,|||,}},}}|||{(.....)))).....(((((((......)))))))|||||,((({.((((((((((.,....,|}))))))}}.})}},,,)))}}}}}...}})|}}})))))),)))}.}),))))).}..)))),.|||||.|,||||,,,||||||||,||||{|||(((((({{(({{{((.,..|(({({{{.{||||(((,{.(((((((.......))))))){{,.{(,{(({,(((((((((,,{((..{{{.||...,|||||},}{{.|||.|{(,,{(,(,((({{.,{((({.{(((((((......((((((((((.....)))).).)))))))))))).).,,}|||({((((({{{{,.,{{||||.{{,,..,{|,||..||||||.|{(({((,,,|||||,{,......((((.,.....}.)))}...{{((((((((...{((({.(((,,.((((((((((((((({((({,...{(((..,.((((((.((({({{{.{{{..(((((..((.(((((..,....}..))))).)).)))))....,,))}...)))))...))))))..,..}})}..{{{{||((((.((((,,..(({{.(((,.{({{((,((.{....,|}.||}||.,.|||.(((.(((....))))))..,.}))))))}.))||.}})))|.,({((((..|,.{({|,|..,,)),.})))}))}}))}.,,,}},))))))),})))))))).{,{...,,.,|||....|||}|||......)))},,.........}}|,,,||},{|||||,,|}||},,}}}}.}}..|}||||||({((((.((({,{,(({.{{{.(((((,.{{{.||,||.,{{|||...|{|||.{,,{{.,.,(((.,.,,|||.(((((((..(((((((...,......))}}}))).))))))).....{|{.(((((((.....))))))).,},.,.,|}.|}}..}}|}.|}}}})))}|}..|||.,,{|,|||,||,{({{,...,,.}},}},.}},...}}}.....}}|||,((((((.((....)).)))))).,)))}}),))))}}}.}},,,.,...,,{||..........{{,{(((((.....))))))))((,(((((((....)))).))),}..,,}}.}}.,,.,,.(((((((((.{..,....(((((((((((((((((...)))))).(((.(((((.......,..))))).))).....,,,,.....,||,(((((.....))))),,..)))))))...)))),.,.....,)))))))))..)))))}))}},}}}.}}}}},||,(((((((((..,..(((,...,)))(((((..........))))).......,..))))))))).)),.,,.}))})))})))))))},|||.{((({{||....{{||{{,,...,,...,{{,(,(,..}}}.}}))}.,..,}..,.}}})))}))))})}}.},,.........,}))).}..}))))}).))||||||,.,||||,{|||||.(((,,,,{{..{({(((((.((((.........)))).....}}))}))..))))},,.||{|,..,.)))),,...((((((((..,{.((((((.(((.((.................)).))).)))))).,,.))))))))...|||...)))},))}))))..))...}))).}))),)))))))))}.,,)))),,})))))}..,{|||||||{{||}||,||||||||{|||{|}|||||||||{,{(({((((...,,,.,....,,.|||||{,,....,||||||{{{{(({{.{,....,.......,.................{(((({{....})))))}...,(({.,,.,|||{,....(((((({{{{.....{,,(((((.((((((.....)))))).))))).,,,((((.(((((..........))))).))))...,,,,,,..,)})),,))))))))}}...,,))))}),))))),..,,.,))),}}..{((((({.(({...)))))))))),,,))))))))))),...,,((((....)))}.}}))))))))))).))},,)))))))))}}),,{(((({{...|}}}}})}}},,,{{,....||||||||||,}}}}}}},||||{|||,||{{{,|,....}).,))))}))),,,))}}))))},..))))))))))))))))......))))))...........,||||{..{((((({{|...})),}})))}...{((.((((.(((.....(((((((((({(,,...,)).))))))))))....))).)))))),
Back