Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001424038.1
Sequence Length
2361 nt
GC Content
0.3842
GAGAAUCCCGGUGGUGAGCGGGGAUGGCGGUUGUAGCGGCGGCUGCCGGCUGGCUACUCAGGCUCAGGGCGGCAGGGGCUGAGGGGCACUGGCGUCGGCUUCCUGGCGCGGGGCUGGCGCGGGGCUUUUUGCACCCCGCCGCGACUGUCGAGGAUGCGGCCCAGAGGCGGCAGGUGGCUCAUUUUACUUUCCAGCCAGAUCCGGAGCCCCGGGAGUACGGGCAAACUCAGAAAAUGAAUCUUUUCCAGUCUGUAACAAGUGCCUUGGAUAACUCAUUGGCCAAAGAUCCUACUGCAGUAAUAUUUGGUGAAGAUGUUGCCUUUGGUGGAGUCUUUAGAUGCACUGUUGGCUUGCGAGACAAAUAUGGAAAAGAUAGAGUUUUUAAUACCCCAUUGUGUGAACAAGGAAUUGUUGGAUUUGGAAUCGGAAUUGCGGUCACUGGAGCUACUGCCAUUGCGGAAAUUCAGUUUGCAGAUUAUAUUUUCCCUGCAUUUGAUCAGAUUGUUAAUGAAGCUGCCAAGUAUCGCUAUCGCUCUGGGGAUCUUUUUAACUGUGGAAGCCUCACUAUCCGGUCCCCUUGGGGCUGUGUUGGUCAUGGGGCUCUCUAUCAUUCUCAGAGUCCUGAAGCAUUUUUUGCCCAUUGCCCAGGAAUCAAGGUGGUUAUACCCAGAAGCCCUUUCCAGGCCAAAGGACUUCUUUUGUCAUGCAUAGAGGAUAAAAAUCCUUGUAUAUUUUUUGAACCUAAAAUACUUUACAGGGCAGCAGCGGAAGAAGUCCCUAUAGAACCAUACAACAUCCCACUGUCCCAGGCCGAAGUCAUACAGGAAGGGAGUGAUGUUACUCUAGUUGCCUGGGGCACUCAGGUUCAUGUGAUCCGAGAGGUAGCUUCCAUGGCAAAAGAAAAGCUUGGAGUGUCUUGUGAAGUCAUUGAUCUGAGGACUAUAAUACCUUGGGAUGUGGACACAAUUUGUAAGUCUGUGAUCAAAACAGGGCGACUGCUAAUCAGUCACGAGGCUCCCUUGACAGGCGGCUUUGCAUCGGAAAUCAGCUCUACAGUUCAGAUGAGUGUCAUCCAGAGUGUUUGUGACUUACCCAUUUUAUAAAGACAGUGGAAUAUCUGGGAUUAGACAGGAGUCUUGAAUAAAUGUAAAGUGUGUGCACAUGCACUCUUAAUUCAAAAUCCCCUGCCUUCCACGAGGAAGAUAAUAGAAGUUUUGGACCCGUUAUACAAUGUUCUGUUGUUCAUGGCAAAAUUAUUCACCAGCUAACCACAGAAUGACUUGAGACAAUAGUGUAAUAUUUGAUGGAGGAAUUAUAUUUAAUAUUUUGGAUAAUUUGAGUUUGGAUUUAUUAAUAUGAGAAAUUUGAAAGGUACACAGUGUUUUUGCUUAAUUCAGAUUUUAUUUGCACAAAUAGAAAGUAUAGAAAAUGAAUUUUAGUAAAAUUUAGUGAGCAUGAUAUCCAUAAAUGUUUGCCUGUUAUGGCUUUUAUCUACUGAUAAAGAAGAUUAGAAAAAAAACUAGACACUUGAAAAAUUUUUUUUCAUUGAUAAUUUUCCCAUAUAAUUUUGAGUAAUCUGAGUAAUAAAAUAUACCUUUCAGUAACUCUUUCAUGCAGAUAUUCAACUAUGCAAUAUCCUGUAUUGAGCUUCCUCUCUAUGGAAAGCCUUGUUCCAUAUUAUAAGUGAAACCUGUAUCAAAUUACCAGUGCCUUGGGUUGUUUAAACUGAGAUCACCUAAGUUUGAGGUACAACUGCUUUCACCACUUAGCAUGAUUCAUAUUUCUCUAUUUCUUUUUUGGGGUAUAUUUUUUAAGGUUAAAAAAGAUAAAACAGGGUUAAGAUAUUGAAAGCCAACUUUCUGGGACAGCAGAGAAAAUGUACACGGACAACUCUUUCAUUGUUAUCUGGGAAAAGAUGUUUUAAAUCGUGGAUGAGAAUGAUGUAUAAAUUUGAGUACUUUUGAUUAAAAUAUGAAGUUAUUGUUGGUUCAACAAAUGCAAGUUUUAUGUCAAAGGAAAUGAAAACAAUGUUUGCUCCACAGGCGAUUUUUGAUAGAAGAUAUCUGGUAGCUUUUUAAAAGCUCAUGGUUAAUCCUACAAAAUUGCUUUUAAAAUAUUUUAAGAGAAUGAGUAUUAAUAGUAAAGUUAUUGUUUUUAAAUACAUUAAAAUCUGAAAACACCUGAAAAUAUGAACUAUGCUGUUUUAUUCAAAAGUUUAAGUUACUACCUAUAUUAAAAUAAAAAAUAUUGAAGAGAAUACAGCACUAUGGAGAGUAUUCUUUUAAGUUUAUAAUUGGUAUUUUUAGAUAGAAAAAUUAUGCUAUAUAAAAUUAAAUAUCAAAUAAAGGAACAUUUUUAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-639.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -687.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 507.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.(((((((((((((((((.(((((((((....)))))))))(((((....(((.(((.....(((((.(((((.(((((((.((.((((((((((((....).))))))))))).))))))))))).))).)))))....))))))....))))).......(((((.((((((.....(((((((..((((((((((((.((((......))))....))).((((((..(((((((((((((((((((((((((.((.((..((((....(((((((...........(((((((((.....)))))))))))))))).))))..)).)).)))))..))..)))).)))).....))))))))))...))))))......((.((((....))))))......)))))))))....))))....))).....)))))))))))..((((((.......))))))..........)))))))..(((((((((...((((.((((((((((.(((((.((((((.....((((((.......(((((((((((((((((.((((((((...))))))).).))))...))))))...(((((((((((...((((((((((((((((.((((.((((((((((((..((((....))))..)).(((((.(((((((....(((((((((((((..(((....(((((....)))))((((((((((........))))))...))))..)))...))))))))))))).((((((........((((((((.((((((((((.................((((((....))))))....))))))))))((((((((...(((((...(.(((..(((.(((.(((.........)))))))))..))).)...))))).)))))))).............))))))))........)))))).))))).)).......)))))(((((.....))))).(((((((.(((....))).)))))))....(((.....((((............))))....)))(((((((.((((...(((.(((((((((........(((...((((........))))..)))........))))))))).))))))).)))))))...(((((.((((((((...(((.(((((((((.(((((((((((..((((((...(((...(((((((.(((..(((............)))...))).))))))).............((((((((.(((.....))).))))))))........(((.((((((((....((.((((((((((((.(((..(((((((((((((.....(((((((.((((((..((((((.................))))))..))))))..)))))))....)))(((((...........))))).(((......))).((((((....))))))(((((((((((((((((................))))))))).....))))))))...(((.((((.((....)).)))).))).....))))))))))........(((((((((((((((....)).))))).))))).)))((((((.......)).))))....))))))))))...))))).))....))))))))))))))...))))))....)))))..(((((.((((((.(((((((....))).))))..))))))..)))))........))))))))))))))))))..((((((((........))))))))...)))))....))).))))).......)))))))).))((((.((((..((.........))..)))).))))....)))))))))))))))))......))))))))))))))..............((((((((((((((.((......((((((...))))))...)).)))))).))))))))......((((...))))..)))))))..))))))))))))..))))).))))))))))))))....)).))))))).............((((((((....))))))))..((((((..(((((((.((((..((((((((........................))))))))..)))).))))))).))))))..........))))))))......................((((((((((.............))))))))))...(((((..((((((((((((.((((..........)))).)))....))))))))))))))))...))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{{{(,(.(((((((((((((((.(((((((((....)))))))))(((((.,..(((.(((..,,.(((((.(((((.(((((((.((.((((((((((((......))))))))))).))))))))))).))).)))))..,,))))))....))))).......(((({{((((((.....(((((((..((((((((({.({((((......))))}...,||.{(({{{..((((((((((((((((((({(((((.{{.((..(({{....{((((((...........(((((((((.....)))))))))))))))),)))).,)}.}}.))))),,},..,))).)))).....))))))))))...)))))}......((.((((....)))))).....})))))))))....))))....))).....))))))))))).,((((((.......)))))),.........)))))))..(((((((({...(({{.((((((((((.(((((.((((((,,{{((((((,.......,{(((((((((((((((.((((((((...))))))).).)))}..,)))))).}}|||{|||||||,,|{(((((((((((((((.((({.{((((((((,...,({(((({...{|{{{{.((({{.,,,,|||....(((((((((((((..(((...{(((((....)))))|{{{{,,,{{.....,,,}}}},,...)},}}})}},,,))))))))))))).,,,,,,......,.((((((((.((((((((((.............,...((((((....))))))..,,))))))))))(((((((({{.(((((...(.(((..(({{(((.(((.........)))))))))..))).)...)))))})))))))).............)))))))).{{{{{..||||,,.}}|||{},.......}}|||(((((.....))))).(((((((.(((....))).)))))))....{({.....|{{|..,,,..,.}}}),))},,.|||({{(({(,((((,..{,,.{{{{|||||}}.}}..}|||...||||,}...,,,|}},.})))........,}}}}||}|,||}}}}}.))))}))...{((((.((((((((...{((.(((((((((.(((((((((((..((((((,,.{{(...(((((((.(((..(((..,......,..)))...))).))))))),.,,|,.,,|,..,||{{{{{,{{{{{{,,||{.|||||}},,,,,,...(((.((((((((....((.((((((((((((,((,..{(((((((((,,{..,{,(((((((.((((((..((((((,{.,.......,...},)}))))..))))))..))))))),.,,,}|(((((...........)))))}(((......))).((((((....))))))((((((((({(({{{{{.........,|,,,,.}}})))))).....))))))))...,,,.{{{{,{{,...}),)))).},,.....))))))))))....,,..(((((((((((((((....)).))))),,))))},))((((((.......))}}}))....})))))))))..,))))).))....)))))))))))}}}...})))))....))))},{{{(((.((((((.{((((({....}))}}})}..))))))..)))))}.......)))))))))))))))))}..{{((((((,....,,,))))})))...)))))....))).))))}}))),.})))))))).)}|{{{,{{{{.}||....,,,,.}}..})}}.})))|...})))))))))))))))}..,|.,))))))})))))}|......,,,.,,..((((((((((((((.((..{{,.{(((((...))))))}}.)).)))))).))))))))...,.,||,|,..}}}},,)))})}),,))}}},})))))..))))).)))))))))),}}}.,}.}}.))))))}.............((((((({....})))))))..((((((..(((((((.((((..((((((((........................))))))))..)))).))))))).))))))..........))))))))..........,.......,|,.((((((((((..,..........)))))))))).,,|{{,{..((((((((((((.((((..........)))).)))}...,)))))))),}},.))}..,}))}}....
Back