Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001424053.1
Sequence Length
2054 nt
GC Content
0.5574
ACGCGCCCGGUUUCACUGAGUUAAAAGAAACCUAUUUUAAUAUGAAAAUCGGUUCUUAUAAAGAGCAUACCAGGAGAUCAUCUACACUCGCAGGGUUUUCCAAACUUGUCUUAUUAUUAGUAACACCUGGCUGGGCCCAGCCCAAUCCCAGUGACUUCACUCUCUGGAAGAGGGGCUUGGGAAUCUUUCUCAUUAAGGAGCUCCCCAGAUGAUUCUUCUGAGCGAGUAAUGUUGGGAAACCCUGGAGCAUCCAGCCUGGUGAUUUUGUGCUGAGGGCCGCCCCGCCUGUCAAUGGCCCACUUGGAAGUAGAGCCUGGACCACCUAGUCCAAGUCUAUCGCUGCAUCCUGCUGCCUUCGCGCCCUCGACCCGCAAGUAUUUGCGAGGUAUGUGAGGAGCAGCGCUGUGAGGAGGAAGUCUUCCCCCUGGCCAUGAACUACCUGGAUCGCUACCUGUCUUGCGUCCCCACCCGAAAGGCGCAGUUGCAGCUCCUGGGUGCGGUCUGCAUGCUGCUGGCCUCCAAGCUGCGCGAGACCACGCCCCUGACCAUCGAAAAACUGUGCAUCUACACCGACCACGCUGUCUCUCCCCGCCAGUUGCGGGACUGGGAGGUGCUGGUCCUAGGGAAGCUCAAGUGGGACCUGGCUGCUGUGAUUGCACAUGAUUUCCUGGCCUUCAUUCUGCACCGGCUCUCUCUGCCCCGUGACCGACAGGCCUUGGUCAAAAAGCAUGCCCAGACCUUUUUGGCCCUCUGUGCUACAGAUUAUACCUUUGCCAUGUACCCGCCAUCCAUGAUCGCCACGGGCAGCAUUGGGGCUGCAGUGCAAGGCCUGGGUGCCUGCUCCAUGUCCGGGGAUGAGCUCACAGAGCUGCUGGCAGGGAUCACUGGCACUGAAGUGGACUGCCUGCGGGCCUGUCAGGAGCAGAUCGAAGCUGCACUCAGGGAGAGCCUCAGGGAAGCCUCUCAGACCAGCUCCAGCCCAGCGCCCAAAGCCCCCCGGGGCUCCAGCAGCCAAGGGCCCAGCCAGACCAGCACUCCUACAGAUGUCACAGCCAUACACCUGUAGCCCUGGAGAGGCCCUCUGGAGUGGCCACUAAGCAGAGGAGGGGCCGCUGCCACCCACCUCCCUGCCUCCAGGAACCACACCACAUCUAAGCCUGAAGGGGCGUCUGUUCCCCCUUCACAAAGCCCAAGGGAUCUGGUCCUACCCAUCCCCGCAGUGUGCACUAAGGGGCCCGGCCAGCCAUGUCUGCAUUUCGGUGGCUAGUCAAGCUCCUCCUCCCUGCAUCUGACCAGCAGCGCCUUUCCCAACUCUAGCUGGGGGUGGGCCAGGCUGAUGGGACAGAAUUGGAUACAUACACCAGCAUUCCUUUUGAACGCCCCCCCCCACCCCUGGGGGCUCUCAUGUUUUCAACUGCCAAAAUGCUCUAGUGCCUUCUAAAGGUGUUGUCCCUUCUAGGGUUAUUGCAUUUGGAUUGGGGUCCCUCUAAAAUUUAAUGCAUGAUAGACACAUAUGAGGGGGAAUAGUCUAGAUGGCUCCUCUCAGUACUUUGGAGGCCCCUAUGUAGUCCGUGCUGACAGCUGCUCCUAGAGGGAGGGGCCUAGGCCUCAGCCAGAGAAGCUAUAAAUUCCUCUUUGCUUUGCUUUCUGCUCAGCUUCUCCUGUGUGAUUGACAGCUUUGCUGCUGAAGGCUCAUUUUAAUUUAUUAAUUGCUUUGAGCACAACUUUAAGAGGACAUAAUGGGGUCCUGGCCAUCCCACAAGUGGUGGUAACCCUGGUGGUUGCUGUUUUCCUCCCUUCUGCUACUGGCAAAAGGAUCUUUGUGGCCAAGGAGCUGCUAUAGCCUGGGGUGGGGUCAUGCCCUCCUCUCCCAUUGUCCCUCUGCCCCAUCCUCCAGCAGGGAAAAUGCAGCAGGGAUGCCCUGGAGGUGGCUGAGCCCCUGUCUAGAGAGGGAGGCAAGCCCUGUUGACACAGGUCUUUCCUAAGGCUGCAAGGUUUAGGCUGGUGGCCCAGGACCAUCAUCCUACUGUAAUAAAGAUGAUUGUGAAAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-764.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -800.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 729.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((.((((((.(((((((((((........)))))))..........((((((...))))))...((((((((((((.....(((.((((((((((((((((((.((((.....((...((.((((..(((((((((((....((((.((......)).)))).....)))))((((((...))))))....)).)))).)))).))...))..)))))))))....))))))))))))))))....(((((.(((..........(((((((......)))).)))....(((((((((..(((((.(.(((((......))))).)))))).((((((..((((.(((((((((((((((((((((((....))))).)))...))))).)).)))..((.(((.((((...)))).))).))............(((.(((..........))))))........))))))))).))))))((..(((((.(((((.(.(((.(((((...)).))).))).)))))).)))))..))...............((.(((.....(((((.((..(((((((((((.....)))))...)))))).)))))))....))).)))))))))))))).)))))..(((....)))))))))))))))...............((((((((((((((((.(((.(((((((...((((((((((...........)))))))))).(((((...)))))....((((..(((.(((((..(((..(((.....(((...))).....))))))....))))).)))..))))))))).))...)))))))).....((.((((..((((.(((((...(((((........))))).))))).))))..)))).))..((((.......))))...))))))))))))))).))))))......(((((((..((((..(((((...((((((((((((((((..(((((...((((((.((...(((((....((((((.(((.........))).))))))....((((((((.((((((.((((((.....((((.((((((((....))).....))))))))).....))..))))..............((((((((.(......)))))))))..........(((((..(((...))).)))))..(((.(((((...((((((..(((.((((((............)))))).)))..))))))......)))))))).)))).)).))))))))........))))))).)))))).)))))..(((((((.((((((..(((....(((.........(((..((((((..........))))))..))).........))).....))).))))))(((((...))))).)))))))..((((((((((((((((((...(((((((((((((........((((..((.(((((((...(((((....((((.....))))((((.(((....)))))))))))))))).))).))..)).))........))))))).(((((....))))).(((((.((..((((....(((((((.(((..((.....))..))).....((((.......))))..(((.((((.(((((...................))))).)))))))....)))))))....))))..))))))).))))))))))).)))))))))))))..(((((.(((((((..((((.((((...)))).)))).((((((....)))))).(((((..((..((((((((((.((................)).))))..))))))..))..)))))))))))))))))..))).))))))).)).))))....((((........))))(((.(((.(((((....))))).))).)))..))).))..))))..)))))))))).....((.((((((.............)))))).)).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,.....,(((((((....{{{.(({{{{{{.{((({......))))).))||||}.,,,,,{{{{(((((((,((,..,,,...(((.((((((((((((((((((.{{{{.....{{...((.((((.{((((,,,||||}...||||,|{......||.||||.,|,{|||||{((((,...|}))},....})}))))})})),,}...}},,)))))))))....)))))))))))))))).,,,...))))))}....,|}}||,,(((({{{{,,|||,{{,.{(((((,....(({,(((((,{.(((((......))))).))))},.,||{(.{{{({(({{({{(((({(((({((((((((....))))).)))..,))))).)),)))..|,.||{,|||,,.,)))).}}}))))))..,,..{{{((,,((({{{{{,,{{{|||,||{{{(((...{(({,,,|,,((((({({{(((((.(((((,(.(((.(((((...}}||)).))).|))))).))))).,,............{{((({{{{{.||..(,(,,||..|}|..,.{{{((,,,,.|||||,.,((((((((((((((.,.(({...}},..,((((.(((((((((((.({.,(({,({{{......|||..))},..||||..(((((({{(,,(((((.(((.(((((((...((((((((((...........)))))))))).(((((...)))))....((((..(((.(((((..(({.,({{{|.|.{{{..,))),}}}.,))))),),.))))).)))..))))))))).))...))))))))..}}||{,..}))))}((((((,,({(,,,(({{..{{{.||,||..|.||{|,{|{{{{,{{.{{,((((.......)))).}}}.)),)).)))}}})},}.,)).)))}).}))),))).},}})))}},,..{((((....))))),)))))))),,)).)))).},.)))))))))}}|||,||}||,}}}}}....||,.}}}}}|.(((((((.((((((....}).)))).....((((.((((((((....}}}..,..)))))))))))))))).....,...........,..{(((((((,(..,,,,|||||}}}}....{{{,,.{(({(,{(({,,.{||{,,}}}..(((.(((({...((((((..(((.((((((...........,)))))).)))..))))))......))))}))).{((((((,({{{..{{{,.|.||.},))))))}))))}})))}|.}|||,|{|,.,{(({.,,...,,,|{({{{{.....(((..((((((,,,,......)))))}..}}}.||.,,,},,.},...,}}}}}.,||,|{{{|,,,,}))},}}}}))}}}||||||||{{{{(({{{(|,,((((({{{{|||{......,,||||,,,,.{{{,{{{.,|||||||,,,||{{.....))))||||,|||....)))))))))}}))))),)})}))}}}}.}}}},}},}}}}}}))),|||||...,))))),({{((,((..(({{....({({({{.(((..((.....))..)))..,..{{|{,.,....}|||,.,,{.{|||}{{{(({{{...{{{{,....))}}),,,)}))),},.....}})))))....}})),,|||||||,|||||||,||}|||}}}}))))),)}))}}}}||,,..,|||||||,|||{,,,)))}.,})),,,,,||}}}.),))))}})))..,,))||,||}}||||,|..(((.,((((({{{{.{((((((((((....((((......))))....)))).))))))}...}))|||.|||,,,)))))}.,,,,)})))))})))}||,(((((....))))).}||.||,|,}}||))}))),.)))).}))))),))))),,.{(((((.,...........)))))).))))))}....
Back