Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001424060.1

Sequence Length

1673 nt

GC Content

0.5971

GUCAGGGAAGCGGCGCGCGCGCGCGGGCGGCGGGCGGGCUGGGGAUCCGCCGCGCAGUGCCAGCGCCAGCGCCAGACCCGCGCCCCGCGCUCUCCGGCCCGUCGCCUGCCUUGGGACUCGCGAGCCCGCACUCCCGCCCUGCCUGUUCGCUGCCCGAGUAUGGAGCUGCUGUGUUGCGAAGGCACCCGGCACGCGCCCCGGGCCGGGCCGGACCCGCGGCUGCUGGGGGACCAGCGUGUCCUGCAGAGCCUGCUCCGCCUGGAGGAGCGCUACGUACCCCGCGCCUCCUACUUCCAGUGCGUGCAGCGGGAGAUCAAGCCGCACAUGCGGAAGAUGCUGGCUUACUGGAUGCUGGAGGACUGGGAGGUGCUGGUCCUAGGGAAGCUCAAGUGGGACCUGGCUGCUGUGAUUGCACAUGAUUUCCUGGCCUUCAUUCUGCACCGGCUCUCUCUGCCCCGUGACCGACAGGCCUUGGUCAAAAAGCAUGCCCAGACCUUUUUGGCCCUCUGUGCUACAGGACUGCCUGCGGGCCUGUCAGGAGCAGAUCGAAGCUGCACUCAGGGAGAGCCUCAGGGAAGCCUCUCAGACCAGCUCCAGCCCAGCGCCCAAAGCCCCCCGGGGCUCCAGCAGCCAAGGGCCCAGCCAGACCAGCACUCCUACAGAUGUCACAGCCAUACACCUGUAGCCCUGGAGAGGCCCUCUGGAGUGGCCACUAAGCAGAGGAGGGGCCGCUGCCACCCACCUCCCUGCCUCCAGGAACCACACCACAUCUAAGCCUGAAGGGGCGUCUGUUCCCCCUUCACAAAGCCCAAGGGAUCUGGUCCUACCCAUCCCCGCAGUGUGCACUAAGGGGCCCGGCCAGCCAUGUCUGCAUUUCGGUGGCUAGUCAAGCUCCUCCUCCCUGCAUCUGACCAGCAGCGCCUUUCCCAACUCUAGCUGGGGGUGGGCCAGGCUGAUGGGACAGAAUUGGAUACAUACACCAGCAUUCCUUUUGAACGCCCCCCCCCACCCCUGGGGGCUCUCAUGUUUUCAACUGCCAAAAUGCUCUAGUGCCUUCUAAAGGUGUUGUCCCUUCUAGGGUUAUUGCAUUUGGAUUGGGGUCCCUCUAAAAUUUAAUGCAUGAUAGACACAUAUGAGGGGGAAUAGUCUAGAUGGCUCCUCUCAGUACUUUGGAGGCCCCUAUGUAGUCCGUGCUGACAGCUGCUCCUAGAGGGAGGGGCCUAGGCCUCAGCCAGAGAAGCUAUAAAUUCCUCUUUGCUUUGCUUUCUGCUCAGCUUCUCCUGUGUGAUUGACAGCUUUGCUGCUGAAGGCUCAUUUUAAUUUAUUAAUUGCUUUGAGCACAACUUUAAGAGGACAUAAUGGGGUCCUGGCCAUCCCACAAGUGGUGGUAACCCUGGUGGUUGCUGUUUUCCUCCCUUCUGCUACUGGCAAAAGGAUCUUUGUGGCCAAGGAGCUGCUAUAGCCUGGGGUGGGGUCAUGCCCUCCUCUCCCAUUGUCCCUCUGCCCCAUCCUCCAGCAGGGAAAAUGCAGCAGGGAUGCCCUGGAGGUGGCUGAGCCCCUGUCUAGAGAGGGAGGCAAGCCCUGUUGACACAGGUCUUUCCUAAGGCUGCAAGGUUUAGGCUGGUGGCCCAGGACCAUCAUCCUACUGUAAUAAAGAUGAUUGUGAAAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-679.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -706.02

Frequency: 0.0000

Diversity: 642.83

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((((.(.((.((..(((((.(((((.((((((((((((.(...(((......)))....).))))).)).).))))))))))))))..(((((((((..(((((.((((((.(..((((((..(((.........)))..)))))).)))))))...((.(((((((.(.(((....))).)))))).)).)).))))))))))))))(((((((((.(((.(((((......))))).)))))))(((..(((((((((((((((..........))).))))....))))).))).)))))))).(((..((((((..(((((((....(((((((...(((.((((((((..(((((.((.((((((.((.(((.((((....(((((...((((.((.(((.((((.((((...........))))..))))..(((((((((((........(((((((((((.((((((((((...........))))))))))..........((((....)))).))))))))).)).((((.......))))...)))))))))))))).)).)))))))))....))))....))))).)))...))))))))))..)))))))).))).((((((....((....(((((.((((((.(((.........))).)))))).(((((((.((((((....)).)))).....((((.((((((((....))).....))))))))))))))))....................((((((((.(......)))))))))....((....(((((..(((...))).))))).)))))))...))...)))))))))))))....)))))))....)))))).)))..)).)).).))))))(((((((((.((((((((..((((..(((((((.((((.(.((((.(((.....((.(((..(((((.((((......((.(((.....))).))...((((((....)))))).....)))).)))))))))).....))).....((((((...(((.((.((((((.((((((((((((((((((...(((((((((((((........((((..((.(((((((...(((((....((((.....))))((((.(((....)))))))))))))))).))).))..)).))........))))))).(((((....))))).(((((.((..((((....(((((((.(((..((.....))..))).....((((.......))))..(((.((((.(((((...................))))).)))))))....)))))))....))))..))))))).))))))))))).)))))))))))))..(((((.(((((((..((((.((((...)))).)))).((((((....)))))).(((((..((..((((((((((.((................)).))))..))))))..))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).).)))).).)))))).)))))))(((.(((((....))))).))).......)))))..))))((((.(((((((....).)))))).)))).........)))))..............

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{(,{((,.({(({({(,({(((.((((((((((((((((((,(,..{((.({{{.|.||..{||},,})}),.}.}}})))),,})))},}||||||||{..|||||,|{{(((,,..((({{{.,||{.,,,,,,,,))).,))}))),))}}}}|{,.(({(,(((((.({(((...,||,{|}|||,.||{||{||||}}||||}||,(((((((((.(((.(((((......))))).)))))))(((..(((((((((((((((..........)))}}))),...})))).))).))))))))..,,,..,((((..,,||||,.,,|(((((,,..{((({,((((({{..((((({(((((((((((({{((..,||,...|||||}}.|||{,({{(({..{|||{,{,.,,,,|||,..}}}}..,)},..(((((((((((........(((((((((((.((((((((((...........))))))))))..........((((....)))).))))))))).)).((((.......))))...))))))))))),})})),}))))))))}.}}))))))}}.)))))},),...}}}}))))))))}}}})),})),.||||||.}}..}}}}}))}}}}||||,{.,((,{{{{{{.{|,|{||||||{(,{(((({((((((,{{{||{|||}.....((((,((((((((.,,,|||,,|..}}}}|}||}}}})))).................,..((((((((.(......)))))))))....||....(((({.,(({...,}),))))).||||}}}|,.,,..|||||,,|||}||||||.,}}}},,...,)))))}.))}..)))))}),)),,})}|{({{.(({{((({((({{{(((,.{{{{,{,}|||||{||||,.,||}}.,||{,|||,.,{(({,,{{,...,|{{,.,|,,..,{{{..({{{{(.,,,,....,)))))}..,,}.|,...,,,},}{{,,,,{||,.,,|,(((({...||||}|,,,,|||||{{|||||,,.,||||||||{{{((((..(((({{{{..,...,,,..,.,.,...,.,.{{{((((....|(((.....))))}}}}}||,...})))))))})))}}}}},||||,|||||.,,}}}}}|}},}|||||.(((((...,||}||,{|{((,(({,((,,....{{{{{{,.(({..((.....))..)))..,..{{{{.......}})),.|{{,||||}{{{(({,,...{{{,,....}},})}},),)))},,.....,|||||}.,,.||||{,|||||||(({.((((.{(.(((....))))).))))..|,,{,,,.{{{{((((.((((...}))).}))).,{{{{|,,,,))))))(((|...)))){{((({.((({{,,.{||,.|||||},,,,|||{|||||||,,,.||||,.,,..)))}...,)))),))))))},,,,))))).))))))}))))..,))))})}))))))}}|}}(((((....))))),)))}}}.,.}))))).,))),))))}}}}))))}}..)})}{(((((.,...........)))))}.,..........