Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001424163.1
Sequence Length
2854 nt
GC Content
0.6461
AGAGAGGCCCAGGGGACAGCCAGGGACAGGCAGACAUGCAGCCAGGGCUCCAGGGCCUGGACAGGGGCUGCCAGGCCCUGUGACAGGAGGACCCCGAGCCCCCGGCCCGGGGAGGGGCCAUGGUGCUGCCUGUCCAACAUGUCAGCCGAGGUGCGGCUGAGGCGGCUCCAGCAGCUGGUGUUGGACCCGGGCUUCCUGGGGCUGGAGCCCCUGCUCGACCUUCUCCUGGGCGUCCACCAGGAGCUGGGCGCCUCCGAACUGGCCCAGGACAAGUACGUGGCCGACUUCUUGCAGUGGGCCCCAAAUCCAGGGUUUUCCAAAGUGUGGUUCAAGAACCACCUGCAUCUGAAUCUAGAGCGGAGCCCAUCGUGGUGAGGCUUAAGGAGGUCCGACUGCAGAGGGACGACUUCGAGAUUCUGAAGGUGAUCGGACGCGGGGCGUUCAGCGAGGUAGCGGUAGUGAAGAUGAAGCAGACGGGCCAGGUGUAUGCCAUGAAGAUCAUGAACAAGUGGGACAUGCUGAAGAGGGGCGAGGUGUCGUGCUUCCGUGAGGAGAGGGACGUGUUGGUGAAUGGGGACCGGCGGUGGAUCACGCAGCUGCACUUCGCCUUCCAGGAUGAGAACUACCUGUACCUGGUCAUGGAGUAUUACGUGGGCGGGGACCUGCUGACACUGCUGAGCAAGUUUGGGGAGCGGAUUCCGGCCGAGAUGGCGCGCUUCUACCUGGCGGAGAUUGUCAUGGCCAUAGACUCGGUGCACCGGCUUGGCUACGUGCACAGGGACAUCAAACCCGACAACAUCCUGCUGGACCGCUGUGGCCACAUCCGCCUGGCCGACUUCGGCUCUUGCCUCAAGCUGCGGGCAGAUGGAACGGUGCGGUCGCUGGUGGCUGUGGGCACCCCAGACUACCUGUCCCCCGAGAUCCUGCAGGCUGUGGGCGGUGGGCCUGGGACAGGCAGCUACGGGCCCGAGUGUGACUGGUGGGCGCUGGGUGUAUUCGCCUAUGAAAUGUUCUAUGGGCAGACGCCCUUCUACGCGGAUUCCACGGCGGAGACCUAUGGCAAGAUCGUCCACUACAAGGAGCACCUCUCUCUGCCGCUGGUGGACGAAGGGGUCCCUGAGGAGGCUCGAGACUUCAUUCAGCGGUUGCUGUGUCCCCCGGAGACACGGCUGGGCCGGGGUGGAGCAGGCGACUUCCGGACACAUCCCUUCUUCUUUGGCCUCGACUGGGAUGGUCUCCGGGACAGCGUGCCCCCCUUUACACCGGAUUUCGAAGGUGCCACCGACACAUGCAACUUCGACUUGGUGGAGGACGGGCUCACUGCCAUGGUGAGCGGGGGCGGGGAGACACUGUCGGACAUUCGGGAAGGUGCGCCGCUAGGGGUCCACCUGCCUUUUGUGGGCUACUCCUACUCCUGCAUGGCCCUCAGGGACAGUGAGGUCCCAGGCCCCACACCCAUGGAACUGGAGGCCGAGCAGCUGCUUGAGCCACACGUGCAAGCGCCCAGCCUGGAGCCCUCGGUGUCCCCACAGGAUGAAACAGCUGAAGUGGCAGUUCCAGCGGCUGUCCCUGCGGCAGAGGCUGAGGCCGAGGUGACGCUGCGGGAGCUCCAGGAAGCCCUGGAGGAGGAGGUGCUCACCCGGCAGAGCCUGAGCCGGGAGAUGGAGGCCAUCCGCACGGACAACCAGAACUUCGCCAGUCAACUACGCGAGGCAGAGGCUCGGAACCGGGACCUAGAGGCACACGUCCGGCAGUUGCAGGAGCGGAUGGAGUUGCUGCAGGCAGAGGGAGCCACAGCUGUCACGGGGGUCCCCAGUCCCCGGGCCACGGAUCCACCUUCCCAUAUGGCCCCCCGGCCGUGGCUGUGGGCCAGUGCCCGCUGGUGGGGCCAGGCCCCAUGCACCGCCGCCACCUGCUGCUCCCUGCCAGGGUCCCUAGGCCUGGCCUAUCGGAGGCGCUUUCCCUGCUCCUGUUCGCCGUUGUUCUGUCUCGUGCCGCCGCCCUGGGCUGCAUUGGGUUGGUGGCCCACGCCGGCCAACUCACCGCAGUCUGGCGCCGCCCAGGAGCCGCCCGCGCUCCCUGAACCCUAGAACUGUCUUCGACUCCGGGGCCCCGUUGGAAGACUGAGUGCCCGGGGCACGGCACAGAAGCCGCGCCCACCGCCUGCCAGUUCACAACCGCUCCGAGCGUGGGUCUCCGCCCAGCUCCAGUCCUGUGAUCCGGGCCCGCCCCCUAGCGGCCGGGGAGGGAGGGGCCGGGUCCGCGGCCGGCGAACGGGGCUCGAAGGGUCCUUGUAGCCGGGAAUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGGGGGGAUCACAGACCAUUUCUUUCUUUCGGCCAGGCUGAGGCCCUGACGUGGAUGGGCAAACUGCAGGCCUGGGAAGGCAGCAAGCCGGGCCGUCCGUGUUCCAUCCUCCACGCACCCCCACCUAUCGUUGGUUCGCAAAGUGCAAAGCUUUCUUGUGCAUGACGCCCUGCUCUGGGGAGCGUCUGGCGCGAUCUCUGCCUGCUUACUCGGGAAAUUUGCUUUUGCCAAACCCGCUUUUUCGGGGAUCCCGCGCCCCCCUCCUCACUUGCGCUGCUCUCGGAGCCCCAGCCGGCUCCGCCCGCUUCGGCGGUUUGGAUAUUUAUUGACCUCGUCCUCCGACUCGCUGACAGGCUACAGGACCCCCAACAACCCCAAUCCACGUUUUGGAUGCACUGAGACCCCGACAUUCCUCGGUAUUUAUUGUCUGUCCCCACCUAGGACCCCCACCCCCGACCCUCGCGAAUAAAAGGCCCUCCAUCUGCCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1292.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1342.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 765.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.((((..((.((((.....((((((((((.(.....((((.(((((((((((((((.(((...))))))))))))............(((((.(((...))).))))).)))))).)))))))))))))))....))))..))(((((..(((..(((.((((((((((((....)))...((((((...)))))))))))))))))))))..)))))(((((((.......))))))).((((((((((((..((((((..(........)..))))).(((((.((((((((((((........((....)).....((((((....))))))((((.((((....))))))))(((((((....))).))))...)).))))).))))))))))(((..(((((......)))))..).)))..)).))))))))))((((((...(((..(((..............((((((((((.....(((((...))))).......((((((((((((.(((...((.(((.((((((.((((((.(((..(((...((((((.(...((((((((((((((..(((.((((.....(((((((..(((((...((......))...))))).((((........)))))))))))..)))))))))))))))((..((((((((((((((..((((((.(.((((...((..((((..((((.(.((...)).).))))))))..))((((((.(((...)))..)))))).(((........))).....))))).))))))))))).((.(((((.((((((((((((((((.(.(((.((((........)))))))).))..))).))))))..))))).))))).)))))))))))..)))))))).....(((((.((.(((((((.(((((((((((((((((..(((...((..((..(((((((((((((((..((((((....(((((((........)))))))..))))))......((((.((((..(((((.(((((.........((((((((((((.((((.....)))).))....))))))))))..))))).....((.(((.((((((.........(((((((((((((.......))))))))..)))))(((.((.(((.((...(((((((..((((((...................))))))...)))))))..)).))))))))....((((((...((((((.(((...........))).)))))).)))))).(((((((((.....)))(((((((((((((((((((((..((((((((((..........(((.(((.((((((((((....((((((.(((((.....)))))((((((((((((.(((((((((.(((((.(((((((.......(((......))).((((((((....))))).)))...(((....)))....)))))).).))))).))))))..((((.....(((((((...(((.....))).))))))).))))((((..(((((...((((.(((((((((.(.....(((((((....)))))))...).)))).)))))))))..)))))..)))).....))).))))))..))).))).........((((((.((....))..)))))).))))))..)).)))....))))).))).)))))))))))))(((((.(((.......))).)))))((((..((((((..(((.((.....((((........))))((((((.(((.......)))....))))))..((((.(((..((.(((((.(.((((.......))))).)))))))..))).)))).)).)))..))))))))))((.((((((((((...)))))..)).))).))))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))(((..(((((((..((((((((((((....))).)))))))))..)))))))))).)))))..))))))))..((((((.(((.....)))....((((((.(...(((....))).).)))))).))))))...((((.((((......)))).))))..)))))))))).)))))..))..))((((.(((((....))))))))).))))))))..))))))))))))))).(((((((((((((((.((((((((((((.((((((((....(((((((...)))))))....)))))....((.((.((.((.((.((.((.((.((....)).)).)).)).)).)).)).)).))(((((((((((.(((.(((..............((((.((((...((((..........))))....(((..((((....)))).))))))).))))))).))).))...)))))).)))............((.((((.((((((.(((((......((((((..((((((((......))).)))))..))))))......((((......))))...)))))))))))..)))).))....))).))).)))).))))).).)))).)))).))))))..(((((((......))))))).......((((((.(((((..................))))).)))))))))).)).)))))..)))))))..)))..))).))...)))).)))).)).))).))...))).)))))).........))))))))))).)).))).)))..)))..))))))........)))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{.(((((((,(((,,(((({.,((((((((((.{...,.{(((.(((((((((((((((.(((...))))))))))))............(((((.(((...))).))))).)))))).)))))))))))))))....,.(((((((.....))))))),|,(((({{{{{|||},,.))))..||||||}}})))}|||||||||||||||||{{,{{{|||||||(||.||,,|||,||,.((((({(,{{{({..,(((({.({,......},.||||,,(({{..{{|||{||||{{...,,,.|||,..,)}..,{.((((((....))))))||((.((((....)))))))){||||||,.,,))),})))}.,)),)))))})}}))))}))}.{,.(((({......})))).,}.)))}},})|{({({(({.((((((...(((..(((..............((((((((((.....(((((...))))).......((((((((((((.(((.,.((.(((.((((((.((((,(.(((..(((...((((((.{...((((((((((((((..(((.((((.....(((((((,.((({(,,.((......}},,.}))}),(({{,,......}}}))))))))..))))))))))))))){{..(((((((({(((((..((((((,(,((((,.{((,,((({..((((.(.{{...}).}.))))))))..})({{{{|,{{|,,,)))..}}))}}.(((........))).....)}})}.))))))))))){((.(((((.((((({(((((,(,{(,{.(({(((((,.....,.))))))},,)}.,))},)))))}..))))).))))).)))))))))))..}}))))))...{.(((((.((.(((((((.(((((((((((((((((,,({{..((((,((.{(({((((((((((((.,((((((..,.((((((({.....},,)))))).,)})))}.{{,.{{{{(...,,.}{|||{|||{{,,,|||....((((((((((,..(({(,,.....},,)},...)))))))))).((((((((...((((..(((((((....(((((.((((((((((((,....}.)))))))),((((,(((({(({((({(({{{(((((((..((((((.,,............}}..))))))...))))))){((.{.((((.{(({..((((((...((((((.(((...........))).)))))).))))))})))..)))).}.))),.,{((((((((((((((((((({.,{{{{{{{{{....{{{{{{(((.((({((.,((,(((..({((({...((((((.,(((({.(((((((({(((({((.((((((.(((((.(((((((.(({......}))...|||.((((((((....))))).))).,.{({,...}}),...)))))).).))))).))))))..((((.....{((((((...(((.....))}.))))))),)))}((((..{((({...|{{{,||{{{|{{|,|.,,,,(((((((....))))))).,,}.)}}),))))}}))).,}}}||..||||.,.{,{||.}})))),.||.,(({,..,,....((((((.,{....,,..)))))),..|||||||...,)))).))),}.})}.,,})))))))}},|||||}||,....}}})),,)))))||||}.,|||,|}.,||},({{.((((((.,....}}))))||||,,.||.,.}}}}})))}...||{||,..,|||}{{{|{,({(((({,{{||||}}}}|{(((((,.,)))))}.,}})}))})})),,,|{.}||||}}|||{({{((,,.,|||}}}))}},..))})}}})))))))))))))))))))))))})},})),))),}))),}||||}.(((((((..((((((((((((....))),,))))))))..)))))))|||,,.)))||((((({....}.))))),}})))))).)))..)))}})))))))))))))))((({...|||{{.({({,..((((.((((......)))).))))..})))))))))))}}))}},},,},{{||,|||||,,,,)))}))))).})})))))..))))))))))))})).(((((((((((((((.((((((((((((.(({(((((..(((((((((...))))))),)).)))))....((.((.((.((.((.((.((.((.((.,,.}}.)).)).)).)).)).)).)).)).|}(((((({,....{({.....,,,.....,,((((..,,...))}}.{{.(((((((((({{..,.({.(((((((...{....}...)))))))}}..,)),}))),,,}))))))})))))}......((.((((.((((((.(((((......((((((..((((((((......))).)))))..))))))......{(({......})))...}))))))))))..)))).))....})).))).)))).))))),)})))).)))).))))))..(((((((......))))))).,,,,..((({((.{{(({........|.|,..}}},)))))}}))))))))).)).))))).},))))))..)))..))).},...)))).)))).)).))).)).,.))).)))))).........))))))))))).)).))).)))..)))..)))))))}}}.....)))))}},...))))...
Back