Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001424166.1
Sequence Length
2844 nt
GC Content
0.6494
AGAGAGGCCCAGGGGACAGCCAGGGACAGGCAGACAUGCAGCCAGGGCUCCAGGGCCUGGACAGGGGCUGCCAGGCCCUGUGACAGGAGGACCCCGAGCCCCCGGCCCGGGGAGGGGCCAUGGUGCUGCCUGUCCAACAUGUCAGCCGAGGUGCGGCUGAGGCGGCUCCAGCAGCUGGUGUUGGACCCGGGCUUCCUGGGGCUGGAGCCCCUGCUCGACCUUCUCCUGGGCGUCCACCAGGAGCUGGGCGCCUCCGAACUGGCCCAGGACAAGUACGUGGCCGACUUCUUGCAGUGGGCGGAGCCCAUCGUGGUGAGGCUUAAGGAGGUCCGACUGCAGAGGGACGACUUCGAGAUUCUGAAGGUGAUCGGACGCGGGGCGUUCAGCGAGGUAGCGGUAGUGAAGAUGAAGCAGACGGGCCAGGUGUAUGCCAUGAAGAUCAUGAACAAGUGGGACAUGCUGAAGAGGGGCGAGGAUGAGAACUACCUGGUGAGCUCCGGGCCGGGGUGACUAGGAAGAGGGACAAGAGCCCGUGCUGUCACUGGACGAGGAGGUGGGGAGAGGAAGCUCUAGGAUUGGGGGUGCUGCCCGGAAACGUCUGUGGGAAAGUCUGUGUGCGUACCUGGUCAUGGAGUAUUACGUGGGCGGGGACCUGCUGACACUGCUGAGCAAGUUUGGGGAGCGGAUUCCGGCCGAGAUGGCGCGCUUCUACCUGGCGGAGAUUGUCAUGGCCAUAGACUCGGUGCACCGGCUUGGCUACGUGCACAGGGACAUCAAACCCGACAACAUCCUGCUGGACCGCUGUGGCCACAUCCGCCUGGCCGACUUCGGCUCUUGCCUCAAGCUGCGGGCAGAUGGAACGGUGCGGUCGCUGGUGGCUGUGGGCACCCCAGACUACCUGUCCCCCGAGAUCCUGCAGGCUGUGGGCGGUGGGCCUGGGACAGGCAGCUACGGGCCCGAGUGUGACUGGUGGGCGCUGGGUGUAUUCGCCUAUGAAAUGUUCUAUGGGCAGACGCCCUUCUACGCGGAUUCCACGGCGGAGACCUAUGGCAAGAUCGUCCACUACAAGGAGCACCUCUCUCUGCCGCUGGUGGACGAAGGGGUCCCUGAGGAGGCUCGAGACUUCAUUCAGCGGUUGCUGUGUCCCCCGGAGACACGGCUGGGCCGGGGUGGAGCAGGCGACUUCCGGACACAUCCCUUCUUCUUUGGCCUCGACUGGGAUGGUCUCCGGGACAGCGUGCCCCCCUUUACACCGGAUUUCGAAGGUGCCACCGACACAUGCAACUUCGACUUGGUGGAGGACGGGCUCACUGCCAUGGUGAGCGGGGGCGGGGAGACACUGUCGGACAUUCGGGAAGGUGCGCCGCUAGGGGUCCACCUGCCUUUUGUGGGCUACUCCUACUCCUGCAUGGCCCUCAGGGACAGUGAGGUCCCAGGCCCCACACCCAUGGAACUGGAGGCCGAGCAGCUGCUUGAGCCACACGUGCAAGCGCCCAGCCUGGAGCCCUCGGUGUCCCCACAGGAUGAAACAGCUGAAGUGGCAGUUCCAGCGGCUGUCCCUGCGGCAGAGGCUGAGGCCGAGGUGACGCUGCGGGAGCUCCAGGAAGCCCUGGAGGAGGAGGUGCUCACCCGGCAGAGCCUGAGCCGGGAGAUGGAGGCCAUCCGCACGGACAACCAGAACUUCGCCAGUCAACUACGCGAGGCAGAGGCUCGGAACCGGGACCUAGAGGCACACGUCCGGCAGUUGCAGGAGCGGAUGGAGUUGCUGCAGGCAGAGGGAGCCACAGCUGUCACGGGGGUCCCCAGUCCCCGGGCCACGGAUCCACCUUCCCAUAUGGCCCCCCGGCCGUGGCUGUGGGCCAGUGCCCGCUGGUGGGGCCAGGCCCCAUGCACCGCCGCCACCUGCUGCUCCCUGCCAGGGUCCCUAGGCCUGGCCUAUCGGAGGCGCUUUCCCUGCUCCUGUUCGCCGUUGUUCUGUCUCGUGCCGCCGCCCUGGGCUGCAUUGGGUUGGUGGCCCACGCCGGCCAACUCACCGCAGUCUGGCGCCGCCCAGGAGCCGCCCGCGCUCCCUGAACCCUAGAACUGUCUUCGACUCCGGGGCCCCGUUGGAAGACUGAGUGCCCGGGGCACGGCACAGAAGCCGCGCCCACCGCCUGCCAGUUCACAACCGCUCCGAGCGUGGGUCUCCGCCCAGCUCCAGUCCUGUGAUCCGGGCCCGCCCCCUAGCGGCCGGGGAGGGAGGGGCCGGGUCCGCGGCCGGCGAACGGGGCUCGAAGGGUCCUUGUAGCCGGGAAUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGGGGGGAUCACAGACCAUUUCUUUCUUUCGGCCAGGCUGAGGCCCUGACGUGGAUGGGCAAACUGCAGGCCUGGGAAGGCAGCAAGCCGGGCCGUCCGUGUUCCAUCCUCCACGCACCCCCACCUAUCGUUGGUUCGCAAAGUGCAAAGCUUUCUUGUGCAUGACGCCCUGCUCUGGGGAGCGUCUGGCGCGAUCUCUGCCUGCUUACUCGGGAAAUUUGCUUUUGCCAAACCCGCUUUUUCGGGGAUCCCGCGCCCCCCUCCUCACUUGCGCUGCUCUCGGAGCCCCAGCCGGCUCCGCCCGCUUCGGCGGUUUGGAUAUUUAUUGACCUCGUCCUCCGACUCGCUGACAGGCUACAGGACCCCCAACAACCCCAAUCCACGUUUUGGAUGCACUGAGACCCCGACAUUCCUCGGUAUUUAUUGUCUGUCCCCACCUAGGACCCCCACCCCCGACCCUCGCGAAUAAAAGGCCCUCCAUCUGCCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1295.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1344.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 870.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.((((..((((((((.(((((((((((((.(.....((((.(((((((((((((((.(((...))))))))))))............(((((.(((...))).))))).)))))).)))))))))))))))....(((((((.(((((((.((((((((((((((((((.....)))))))((((((...))))))(((((((((((.((........(((((((((.((.((((.((..(((((.((.((..((((...(((((..(((.((....)))))))))))))).)).)).))))))).)))))).)))).)))))((((((((.(((((...((....))...))))).))....))))))))))))).))))))(((((((((..(((((.((.(.((((...(..(((..(((....(((((...))))).)))..)))..).)))).....((((((.((((.....((.((((((..((((((...)))))).)))))).))..((.((((((((((((....))).)).((((..((((((.((((((((((.((((..(((((((((.(((.((...((...(.(((((((((((((..(...((((((..((((((......(((((((((((((((...(((((((..(((.(((((((((((.((...(((((((((.(.....).)))....((((((...(((...((((((((...((((...(((((..((....(((....(((........))).....))))).))))))))))))))))))))))))))))))))...)).)))....))))))))))).))))).))(..(((.(((((.(((.(((((((((((...)))).....((((((((((.(...((((((...))))))...).))...))))))))))))))).))).....(((((((((((((((..((((((....(((((((........)))))))..))))))......((((.((((..(((((.(((((.........((((((((((((.((((.....)))).))....))))))))))..))))).....((.(((.((((((.........(((((((((((((.......))))))))..)))))(((.((.(((.((...(((((((..((((((...................))))))...)))))))..)).))))))))....((((((...((((((.(((...........))).)))))).)))))).(((((((((.....)))(((((((((((((((((((((..((((((((((..........(((.(((.((((((((((....((((((.(((((.....)))))((((((((((((.(((((((((.(((((.(((((((.......(((......))).((((((((....))))).)))...(((....)))....)))))).).))))).))))))..((((.....(((((((...(((.....))).))))))).))))((((..(((((...((((.(((((((((.(.....(((((((....)))))))...).)))).)))))))))..)))))..)))).....))).))))))..))).))).........((((((.((....))..)))))).))))))..)).)))....))))).))).)))))))))))))(((((.(((.......))).)))))((((..((((((..(((.((.....((((........))))((((((.(((.......)))....))))))..((((.(((..((.(((((.(.((((.......))))).)))))))..))).)))).)).)))..))))))))))((.((((((((((...)))))..)).))).))))))))))))))))))))))))))))))))))).))).))(((..(((((((..((((((((((((....))).)))))))))..)))))))))).)))))..))))))))..((((((.(((.....)))....((((((.(...(((....))).).)))))).))))))...((((.((((......)))).))))..)))))))))).)))))))))).)))..))))))))))))))))))))))...(((((((((((.(((.((((((........))).))).))).)))))).)))))(((((....(((((((...)))))))....)))))....((.((.((.((.((.((.((.((.((....)).)).)).)).)).)).)).)).)).))))))..)..)))))))..)))))).)...)).)).))).((((....(((((((((((.(...((((..((((....)))).)).))...).)))))))))))....))))...)))))))))))))..........(((...)))..)))))).((((((..((((((((......))).)))))..)))))).)))).))))))..))))........)))))))))...((((......)))).))))..))))))).)).)))))..)))))).)))((((((......))))))).)))))))))).))..............)))))(((....)))..)))))))((((.(((..(..((((.(((..........)))))))..)..))))).))((((......))))......))).)))))))).....((....))....((((...))).).......)))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(.(((((((.(((..(((({,,((((((((((.{...,.{(((.(((((((((((((((.(((...))))))))))))............(((((.(((...))).))))).)))))).)))))))))))))))....{.(((((((.....))))))).|{{(({,,,|||}))},,))))..)))))))))))),(((({(({|((((((({(((((((((..(((((.({{((((.((..(((((.((.((..{(((...(((({..(((.((....))))}))))))))).)).)).))))))).)))))).))))})))))))}}))..)))).))}.{,.(((({....,,})}}),,,.}}}}}}}}|||||||||.((((((..,(((..(((.........,....((((((((((.....(((((...))))).......((((((.((....(({.(.(((((({{....,,.((((({..,{{|||,,.||||||.,|}}}}.,}.(((.{....})))((((.(((.{.{((((.(((..(((((((((....))))..,.((((((((.(((((((,(....,,),}))}..(((((((,.(((..,,,({({..|{({|||,..((((((((((.((,((((.,.{{(({.,{||(((((((((((({(,.,{(((({({(({(,.,{{|.|||,..,((({({,..,,|,.|{|||||||,..||(({{,(|(((..||}}..||}},,.(((........))).....},}}}.)))))))))))}||}|||||,|||||||||||.,.||,}}||,,{|||}},,,}}}}))))).}}|,.|||||||}}}|,,|||||.|||||,},})))}|}}}..,,}}},,((({((.{.{(((((((({(((.((((((((((({{({{(,.{{{.,{|(|,|,.,(((((((((((((((.{((((((..,.((((((({.....}},)))))).,}}|||}.{(,.(({,(...,,.},||},|}|,,...|||....((((((((((,..(({(,,.....},,)},...)))))))))).((((((((...((((..(((((((....(((((.((((((((((((,....}.)))))))),((((,(((({(({((({(({{{(((((((..((((((.,,............}}..))))))...))))))){((.{.((((.{(({..((((((...((((((.(((...........))).)))))).))))))})))..)))).}.))),.,{((((((((((((((((((({.,{{{{{{{{{....{{{{{{(((.((({((.,((,(((..({((({...((((((.,(((({.(((((((({(((({((.((((((.(((((.(((((((.(({......}))...|||.((((((((....))))).))).,.{({,...}}),...)))))).).))))).))))))..((((.....{((((((...(((.....))}.))))))),)))}((((..{((({...|{{{,||{{{|{{|,|.,,,,(((((((....))))))).,,}.)}}),))))}}))).,}}}||..||||.,.{,{||.}})))),.||.,(({,..,,....((((((.,{....,,..)))))),..|||||||...,)))).))),}.})}.,,})))))))}},|||||}||,....}}})),,)))))||||}.,|||,|}.,||},({{.((((((.,....}}))))||||,,.||.,.}}}}})))}...||{||,..,|||}{{{|{,({(((({,{{||||}}}}|{(((((,.,)))))}.,}})}))})})),,,|{.}||||}}|||{({{((,,.,|||}}}))}},..))})}}})))))))))))))))))))))))})},})),))),}))),}||||}.(((((((..((((((((((((....))),}))))))))..)))))))|||,,.)))||((((({....}.))))),}})))))).)))..)))}})))))))))))))))(((,...}}},,.{||||..{|||,|(((......)))),)))),.))))))))))}}))))}}})},)}{{{|,|||||,,,.))))))))),}).))))),,))))))))))))))),,})))))((((((((.((((({((((((.(({(((((..(((((((((...))))))),)).)))))....((.((.((.((.((.((.((.((.((.,,.}}.)).)).)).)).)).)).)).)).|}(((((({,....{{{.....,},.....,,((((..,,...))}}.,{.(((((((((({,..,.({.(((((((...{....}...)))))))}}..,)),}))),,,}))))))})))))}......((.((((.((((((.(((({..,...((((((..((((((((......))).)))))..))))))......{{{{......))))...}))))))))))..)))).))....})).)))}))})},)))))))))))...}))),,),)))}|||||{.}}}}.))))))))))))..{{{|({,{,,{|,......,}}}}.,}}},})}))}}))),,))))))).))).))))))))...))))).))).))))).)))))))).,..,,,}}}.}}.}))))).}.}}}...)).))))))))))).)).))).)))..))).,))))))}}}}....,)))))))}...))))...
Back