Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001424169.1
Sequence Length
2694 nt
GC Content
0.6444
AGAGAGGCCCAGGGGACAGCCAGGGACAGGCAGACAUGCAGCCAGGGCUCCAGGGCCUGGACAGGGGCUGCCAGGCCCUGUGACAGGAGGACCCCGAGCCCCCGGCCCGGGGAGGGGCCAUGGUGCUGCCUGUCCAACAUGUCAGCCGAGGUGCGGCUGAGGCGGCUCCAGCAGCUGGUGUUGGACCCGGGCUUCCUGGGGCUGGAGCCCCUGCUCGACCUUCUCCUGGGCGUCCACCAGGAGCUGGGCGCCUCCGAACUGGCCCAGGACAAGUACGUGGCCGACUUCUUGCAGUGGGCGGAGCCCAUCGUGGUGAGGCUUAAGGAGGUCCGACUGCAGAGGGACGACUUCGAGAUUCUGAAGGUGAUCGGACGCGGGGCGUUCAGCGAGGUAGCGGUAGUGAAGAUGAAGCAGACGGGCCAGGUGUAUGCCAUGAAGAUCAUGAACAAGUGGGACAUGCUGAAGAGGGGCGAGGUGUCGUGCUUCCGUGAGGAGAGGGACGUGUUGGUGAAUGGGGACCGGCGGUGGAUCACGCAGCUGCACUUCGCCUUCCAGGAUGAGAACUACCUGUACCUGGUCAUGGAGUAUUACGUGGGCGGGGACCUGCUGACACUGCUGAGCAAGUUUGGGGAGCGGAUUCCGGCCGAGAUGGCGCGCUUCUACCUGGCGGAGAUUGUCAUGGCCAUAGACUCGGUGCACCGGCUUGGCUACGUGCACAGGGACAUCAAACCCGACAACAUCCUGCUGGACCGCUGUGGCCACAUCCGCCUGGCCGACUUCGGCUCUUGCCUCAAGCUGCGGGCAGAUGGAACGGUGCGGUCGCUGGUGGCUGUGGGCACCCCAGACUACCUGUCCCCCGAGAUCCUGCAGGCUGUGGGCGGUGGGCCUGGGACAGGCAGCUACGGGCCCGAGUGUGACUGGUGGGCGCUGGGUGUAUUCGCCUAUGAAAUGUUCUAUGGGCAGACGCCCUUCUACGCGGAUUCCACGGCGGAGACCUAUGGCAAGAUCGUCCACUACAAGGAGCACCUCUCUCUGCCGCUGGUGGACGAAGGGGUCCCUGAGGAGGCUCGAGACUUCAUUCAGCGGUUGCUGUGUCCCCCGGAGACACGGCUGGGCCGGGGUGGAGCAGGCGACUUCCGGACACAUCCCUUCUUCUUUGGCCUCGACUGGGAUGGUCUCCGGGACAGCGUGCCCCCCUUUACACCGGAUUUCGAAGGUGCCACCGACACAUGCAACUUCGACUUGGUGGAGGACGGGCUCACUGCCAUGGAGACACUGUCGGACAUUCGGGAAGGUGCGCCGCUAGGGGUCCACCUGCCUUUUGUGGGCUACUCCUACUCCUGCAUGGCCCUCAGGGACAGUGAGGUCCCAGGCCCCACACCCAUGGAACUGGAGGCCGAGCAGCUGCUUGAGCCACACGUGCAAGCGCCCAGCCUGGAGCCCUCGGUGUCCCCACAGGAUGAAACAGCUGAAGUGGCAGUUCCAGCGGCUGUCCCUGCGGCAGAGGCUGAGGCCGAGGUGACGCUGCGGGAGCUCCAGGAAGCCCUGGAGGAGGAGGUGCUCACCCGGCAGAGCCUGAGCCGGGAGAUGGAGGCCAUCCGCACGGACAACCAGAACUUCGCCAGUCAACUACGCGAGGCAGAGGCUCGGAACCGGGACCUAGAGGCACACGUCCGGCAGUUGCAGGAGCGGAUGGAGUUGCUGCAGGCAGAGGGAGCCACAGCUGUCACGGGGGUCCCCAGUCCCCGGGCCACGGAUCCACCUUCCCAUGUCCCUAGGCCUGGCCUAUCGGAGGCGCUUUCCCUGCUCCUGUUCGCCGUUGUUCUGUCUCGUGCCGCCGCCCUGGGCUGCAUUGGGUUGGUGGCCCACGCCGGCCAACUCACCGCAGUCUGGCGCCGCCCAGGAGCCGCCCGCGCUCCCUGAACCCUAGAACUGUCUUCGACUCCGGGGCCCCGUUGGAAGACUGAGUGCCCGGGGCACGGCACAGAAGCCGCGCCCACCGCCUGCCAGUUCACAACCGCUCCGAGCGUGGGUCUCCGCCCAGCUCCAGUCCUGUGAUCCGGGCCCGCCCCCUAGCGGCCGGGGAGGGAGGGGCCGGGUCCGCGGCCGGCGAACGGGGCUCGAAGGGUCCUUGUAGCCGGGAAUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGCUGGGGGGAUCACAGACCAUUUCUUUCUUUCGGCCAGGCUGAGGCCCUGACGUGGAUGGGCAAACUGCAGGCCUGGGAAGGCAGCAAGCCGGGCCGUCCGUGUUCCAUCCUCCACGCACCCCCACCUAUCGUUGGUUCGCAAAGUGCAAAGCUUUCUUGUGCAUGACGCCCUGCUCUGGGGAGCGUCUGGCGCGAUCUCUGCCUGCUUACUCGGGAAAUUUGCUUUUGCCAAACCCGCUUUUUCGGGGAUCCCGCGCCCCCCUCCUCACUUGCGCUGCUCUCGGAGCCCCAGCCGGCUCCGCCCGCUUCGGCGGUUUGGAUAUUUAUUGACCUCGUCCUCCGACUCGCUGACAGGCUACAGGACCCCCAACAACCCCAAUCCACGUUUUGGAUGCACUGAGACCCCGACAUUCCUCGGUAUUUAUUGUCUGUCCCCACCUAGGACCCCCACCCCCGACCCUCGCGAAUAAAAGGCCCUCCAUCUGCCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1218.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1262.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 532.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.((((((((((((((...((((((((((.(.....((((.(((((((((((((((.(((...))))))))))))............(((((.(((...))).))))).)))))).))))))))))))))).......((((((.....))))))(((.((((((((((((....)))...((((((...))))))))))))))))))))).)....)))))))))).))(((((.((..(((((.((.((..((((...(((((..(((.((....)))))))))))))).)).)).))))))).))))).(((....(((((.((..((....))(((((.(((((....(((((......)))))..)))))))))).((((((...(((..(((..............((((((((((.....(((((...))))).......((((((((((((.(((...((.(((.((((((.((((((.(((..(((...((((((.(...((((((((((((((..(((.((((.....(((((((..(((((...((......))...))))).((((........)))))))))))..)))))))))))))))((..((((((((((((((..((((((.(.((((...((..((((..((((.(.((...)).).))))))))..))((((((.(((...)))..)))))).(((........))).....))))).))))))))))).((.(((((.((((((((((((((((.(.(((.((((........)))))))).))..))).))))))..))))).))))).)))))))))))..)))))))).....(((((.((.(((((((.(((((((((((((((((..(((...((..((..(((((((((((((((..((((((....(((((((........)))))))..))))))......((((.((((..(((((.(((((.........((((((((((((.((((.....)))).))....))))))))))..))))).....((.(((.((((((......(((((((.((((((((.......)))))))).((((.(((((((.(.(((((.((((((((((((((((...................))))))(((((((((.(((.(.((((.((((..((((((...((((((.(((...........))).)))))).))))))))))..)))).).))))).)))))))..))))((((((..(((((((((.((((((..((.(((..((((((......(((.(((((..(((((((((((((.(((((((((.(((((.(((((((.......(((......))).((((((((....))))).)))...(((....)))....)))))).).))))).))))))..((((.....(((((((...(((.....))).))))))).))))((((..(((((...((((.(((((((((.(.....(((((((....)))))))...).)))).)))))))))..)))))..)))).....))).))))))..((.(((((........((((((.((....))..))))))...(((((((....)))).)))..........)))))))....))))))).....))))).)))..))))))..))).))..))).(((.((((((.......)))))))))...)).).))))))))))))))).(((((...))))).))))))))))).).))))))).)))))))))))....)))))).))).))(((..(((((((..((((((((((((....))).)))))))))..)))))))))).)))))..))))))))..((((((.(((.....)))....((((((.(...(((....))).).)))))).))))))...((((.((((......)))).))))..)))))))))).)))))..))..))((((.(((((....))))))))).))))))))..))))))))))))))).(((((((((((((((.((((((((((((.((((((((....(((((((...)))))))....)))))....((.((.((.((.((.((.((.((.((....)).)).)).)).)).)).)).)).))(((((((((((.(((.(((..............((((.((((...((((..........))))....(((..((((....)))).))))))).))))))).))).))...)))))).)))............((.((((.((((((.(((((......((((((..((((((((......))).)))))..))))))......((((......))))...)))))))))))..)))).))....))).))).)))).))))).).)))).)))).))))))..(((((((......))))))).......((((((.(((((..................))))).)))))))))).)).)))))..)))))))..)))..))).))...)))).)))).)).))).))...))).)))))).........))))))))))).)).))).)))..)))..))))))........)).)))))....)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(.(((((((.(((..(((({,,((((((((((.{...,.{(((.(((((((((((((((.(((...))))))))))))............(((((.(((...))).))))).)))))).)))))))))))))))....{.(((((((.....))))))).}{{(({...||}})))},})))..)))))))))))).((((((({{(((((((((((((((((..(((((.({{((((.((..(((((.((.((..{(((...(((({..(((.((....)))))))))))))).)).)).))))))).)))))).))))))))))))}}))..)))).))).{,.(((((....,,}}}}),,,.,}|}},,)|(((({(({.((((((...(((..(((..............((((((((((.....(((((...))))).......((((((((((((.(((.,.((.(((.((((((.((((,(.(((..(((...((((((.{...((((((((((((((..(((.((((.....(((((((,.((({(,,.((......}},,.}))}),(({{,,......}}}))))))))..))))))))))))))){{..(((((((({(((((..((((((,(,((((,.{((,,((({..((((.(.{{...}).}.))))))))..})({{{{|,{{|,,,)))..}}))}}.(((........))).....)}})}.))))))))))){((.(((((.((((({(((((,(,{(,{.(({(((((,.....,.))))))},,)}.,))},)))))}..))))).))))).)))))))))))..}}))))))...{.(((((.((.(((((((.(((((((((((((((((,.({{..((({,{(.,(({((((((((((((.,((((((..,.((((((({.....},,)))))).,)})))}.,{,.{{{{(...||.}{|||{|||{{{,,|||....((((((((((,..(({(,,.....},,)},...)))))))))).((((((((.(((..(((.((((((......(((((((.((((((((,....}.)))))))).((((.(((((((.(.(((((.((((((((({((((((.,,............}}..))))))(((((((((.(((.(.((((.((((..((((((...((((((.(((...........))).)))))).))))))))))..)))).).))))).)))))))..})))((((((..(((((((((.{(((((..((.(((..((((({..,((,(((.(((((..(((((((((((((,((.((((((.(((((.(((((((.(({......}))...|||.((((((((....))))).)))...{({,...})),...)))))).).))))).))))))..((((.....{((((((...(((.....))).))))))),))))((((..(((((...((((.(((((((((.{.....(((((((....)))))))...}.)))).)))))))))..)))))..)))).....||}.)))))},.((.(((((........((((((.,{....,,..)))))),..(((((((....)))).)))...,,.....)))))))...}))))))).....))))).)))))))))))..))).))..))).(((.((((((.,....,)))))))))...)).,.))))))))))))))).(((((...))))).))))))))))).).))))))).)))))))))))....)))))).)))((,((,({(((((((..((((((((((((....))),,))))))))..))))))))).)).)).((((((({....}.)))}}}))......{{,....}}},,,.))).)))))))){(({,..|||{|.{|||,..((((.((((......)))).))))..}))))))))))))})),}}},,}}{{||,|||||,,,,))))))))).})})))))..))))))))))))))).(((((((((((((((.((((((((((((.(({(((((..(((((((((...))))))),)).)))))....((.((.((.((.((.((.((.((.((.,,.}}.)).)).)).)).)).)).)).)).|}(((((({,....{({.....,,,.....,,((((..,,...))}}.{{.(((((((((({{..,.({.(((((((...{....}...)))))))}}..,)),}))),,,}))))))})))))}......((.((((.((((((.(((((......((((((..((((((((......))).)))))..))))))......{(({......})))...}))))))))))..)))).))....})).))).)))).))))),)})))).)))).))))))..(((((((......))))))).,,,,..((({((.{{(({........|.|,..}}},}))))}}))))))))).)).))))).},))))))..)))..))).},...)))).)))).)).))).)).,.))).)))))).........))))))))))).)).))).)))..)))..))))))}}}}.....))))))))...))))...
Back