Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001424213.1
Sequence Length
1355 nt
GC Content
0.5321
GCCAUCUCGCAUAUUCUCAACGGCUGUGCGUGUCCUUAAAAGUCCCUGGGAAGCGGCCGGGCGCGGUGGCUCACCCCUGUAAUCCCAGCAGUUUGGGAGGCCGAGGCGGGUGCAUCAUCUAAGGGUACCUUAGCAUGUAUGUCAUUAAAAAAAUAAACUCUUCAGGUGGAGAAAUUAAGGGGAAACUGACUCUACUCUGUGAUGCCAAGACAGAUGGGAGUUUCCUUGUACACCACUUUCUCUCCUUCUAUCUCAAAGCUAAUUGUAAAGUCUGCUUUGUGGCACUCAUCCAGUCCUUCAGCCACUACAGUAUCGUGGGACAGAAGCUGGGUGUCAGCCUGACCAUGGCGCGGGAGCGUGGGCAGCUUGUGUUCCUUGAGGGACUCAAGUCUGCAGUGGACGUCGUCUUCCAGGCUCAAAAGGAGCCACACCCCCUGCAGUUUCUCAGGGAGGCUAAUGCUGGGAACUUGAAACCAUUGUUUGAGUUUGUACGGGAGGCCCUGAAGCCAGUAGACAGUGGAGAGGCUCGGUGGACGUACCCGGUGCUGUUGGUGGACGACCUCAGUGUGCUCCUGAGCCUGGGCAUGGGGGCGGUGGCUGUGCUAGACUUCAUUCACUACUGCAGAGCCACCGUGUGCUGGGAACUAAAGGGAAACAUGGUGGUCCUUGUGCACGACAGUGGAGAUGCGGAGGAUGAGGAGAAUGACAUCCUGCUGAAUGGCCUCAGUCAUCAGAGCCAUCUGAUACUGCGGGCUGAGGGCCUGGCCACUGGCUUCUGCAGGGAUGUGCACGGGCAGCUGAGGAUCCUGUGGAGGAGACCAUCGCAGCCCGCAGUCCACCGGGAUCAGAGCUUCACUUACCAGUAUAAGAUACAGGACAAAAGCGUGUCCUUUUUUGCCAAAGGAAUGUCUCCUGCUGUUCUGUGACCUGAUUUCGGAGCAGCUGAAGCUACAUAGGACUGUUUUUGGACGUGGAAGAUAGAGCAACAUAGCAAGAAUGGGUCUUUCUCCUCUGUAGUAAUAUUUCAGGCUGGACCGGCGACUCCACUGUGACCAGAGGGUUGAGUGCUGCAGUGAUGGCAUGCCUUGGCUGCCCUGGGCCCUGUUCAGAAAACACAAGGGACCACAAUCCUGCCUUUGCUGAGAGAGAGGCUGGAUGCUAGACCCAAGUGAAAGGGGUCCUUUGGAGCCUUUGUUUAAAUAUGCCUUAGCCCCAGCUGCCCAUUUUUGGUUGACAAGCCUUUCAGAGCCAGAGUGGGUAUAGAUGUGCCAGCCAGGAGAUGGCACCGGAUGGCAGGUGUGCAAGGUGACAACUAGGAUAAUCAUGGCUGGAAUAAAGUAAGUUUCCACACUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-506.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -530.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 476.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.(.((((((.((.....)).)))))).).((((((...((((((((((((.((((....)))).)))(((((((....((((((....))))))......)).)))))((((((((((((...)))))).))).))).................)).))))).)).....))))))(((((((.(((.((.((((....((((.((....(((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((((((..(((....)))..)))))..(((...(((((((..((((..((((.........))))....)))))))))))...)))..(((((((((((((.((((..((((((((.(((((....))))).)))).))))..((((.(....).))))(((((.....)))))...(((((((.((...))))))).)).....((((((..(((....((((((((((.((((...((((....))))))))...)))))))))).))).))))))..)))).))).)))))).))))((((.(((...((((..((((.((.((.(((((....(((((((((.(((..................))).)))))))))))))).))..))..))))..))))))).)))).....(((....))))))))).)))))).))))))............((((.((((....)))))))).((((((((...(((.((((((((((((........)))((((((((((.....((.((((((((((((.((((....))))..((((((((((.(((.((((.((((((((((.(..((((....(((((..(((((.((((((......))))))(((((....))))).)))))..)))))....)))))))))))))))(((..(((((((((((.(((((((((((((...(((.............)))..))))))))).......)))).)))))).....))))))))))))..)))((((.(((.(......).))).)))))))))...)))))....))))))))))))))..)))))..)))))..(((..(((......((((.((((((........)))))).))))......)))..))).(((((.(((...))).)))))...........)))))))))))).((((((((((.((((((........)))..))))))))))))).....((((((.........)))))))))))))).))))))))))).)))..)))......)).)))))))).)).))).)))))))....))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.({,.,.{(({((,((.....||,||||}},|{((({{,..,((((((({,(((.((((....)))).)))..||(((,...((((({....}))))).,,..,}).})||(((((((((((((...)))))).))).))),,,,.............||{||,},.)))},..}}}}}|(((((((.{((,((.(((({...{{{{.,|,,,,{||,,|||,||{((((((((.,{((((((({{{{{{{{{((((((..(((....)))..)))))}.(((,,.((((((({.{(((..{({(.........)))),.,.)}}))))))))...}}}...(({,{{({(,,,,|||}||((((((((,(((((,,,.))))),}}}},|}||,,{{((,((({((.(((((((((....,|||}|,,.({(((((.((...||))))).))|,..{||{|||{{{{{,{{,(,,,,|||||}||||.|,{(((,.,|||||||||,..},,}|}}}}}.{{|||||||{||{|.|.},|||,||{{||{|{{|.,,,||||{||}||||||||,||}}}}}},,))}}}}{((((((.(((.,,....,.....,,.|{|||.}}|||||((((((.((({,(((..,{....).,..))))))).))))))}...}}})}}})),)))))),))))},.....,,||||,({({,{(((,,{,||}|||||,{{{{||||,,.{{{.{||||{{{{{{{.{,,,.,.)))|||{||{|||..,|.||.||{|||||||||.((((....)))),.||||||||||,||{.||||}|||||{{{{{.{.,((({....{{(({..{{{{{.((((((......)))))),,,,,.....||||.}}}}),,)||||,{,,|}}},}}}}))})))|||}}|{(({((((((.((((((((((((,...,|,}}}}}}}}.{{..,,..})||||},,,.,}}},,)))).)))))).....)))))))))))}.,)))||||}|||,|......},))),))))})}||,||}}}||,...))})}))))))))},|))))),.}))},..{{|,,|{{.|.,,.{{{{.{(({{{.....,,,))))}|,|}}},,,.|.}}}..}}}.(((((.(((...))).)))))...........)))))))})))),((((((((((((((({{........)},.,))))))))))))).....{(((((.{,......))))}))))})))),))))))))))).)))..}}),,,},.,),)))))))),)).}}}.}}}}}||,...})).
Back