Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001424226.1
Sequence Length
1375 nt
GC Content
0.5404
GUAGUCCGCAGAGGAUCGACCCGGGGAUUGGACUGGAGGCUUGGGCCCGCCGAAAGUGGGCUUCUGGGCCAUCUCGCAUAUUCUCAACGGCUGGGAAACUGACUCUACUCUGUGAUGCCAAGACAGAUGGGAGUUUCCUUGUACACCACUUUCUCUCCUUCUAUCUCAAAGCUAAUUGUAAAGUCUGCUUUGUGGCACUCAUCCAGUCCUUCAGCCACUACAGUAUCGUGGGACAGAAGCUGCCGGCCAACGCUUAGGGAAAAUAGAAAAGAACCUACGUGACUAUCGGGGCAGGUUUCCUGAUAUCGGCAGGUGGAUCACUUGAGGCCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGGUGUCAGCCUGACCAUGGCGCGGGAGCGUGGGCAGCUUGUGUUCCUUGAGGGACUCAAGUCUGCAGUGGACGUCGUCUUCCAGGCUCAAAAGGAGCCACACCCCCUGCAGUUUCUCAGGGAGGCUAAUGCUGGGAACUUGAAACCAUUGUUUGAGUUUGUACGGGAGGCCCUGAAGCCAGUAGACAGUGGAGAGGCUCGGUGGACGUACCCGGUGCUGUUGGUGGACGACCUCAGUGUGCUCCUGAGCCUGGGCAUGGGGGCGGUGGCUGUGCUAGACUUCAUUCACUACUGCAGAGCCACCGUGUGCUGGGAACUAAAGGGAAACAUGGUGGUCCUUGUGCACGACAGUGGAGAUGCGGAGGAUGAGGAGAAUGACAUCCUGCUGAAUGGCCUCAGUCAUCAGAGCCAUCUGAUACUGCGGGCUGAGGGCCUGGCCACUGGCUUCUGCAGGGAUGUGCACGGGCAGCUGAGGAUCCUGUGGAGGAGACCAUCGCAGCCCGCAGUCCACCGGGAUCAGAGCUUCACUUACCAGUAUAAGAUACAGGACAAAAGCGUGUCCUUUUUUGCCAAAGGAAUGUCUCCUGCUGUUCUGUGACCUGAUUUCGGAGCAGCUGAAGCUACAUAGGACUGUUUUUGGACGUGGAAGAUAGAGCAACAUAGCAAGAAUGGGUCUUUCUCCUCUGUAGUAAUAUUUCAGGCUGGACCGGCGACUCCACUGUGACCAGAGGGUUGAGUGCUGCAGUGAUGGCAUGCCUUGGCUGCCCUGGGCCCUGUUCAGAAAACACAAGGGACCACAAUCCUGCCUUUGCUGAGAGAGAGGCUGGAUGCUAGACCCAAGUGAAAGGGGUCCUUUGGAGCCUUUGUUUAAAUAUGCCUUAGCCCCAGCUGCCCAUUUUUGGUUGACAAGCCUUUCAGAGCCAGAGUGGGUAUAGAUGUGCCAGCCAGGAGAUGGCACCGGAUGGCAGGUGUGCAAGGUGACAACUAGGAUAAUCAUGGCUGGAAUAAAGUAAGUUUCCACACUGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-527.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -551.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 322.27
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.(.(.((.....)))).))))))..(((((((((((.....(((((((((((((..(((((.......(((((((..(((.((((((((((((...((((.(((((.........)))))))))))))))))...........................((((((..(((....)))..)))))).(((((((((((((((((((((...............((((((.((((((((.(((..(((.((((...............))))..((((.(((.((((.((((((..((..((((((((((...)))))...)))..))..)))))))).)))).)))))))(((.......))))))...).)).)))))))).))))))))))))))))...(((.((((((((.((((((.(((((((((.....)))))...(((((((.((...))))))).))((.(((((((..........((((((((((.((((...((((....))))))))...)))))))))).((((((((((((((.....(((.(((((.(((((....(((((((.(((((.((..(((..(((.((((.(((((((((.(((......((((((...(((((...(((((((((((.((((.(((...(....)....))))))).)))))))...))))...)))))((((((..........))))))..))))))((((((((.((((((....)))))))))).))))....))).))))))))).))))))).))).....)).)))))))))))).((((....))))..)))))))))))))..))))))).......))))))).....))))))).))....((((((......)))))).....(((..((((.....))))(((((((((...........)))))))))((((((((((.(((((((((((((...(((.............)))..))))))))).......)))).)))))).....)))))))))))..)))))))))))))))))....))).))))))))(((((.(.((....)).).)))))((.(((((((.((((..........(((......((((.((((((........)))))).))))......)))...)))).)))))))...)))))).)))....)))))))......)))))..)))))))))))))...)))))).)))))..((((.(((((.((..((...(((((((..((.((.((((.....(((....)))..)))).)).))..........)))))))......))..)).))))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((.(.{.((.....))}).))))))..(((((((((((...,.(((((((((((((..(((((,......(((((((..(((.((((((((((((..{((({.(((((.........)))))}))))))))))).......,...................((((((..(((....)))..)))))).(((((((({(({(((((((((.............,,((((((.((((((((.((,..(((.((((...............)))).,|(((.(((.((((.((((({,,({,.((((((((((...}})}},.,}}}.,}}..},}})))).)))).))))))}{((.......)))||}...)})).)))))))).))))))}))))))))|,..(((.((((((((.((((((.(((((((((.....)))))...(((((((.{{...}}))))).))({.,(({(({{{{{{({({,(,,,,|||||}||||.},|{{{.,,||||||||,...,,,||||}||,(({{((((((((((.....(((.(((({,(((((....(((((((.{(((((((.((,,..||.}||||}||,((,((((((....{{((((((.{{.(((((...(((((((((((.((({{(((...{....).,..))))))).)))))))...))))...)))))|)}}})}}}......{||||||{{.|{..(((((((((,((((((....))))))}}}}.}))))}}}}})|.||}},},)})))),))}))),}})}))})),))))))))).((((....))))..)))))))))))))..)))))))))).,,.,{||||||....}}}}}}}.}}....((((((......)))))).....{{,..((((.....))))(((((((((.{{.....,}.)))))))))|}}}|||,{,.(((((((((((({...{{{,,,,,,,,.,{..},,.,)}}|}}},},})}}})))),})))}}}....})))))))))))..)))))))))))))))))..}.))).))))))))(((((.(.((....)).).))))){(,(((((((,||||......,{.,(((.|....((((.((((((........)))))).))))....,.}}}..,}}},.)))))))...)))))).)))....)))))))....),)))))..))))))))))))).,.))))))}}})))..((((.(((((.{{..{(,,.(((((((.{(,.{{,((((.....{{{,,,,)})..))}}.},.)).......)).))))))).,,,..})..}}.))))).)))).
Back