Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001539.4
Sequence Length
2319 nt
GC Content
0.4084
GCGGAACUUUCCAGAACGCUCGGUGAGAGGCGGAGGAGCGGUAACUACCCCGGCUGCGCACAGCUCGGCGCUCCUUCCCGCUCCCUCACACACCGGCCUCAGCCCGCACCGGCAGUAGAAGAUGGUGAAAGAAACAACUUACUACGAUGUUUUGGGGGUCAAACCCAAUGCUACUCAGGAAGAAUUGAAAAAGGCUUAUAGGAAACUGGCUUUGAAGUACCAUCCUGAUAAGAACCCAAAUGAAGGAGAGAAGUUUAAACAGAUUUCUCAAGCUUACGAAGUUCUCUCUGAUGCAAAGAAAAGGGAAUUAUAUGACAAAGGAGGAGAACAGGCAAUUAAAGAGGGUGGAGCAGGUGGCGGUUUUGGCUCCCCCAUGGACAUCUUUGAUAUGUUUUUUGGAGGAGGAGGAAGGAUGCAGAGAGAAAGGAGAGGUAAAAAUGUUGUACAUCAGCUCUCAGUAACCCUAGAAGACUUAUAUAAUGGUGCAACAAGAAAACUGGCUCUGCAAAAGAAUGUGAUUUGUGACAAAUGUGAAGGUAGAGGAGGUAAGAAAGGAGCAGUAGAGUGCUGUCCCAAUUGCCGAGGUACUGGAAUGCAAAUAAGAAUUCAUCAGAUAGGACCUGGAAUGGUUCAGCAAAUUCAGUCUGUGUGCAUGGAGUGCCAGGGCCAUGGGGAGCGGAUCAGUCCUAAAGAUAGAUGUAAAAGCUGCAACGGAAGGAAGAUAGUUCGAGAGAAGAAAAUUUUAGAAGUUCAUAUUGACAAAGGCAUGAAAGAUGGCCAGAAGAUAACAUUCCAUGGUGAAGGAGACCAAGAACCAGGACUGGAGCCAGGCGAUAUUAUCAUUGUGUUAGAUCAGAAGGACCAUGCUGUUUUUACUCGACGAGGAGAAGACCUUUUCAUGUGUAUGGACAUACAGCUCGUUGAAGCACUGUGUGGCUUCCAGAAGCCAAUAUCUACUCUUGACAACCGAACCAUCGUCAUCACCUCUCAUCCAGGUCAGAUUGUCAAGCAUGGAGAUAUCAAGUGUGUACUAAAUGAAGGCAUGCCAAUUUAUCGUAGACCAUAUGAAAAGGGUCGCCUAAUCAUCGAAUUUAAGGUAAACUUUCCUGAGAAUGGCUUUCUCUCUCCUGAUAAACUGUCUUUGCUGGAAAAACUCCUACCCGAGAGGAAGGAAGUGGAAGAGACUGAUGAGAUGGACCAAGUAGAACUGGUGGACUUUGAUCCAAAUCAGGAAAGACGGCGCCACUACAAUGGAGAAGCAUAUGAGGAUGAUGAACAUCAUCCCAGAGGUGGUGUUCAGUGUCAGACCUCUUAAUGGGCCAGUGAAUAACACUCACUGCUGGCAUUUAAUGUGCAGUAGUGAAUGAGUGAAGGACUGUAAUCAUAAUAUGCUCACUACUUGCUCUUGUUUUUGUUUUAAUAAACUAUAGUAGUGUUUUAAAAAGUUAAAUGAAGAAUAAACGCAAAUAUAAAAGCUCUGAUUUUGCCCUGUAUGUAUGAUGACUUCAGUGUGCAAGAUGAAGUUUAAUACCUGUAAAAACUACAAAGAAGUUCCCCUAGCAUUUCUAGGCCAAACCUUGUAAUUGACUUCAGCUAUGUACGUGGACAAGCUUAGACUGAAAUGCUAGGUAUAUGUAUUGGCUUCAGUGUAUGACCCUUCAUUGUUAAGCUAUGAAAGUAAAACUCUGUAUUUAACUGGCAAUGAGGAAAAAAAAAUUUUGUAGAGAAGUGUUGGUCUGUAUAGUUCUUUAUAUUAAGUGGGAUUCAUUGUAAUGCCUCUGCAUUUAUUCUGUUGCCUCAGCUGUUACUUGAAGAUGGCGUAAUAUAUAAUUUAUCCUGUGGUAUCAGUGAUAAAAAUGAUACCUUUCUGUAGGAGGGGUUUAUCAUAAUAUGCUGCUUCUUGAAGGCUUGCACUUCCAGAAUUGUGUUUCCUUCUGCUGUGCCAUUCAUAUAUAUAUACAUAUAUAUAUAUAAUCUUGACCAGUCCUGGUCAUUUGCUCCCCUCCUUGUCUGUGGACCAUGAUAAGCCCAAGUAGUGACUUCAGAGCUGGGUAACAGAAAUUAAAGUGAAAAGACCUUUACGUGGAGAAUUUGCAUGCGUAAUAUAGGAAGGUGUUCUUUAGGUAUGUUACAGGAUUACUUUAAACCAUUUGACUUUCGCUCCAAAGUUAUGUUGGUAGUAUAGCAAAUUAUGAUGAAUAGCUUUAAUUGUAUGUUUAAAAGUCUCAUAUGUUCACAUGCUUAAAUCUGGGUAUCAGAAUUUAAGCAAUUCUUGAAAUGUAUUGUCUCCUUAAUAUACUAAUUACAAAGCAUCUCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-626.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -671.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 575.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((............((.(((((.((((((((((((((.........(((((((....)))).))))))))))..))))...)))...)))))))....(((......))).(((((((.((..........)).))).))))((((((((((((......)))..(((...(((((.((((((.....((((((...((((((((..((((((.(.(..((((.................))))..).).))))))))).))))).))))))....)))))).))))).))).........................(((((((.((.(((....(((((((.(((((.((........)).))))))))..((((((.......))))))...(((.(((((((..(((.(((((((...((((..(((.....((((((((..........(((...........))).........)))))))).....(((..((((((.......(((........))).........))))))..)))..(((.((.((((((((..(((.(((((...(((..((((((...(((((....(((............(((((......)))))...........)))...)))))..))))))..)))..))))))))(((....)))...........((((.(((((((((((((..........(((((((.(((...........((((((((........(((((((((((((((....((((((((...(((((((....(.((..(..(((....)))..)..)))....))))))).))))))..))....)).))))...((((((.(((...)))..)))))).)))))))))))))))))((((((..(......)..))))))(((((....)))))....))).)))))))........(((((.((((((..((((.((((((.(((.((((((.....(((((.....(((....)))..((((((((..(((..(((.(((((.....)))))))).))).))))..))))........(((........)))(((((.....)))))))))))))))).))).)))..........((((((.((.....)).))).)))))).)))).))))))))))).....((((...(((((..(.((..(((......)))..)).).)))))))))((((.(((.((((..((((.((((((((((((((.....)))))))))))...)))..)))).........((((((((..((((((((((((.(((.....))))))))))))....(((((((((((((....((((((..((.((((((((..((((((((..((((((((((.........))))......))))))..))))))))..))))........((.((((....(((..(((((((((..(((((((..........))))))).......((((.....))))..........((((((((((((((((....((.((((..((........))..)))).))....)))))))....)))))))))))))))))).))).)))).))......(((((((((((.........((.......)).........))))))))))).............)))).)).)))))).....))))))))))))).....)))..))))))))..)))).))).))))..)))))))))...)))).))))..((((.(((((((........(((((((((......))).)))))).(((((((((((((...))))))))..)))))..)))))))))))....(((...((((..........))))..))))))))))).)).)))((((((((((....)))))))))).......)))..))))..)).))))))))))))))).)))((((((.((((...(((((.((..((....))..)))))))((((..(((((((((.............(((.(..(((((((((((((((((((..((((....))))...)))))))).............((((..(((((((......)))))))...)))).)))).))))))).).)))....)))))))))...))))........))))..)))))).((((((((((((.....))).)))))))))..))))....)))..))))))))).............))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.....,,.{,..((.(((((,({((((((((((((.........(((((((....)))).))))))))))..))))...)))...})))))).,..(((......))).(((((((.((.,........)).))).))))((((((((((((,.....)))..,{(,..((((({,{,{{{....{(((((,..((,,..|||}}}}}..|,|.,,.})))}}..,,...{,......,)).(((((((({....))))))))).,}}}}....||||||{{||,,.}},.,....,}}}}}}|...,,......(((((({,((,(((.{{.(((((((.(((((.{{.......,)}.))))))))..{(((((....,..}))))}...(((.(((((((..(((.((((({,...((((..(((.....((((((((,,.{{,{{{.((.....}}.},,}})}.........)))))))).....(((..((((((.......(((........)))..,.,....))))))..)))..(((.((.((((((((..(((.(((({.,.(((..((((((...(((((....(((............(((((......)))))...........))),,.)))))..))))))..))).,))))))))((((({((((..,{{{{{{{{((,..,((({(({((({{,,,,..,.,{(({{({{.{{{...,,.,....(((({({(,,,,.,,.(((((({({(({(((....{.{,,((,{{{,((((,,.{,.,.||..,.}|||}},.))}..}..))).}}.}},)))}.))})),,.)),,..)),)}}}.,.||||||.{((,,.||||||}}},},)))))}}||||}}}}))|||||{|}}}}}}.,)}.}}}},|((((|....})))),}}})))},)))),,........(((((.((((((..((((.((((({.(((.((((((.....(((((.....{{{....,}}..((((((((..(((..{({.(((((.....)))))})}.))).))))..))))........(((........)))(((((.....)))))))))))))))).))).))...,,}},...{(((((.{(,....)).)))},))}}}.)))).))))))))))){(({.({,,..,|||||}}},,|}}|||.....,|||{{,|{{{|||||||,|,{|||{{.,((({,,((((.((((((((((((((.....))))))))))}..,)))..)))).....|{{,((((((((..((((((((((({{(((.....)))))))))))}....(((((((((((((....((((((.,((.((((((((..((((((((..(((((({{((,,....,,,}}}}......))))))..))))))))..)))).......,{{,.{.({{{{((({{(,{,((.,....||,|))}.}.}}}}}}){||||||,{{{,.{(({...,,|}|,..,.}}},..((((((((((((((((....((.((((..((........))..)))).))....))))))}...,)))))))))}}}},)))}})))}))}}}}},.....(((((((((({.{..,....((.......}}.,.,.,..,)))))))))))..,,......,,,)))).)}.)))))).....)))))))))))))....,)))..))))))))..||}}}}}},}}}}..,}}}|}||}..})}}}.}}}}.,|,||.||||||,........{((((((((......))).)))))}.(((((((((((((...)))))))}.,)))))..}))))),}}|||.{{(({...||,|,,,.,},,.,)),)}}))))))))))).)).))),(((((((((,...,))))))))),....,.)))..))))..)).))))))))))))))).)))((((((.{({{...((((,,((..((....))..))))))){(((..(((((((((.........,||.{{{,{..(((((((((((((((((((.{((({...,)))}...)))))))),{.....}}....((((..(((((((......))))))).,.)))).)))).))))))).}.}}},,..)))))))))...)))}........)))}..)))))).((((((((((((,...,)))},))))))))..)))).,}.))).,}))))))))..,..........))))))))))))..
Back