Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001613.4
Sequence Length
1349 nt
GC Content
0.5182
GAACACCACCCAGUGUGGAGCAGCCCAGCCAAGCACUGUCAGGAAUCCUGUGAAGCAGCUCCAGCUAUGUGUGAAGAAGAGGACAGCACUGCCUUGGUGUGUGACAAUGGCUCUGGGCUCUGUAAGGCCGGCUUUGCUGGGGACGAUGCUCCCAGGGCUGUUUUCCCAUCCAUUGUGGGACGUCCCAGACAUCAGGGGGUGAUGGUGGGAAUGGGACAAAAAGACAGCUACGUGGGUGACGAAGCACAGAGCAAAAGAGGAAUCCUGACCCUGAAGUACCCGAUAGAACAUGGCAUCAUCACCAACUGGGACGACAUGGAAAAGAUCUGGCACCACUCUUUCUACAAUGAGCUUCGUGUUGCCCCUGAAGAGCAUCCCACCCUGCUCACGGAGGCACCCCUGAACCCCAAGGCCAACCGGGAGAAAAUGACUCAAAUUAUGUUUGAGACUUUCAAUGUCCCAGCCAUGUAUGUGGCUAUCCAGGCGGUGCUGUCUCUCUAUGCCUCUGGACGCACAACUGGCAUCGUGCUGGACUCUGGAGAUGGUGUCACCCACAAUGUCCCCAUCUAUGAGGGCUAUGCCUUGCCCCAUGCCAUCAUGCGUCUGGAUCUGGCUGGCCGAGAUCUCACUGACUACCUCAUGAAGAUCCUGACUGAGCGUGGCUAUUCCUUCGUUACUACUGCUGAGCGUGAGAUUGUCCGGGACAUCAAGGAGAAACUGUGUUAUGUAGCUCUGGACUUUGAAAAUGAGAUGGCCACUGCCGCAUCCUCAUCCUCCCUUGAGAAGAGUUACGAGUUGCCUGAUGGGCAAGUGAUCACCAUCGGAAAUGAACGUUUCCGCUGCCCAGAGACCCUGUUCCAGCCAUCCUUCAUCGGGAUGGAGUCUGCUGGCAUCCAUGAAACCACCUACAACAGCAUCAUGAAGUGUGAUAUUGACAUCAGGAAGGACCUCUAUGCUAACAAUGUCCUAUCAGGGGGCACCACUAUGUACCCUGGCAUUGCCGACCGAAUGCAGAAGGAGAUCACGGCCCUAGCACCCAGCACCAUGAAGAUCAAGAUCAUUGCCCCUCCGGAGCGCAAAUACUCUGUCUGGAUCGGUGGCUCCAUCCUGGCCUCUCUGUCCACCUUCCAGCAGAUGUGGAUCAGCAAACAGGAAUACGAUGAAGCCGGGCCUUCCAUUGUCCACCGCAAAUGCUUCUAAAACACUUUCCUGCUCCUCUCUGUCUCUAGCACACAACUGUGAAUGUCCUGUGGAAUUAUGCCUUCAGUUCUUUUCCAAAUCAUUCCUAGCCAAAGCUCUGACUCGUUACCUAUGUGUUUUUUAAUAAAUCUGAAAUAGGCUACUGGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-418.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -442.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 428.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((..((((((...((......))...)))))).((((((...(((((((((...((((...((((((.((((((((((((((((((((.((((.((.(((((((((...((((......))))((((((((.((((......(.((((.((((((((((((((.....)))))).((((((..(((((........)))))....))))))....)))))))..).)))).)(((((((.((.....((((((....((.((((.((..((.((((.......(((....))).......))))))..)).))......)).)).....))))))......)).)))))))..((((.(((..(((((........))))).))).)))))))).).....)))))))....((((.(...((((((((((...)))))))....))).).))))))))))...))).)))))).))))))))))))).)))).....)))...)))))).))))....(((.(((((..(((((((((.((((((..(((((((...(((((((.((((........)))))))....(((((.((((((.(((((..(((((.((((((.(((((...((((((..........((.(((((((..((......))..)))).))).))))))))...))).(((((((((.((((...((((((((.((((((((.......((..(((((.((((....))))....)))))..))........)))))))).(.((((((...)))))).).((((((..(((((((....))))))).((((.((((((.(((...)))(((((((.....))))))).)))).))))))..(((((.................)))))..).)))))..))))).))).......)))).))......)))))))..(((((.(((......))).)))))(((((........)))))...)))))))).))))))))).).)))).)))))))))))...)).)))))....((((((..(........)..))))))..)))))).)))))(((((.((..(((...(((....((.(((....))).))....)))...)))..)).)))))....))))..))))).)))...))))))....)))..)))))).........(((...(((......(((.(((((.....(((((....((.....))....)))))...))))).))).....)))..)))..((..(((((..((((......)))).....)))))..))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,,,,.,((({(,(((((({.,{{({..,||.|||,((((...}}|}.{,{||{|.,{{((,,.(((((,.{({(((((((((((((((({,((,..{{.{{{{(((({...((((......)))){((({{{||(((,....,,||||{{,((((((((((((((.....))))),.((((((..(((((........)))))....))))))....)))))))).|,||||{|(((((((.((..{..{(((((,...((.{{{(,((..((.((({.......,((,...}}}..,,...})))))..)).))....,.)}.))...,.)))))}......)).))))))),.||||.({(..({(((,....,..}))}}.|||.}}}|||||||..,},))}))))....((((.(...,({(((((((...)))))))...,)},.}.))))|||||}...})),))},.))))))))))))))).))))..,,.}}},.,}})}}}.}}))},,.(((,(((((.,(((((((((.(,((,{..,,,||,|.,,|||{(((.((((........)))))))}...(((((.((((((.,((((..(((((.((((((.(((((...((((((..........((.(((((((.,({......}}..)))).))).))))))))...}}}.{{(((({{,.(|{,...||,||||.,((((((((...,...({..((((({((((....)))}.,},}))))..))....,,,.)))))))),,.{{,((({{{{,,|||,|.{((({{..(((((((....))))))).{({{{((((((.(((,,,|},{{{{{{{.....))))))).)))).)))))}..(((((..............,..)))))..}.))))),})}.))))))).||||{}},,.}}......}})))))..(((((.(((......))).)))))(((((........)))))...}})))))).))))))))).,.)))).))))))).|||...||,},|||{{,,,,{||{}.|,,....,|}||}}}}}}..}}}|||.}||||{{{{{.{,.,{({|||{|,||,.||.}},}}}}),)}),...,}||,..,.},,||||}}||},..}}}}..))))}.))}...}))))).........,,,)))}}}}.,.,,|{{,,.|||,,....{{|,|{(((.....{((({....|{.....)}....)))))...))))),))).....)))..)}},,||,,(({{{,,{,,{,,....,}}......)))))..)))))}..
Back