Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001660.4

Sequence Length

1596 nt

GC Content

0.3954

AGUCGCCUAGCAGGUCCUCUACCGGCUUAUUCCUGUGCCGGAUCUUCAUCGGCACAGGGGCCACUGAGACGUUUCUGCCUCCCUCUUUCUUCCUCCGCUCUUUCUCUUCCCUCUCGUUUAGUUUGCCUGGGAGCUUGAAAGGAGAAAGCACGGGGUCGCCCCAAACCCCUUCUGCUUCUGCCCAUCACAAGUGCCACUACCGCCAUGGGCCUCACUAUCUCCUCCCUCUUCUCCCGACUAUUUGGCAAGAAGCAGAUGCGCAUUUUGAUGGUUGGAUUGGAUGCUGCUGGCAAGACAACCAUUCUGUAUAAACUGAAGUUAGGGGAGAUAGUCACCACCAUUCCUACCAUUGGUUUUAAUGUGGAAACAGUAGAAUAUAAGAACAUUUGUUUCACAGUAUGGGAUGUUGGUGGUCAAGAUAGAAUUAGGCCUCUCUGGAAGCAUUACUUCCAGAAUACCCAGGGUCUUAUUUUUGUGGUAGAUAGCAACGAUCGUGAAAGAAUUCAGGAAGUAGCAGAUGAGCUGCAGAAAAUGCUUCUGGUAGAUGAAUUGAGAGAUGCAGUGCUGCUACUUUUUGCAAACAAACAGGAUUUGCCAAAUGCUAUGGCCAUCAGUGAAAUGACAGAUAAACUAGGGCUUCAGUCUCUUCGUAACAGAACAUGGUAUGUUCAAGCCACUUGUGCAACACAAGGAACUGGUCUGUAUGAAGGACUUGACUGGCUGUCAAAUGAGCUUUCAAAACGUUAAAUGAAAUUGGAUAUCUAACCAAGGACAUGUUUGAUAAAAUUGGUCUAGGCUUGUUACAACAAAAUUAGUUUGUAUCUUGGUUAUUAAACAGUAUCUGGGACUGGUUUGGGCAGAAUAUUAAACUUAUUUUGUUGCCAAUUAUUGUUUACCGAGUAUAAUGUUGCUAUUUAGCAAUGUGCUUGGUUUUAAAGAAAUUCUCCUUGGGAAAAAAGUAUCCUCUUUUAAUUUUACUUCCCAUAAGCGUAAAUGCCUGGACAUAGCUCUUGUGCAACCUUUAAAUAAAUUGUUUUGAGUGUUUUUUGAGCCCCAGACAAAUAAUGUUUUAAAGUUAUCCCCUUGCUACUUUACUGAUACCUUUAUCAUUCCUGAGACAGUUUGCUAAUUUAAAAAUGUAGCAUUCCAUUUGUAUUUAUUUCUCUCCCUUGCCAAAAAGAUUUUCUAAUACUGCUUGUACCAGCCAGAGAAAGAUCCAAAACACUACUCAGCUCUCUUGCACUGAGGAAAUUUUUCCCCCUACAUUGACUCCUGGCCUACAUCAGCCAAACUUAACCUUGGUGGGGUUUGGAUUUGAUAGCCAAUUAGUUCUGUGCUGGUUGCAAAGAAUUGAUAUUUAGAUGGUUUUUAAUACUCAGCAGAUUGUCUUCCUUUAUAUUGUGUCUUUUUUAUGUUGCAUGUUGCUUUUGUUAUCAGCCUGAUUUUUUGCUCAGUAUAUGAUAGUUCUGCUGAUGUUUUGUUUAUUGGGCAGACAUAUCUUCAUUAAGAGUUUUUGGAAAACUCAUCAAAUUCGAUGAAUACAUUUUCUUCAUAACCCAUUUGGAAUUAUUCCUAAUAAAAUGAUAAAAUACGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-422.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -454.05

Frequency: 0.0000

Diversity: 330.12

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((((((((.(.(((...((((....((((((((((.......))))))))))))))....))).)..)))))..............(((((..((((((((((.((((((...........))))))...))..))))))))..))))).....(((((((((..........((((((.....(((....)))....))))))...(((((((((((...((((..((((....))))(((((.((......)).)))))(((((((..(((...........)))..)))))))............))))...)))))))))))(((((.((((((((((((((....)))))(((((((((................))))))).))))).)))))).))))).........((..((((((..((((((((.....)))))))).......(((((((.(((((((((((.(.((((....((.((((....)))).)).(((((......)))))(((((((.(((.((((((..((...((((((((.((((((((((((((((((((((...(((((...((((.......)))).(((((((((.((((((.....((((....((((((.(((((((.((((.((((((........))))((((((...))))))....)).)))))))))))))).)))))))))))))....((((((.(((((((((.(((...((((........))))...)))(((((.........((((((((......(((((((((.(((((((((.(((.(((.....((((.......))))...))).))).))).)))))).))))))))).............(((((((((...((((((....))))))))))))))).................(((((((((((......)))))........))))))...........))))))))...((((....(((..(((.(((((...))))).)))))).....))))..)))))...))))))))))))))).............)))))))))...........))))).....))))))......))))).))))))........)))))))))))))))..))))))..)))))))))).....))))).)))))..)))))))))))))..........((((..(....)..))))((((....))))................))))))..)).(((((........))))))))))))))..((((.((((((((((((((.(((.....))).))))))))).......))))).)))).(((((((((((((((......(((((((.((.....(((.((((.(((..((....))))))))).)))......)).))))))).))))).)))))))).)).........))))).)))......(((((..(((((((...))))))).........((.(((......))).))...........((((...))))......)))))............

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((((((((,.,((,...((({....((((((((({.......})))))))))))))...}))}.|..|}}}|..............(((((..((((((((((.((((({...........,)))))...)}..))))))))..))))).....(((((((((,{{{{,,,..((((((.....(({....},,.}..))))))...(((((((((((...((((..((((....}}))(((((.((......)).)))))(((((((..(((...,.......)))..))))))),..,,.......))))...)))))))))))(((((.(((((((((,,,,{....,,,||({{((((((................)))))))}))))).)))))).)))))|,.,}}.|}|},.((((((..((((((((.....)))))))).......(((((((.(((((((((((.(.((((....((.((((....)))).)).(((((......)))))(((((((.,((.((((((..({...(((((((({((((,((((((,((((((((((...(((((...((((.......)))).(((((((((.{(,(((,,...((,((({,{{((((.((((((,,((((.((((((........)))}((((((...))))))....)).))))))))))))))}{||{,,,,,)))},..{(((,(({(((((((((,{((...((((........)))}...},}|||||}|.......((((((((.,,...(((((((((.(((((((((.(((.(({..,,.((((.......)))).,,))).))).))),,))))).))))))))).,},...,,,,,.(((((((((,..((((((....)))))))))))))))....,|,,.....,.,,(((((({{(((,,....,}}})...,,,..)))))}..,}.,.....))))))))...((,,....}},...,,.,,,.....,)))))))).)))}.,,))))}),||{||..,,,))))),,,})))}},....}}.,,.)))))))))...........))))).....))))))......})))).))))))...}},,,))))},,})))))))..)))))).,),,))))))).....))))).)))))..))))))))))))).........{((((..{....)..))))|(({....})),..,......,......)))))).....(((((........))))))))))))))..{(((.((((((((((((((.(((.....))).))))))))).......))))).)))}.{{(((((((((((((......(((((((.((.....(((.((((.(((..((....))))))))).)))......)).))))))).))))),}))))))).}}.........})))),))}...,.,{{{{,..((((((,.,,|}}}})),,,..,,,.}}}|||....,{||,.||{,.....{{,.((({...}))).,}}...))))..,,,...,,..