Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001700.5
Sequence Length
907 nt
GC Content
0.6748
CUGCCCCGCCAUGACCCGGCUGACAGUCCUGGCCCUGCUGGCUGGUCUGCUGGCGUCCUCGAGGGCCGGCUCCAGCCCCCUUUUGGACAUCGUUGGCGGCCGGAAGGCGAGGCCCCGCCAGUUCCCGUUCCUGGCCUCCAUUCAGAAUCAAGGCAGGCACUUCUGCGGGGGUGCCCUGAUCCAUGCCCGCUUCGUGAUGACCGCGGCCAGCUGCUUCCAAAGCCAGAACCCCGGGGUUAGCACCGUGGUGCUGGGUGCCUAUGACCUGAGGCGGCGGGAGAGGCAGUCCCGCCAGACGUUUUCCAUCAGCAGCAUGAGCGAGAAUGGCUACGACCCCCAGCAGAACCUGAACGACCUGAUGCUGCUUCAGCUGGACCGUGAGGCCAACCUCACCAGCAGCGUGACGAUACUGCCACUGCCUCUGCAGAACGCCACGGUGGAAGCCGGCACCAGAUGCCAGGUGGCCGGCUGGGGGAGCCAGCGCAGUGGGGGGCGUCUCUCCCGUUUUCCCAGGUUUGUCAACGUGACUGUGACCCCCGAGGACCAGUGUCGCCCCAACAACGUGUGCACCGGUGUGCUCACCCGCCGCGGUGGCAUCUGCAAUGGGGACGGGGGCACCCCCCUCGUCUGCGAGGGCCUGGCCCACGGCGUGGCCUCCUUUUCCCUGGGGCCCUGUGGCCGAGGCCCUGACUUCUUCACCCGAGUGGCGCUCUUCCGAGACUGGAUCGAUGGUGUUCUCAACAACCCGGGACCGGGGCCAGCCUAGGGGGGCCUGUGACCUCCCAUGGAGCCCAGCCCCGCCCUCCACACCUCCGGCGCUCCGCACCCACCUCCCACGGCCCCGCCCCUGCCCCCGCUCCGGCCAGAGGGGCCCUGGCUGUAAUAAAGAAGCCGAUCUCUCCUCUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-403.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -417.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 233.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((.((((((((((((...((((.((((..((((.((((((((((((..(((((..(((....))))))))..))))...))))))))))))..)))).))))..(((((.........)))))......((((..((....((((...((((((((((((......(((((.((((((...(((.(((((.(((....((((((...))).)))....))).))))).))).)))).)))))))((((........))))(((((((.......)))))))((.(((((((..(((......)))..))))))).))...)))))).))))))))))...)).)))).))))..))))))))...((((((....))))))..((((.((....)).))))..((((....))))..((((((((((((((((((((((........))).)))))))(.(((.((((.(((.((((((((((.(.((...((((((...((((.((((...))))...))))...)))))).)).).))))))......(((.((((....)))).))))))).))).)))).))).)...(.(((((((((.....))))))))).).(((((((((((.((((...((((.((........)))))))))))))).)))))))......))))))...))))))....((((....)))))).))))))...........(((((..(((((.(((....((((((((((.((.......((((((...(((.................)))))))))........)).)).)))))).)).))).))))).))))).((((((((...(((((..........)))))....)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......,....,,..(((((.((((((..((((((.((((((((..,({.(((((((..(((((..(((....))))))))..))))...{,{((,(((((((((({,.((({{{|,,.{.||{|,,,||{||||.||,.,(((.,(({{((({((,,,((({{{{|||||||}...(((((.((((((...(((.(((((.(((....((((({...}))},))....))).))))).))).)))).)))))))||||.,,,.,,,)))}(((((((,,,,,,,|}}}|}}{{.(((({{(..{{(,,,,,,|}||.}}}}}}},},...}}}}}}.))))}}})}}.....}))})}})))}},|,{{{{,...((((((....))))))..|)}}}||}}}},,.}})},}|||||}},|,{((.((((((((((((((((((((((........))),})))))){,(((,((((.(((.((((((((((.(.((...((((((...((((.((({...})))...))))...)))))).)).).))))))......(((.((((....)))).))))))).))).)))).))).)...(.(((((((((.....))))))))).),((((((((({((((((...((((.((........)))))))))))))).)))))))......))))))...)))))).}},{{{|,...}))).,}..(({{{{...,,,,,}}}|||},||||||}.|}}}.(((((((,,(,(..{{{{...))}),.}}},,,,}}}}},,.....,,}))}|},}})}.,...........))|}}}))),,,)))..}),.)))))))).))))))..))))))........))))).............
Back