Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001719.3
Sequence Length
4021 nt
GC Content
0.5648
ACUCUGGCGCUCCCGAGGCGGCCUCUUGUGCGAUCCAGGGCGCACAAGGCUGGGAGAGCGCCCCGGGGCCCCUGCUAUCCGCGCCGGAGGUUGGAAGAGGGUGGGUUGCCGCCGCCCGAGGGCGAGAGCGCCAGAGGAGCGGGAAGAAGGAGCGCUCGCCCGCCCGCCUGCCUCCUCGCUGCCUCCCCGGCGUUGGCUCUCUGGACUCCUAGGCUUGCUGGCUGCUCCUCCCACCCGCGCCCGCCUCCUCACUCGCCUUUUCGUUCGCCGGGGCUGCUUUCCAAGCCCUGCGGUGCGCCCGGGCGAGUGCGGGGCGAGGGGCCCGGGGCCAGCACCGAGCAGGGGGCGGGGGUCCGGGCAGAGCGCGGCCGGCCGGGGAGGGGCCAUGUCUGGCGCGGGCGCAGCGGGGCCCGUCUGCAGCAAGUGACCGAGCGGCGCGGACGGCCGCCUGCCCCCUCUGCCACCUGGGGCGGUGCGGGCCCGGAGCCCGGAGCCCGGGUAGCGCGUAGAGCCGGCGCGAUGCACGUGCGCUCACUGCGAGCUGCGGCGCCGCACAGCUUCGUGGCGCUCUGGGCACCCCUGUUCCUGCUGCGCUCCGCCCUGGCCGACUUCAGCCUGGACAACGAGGUGCACUCGAGCUUCAUCCACCGGCGCCUCCGCAGCCAGGAGCGGCGGGAGAUGCAGCGCGAGAUCCUCUCCAUUUUGGGCUUGCCCCACCGCCCGCGCCCGCACCUCCAGGGCAAGCACAACUCGGCACCCAUGUUCAUGCUGGACCUGUACAACGCCAUGGCGGUGGAGGAGGGCGGCGGGCCCGGCGGCCAGGGCUUCUCCUACCCCUACAAGGCCGUCUUCAGUACCCAGGGCCCCCCUCUGGCCAGCCUGCAAGAUAGCCAUUUCCUCACCGACGCCGACAUGGUCAUGAGCUUCGUCAACCUCGUGGAACAUGACAAGGAAUUCUUCCACCCACGCUACCACCAUCGAGAGUUCCGGUUUGAUCUUUCCAAGAUCCCAGAAGGGGAAGCUGUCACGGCAGCCGAAUUCCGGAUCUACAAGGACUACAUCCGGGAACGCUUCGACAAUGAGACGUUCCGGAUCAGCGUUUAUCAGGUGCUCCAGGAGCACUUGGGCAGGGAAUCGGAUCUCUUCCUGCUCGACAGCCGUACCCUCUGGGCCUCGGAGGAGGGCUGGCUGGUGUUUGACAUCACAGCCACCAGCAACCACUGGGUGGUCAAUCCGCGGCACAACCUGGGCCUGCAGCUCUCGGUGGAGACGCUGGAUGGGCAGAGCAUCAACCCCAAGUUGGCGGGCCUGAUUGGGCGGCACGGGCCCCAGAACAAGCAGCCCUUCAUGGUGGCUUUCUUCAAGGCCACGGAGGUCCACUUCCGCAGCAUCCGGUCCACGGGGAGCAAACAGCGCAGCCAGAACCGCUCCAAGACGCCCAAGAACCAGGAAGCCCUGCGGAUGGCCAACGUGGCAGAGAACAGCAGCAGCGACCAGAGGCAGGCCUGUAAGAAGCACGAGCUGUAUGUCAGCUUCCGAGACCUGGGCUGGCAGGACUGGAUCAUCGCGCCUGAAGGCUACGCCGCCUACUACUGUGAGGGGGAGUGUGCCUUCCCUCUGAACUCCUACAUGAACGCCACCAACCACGCCAUCGUGCAGACGCUGGUCCACUUCAUCAACCCGGAAACGGUGCCCAAGCCCUGCUGUGCGCCCACGCAGCUCAAUGCCAUCUCCGUCCUCUACUUCGAUGACAGCUCCAACGUCAUCCUGAAGAAAUACAGAAACAUGGUGGUCCGGGCCUGUGGCUGCCACUAGCUCCUCCGAGAAUUCAGACCCUUUGGGGCCAAGUUUUUCUGGAUCCUCCAUUGCUCGCCUUGGCCAGGAACCAGCAGACCAACUGCCUUUUGUGAGACCUUCCCCUCCCUAUCCCCAACUUUAAAGGUGUGAGAGUAUUAGGAAACAUGAGCAGCAUAUGGCUUUUGAUCAGUUUUUCAGUGGCAGCAUCCAAUGAACAAGAUCCUACAAGCUGUGCAGGCAAAACCUAGCAGGAAAAAAAAACAACGCAUAAAGAAAAAUGGCCGGGCCAGGUCAUUGGCUGGGAAGUCUCAGCCAUGCACGGACUCGUUUCCAGAGGUAAUUAUGAGCGCCUACCAGCCAGGCCACCCAGCCGUGGGAGGAAGGGGGCGUGGCAAGGGGUGGGCACAUUGGUGUCUGUGCGAAAGGAAAAUUGACCCGGAAGUUCCUGUAAUAAAUGUCACAAUAAAACGAAUGAAUGAAAAUGGUUAGGACGUUACAGAUAUAUUUUCCUAAACAAUUUAUCCCCAUUUCUCGGUUUAUCCUGAUGCGUAAACAGAAGCUGUGUCAAGUGGAGGGCGGGGAGGUCCCUCUCCAUUCCCUACAGUUUUCAUCCUGAGGCUUGCAGAGGCCCAGUGUUUACCGAGGUUUGCCCAAAUCCAAGAUCUAGUGGGAGGGGAAAGAGCAAAUGUCUGCUCCGAGGAGGGCGGUGUGUUGAUCUUUGGAGGAAAAAUAUGUUCUGUUGUUCAGCUGGAUUUGCCGUGGCAGAAAUGAAACUAGGUGUGUGAAAUACCCGCAGACAUUUGGGAUUGGCUUUUCACCUCGCCCCAGUGGUAGUAAAUCCAUGUGAAAUUGCAGAGGGGACAAGGACAGCAAGUAGGAUGGAACUUGCAACUCAACCCUGUUGUUAAGAAGCACCAAUGGGCCGGGCACAGUAGCUCCCACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGUGGGCGGAUCAUUUGAGGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGCAUGGUGGCACGCACCUGUAAUCCCAGCUACUCUGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAACCCCAGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUCGUCCCACUGCACUCCAGCUUGGGUGACAAAACAAGACUCCAUCUCAAAAGAAAAAAAAAACAGCACCAAUGAAGCCUAGUUCUCCACGGGAGUGGGGUGAGCAGGAGCACUGCACAUCGCCCCAGUGGACCCUCUGGUCUUUGUCUGCAGUGGCAUUCCAAGGCUGGGCCCUGGCAAGGGCACCCGUGGCUGUCUCUUCAUUUGCAGACCCUGAUCAGAAGUCUCUGCAAACAAAUUUGCUCCUUGAAUUAAGGGGGAGAUGGCAUAAUAGGAGGUCUGAUGGGUGCAGGAUGUGCUGGACUUACAUUGCAAAUAGAAGCCUUGUUGAGGGUGACAUCCUAACCAAGUGUCCCGAUUUGGAGGUGGCAUUUCUGACGUGGCUCUUGGUGUAAGCCUGCCUUGCCUUGGCUGGUGAGUCCCAUAAAUAGUAUGCACUCAGCCUCCGGCCACAAACACAAGGCCUAGGGGAGGGCUAGACUGUCUGCAAACGUUUUCUGCAUCUGUAAAGAAAACAAGGUGAUCGAAAACUGUGGCCAUGUGGAACCCGGUCUUGUGGGGGACUGUUUCUCCAUCUUGACUCAGACAGUUCCUGGAAACACCGGGGCUCUGUUUUUAUUUUCUUUGAUGUUUUUCUUCUUUAGUAGCUUGGGCUGCAGCCUCCACUCUCUAGUCACUGGGGAGGAGUAUUUUUUGUUAUGUUUGGUUUCAUUUGCUGGCAGAGCUGGGGCUUUUUGUGUGAUCCCUCUUGGUGUGAGUUUUCUGACCCAACCAGCCUCUGGUUAGCAUCAUUUGUACAUUUAAACCUGUAAAUAGUUGUUACAAAGCAAAGAGAUUAUUUAUUUCCAUCCAAAGCUCUUUUGAACACCCCCCCCCCUUUAAUCCCUCGUUCAGGACGAUGAGCUUGCUUUCCUUCAACCUGUUUGUUUUCUUAUUUAAGACUAUUUAUUAAUGGUUGGACCAAUGUACUCACAGCUGUUGCGUCGAGCAGUCCUUAGUGAAAAUUCUGUAUAAAUAGACAAAAUGAAAAGGGUUUGACCUUGCAAUAAAAGGAGACGUUUGGUUCUGGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1593.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1663.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 914.54
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.(((((((((....((((((..((((((........)))))))))))))).)))))))..)))(((..(((((.....(((((((((((((((((((.((((..(((((((((.((((((.((((((.(((((((((((.....((.((....))))(((((((((((((...(((.(((((((((((((((((((((((((((((...((((((.(.((((..((((....((.((((((.((.(((((((((...(((((((.((((((........)))))))))).)))...))))))))).)))))).)).))..))))..)))).).))))))....))))))))))..))))).))))..)))))))))))))......(((((.(((.((((.(.((((.((((((.((..((......)).)))))))))))).))))).)))..)))))...))))))).))))))((((...)))).(((((((((((.((((((((..(((((.....)))))))))..)))).)))))((((((((........))))))))))))))...))))))))).)))))))))))))).......((((((.((((((..(.(((((.((((.(((.((((..(((.(((.(((.......)))))).)))..)))).))).)))).......(((...)))((((((((........((....)).......))))))))........)))))).)))))).))))))(((.(((..(((....)))))).))).)))))))))))))(((((((((((.(......).))))....))))))).(((.(((..((((((((.(((((.(((((......((.((((..............(((.....)))((((((..........))))))((((((((((((((((.((((..((((.((((........((((((...((((.((((((...))))))(.(((.((((((((.(((.(.(((((((......((.((((((.((.((((((((((.((((.(((......))).))))))))))..........(((((((((...)))))))))((((((((..........)))))))).(((((((.(.(((.((((((((.(..((((((((((((((((.(((......))).)))))))..((...))((((.....)))).((.((((.((((..((..((((((((((....))))).......)))))..))..)))).))))))(((((((..((.....))))))))).........))))))))).((((.((((((((....((((((..((.(((..((((((((.((((((.(..(((........((((..........))))........)))..).))).))).))..)))))))))))..)))))).))))).......))).))))(((((((((.((((((.((((((..((((((((((((((((.......((((((((((((.(((((((..(((...(((((((((.((.(((((....)).))).)).))).))))))...........((.(((((..((..........))..))))).)).)))))))))).)))......(((....)))))))..))))).((((((......))))))...(((((((((((.((((.((.(((((((((.........)))))).((((((...((((..((..((((..((.(((((.(((.(((((((.(((((((((((((((..(.(((....))))..)))))))..(((((..(((((((((.((((((.........(((((((....((((((...........(((((((((..(((((.........)).).))..((((((((((((.((((..(((...((((((((.((((((((((..(.((((((.((((((................(((((((.((........))...........................(((((((......)))))))(((((((....))))))).))))))).(((((..((...)).....))))).(((((((.((((.(((.(((..((......))..)))))).))))....))))))).)))))))))...))).)..))))))))))..))))))))..)))....................(((((.(((((..((..(((((................)))))..)).)))))...))))))))))))..)))))))))((((((((((((((((...(((((((((.(((....))))))))))))...)))))))))....(((.(((((....)))))))))))))))..((((((...........))))))...)))))))))))).)))...))))))))))))).)))))))).)..)))))..))))))........((((((..((((..((((((((((((((..............((((.((((((..(((.(((....))).)...))..))))))..))))))).)))))...))))))..))))...)))))).((((((((((....((((((((((..((((((((........)))).))))...(((((...((((((((.......(.(((((((....((((((....)))))).....))))))).)..........((((..(....)..)))).))))))))....))))).....))))).)))))...................((((..(((((((.((.(((((.((((((.((.(((((((((((.((((.((((..(((.(((.((((..(((.(((((..(((((((.(.(......).).)))))))))))).)))))))..)))..)))..)))).(((....)))......................)))))).)))))).)))))))))))..))))).))..))).))))))))(((........))))))))))))))))))))))..)))))))).))((((....)))))))).))..)))).))))))((((((((..((.......))..))))))))..............))).)))))))))))))))))....))))).)))))..))))))..))))))...))))))(((((...(((.(((.(((((.(((((.((.(((..((((((......))))))))))).))))).))))).))))))...))))))))))))))....((((((((((((..((((.....)))).)))))....)))))))......).)))))))))))).))).....)))).......((((((.((((((((.......)).))))).).)))))).)))))).)))))).))))))..))).)..))).)))))))).))).)....((((((.((((((.....))))))..))))))...........((......)).......(((((....)))))))))...))))))))))...))))..)))).))))))))))))))))))))))....))))))))))..))))))))..)))))).)))))))((.((.((....)).))))..))))))))))))))))).....................((((((((((....(((((...(((((.....)))))......((((((((((((((......................))))))))....)))))))))))....))).))))))).............(((((((....)))))))((((((((((.(((.....(((((((((((((...((((.........(((((....))))).........)))))))))))...))))))....)))))).))))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,.(((((((((....((((((..((((((.......,)))))})))))))).))))))){{|||(((..{((((.....((((((((((((,((((((.((((..(((((((((.((((((.((((({,(((((((((((.....((.((....))))((((((((((({(...(((.(((((((((((((((((((((((((((((...((((((,(.((((..,(((....((.((((((.((.(((((((((...((({((,{((((((........)))))))))).)))...))))))))).)))))).)).))..))))..)))),).))))))....))))))))))..))))).))))..)))))))))))))......(((((.(((.((((.(.(({((((((((.((..((......)).)))))))))))).))))).)))..)))))...))))))).)))))){{((.,,))||.(((((((((((.((((((((..(((((.....))))))))}.,)))).)))))((((((((........)))))))))))))).,,))))))))).)))))))))))))),,.....,,{(((|((((,,..({((,,,.((((.(((.((((..(((.(({,(((.......)))))).)))..)))).))).))))..}}}},||,..,}))|||,{((({{{{({{.(({...||.....,.}}}},|||,......,|},,}}.}))},,,)))))}{,|}|,,..|||...}))))))},)).)))))))))))))(((((((((((.{......}.))))....))))))).(((.(((..((((((((.((((,{(((((......({.{((({...,......,..{{{|...,)))((((((.{,....,}.)))))){(((((((((((((((.((((..((((.((((........((((((,..(({{.((((({...}))))}(((({{(((,,.((((((..{({{{|,({..{{(((.(((,,,.{(,({,,(((((((((((.(((......))).))))))))))..,,,},..,(((((((((...)))))))))|{{{{|||.,,}},..,,,,}))))).}}||||,.,.}||}||||{(({{,,.{||||(((((((((((.{((......))).)))))))..,,.{||||{|||{...||||{({.{,,,,{{{|||{|{|||||||||||||,.,}||||,,||{|,|,||.,|,,,||||.}}))}}||(({({..||,|,,,|,}})))))},|......|}|||}}}}.{{({,((({{{{,,...((((((..((.(((..((((((((.((((((.,..{(({.,{....((((..........))))........)))..}.))).))).)}.,)))))))))))..)))))).|||||,{{.{{.}}}.}}||(((((((((.(((,,{.{{{{{(,{(((,,,,{|||||{((.,,.,,,({{{,{{||||,,|||{{{,..|,|}}}(((((((((.((.(((((....)),})).)).))).)))))},}}}}}.....{,{((((,..(({{,......,|}..}}}||{||{|||||||||,,|||......(((....)))}}|}..,)}}}.((((((......))))))...(((((((((((.{{{{..,.,{{((((((.........)))))).((((((...((((..,({{(({(..((.(((((.(((.(((((((.((((((((((((({{..(.(((....)))}..}}}}}}},.{((((..(((((((((.((((((.........(((((((....((((({....,.....{(((((((((..{,,,{.{((,...,))},.}.},(((((((((,((.((((,.(({,..(((((,,({((.,{{,((({.(((......}}|.}))}.,.))}}....}}))}}|||{((,....}|}.|||||..............,.........,((((((......))))))|(((((((....))))))),,|{{{{{{({({{..{{...}}.....,}},|.(((((((.((((.(((.(((..((......))..)))))).))))....))))))).),,,}),)))))))),,..|||||||||...,||||||,.||||,....,|{{{...,,....,,{,,,.,,,,,..{,,||{{||,},||,,,...,,.,,)))}}..))}))).),,.}}}}}))))))),.)))))))))((((((((((((((((...(((((((((.(((....))))))))))))...)))))))))....(((.(((((....)))))))))))))))..((((((...........})))))...)))))))))))).)))...))))))))))))).)))))))).)..))))),,))))))........{(((((.,((((..((((((((((((({,,....}}..,|..((((.((((((..(((.{{,....})),}...}}..))))))..)))))}).)))},},}))))))..)))),,.)))))}.((((((((((....((((((((((..((((((((........))))},)))...(((((.,,((((((((...,...(.(((((((....((((({....}))))).....))))))).),..,....,.((((..(....)..)))).))))))))..,,))))).....))))).)))))..............,{{{.((((,.((((,,,.,|}||||{.,{|||.}||,{{{((((((((.((((.((((..(((.(((.{(((,.(((.(((((..(((((((.(.{......).}.)))))))))))).)))))))..)))..)))..)))).{{(....}))..................,,..)))))),}))))).||||,||||||{,||||,.,,.}))).,,))))))||,,...,,}.))})))))))))))))))))))..)))))))),)|((((....)))))}))}))}.)))).)))))){(((((((..((.......))..)))))))}..........,,,,}},.}})))))))))))))))....|||||,}}}}|,,|||||,..|||},}{{{|||||,{((((...((,{(((.(((({,(((((.((.(((..((((((......))))))))))).))))),})))).))))))...))))}|||,|||,,.....||||{||||||}}||{{.,,,.}}))})))))}}}}))||||.........,)))),,)))),)))))}).,})))))},...((((((.{((((({{.......)).,)))).,.)))))).))))))})))))}.((((((.,{.{.(((((((((({,||,.....)}...})))))))))).|.,,.)))))))}})))))},,........,||,,....,}.,,....(((((....))))),))),..))))))))))...))))..)))).))))))))))))))))))))}}....))))))))))..))))))))..)))))).))))))|((.((.((....)).)))),.))))))))))))))))}....,,{{{{{,,..,,,,.|{(((((((((....((((({,.(((((.....)))))......{(((((((((((((......................))))))))....)))))))))}}....})),})))))},,,,.,.......|||||||,,..}}})))){{{{{{||||,|((.{...(((((({{{{{||...(({{.,,......(((((....))))).........}})))}))))),.,))))}}...})))))}}}}))))),)),
Back