Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001734.5
Sequence Length
2682 nt
GC Content
0.4840
AUCUUAUGAACAGAACCAGGACAGGGAGGCUGGCCGGAGGUUCCUGCAGAGGGAGCGUCAAGGCCCUGUGCUGCUGUCCCUGGGGGCCAGAGGGGUUGCCCAGCAUGCCCACUGGCAGGAGAGAGGGAACUGACCCACUUGCUCCUACCAGCUUCUGAAGGCUCCAAAGUCCGGAGGUGCAGAAAGCCAGGACCAAGAGACAGGCAGCUCACCAGGGUGGACAAAUCGCCAGAGAUGUGGUGCAUUGUCCUGUUUUCACUUUUGGCAUGGGUUUAUGCUGAGCCUACCAUGUAUGGGGAGAUCCUGUCCCCUAACUAUCCUCAGGCAUAUCCCAGUGAGGUAGAGAAAUCUUGGGACAUAGAAGUUCCUGAAGGGUAUGGGAUUCACCUCUACUUCACCCAUCUGGACAUUGAGCUGUCAGAGAACUGUGCGUAUGACUCAGUGCAGAUAAUCUCAGGAGACACUGAAGAAGGGAGGCUCUGUGGACAGAGGAGCAGUAACAAUCCCCACUCUCCAAUUGUGGAAGAGUUCCAAGUCCCAUACAACAAACUCCAGGUGAUCUUUAAGUCAGACUUUUCCAAUGAAGAGCGUUUUACGGGGUUUGCUGCAUACUAUGUUGCCACAGACAUAAAUGAAUGCACAGAUUUUGUAGAUGUCCCUUGUAGCCACUUCUGCAACAAUUUCAUUGGUGGUUACUUCUGCUCCUGCCCCCCGGAAUAUUUCCUCCAUGAUGACAUGAAGAAUUGCGGAGUUAAUUGCAGUGGGGAUGUAUUCACUGCACUGAUUGGGGAGAUUGCAAGUCCCAAUUAUCCCAAACCAUAUCCAGAGAACUCAAGGUGUGAAUACCAGAUCCGGUUGGAGAAAGGGUUCCAAGUGGUGGUGACCUUGCGGAGAGAAGAUUUUGAUGUGGAAGCAGCUGACUCAGCGGGAAACUGCCUUGACAGUUUAGUUUUUGUUGCAGGAGAUCGGCAAUUUGGUCCUUACUGUGGUCAUGGAUUCCCUGGGCCUCUAAAUAUUGAAACCAAGAGUAAUGCUCUUGAUAUCAUCUUCCAAACUGAUCUAACAGGGCAAAAAAAGGGCUGGAAACUUCGCUAUCAUGGAGAUCCAAUGCCCUGCCCUAAGGAAGACACUCCCAAUUCUGUUUGGGAGCCUGCGAAGGCAAAAUAUGUCUUUAGAGAUGUGGUGCAGAUAACCUGUCUGGAUGGGUUUGAAGUUGUGGAGGGACGUGUUGGUGCAACAUCUUUCUAUUCGACUUGUCAAAGCAAUGGAAAGUGGAGUAAUUCCAAACUGAAAUGUCAACCUGUGGACUGUGGCAUUCCUGAAUCCAUUGAGAAUGGUAAAGUUGAAGACCCAGAGAGCACUUUGUUUGGUUCUGUCAUCCGCUACACUUGUGAGGAGCCAUAUUACUACAUGGAAAAUGGAGGAGGUGGGGAGUAUCACUGUGCUGGUAACGGGAGCUGGGUGAAUGAGGUGCUGGGCCCGGAGCUGCCGAAAUGUGUUCCAGUCUGUGGAGUCCCCAGAGAACCCUUUGAAGAAAAACAGAGGAUAAUUGGAGGAUCCGAUGCAGAUAUUAAAAACUUCCCCUGGCAAGUCUUCUUUGACAACCCAUGGGCUGGUGGAGCGCUCAUUAAUGAGUACUGGGUGCUGACGGCUGCUCAUGUUGUGGAGGGAAACAGGGAGCCAACAAUGUAUGUUGGGUCCACCUCAGUGCAGACCUCACGGCUGGCAAAAUCCAAGAUGCUCACUCCUGAGCAUGUGUUUAUUCAUCCGGGAUGGAAGCUGCUGGAAGUCCCAGAAGGACGAACCAAUUUUGAUAAUGACAUUGCACUGGUGCGGCUGAAAGACCCAGUGAAAAUGGGACCCACCGUCUCUCCCAUCUGCCUACCAGGCACCUCUUCCGACUACAACCUCAUGGAUGGGGACCUGGGACUGAUCUCAGGCUGGGGCCGAACAGAGAAGAGAGAUCGUGCUGUUCGCCUCAAGGCGGCAAGGUUACCUGUAGCUCCUUUAAGAAAAUGCAAAGAAGUGAAAGUGGAGAAACCCACAGCAGAUGCAGAGGCCUAUGUUUUCACUCCUAACAUGAUCUGUGCUGGAGGAGAGAAGGGCAUGGAUAGCUGUAAAGGGGACAGUGGUGGGGCCUUUGCUGUACAGGAUCCCAAUGACAAGACCAAAUUCUACGCAGCUGGCCUGGUGUCCUGGGGGCCCCAGUGUGGGACCUAUGGGCUCUACACACGGGUAAAGAACUAUGUUGACUGGAUAAUGAAGACUAUGCAGGAAAAUAGCACCCCCCGUGAGGACUAAUCCAGAUACAUCCCACCAGCCUCUCCAAGGGUGGUGACCAAUGCAUUACCUUCUGUUCCUUAUGAUAUUCUCAUUAUUUCAUCAUGACUGAAAGAAGACACGAGCGAAUGAUUUAAAUAGAACUUGAUUGUUGAGACGCCUUGCUAGAGGUAGAGUUUGAUCAUAGAAUUGUGCUGGUCAUACAUUUGUGGUCUGACUCCUUGGGGUCCUUUCCCCGGAGUACCUAUUGUAGAUAACACUAUGGGUGGGGCACUCCUUUCUUGCACUAUUCCACAGGGAUACCUUAAUUCUUUGUUUCCUCUUUACCUGUUCAAAAUUCCAUUUACUUGAUCAUUCUCAGUAUCCACUGUCUAUGUACAAUAAAGGAUGUUUAUAAGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-909.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -959.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 573.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((...(((((((((.(..((.((((.((.((((((.....)))))).))..))))..))..).)))).)))))..(((((.(((..(((...)))..))).)))))((((((((((((((..(((((...((((((((((((((((((.(((((.((.(((((((((........(((((((....(((((((((((..(((((...(((........)))......)))))..))).))))))))...))))))).((((..(((((((((..((....((..(((((.......)))))..))))..)))).))))).))))(((((((((((.(((((((((((......)))))..........))))))...))))))))))))).))))))).))))))).))))))..((((((..........))))))....((((((......))).))).......(((((....)))))..(((((.....(((((((((((((....(((((...))))).(((((.((((((.((((((..((((((((((.((((..((((((....))))))...(((((((((((((.(((((.(((((((......))))))...).))))))))))))))))))........(((((((((.................)))))))))....((....)).....(((........)))....)))).))))).)))))))))))...(((((((((......))))))))).(((((((((..........)))))))))...((((((.((((((((.(.(.((((((.....(((((...(((.((((((......)))))).)))))))))))))).)....(((((((....(((.((.((((.(..((....))..).)))).)).)))....))))))).((((((((((((((...(((((........(.((((..((....))..)))).).......(((...(((((((...)))))))...)))....))))))))))))...((((((......((((((((..(((((......))))).))))..))))))))))..........(((((((......))))))))))))))..(((..((((.((....)).))))..)))........).))))))))))))))..))))))..)))))((((((...))))))(((((((((.(.(((....)))))))))))))((((.....))))...(((....))).((((((((.((((((..((((....(((((...)))))......((((((.(((((.((....)).))))).))).)))..(((.......))))))))))))).).))))).))....)))))..)))))))).....)))))))))))...)))))))))))(((.(((.(((.((..((...((((((.....(((((((.(((((((((.(((((((.....((((((........))))))....)))).))))))...)))))).......(((.(((.(((...(((......)))...))).)))..))))))))))(((....))).((((((((.((..(((((((((((((.(((((((.......(((.((((((.....)))))).))).))))...((((.((((.(((.(((..((((...(.(((((((....))))))).)))))..))).))).)).))...))))(((..((((.....))))...))).............))).))).))).)))))))..))))))))))...((((((...........)))))).(((((...)))))((((.(((..............))).)))).(((((((....))))))).((((((.((((((....((....))...)))))))))))).))))))..))...)).))).))).))).......(((((.((((.....((((......)))).(((...((((((((((.........(((((.(((..(((((((((............)))))))))...)))..))))).........)))))))))))))..((((((((((.((..((((((((((((((....(((((..((((((..((((((((..(((((((.((....)).)))))))..))).......((((.((..(((.(((........))).)))..))))))..)))))(((((((((.......(((.(((..(((((.(((.....))).)))))....))).))).......).)))))))).((((...(((((((..((.((.((......)).)).))..)))))))...)))).(((......)))..))))))..)))))..))))))))))..((((((..((((.....))))..))))))))))...)).))))))))))......(((((.((((((.(((......)))..))))))..)))))))))))))).((((((...))))))............))))))))))).))).........(((.((((.(((..(((...((((....))))...)))..))))))))))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((((...(((((((((.{..((.((((.((.((((((.....)))))).))..))))..))..).))))})}))){{((,,(.,(({.,,|}}.,),.)))).|||||((((((((((({{{..{{||{.,.{|||||{{{{{(((((((.(((({,((.(((((((((........(((((((....(((((((((((..(((((.,,(((......,}))}......)))))..))).))))))))...))))))).((((..(((((((((..,,....((..(((((.,...,.)))))..)),,..))))}})))).))))(((((((((((.(((((((((((......)))))..........))))))...))))))))))))).))))))).))))))).)))))}..((((((..........)))))}.,..,{{{((,,,,,,}}|||}},,,....(((((,,,,}||||,,(((((.....(((((((((((({....(((((...|||||.(((((.((((((.((((((..((((((((((.((((..((((((....)))))){{,(((((((((((((.(((((.{((((((......))))))...}.))))))))))))))))))}}......(((((((((..{{.{,....,,))..)))))))))....((....)).....(((,....}}},,,....)))).)))))},))))))))))...(((((((((......))))))))).(((((((((..........)))))))))...((((((.((((((((.....,.,((({,...(((((.((((((((((((,,((((..(((((((.((((..(({{((({...(((((((....(((.((.((((.(..({....))..,.)))).)).)))....))))))).}))))))..)))).),}))))),))))...{.((((..((....))..)))).}.......{({...(((((((...)))))))...))}}}})))}}}))).,|{...(((((,.....,((((((((..(((({......})))).))))..))))))))))..,{((((({,((((((......))))))|{((....}})),.....)))))))...))).)))))...,,.)))),))))))))))))))..))))))..)))))((((((...))))))(((((((((.(.(((....)))))))))))))|||||...}))))...{{{....)}}.(((((((,.((((((..((((....(((({...,}}}|,...{.((((((.(((((.({....}).))))).))).))).},||,,.....))))))))))))).,.))))).))....))))),,)))))))).....))))}|||||||..||}||}||||}{{..(((({({{((({(({{{((,{{{.....|{|||||.(((((((({.(((((((.....((((((........))))))....)))).))))))...)))))).......,({.{((,(((...(((......)))...))).)))..}}}}}}}}|((({....}))}|(((((((.((..(((((((,{,,{{{{{.,,,,...})},(((.((((((.....)))))).))).,.,{(((((((.{,{{.{{{{{((,...,,||.,.(((((((....))))))).}|,,,.,{||{|,,}))}}},.})})}||{..{{{(,....))))...))}..,.,,.........}}))))))).)))))))..)))))))))}...,,|||,|},,,},}}}},)))),}|{|||}}})))))||{{,{(({.......,,,,..}}},)))).(((((((....))))))).((((({{((((((....((....))...)))))))))))).}|}}}|,,})},.)},,},})})||||.......{(({{,{{{{.....((((......)))).{{,.,,{(({{{((((.,.{{{{{.(((({.{((..,{{||||{{,,}},,},,..,)))}))}}}.,})))..,||||,.,,.,|||}|}})}}})))}),.((((((((((.((..((((((((((((((....(((((..((((((,.((((((((..(((((((.((....)).)))))))..))).......((((.{(..(((.(((........))).)))..)}))))..}))))|{{{,(((....,}}.,,,.{,,..(((((.(((.....))).)))))....}}|.,||..,{{{{,{{|,|||||{{.......,,,,,{.}||}||,,,,,.,}})).}}.}},.}|}}}||...,,,,.||,.,,,,,))),.))))))..)))))..))))))))|(((((((......||.)))))).,.....,))))))...)).)))))))))).,}}}}(((((.((((((((((......)))),))))))..))))),})}))))).,.,}}},,|})),,.)))}..}})..,)))))))}})).}))),.......(((.((((.(((..(((...((((....))))...)))..))))))))))))))))))))....
Back