Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001795.5
Sequence Length
4057 nt
GC Content
0.5465
ACUCACGCUCAGCCCUGGACGGACAGGCAGUCCAACGGAACAGAAACAUCCCUCAGCCCACAGGCACGAUCUGUUCCUCCUGGGAAGAUGCAGAGGCUCAUGAUGCUCCUCGCCACAUCGGGCGCCUGCCUGGGCCUGCUGGCAGUGGCAGCAGUGGCAGCAGCAGGUGCUAACCCUGCCCAACGGGACACCCACAGCCUGCUGCCCACCCACCGGCGCCAAAAGAGAGAUUGGAUUUGGAACCAGAUGCACAUUGAUGAAGAGAAAAACACCUCACUUCCCCAUCAUGUAGGCAAGAUCAAGUCAAGCGUGAGUCGCAAGAAUGCCAAGUACCUGCUCAAAGGAGAAUAUGUGGGCAAGGUCUUCCGGGUCGAUGCAGAGACAGGAGACGUGUUCGCCAUUGAGAGGCUGGACCGGGAGAAUAUCUCAGAGUACCACCUCACUGCUGUCAUUGUGGACAAGGACACUGGCGAAAACCUGGAGACUCCUUCCAGCUUCACCAUCAAAGUUCAUGACGUGAACGACAACUGGCCUGUGUUCACGCAUCGGUUGUUCAAUGCGUCCGUGCCUGAGUCGUCGGCUGUGGGGACCUCAGUCAUCUCUGUGACAGCAGUGGAUGCAGACGACCCCACUGUGGGAGACCACGCCUCUGUCAUGUACCAAAUCCUGAAGGGGAAAGAGUAUUUUGCCAUCGAUAAUUCUGGACGUAUUAUCACAAUAACGAAAAGCUUGGACCGAGAGAAGCAGGCCAGGUAUGAGAUCGUGGUGGAAGCGCGAGAUGCCCAGGGCCUCCGGGGGGACUCGGGCACGGCCACCGUGCUGGUCACUCUGCAAGACAUCAAUGACAACUUCCCCUUCUUCACCCAGACCAAGUACACAUUUGUCGUGCCUGAAGACACCCGUGUGGGCACCUCUGUGGGCUCUCUGUUUGUUGAGGACCCAGAUGAGCCCCAGAACCGGAUGACCAAGUACAGCAUCUUGCGGGGCGACUACCAGGACGCUUUCACCAUUGAGACAAACCCCGCCCACAACGAGGGCAUCAUCAAGCCCAUGAAGCCUCUGGAUUAUGAAUACAUCCAGCAAUACAGCUUCAUCGUCGAGGCCACAGACCCCACCAUCGACCUCCGAUACAUGAGCCCUCCCGCGGGAAACAGAGCCCAGGUCAUUAUCAACAUCACAGAUGUGGACGAGCCCCCCAUUUUCCAGCAGCCUUUCUACCACUUCCAGCUGAAGGAAAACCAGAAGAAGCCUCUGAUUGGCACAGUGCUGGCCAUGGACCCUGAUGCGGCUAGGCAUAGCAUUGGAUACUCCAUCCGCAGGACCAGUGACAAGGGCCAGUUCUUCCGAGUCACAAAAAAGGGGGACAUUUACAAUGAGAAAGAACUGGACAGAGAAGUCUACCCCUGGUAUAACCUGACUGUGGAGGCCAAAGAACUGGAUUCCACUGGAACCCCCACAGGAAAAGAAUCCAUUGUGCAAGUCCACAUUGAAGUUUUGGAUGAGAAUGACAAUGCCCCGGAGUUUGCCAAGCCCUACCAGCCCAAAGUGUGUGAGAACGCUGUCCAUGGCCAGCUGGUCCUGCAGAUCUCCGCAAUAGACAAGGACAUAACACCACGAAACGUGAAGUUCAAAUUCAUCUUGAAUACUGAGAACAACUUUACCCUCACGGAUAAUCACGAUAACACGGCCAACAUCACAGUCAAGUAUGGGCAGUUUGACCGGGAGCAUACCAAGGUCCACUUCCUACCCGUGGUCAUCUCAGACAAUGGGAUGCCAAGUCGCACGGGCACCAGCACGCUGACCGUGGCCGUGUGCAAGUGCAACGAGCAGGGCGAGUUCACCUUCUGCGAGGAUAUGGCCGCCCAGGUGGGCGUGAGCAUCCAGGCAGUGGUAGCCAUCUUACUCUGCAUCCUCACCAUCACAGUGAUCACCCUGCUCAUCUUCCUGCGGCGGCGGCUCCGGAAGCAGGCCCGCGCGCACGGCAAGAGCGUGCCGGAGAUCCACGAGCAGCUGGUCACCUACGACGAGGAGGGCGGCGGCGAGAUGGACACCACCAGCUACGAUGUGUCGGUGCUCAACUCGGUGCGCCGCGGCGGGGCCAAGCCCCCGCGGCCCGCGCUGGACGCCCGGCCUUCCCUCUAUGCGCAGGUGCAGAAGCCACCGAGGCACGCGCCUGGGGCACACGGAGGGCCCGGGGAGAUGGCAGCCAUGAUCGAGGUGAAGAAGGACGAGGCGGACCACGACGGCGACGGCCCCCCCUACGACACGCUGCACAUCUACGGCUACGAGGGCUCCGAGUCCAUAGCCGAGUCCCUCAGCUCCCUGGGCACCGACUCAUCCGACUCUGACGUGGAUUACGACUUCCUUAACGACUGGGGACCCAGGUUUAAGAUGCUGGCUGAGCUGUACGGCUCGGACCCCCGGGAGGAGCUGCUGUAUUAGGCGGCCGAGGUCACUCUGGGCCUGGGGACCCAAACCCCCUGCAGCCCAGGCCAGUCAGACGCCAGGCACCACAGCCUCCAAAAAUGGCAGUGACUCCCCAGCCCAGCACCCCUUCCUCGUGGGUCCCAGAGACCUCAUCAGCCUUGGGAUAGCAAACUCCAGGUUCCUGAAAUAUCCAGGAAUAUAUGUCAGUGAUGACUAUUCUCAAAUGCUGGCAAAUCCAGGCUGGUGUUCUGUCUGGGCUCAGACAUCCACAUAACCCUGUCACCCACAGACCGCCGUCUAACUCAAAGACUUCCUCUGGCUCCCCAAGGCUGCAAAGCAAAACAGACUGUGUUUAACUGCUGCAGGGUCUUUUUCUAGGGUCCCUGAACGCCCUGGUAAGGCUGGUGAGGUCCUGGUGCCUAUCUGCCUGGAGGCAAAGGCCUGGACAGCUUGACUUGUGGGGCAGGAUUCUCUGCAGCCCAUUCCCAAGGGAGACUGACCAUCAUGCCCUCUCUCGGGAGCCCUAGCCCUGCUCCAACUCCAUACUCCACUCCAAGUGCCCCACCACUCCCCAACCCCUCUCCAGGCCUGUCAAGAGGGAGGAAGGGGCCCCAUGGCAGCUCCUGACCUUGGGUCCUGAAGUGACCUCACUGGCCUGCCAUGCCAGUAACUGUGCUGUACUGAGCACUGAACCACAUUCAGGGAAAUGGCUUAUUAAACUUUGAAGCAACUGUGAAUUCAUUCUGGAGGGGCAGUGGAGAUCAGGAGUGACAGAUCACAGGGUGAGGGCCACCUCCACACCCACCCCCUCUGGAGAAGGCCUGGAAGAGCUGAGACCUUGCUUUGAGACUCCUCAGCACCCCUCCAGUUUUGCCUGAGAAGGGGCAGAUGUUCCCGGAGCAGAAGACGUCUCCCCUUCUCUGCCUCACCUGGUCGCCAAUCCAUGCUCUCUUUCUUUUCUCUGUCUACUCCUUAUCCCUUGGUUUAGAGGAACCCAAGAUGUGGCCUUUAGCAAAACUGGACAAUGUCCAAACCCACUCAUGACUGCAUGACGGAGCCGAGCCAUGUGUCUUUACACCUCGCUGUUGUCACAUCUCAGGGAACUGACCCUCAGGCACACCUUGCAGAAGGCAAGGCCCUGCCCUGCCCAACCUCUGUGGUCACCCAUGCAUCUUCCACUGGAACGUUUCACUGCAAACACACCUUGGAGAAGUGGCAUCAGUCAACAGAGAGGGGCAGGGAAGGAGACACCAAGCUCACCCUUCGUCAUGGACCGAGGUUCCCACUCUGGGCAAAGCCCCUCACACUGCAAGGGAUUGUAGAUAACACUGACUUGUUUGUUUUAACCAAUAACUAGCUUCUUAUAAUGAUUUUUUUACUAAUGAUACUUACAAGUUUCUAGCUCUCACAGACAUAUAGAAUAAGGGUUUUUGCAUAAUAAGCAGGUUGUUAUUUAGGUUAACAAUAUUAAUUCAGGUUUUUUAGUUGGAAAAACAAUUCCUGUAACCUUCUAUUUUCUAUAAUUGUAGUAAUUGCUCUACAGAUAAUGUCUAUAUAUUGGCCAAACUGGUGCAUGACAAGUACUGUAUUUUUUUAUACCUAAAUAAAGAAAAAUCUUUAGCCUGGGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1467.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1541.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 791.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((((((((.((((((.(((((((..((((((((........((.(((....)))..))))))))))...)))(((((((((..(((((.....(((((..((((((((.((((((((((...(((....)))...))))...((((..(((((((((......((((.....)))).........))))))))))))).....)))))).((((((((..((((((.((.......((((...((..((((.((........)).))))..))...))))((((.(((...)))..(((.....))).....))))(((.(((((((((.(........).))))).)))))))((((((.((.(((((((..((((((((.((((((.......)))((..((((((..((((((..(((......))).((((..((.((((((....((....(((.(((...((((((.....)))))).))).))).....((((((...))))))......(((((((((((((.((.((((((((..((((((((((.......((((..(((.((((((.(.((.(.(((((((((....)))).)))))).)).).))))))(((((....)))))(((((.(((.(........).))))))))............)))..)))).....))))))))))...)))))..)))...)).)))))........))))))))(((.((...((((((((((((((((((((((...((((((.((.((((.((((((((((((....(((((((((....((.((((....................))))))....)))).)))))......)))))))))).)).).))).)).)))).))((((.((((((((((...(((...))).)))).))))))))))...((....)).......)))))))))((........)).....)))))))))).)))..)).)))))..)))))).))((((........))))(((((((..((((((.........)))))).......))))))).....(((((.((((....(((.(((.((.((((((((..((((((((((.(((.....(((((..((((((.(((..(.((.((((.((((((..((((....((((((..((((................))))..)))))).........(((.......))).....(((((((((((((.(((.((.((((.((((..(((((((((.((...(((...((.((((((....((((((((((((((((((((......(((((..((((...)))).........(((((......))))))))))(((...)))))))).))))......)))))))).)))))))))...)).....)))..)).)))))..))))((.(((.(((((..(((((.....)))))..)))))....))).)))))).)))).)).))).....(((((......))))))))))))))))))..(((((....................))))).......((((...))))..((((((.......))))))..((((............))))((........))...(((((((((......((((......((((.(((..((((.((......))..)))).))).))))(((((((.(((((((.....))))))))).......))))).........))))....))))))))).....(((.....)))))))..))))))..)))).))))))))))))((((....))))((.((((((..(((.(((((..(((((((...((((.(((((..(.((...(((((((..(((((((((((..((((((((.(.((.(....).)).))))).))))(((((......))))))))))....)))))).)))))))....)).)..)))))..)))).)))))))..)))))..)))..((((.(((((((((((..((((((((((((((.(((......))))))))))..)))))))...(((((((((((.....(((.(((((((....(((.....)))..)))))))..)))...)))))).))))).((((((((((..((.((((((.(.....((.((.(.((........)).)..)).))..)))).))))).))))).)))))..(((((...(((((...))))).)))))((((......))))..))))))))))).)))).........((((((........)))...))).((((....))))......)))))).))..........)))))....)))))))))).)))..)))))).)).)).))))))...)))))))))((((........)))).)))).(((((((((((((.((((((((......(((((((.....(((((..........((...))...........((((((.((((.(((((((((((((((((((........)))..(((((((.......)))))))...((((((((.(((......)))..)))))))).....((((.((((.(((((..(((..(((..............)))...)))))))).)))))))).....(((((((.(((.(((....))))))(((((..((((((((.....)))))...)))))))))))))))..(((((((........))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))....)))))).).).)))))).((((((((((....)))))..)))))((((.((((((..(((...)))....)))))).))))(((((.((((((.((..(((((...(((((((......(((((.(((..((((..(((((((.((....))...)))))).)...)))).((((.(((((...))).)).))))((((((((((.....((((((.......))))))....(((((......))))).....))).))))))).....((((...........))))....(((....)))..))).))))))))))))....)))))....))...)))))).)))))...(((((.............)))))..)))))))....((((((..(((.....)))....)))))).(((((((((......))).).))))).))))))))))))..))))).))))))))...))))))).))))))))...))))))))..))))))))..((((((((......((.........))..)))))))).....))))))))............(((((...))))).......(((((....))))).))))).))))).))))))))).......))))))))).).)).)))))..))))..(((((((...((((((.....)))))).(((.((((((((...((((((....((..((((..((((..(.((...((((......))))...))..)..))))..))))..))..))))))..)))))))).)))................(((.((((((.((((((.......))).((((...)))).......((((.(((((((((((.(((.((((.(((..((((((((((((((((.((((((((((.(((..............((.(((....))).)).((((((.................))))))....))).))))).)))))))))))..)))))).)))).))).))))))).)))..........))))))))))))...................(((((........)))))......(((........)))......))).)))))))))....((((......)))).....((((((....)))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,.(((((((((((.((((({{(((((((..((((((((........(,.(((....)))..)}))))))))...)))(((((((((..(((((.....(((((..((((((((.((((((.(..((((,({((((,{...},))))}},(({{(((((,{(({....,(({{.....,))).....},,.)})))))))),,)))),.)))))).((((((((..(((((({((.,,,,,.,{{({{,{(((({{(,({........)).})))..}))))))).((({.,,,...|||..(({,,...}||..,..}}}}{((.(((((((((.{........}.)))))},)))))}((((((.((.(((((((..((((((((.((((((.......)))((..((((((,.,{{(({|,((({.....|||.,,((({((.{(((({.,..{{....(((.(((...((((((.....)))))).))).))).....((((((...)))))).....((((((((((((((.((.((((((((..((((((((((.{...,.((((..(((.((((((.(.((.(.(((((((((....)))).)))))).)).).)))))),((((....))))}(((((.(((.(........).))))))))..,,.....,..)))..))))....}))))))))))...)))))..)))...)).)))))........))))))))){{.{{...((((((((((((((((((((((..,((((((.((.(((,.((((((((((((....(((((((((....((.((((.......,............))))))....))))}}))))......))))))))))},).,.))).)).)))).))|(((.((((((((((...{{{...))).)))).)))))))))}...((....)).......)))))))))|({.......)).....)))))))))),,))..}}.,)}}}}.)))))}.}.((((........))))(((((((.,((((((.........)))))).......)))))))..,..(((((.((((....(((.(((.((.((((((((..((((((((((.(((...,.(((((,,(((((,,(((..,.((.((((.((((((..((((....{(((((..((((................))))..)))))}.{{{.,,..,,{}}}..,,))}.,...(((((((((((((.(((.((.((((.((((..(({(((({,.{({{,(((,,,(({(({((({{..((({{{{{{{{|||,,||||,.....{(((({,(,({,...,|,,,......,|{{{{......)))),)))))|||....))))}}},||||,.,,,.,,,}}))).})})))|||......|{{,|||...,.,))),.}))),.,.|||,(((((..(((((.....)))))..)))))....))},),)))).)))).}}.))).....(((((......))))))))))))))))))..((((({{........,,....,,..})))).......((((...})))..(((({,,{{{,..,)))))..||{{.......,....|}},,|}.....,,|,...(((((((({.....,{.((,..{{.((((.(((..((((.((......))..)))).))).)))}(((((((.(((((((.....)))))))}),.....}})))),....,..,}}))}..}))))))))),,..}|||.....)}.))))..))))))..)))).))|)))))))))((((....))))((.((((((..(((.(((((..(((((((.,.((((.(((((..(.((...(((((((..((((((((((({.((((((((,{,((.,...,),}},))))).)))}{((({......))))))))))....)))))).)))))))....)).)..))))),,)})).)))))))..))))),,|}}..((((.(((((((((((..{(((((((((((((.(((......))))))))))..)))))))...(((((((((((.....(((.(((((((....(((.....)))..))))))).,}))...))))))))}))),((((((((((..((.((((((.{.....((.((.{{({..,.....}||}..}},)).,}))).))))).))))).))))).,(((({.,.(((((...})))).}))))|||{,,,,,.)))}..))))))))))).)))).,...,}}.{{{(((........))),..|,,.((((....)))),,},..)))))).)),,,.}}....))))),..,))}))))))).)))..)))))).)).)).))))))...)))))))))((((........)))).}}}}}(((((((((((((..{((((((.,....(((((((.....(((((,,........{{...}}...........((((((.((((.(((((((((((((((((((........)))..(((((((.......)))))))...(((((((,.(((......)))..,)))))))....,((((.((((.(((({.{(((..||({{{...........})),,.)))))))).)))))))}.....{{(((({.(((.(((....))))))((((,.{((((((((.....)))))...)))))))))))))}}..(((((((........))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))...,)))))).}.,})))))).((((((((({....}))))..)))))((((.((((((..{({...}}}.,..)))))).))))(((((.((((((.({..(((((...(((((({.....{(((((.(((..((((..(((((((,,,....,....}))))).),..)))).((((.(((((...))).)).)))){(((((((((.....((((((.......))))))....(((((......))))).,...))).))))))}.....((((,........},))))....,,{....},,..))).)))))))))))).,..)))))....)}...)))))).)))))...(((((.............)))))..)))))))....(({{{{..,,{|,,.,}}}....)))))).{{{{|||||.....,))).}|,)))).}))}}}))))))..)}))).))))))))...))))))).)))))))),..))))))))..))))))))..{(((((((.,,{..{{.........))..)))))))}.....))))))))............(((((...))))).......(((((....))))).))))).))))).))))))))).......))))))))).).)).)))))..)))).,(((((((...((((((.....)))))).(((.((((((((...((((((,...{(..((((..(((({,..((...((((......))))...)).,)},))})..))))..))..))))))..)))))))).))).{........,,,...(((.((((((.(((((({,..,,.,,,.((((...)))).......((({{(((((((({{{.{((.((((.(((.,((({{(((((((((((.((((((((((.(((..........,,,.({.,((,,..,},{||{(,.{{{...,}}....}))}},,))}))}...,))).))))).))))))))))}..)))))),)),}.}}}.))))))}.}}},...,.....})))))))))))...............,,.{(((((........)))))}.,,.,({(.......,))}......))).)))))))))....((((......)))}.....((((((....)))))))))))))...
Back