Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001825.3
Sequence Length
1640 nt
GC Content
0.5128
GCAUACACUUCUUGGCUGUGUGCGCUCAGCAGGACGUGGGAGGCUCCGGCUUCAAGAUCAAAGGAAAUGUUUCCCUUUGUCCCGUUUCACACUAAACGGGUUGGGGAGGAACCAGGGGAGAUGUCAACCGUCUGCCGGUGACUGGGAAGUUUUCUGCAAGUCCUCCACAGCAUAGGCCAGCAGGCCACUUUUCACUAACAGAAGUCACAAGCCAAGUGAGACACUCAUCCAAGAGGAAGGAUGGCCAGUAUCUUUUCUAAGUUGCUAACUGGCCGCAAUGCUUCUCUGCUGUUUGCUACCAUGGGCACCAGUGUCCUGACCACCGGGUACCUGCUGAACCGGCAGAAAGUGUGUGCCGAGGUCCGGGAGCAGCCUAGGCUAUUUCCUCCAAGCGCAGACUACCCAGACCUGCGCAAGCACAACAACUGCAUGGCCGAGUGCCUCACCCCCGCCAUUUAUGCCAAGCUUCGCAACAAGGUGACACCCAACGGCUACACGCUGGACCAGUGCAUCCAGACUGGAGUGGACAACCCUGGCCACCCCUUCAUAAAGACUGUGGGCAUGGUGGCUGGUGACGAGGAGUCCUAUGAGGUGUUUGCUGACCUUUUUGACCCCGUCAUCAAACUAAGACACAACGGCUAUGACCCCAGGGUGAUGAAGCACACAACGGAUCUGGAUGCAUCAAAGAUCACCCAAGGGCAGUUCGACGAGCAUUACGUGCUGUCUUCUCGGGUGCGCACUGGCCGCAGCAUCCGUGGGCUGAGCCUGCCUCCAGCCUGCACCCGGGCCGAGCGAAGGGAGGUAGAGAACGUGGCCAUCACUGCCCUGGAGGGCCUCAAGGGGGACCUGGCUGGCCGCUACUACAAGCUGUCCGAGAUGACGGAGCAGGACCAGCAGCGGCUCAUCGAUGACCACUUUCUGUUUGAUAAGCCAGUGUCCCCUUUAUUAACAUGUGCUGGGAUGGCCCGUGACUGGCCAGAUGCCAGGGGAAUCUGGCAUAAUUAUGAUAAGACAUUUCUCAUCUGGAUAAAUGAGGAGGAUCACACCAGGGUAAUCUCAAUGGAAAAAGGAGGCAAUAUGAAACGAGUAUUUGAGCGAUUCUGUCGUGGACUAAAAGAAGUAGAACGGUUAAUCCAAGAACGAGGCUGGGAGUUCAUGUGGAAUGAGCGCCUAGGAUACAUUUUGACCUGUCCUUCGAACCUUGGAACAGGACUACGAGCUGGUGUCCACGUUAGGAUCCCAAAGCUCAGCAAGGACCCACGCUUUUCUAAGAUCCUGGAAAACCUAAGACUCCAGAAGCGUGGCACAGGUGGUGUGGACACUGCCGCGGUCGCAGAUGUGUACGACAUUUCCAACAUAGAUAGAAUUGGUCGAUCAGAGGUUGAGCUUGUUCAGAUAGUCAUCGAUGGAGUCAAUUACCUGGUGGAUUGUGAAAAGAAGUUGGAGAGAGGCCAAGAUAUUAAGGUGCCACCCCCUCUGCCUCAGUUUGGCAAAAAGUAAACUUUCCCUUUCCCAAUUUAUAAAUAAUCUGUCUGCUGGUACGACAGACAUAAAUCUCUACUCUGAGAGUUUUUAUACACUUGGAAAAAUAUAAAAUUGUAGAUCCUGCCUAUCUUUACAAUAAAACUCUCCUUAAUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-564.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -593.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 391.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((..((((.((....((((((((((.((((((((....)))))..((.((((((.........))))))))((((((......))))))((((.((((((.....(((((((((((.(((.....)))))))......))))))).....)))))).))))...((((((..(((((((((((.((....((..((((.......)))).....)).....)).)))))).)))))((((.(((....))).))))..))))))((((.((......))...))))...((.(((((....)))))))....))).)).)))))))))))))))).))))))))))((.((((((((.((((.((((((...(((..((..((((((...........))))))...(((.....((((..((((.(((((..(((((.((((.((..(((........)))..))))))....(((.((......)).)))....((((((((((((((..((((...((((((((((((..((((((.....))))))...))))))((((((((.((.(((....(((((........)))))...)))))))))))))..............((......)).)))))).......).)))..))).))))))))))).............((((((((.((..........)).))))))))...))))).))))))))))))).....)))))..)))...))))..)).)))).))))))))...)).(((((((((((((...((((((((((.((((....))))...((((((((((((((((((((((.((.....(((((((......)))).)))....)).))))))).(((((..............))))).)))))).))))))))).............(((....))))))).)))))).((((((((....))))))))...........((..((((((((........))))))))..)).(((((((.(((((((.((.((....(....)..........((.((((((((((((((((.(((((((....((..((((..(.((...((((((..((((((((((.((((((.....)))))).)))))((((..........)))))))))...)))))))).)..))))...))...))))))).)))))))...(((((((((...((((....((..((((.....(((((...........)))))....(((((...(((((((....)))))))...)))))((((((.....))))))......)))).))....))))........)))))))))))))))))).)).)).)).)))...)))))))))))((((((......(((((((.((((((..(((.((((....(((((......(((...)))..)))))...))))..)))..)))))))))))))....))))))(((((((......).))))))....)))))))((((((.((......)).))))))..........((((((((...........))))))))......))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((({(,.((((.({....((((((((((,((((((((....)))))..{{.(((((({,....,},))))))}}((((((......))))))((((,((((({.,{{(((((((((((..{{(,,,.,||||}||.||,..|}}}}}}|,..,})}|||.}}||...((((,,..|||}{{{((({.,,....}}}}|,,,.......}}}||...|||.|,,..,,|||{||{|({{{(((,,(({,,,,,}},||||..}})))}(({{,((,,.,,,||,,.}}}}...{{.(((({....}))))}}....))),)).)))))))))))))))),})))))))))|,.((((((((.((((.((((((.....,..,...((((((.,,.....,..))))))..,{{{.....((((..((((,{((((..(((((.((((.{,..(((........)))..,}))))....(((.((,.....}).)))....((((((((((((((..(((,.{,((((((((((((,{({(({{.....))})))...))))))((((((((.((.(((....(((((........)))))...)))))))))))))..............((......}},))))))..,,...}.)))..))).)))))))))))....,..,,{{,.,{||{{{{.{({{.,,,,,..})}))))))},...))))).))))))))))))).....})}||{,},),,.))))..)).)))).))))))))..}}}|{{{{{{{{{{{{{.,.|((({{{{{{,((((....))))...((((((((((((((((((((((.((.....(((((((......)))).)))....)).))))))).(((((.,{.........,,))))).)))))).))))))))).........,,,.|||,,..)))))}),))))))}((((((((....)))))))}...........||},||||||{|,,,}....}}}|||||{{{{.((((((({(((((((.,(.{{.......,.|.....,....((.((((((((((((((((.(((((((....{{..((((..(.((...((((((..((((((((((.((((((.....)))))).))))){,,{,.........}))})))))...)))))))).)..))))...}}...))))))).)))))))...(((((((((...{,.(((((((({{...,{.{{.(((.....}},.}},),.))))))))))..,.(((((((....))))))),{,..{||,|,|||,..},})}}}}{|,.....,,..,,..,}}}}..}}....)))))))))))))))))).)).)).)}.)))...}))))))))))((((((......(((((((.((((((..(((.,,{,....(((({......,((...,}}..}))))...,}},..)))..)))))))))))))....))))))(((((({......).))))))....||||,,,,,,|||}{{,,,,,.|}.,}}))}....,,....,,||||||}}}}.}}}.,,}}))},,,....,}))))))......
Back