Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001849.4

Sequence Length

3445 nt

GC Content

0.6636

CCCUGCUGCUUACUCGGCGCCCGCGCCUCGGGCCGUCGGGAGCGGAGCCUCCUCGGGACCAGGACUUCAGGGCCACAGGUGCUGCCAAGAUGCUCCAGGGCACCUGCUCCGUGCUCCUGCUCUGGGGAAUCCUGGGGGCCAUCCAGGCCCAGCAGCAGGAGGUCAUCUCGCCGGACACUACCGAGAGAAACAACAACUGCCCAGAGAAGACCGACUGCCCCAUCCACGUGUACUUCGUGCUGGACACCUCGGAGAGCGUCACCAUGCAGUCCCCCACGGACAUCCUGCUCUUCCACAUGAAGCAGUUCGUGCCGCAGUUCAUCAGCCAGCUGCAGAACGAGUUCUACCUGGACCAGGUGGCGCUGAGCUGGCGCUACGGCGGCCUGCACUUCUCUGACCAGGUGGAGGUGUUCAGCCCACCGGGCAGCGACCGGGCCUCCUUCAUCAAGAACCUGCAGGGCAUCAGCUCCUUCCGCCGCGGCACCUUCACCGACUGCGCGCUGGCCAACAUGACGGAGCAGAUCCGGCAGGACCGCAGCAAGGGCACCGUCCACUUCGCCGUGGUCAUCACCGACGGCCACGUCACCGGCAGCCCCUGCGGGGGCAUCAAGCUGCAGGCCGAGCGGGCCCGCGAGGAGGGCAUCCGGCUCUUCGCCGUGGCCCCCAACCAGAACCUGAAGGAGCAGGGCCUGCGGGACAUCGCCAGCACGCCGCACGAGCUCUACCGCAACGACUACGCCACCAUGCUGCCCGACUCCACCGAGAUCGACCAGGACACCAUCAACCGCAUCAUCAAGGUCAUGAAACACGAAGCCUACGGAGAGUGCUACAAGGUGAGCUGCCUGGAAAUCCCUGGGCCCUCUGGCCCCAAGGGCUACCGUGGACAGAAGGGUGCCAAGGGCAACAUGGGUGAGCCGGGAGAGCCUGGCCAGAAGGGAAGACAGGGAGACCCGGGCAUCGAAGGCCCCAUUGGAUUCCCAGGACCCAAGGGCGUUCCUGGCUUCAAAGGAGAGAAGGGUGAAUUUGGAGCCGACGGUCGCAAGGGGGCCCCUGGCCUGGCUGGCAAGAACGGGACCGAUGGACAGAAGGGCAAGCUGGGGCGCAUCGGACCUCCUGGCUGCAAGGGAGACCCUGGAAACCGGGGCCCCGACGGUUACCCGGGGGAAGCAGGGAGUCCAGGGGAGCGAGGAGACCAAGGCGGCAAGGGGGACCCUGGCCGCCCAGGACGCAGAGGGCCCCCGGGAGAAAUCGGGGCCAAGGGAAGCAAGGGGUAUCAAGGCAACAGUGGAGCCCCAGGAAGUCCUGGUGUGAAAGGAGCCAAGGGCGGGCCUGGGCCCCGCGGACCCAAAGGCGAGCCGGGGCGCAGGGGAGACCCCGGCACCAAGGGCAGCCCAGGCAGCGAUGGCCCCAAGGGGGAGAAGGGGGACCCUGGCCCUGAGGGGCCCCGCGGCCUGGCUGGAGAGGUUGGCAACAAAGGAGCCAAGGGAGACCGAGGCUUGCCUGGACCCAGAGGCCCCCAGGGAGCUCUUGGGGAGCCCGGAAAGCAGGGAUCUCGGGGAGACCCCGGUGAUGCAGGACCCCGUGGAGACUCAGGACAGCCAGGCCCCAAGGGAGACCCCGGCAGGCCUGGAUUCAGCUACCCAGGACCCCGAGGAGCACCCGGAGAAAAAGGCGAGCCCGGCCCACGCGGCCCCGAGGGAGGCCGAGGCGACUUUGGCUUGAAAGGAGAACCUGGGAGGAAAGGAGAGAAAGGAGAGCCUGCGGAUCCUGGUCCCCCUGGUGAGCCAGGCCCUCGGGGGCCAAGAGGAGUCCCAGGACCCGAGGGUGAGCCCGGCCCCCCUGGAGACCCCGGUCUCACGGAGUGUGACGUCAUGACCUACGUGAGGGAGACCUGCGGGUGCUGCGACUGUGAGAAGCGCUGUGGCGCCCUGGACGUGGUCUUCGUCAUCGACAGCUCCGAGAGCAUUGGGUACACCAACUUCACACUGGAGAAGAACUUCGUCAUCAACGUGGUCAACAGGCUGGGUGCCAUCGCUAAGGACCCCAAGUCCGAGACAGGGACGCGUGUGGGCGUGGUGCAGUACAGCCACGAGGGCACCUUUGAGGCCAUCCAGCUGGACGACGAACGUAUCGACUCCCUGUCGAGCUUCAAGGAGGCUGUCAAGAACCUCGAGUGGAUUGCGGGCGGCACCUGGACACCCUCAGCCCUCAAGUUUGCCUACGACCGCCUCAUCAAGGAGAGCCGGCGCCAGAAGACACGUGUGUUUGCGGUGGUCAUCACGGACGGGCGCCACGACCCUCGGGACGAUGACCUCAACUUGCGGGCGCUGUGCGACCGCGACGUCACAGUGACGGCCAUCGGCAUCGGGGACAUGUUCCACGAGAAGCACGAGAGUGAAAACCUCUACUCCAUCGCCUGCGACAAGCCACAGCAGGUGCGCAACAUGACGCUGUUCUCCGACCUGGUCGCUGAGAAGUUCAUCGAUGACAUGGAGGACGUCCUCUGCCCGGACCCUCAGAUCGUGUGCCCAGACCUUCCCUGCCAAACAGAGCUGUCCGUGGCACAGUGCACGCAGCGGCCCGUGGACAUCGUCUUCCUGCUGGACGGCUCCGAGCGGCUGGGUGAGCAGAACUUCCACAAGGCCCGGCGCUUCGUGGAGCAGGUGGCGCGGCGGCUGACGCUGGCCCGGAGGGACGACGACCCUCUCAACGCACGCGUGGCGCUGCUGCAGUUUGGUGGCCCCGGCGAGCAGCAGGUGGCCUUCCCGCUGAGCCACAACCUCACGGCCAUCCACGAGGCGCUGGAGACCACACAAUACCUGAACUCCUUCUCGCACGUGGGCGCAGGCGUGGUGCACGCCAUCAAUGCCAUCGUGCGCAGCCCGCGUGGCGGGGCCCGGAGGCACGCAGAGCUGUCCUUCGUGUUCCUCACGGACGGCGUCACGGGCAACGACAGUCUGCACGAGUCGGCGCACUCCAUGCGCAAGCAGAACGUGGUACCCACCGUGCUGGCCUUGGGCAGCGACGUGGACAUGGACGUGCUCACCACGCUCAGCCUGGGUGACCGCGCCGCCGUGUUCCACGAGAAGGACUAUGACAGCCUGGCGCAACCCGGCUUCUUCGACCGCUUCAUCCGCUGGAUCUGCUAGCGCCGCCGCCCGGGCCCCGCAGUCGAGGGUCGUGAGCCCACCCCGUCCAUGGUGCUAAGCGGGCCCGGGUCCCACACGGCCAGCACCGCUGCUCACUCGGACGACGCCCUGGGCCUGCACCUCUCCAGCUCCUCCCACGGGGUCCCCGUAGCCCCGGCCCCCGCCCAGCCCCAGGUCUCCCCAGGCCCUCCGCAGGCUGCCCGGCCUCCCUCCCCCUGCAGCCAUCCCAAGGCUCCUGACCUACCUGGCCCCUGAGCUCUGGAGCAAGCCCUGACCCAAUAAAGGCUUUGAACCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1555.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1611.42

Frequency: 0.0000

Diversity: 937.69

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((((..(((((((((((.....)))).))))))))))))(((((....(((.........(((((((....(((...)))....(((((((((((....(((((.((((..(.(((((((..(((.(.((((((.(((((((((.(((((((((((((.((((..(((......))).))))........(..(((((......((..(((..(((((..(.(((.(((...(((((((((((((((..((((....))))..)))..(((((((....(((((........).)))))))))))((((.((......(((((((.(((..((....(((((((...)))))))))))))))))))...)).))))((((..(......)..))))..))))))))))))(((((((((((.....((((((((((.........(((((..((.(((.(((((.((.(((((((((...........))).))).)))......)).))))).))))).))))).((((((...((((.(((...((...((((((((....))).)))))...))...)))..)))))))))).(((......(((((((((..((((((((((((((((.........))))))).)).)))))((...(((...)))..)).))..)))))))))......))).((..((((..((.((((((.(((..(..((.(.((.(((((.((((((((((....))).))..(((((.(((((((....((((..((.((((.............))))...))..)))).....)))).).))))))).......(((((((((((...(((.((....)).))).))).))))).))).))))).)))))..((((((((((.((((((((....(((((..(((((...)))((((.......))))...))..))))).)).))...)))).))))))))))....)).)))..).)))....)))))))).)))).)))))))))))))).)))))).))).))).))).)...))))).)))..)).....)))))..).....)))))))).)))))..)))....))))))......)))))).).)))..))))))).))))).))))).((((((....(((((.((..((.(((.(((((((....(((((..(((...((.(((((((...((((((....(((((...(((..((..(((((....((((..(..(((..(((((((....))))).......))..)))..)....))))..)))))))...)))...((((.((((((((..(.(((.(((((((......((((.....(((((.(((..((((((..((((....((((...))))..))))..)))))).))).)))))(((((((((((((((..((((((.(((........(((.(((((((((((.((....)))).((.(((.((((((.(((..((.((..(((..(.(((((((((...)))))).))).)......((.(((....)))))....(((((((....(((....)))....))))))).....)))..)).))..))).)))))).)))))......))))))))))))(((((((((((((((((((((((((((...)))))))))....((...(((.(((.(((.((((.....(((....))).....))))..)))))).)))...))...))))).))))))....((.((((..((...(((.(((..((((((((....(((.(..(((((((((.((((((((((((....((((.((((.(((....)))..((((((((((.((......)))))...)))))))...))))))))..)))))).....)))))).))).))))))..).))).((((........)))).(((.(((.....))).))).....))))))))))).)))))..)))).))..((((.......))))..)))))))((((((........))))))..))).))))))..)))).((....))(((.....))).(((((.....))))).((((...(((((.(((..((((...(((.((.(((.(((.(.........).))).))))))))..))))......))).))))).....)))).((((.(((..(((.((....)).)))))).))))(((((.(((((((.(((((((((((((((((((((.((.......((((((((((((.(..(((...(((((.(.(((((((...(((((((((.(((((.((...(((........(((((........)))))....((((((...........))))))(((((...)).))).((((((((...(.((((.(((.....))).)))).)..))))))))((((.......)))).))).)).))))).))).)).......)))).....).))))))))))))...)))).)))))).)))))))).))))))))..((((.((..(((.(((.(((((.(.((.((((((...((((...((...((((..(((((((((((((((((((((((((..((..(((((((((((.......))))))...(((.(((((((.(((((.(((...((((.(((((((((((.((.((((((((........).)))))...(((.((((...((....)).))))))).................)).)).))))).)).))))...((((((...))))))......))))...)))))))))))))))))))))))))..))).)))...(((((((...(((.....))))))))))((((((((..((.((..(((((........(((((.....)))))..)))))..)).)).))).(((.((((((..(((..(((.((((........)))))))..))).)).)))).))))))))))))))))).))))))))))(((((........((((.((.....)).)))))))))...))))....))..)))))))))).)).).))))).)))))))))))).))))))))))).))....))))))).)))))....((((((((((((((.....(((.(((...)))))).....)))......))))))))))))))))))))))))))....)))))))))).).))))))))...))))..)))))...))))))..))))))).))...)))..)))))....)))))))...)))...))..)))))))..((.....)))))))).))))))))))).)))))))))).....))))).........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....{((({..(((((((((((.....))))},))))))}))||(((((,...(((.,((((..,((((((((...{{|{|||{{,.{,({(((((((((,...(({{{.{||{..|,|||||||,.|||.|,{(((((.{{{{|||||.(((((((((((((.((((..(((......))).)))).........,((((((......((..(((..(((((,.(,{((.{{{,{,(((((((((((((((..((((....})))..)))..,{((({|...{(((((........)}})))))))))|((((,((......(((((((.{{{..{{....(((((((...)))))))}}))))))))))|,.,),)))||{{{,.{......)..))))},)))))))))))){{{(((({(((.,..,((((((((((,........,,{{{,((({.,,.||{||,,,.((((((((.{{{({{{{,.,,||{,||{|||.....,||{|||||.},)))||}},|{((((,({{{((({.,,|.}}.|}}.||,|||||}....))||}|))..}))}..,}}..|||||,,,,)}}))......(((((((((..((((((((((({(((({{{.....,))))))},}).))))){{...(((...)))..)).))..)))))))))......)))}}}.}}},|,.,,.{((((.{{{{..,.....,||{.(((((.((((((((((....))).)),.(((((.((,(,((..,,((((..((.((((..{{.....,,..))))...))..)))).....)))),}.}})))))...,{{,(({{(((((((||{{,,.(({,,.||.|||.|}}.,}))},}},.})))).)))}}.}|{((((((({.((((((|{....(((((..({{({...}))({{{.......))))...})..))))).)).}),,.)))).))))))))}||,..))})})...))))}}...)),)))).)))),),))))))))))}}})))))},))).,}}.))),),..)}))).)))..)).....)))))})}.....))))))))}}))))..|||.,.,|||||,..,,,,)))))).,.||}..}))||||||,}}},||||,{({((({,{{.{{{{{.((..(({(((.(((({{{,,,,{||||,,{{|,..((.(((((((...((((((..{.(((((...(((..,(..(((((.{{,.{{,..|..|||.}||||,{|...||||{{{......,,.})),.||||{{{||||||||},,,}}.)))...|||(.((((((((..,.(((.(((((((......,(({,.{,{(((((.(((..((((((..((((....((((...))))..))))..)))))).))).)))))||(((((((((((((..,...|..))))(((.((((((.(((((((((((.((....))})|((.(((.((((((.(((..((.((..(((.,(,(((((((((...)))))}.))).}....,||{.{{{...,,),}}....(((((((....(((....)))....)))))))...,.)))..)).))..))).)))))).)))))......)))))))))))(((((((((((((({((((,((((({((,..}}|||||||....{{...(((.(((.(((.((((.....(((....))).....))))..)))))).))),,,))},{||||||||,,||..,.((.{{||..||.}}|||}|||..||||||||.}}}|({.{,,(((((((((.((((((((((((....((((.((((.((((.{.|(,,{(((((((,(,.......,.))))))))))),)))}..})))))))..)))))).....)))))).))).))))))..,.))}.{{((,,..|||}|,.|.,{{.|{{.....}}).))}|....|||||||}}||.,}},,..))}}})}..|||{..,,,.}))}).}))))))))(((((........)))))((((((.....(((((...(((({,{{,,{,.{{..{{{{((,(({{..{|}|.{(((((...)))))),.}..}..,,..}}}},)}}}}}),,)),}.,)))))...)))))))))))..)))).))).,,.((({(((......}}),),}))||((.{{(,((....}),))).,))||{.(((((.(((((((.(((((((((((((((((((((.((.......((((((((((((.(..(((...(((((.{.(((((({...(((((((((.(((((.((...(((......(,(((((......,,}))))...,((((((...........))))))((((,...,}.))).((((((((...{.((((.(((,...,))).)))).}..))))))))((((.......)))).))).)).))))).))).)).......)))).....).))))))})))))...)))).))))))}}))))))).))))))))..((((.((..(((.(((.(((((.(,((.((((((...{((,...||.((((((..(((((((((((((((((((((((((.,((,,(((((((((((.......))))))...(((.(((((((.(((((.{((,..((((((((((((((,,.,||,{(((({|.....{.{|,|}},,...|||,||||,.||{.,,.}}})))))|).,},........,}}..,}.}}.}}}||,||.}|||,..((((((...)))))).....,)))}.,,))))))))))))))))))))))|||,,||},|||.,.({{{{{|,,,|||,.,,,)})))}))))|||{{(((..((.((..(((((.,....,,(((((.....)))))..)))))..)).)).))).(((.((((({..(((..(((,{(((........)))))))..))).)).)))).))))))})))))))))).))))))))))(((({.....{{.((((.((.....)).))))}}.}},..,,))},...))}))),)))))).)).),))))).)))))))))))).))))))))))).))....))))))).)))))},..((((((((((((((.....((,,(((...)))))).....))}....,,))}))))))))))))))))))),}}}....)))))))))).}.))))))))..}))))}.))))),..))))))..))))))).))..,))},,)))}),,,,))))))},},)))..,}...)))})))},,,..}}}))})))}),))))))))))|||||}}}.,,,.....}))))},}..,,..

Back