Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001872.5

Sequence Length

1724 nt

GC Content

0.4026

GUUGUACAGAAAAUUGCUGUUGGGAUGAAGCUUUGCAGCCUUGCAGUCCUUGUACCCAUUGUUCUCUUCUGUGAGCAGCAUGUCUUCGCGUUUCAGAGUGGCCAAGUUCUAGCUGCUCUUCCUAGAACCUCUAGGCAAGUUCAAGUUCUACAGAAUCUUACUACAACAUAUGAGAUUGUUCUCUGGCAGCCGGUAACAGCUGACCUUAUUGUGAAGAAAAAACAAGUCCAUUUUUUUGUAAAUGCAUCUGAUGUCGACAAUGUGAAAGCCCAUUUAAAUGUGAGCGGAAUUCCAUGCAGUGUCUUGCUGGCAGAUGUGGAAGAUCUUAUUCAACAGCAGAUUUCCAACGACACAGUCAGCCCCCGAGCCUCCGCAUCGUACUAUGAACAGUAUCACUCACUAAAUGAAAUCUAUUCUUGGAUAGAAUUUAUAACUGAGAGGCAUCCUGAUAUGCUUACAAAAAUCCACAUUGGAUCCUCAUUUGAGAAGUACCCACUCUAUGUUUUAAAGGUUUCUGGAAAAGAACAAGCAGCCAAAAAUGCCAUAUGGAUUGACUGUGGAAUCCAUGCCAGAGAAUGGAUCUCUCCUGCUUUCUGCUUGUGGUUCAUAGGCCAUAUAACUCAAUUCUAUGGGAUAAUAGGGCAAUAUACCAAUCUCCUGAGGCUUGUGGAUUUCUAUGUUAUGCCAGUGGUUAAUGUGGAUGGUUAUGACUACUCAUGGAAAAAGAAUCGAAUGUGGAGAAAGAACCGUUCUUUCUAUGCGAACAAUCAUUGCAUCGGAACAGACCUGAAUAGGAACUUUGCUUCCAAACACUGGUGUGAGGAAGGUGCAUCCAGUUCCUCAUGCUCGGAAACCUACUGUGGACUUUAUCCUGAGUCAGAACCAGAAGUGAAGGCAGUGGCUAGUUUCUUGAGAAGAAAUAUCAACCAGAUUAAAGCAUACAUCAGCAUGCAUUCAUACUCCCAGCAUAUAGUGUUUCCAUAUUCCUAUACACGAAGUAAAAGCAAAGACCAUGAGGAACUGUCUCUAGUAGCCAGUGAAGCAGUUCGUGCUAUUGAGAAAAUUAGUAAAAAUACCAGGUAUACACAUGGCCAUGGCUCAGAAACCUUAUACCUAGCUCCUGGAGGUGGGGACGAUUGGAUCUAUGAUUUGGGCAUCAAAUAUUCGUUUACAAUUGAACUUCGAGAUACGGGCACAUACGGAUUCUUGCUGCCGGAGCGUUACAUCAAACCCACCUGUAGAGAAGCUUUUGCCGCUGUCUCUAAAAUAGCUUGGCAUGUCAUUAGGAAUGUUUAAUGCCCCUGAUUUUAUCAUUCUGCUUCCGUAUUUUAAUUUACUGAUUCCAGCAAGACCAAAUCAUUGUAUCAAAUUAUUUUUAAGUUUUAUCCGUAGUUUUGAUAAAAGAUUUUCCUAUUCCUUGGUUCUGUCAGAGAACCUAAUAAGUGCUACUUUGCCAUUAAGGCAGACUAGGGUUCAUGUCUUUUUACCCUUUAAAAAAAAUUGUAAAAGUCUAGUUACCUACUUUUUCUUUGAUUUUCGACGUUUGACUAGCCAUCUCAAGCAAGUUUCGACGUUUGACUAGCCAUCUCAAGCAAGUUUAAUCAAUGAUCAUCUCACGCUGAUCAUUGGAUCCUACUCAACAAAAGGAAGGGUGGUCAGAAGUACAUUAAAGAUUUCUGCUCCAAAUUUUCAAUAAAUUUCUGCUUGUGCCUUUAGAAAUACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-430.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -467.24

Frequency: 0.0000

Diversity: 452.87

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((....((...((((...(((..(((((....)))))..)))...))))..))....))))))..)))))...((((((((....((((((((.........)))))))).((((((...))))))..(((....((((....))))...))).........((((....)))).((((((.(....).)))).))....))))))))....(((((........))))).......(((((.....((((.((((((........((((..((((((((.((......(.((((((((((((((..((((.(((((...........)))))))))..((..(((((..((((...(((((((....(((((......)))))..((((....(((((.((((((....)))))).)))))...))))((((((......))))))......(((((...))))).(((....))).(((....)))(((.((....((((((((((((((...((((((.(((....((.(((((.((((((((((((((..(((((.((((((..(((....)))...))))))..))))))))))))..........)))))))))))).)).....)))..........((....)).))))))...))))........((((.((((((.((((..((((....(((((((((((..........((((((((((((((((...))))))))((((((.......)))))).(((((((((((....)))...)))).)))).....(((((((((((((((.....))..)))))))).((((((((((((((((...((((((.(((.((....)))))..)))))))))))))...))))).))))...........)))))......((((........))))............(((((...))))).))))))))...(((.....)))..........)))))))......((((.((((((...((((....)))).))))))))))....))))......))))......)))))))))))))).))))))))))..)).)))....)))))))))))..)))))..))........((((((.(((((((((((((....)))))..(((((..((........))...))))).(((((.(((...................(((((((((.......))).)))))).....)))))))).........)))))))).)))))).((((...)))).))))).((.(((........))).))...))))))))))(((((....(((((((((((...(((...)))...)))).)))))))...)))))...........((((((.....))))))......(((((..((((((.....))))))..(((((............)))))......((((((...((((...(((.....)))....)))))))))).((((((.((((.((........)).))))..))))))((((((.((.(((......(((....((((((((((........)))))))))).....)))........))).)).))))))..)))))......)).))))))))...))))........)))).))))))....))))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({{(((((((,,..((,{,((((.,.(((..(((((....)))))..))).,.)))).,||,{.,,,,,},}}))))}...((((((({....((((((((.........)))))))).((((((...))))))..{({..,,((((....))),,},}}}.........((((....)))).((((((.(....).)))).))....})))))))....|||||..,,.|,,))))),..,}}.(((((.{.,.((((.{{((((........((((,.((((((((.((......{.((((((((((((((.{(((({{{(({.........,.})))))))}..((..(((((..((((...(((((({....(((((......)))))..((((....(((((.((((((....)))))).)))))...))))((((((......))))))......{((((...|)))}.(((....}}}.{{{....|,|{{{.{{....{((((((((({......,{{{{{,|{{......{((((,{((,,((((.,,(((((((({({{{((((.,{{,,.,,}}}.{{,,,}})).||{((({,||,}|||,}|...,|||..,,,,)))},,..,,||},......}},.||},.,,.))),,)))))))))...}}}}.,||||||||,,|||||},{|{{,...|||.(((((((..........((((((((((((((({...})))))))((((((.......)))))).(((((((((((....)))...)))).)))).,,{{(((((((((((({{(.....}},.}})))}|||{(((((((((((((((...((((((.(((.((....)))))..)))))))))))))...|||||||}},.,,,,...||.....},,....((((.,....}.))))........,...,}}}}.}))))))}))))))))...{{{.....)}}..........)))))))||||||({((.{{{{{{...{||{,,,,)))},}|||}|}}}}....}))),.....}|||,||,..,,}})})))})))},)))))))))),.}}.,,}....,))))))))))..)))))..))...{{{{.((((((.(((((((((((((....}))))...((((((,,(({{.....{{.{{{{,,((((.((.(.(((......))).,.)).))))}))},}}..}}}},,)}))))....,,.||.,,}}..,,......)))))))).))))))..|||,..},}}.))))).{{.(((........))).)}..,))))))))),{((((.{{.(((((((((((...{{,...,}}...))))}}}})))).},))))}...........((((((.....)))))).....,(({{(.,((((((.....)))))}.,((({(..,....,,|,,|}}}}......,,,,.,|.,{||{|,,||,...|,||||||,||||||,,,,.((((((.((((.((........)).))))..)))))){((((,,(,.,,,...}}.|||....{(((((((((.,....,.)))))))))}.,...,,}.......,))),)),))))})},))))).,,...)).)))))))),,.})))........)))).}}))))}.,.))))).......