Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001901.4
Sequence Length
2338 nt
GC Content
0.5145
ACACAACAACUCUUCCCCGCUGAGAGGAGACAGCCAGUGCGACUCCACCCUCCAGCUCGACGGCAGCCGCCCCGGCCGACAGCCCCGAGACGACAGCCCGGCGCGUCCCGGUCCCCACCUCCGACCACCGCCAGCGCUCCAGGCCCCGCCGCUCCCCGCUCGCCGCCACCGCGCCCUCCGCUCCGCCCGCAGUGCCAACCAUGACCGCCGCCAGUAUGGGCCCCGUCCGCGUCGCCUUCGUGGUCCUCCUCGCCCUCUGCAGCCGGCCGGCCGUCGGCCAGAACUGCAGCGGGCCGUGCCGGUGCCCGGACGAGCCGGCGCCGCGCUGCCCGGCGGGCGUGAGCCUCGUGCUGGACGGCUGCGGCUGCUGCCGCGUCUGCGCCAAGCAGCUGGGCGAGCUGUGCACCGAGCGCGACCCAUGCGACCCGCACAAGGGCCUAUUCUGUCACUUCGGCUCCCCGGCCAACCGCAAGAUCGGCGUGUGCACCGCCAAAGAUGGUGCUCCCUGCAUCUUCGGUGGUACGGUGUACCGCAGCGGAGAGUCCUUCCAGAGCAGCUGCAAGUACCAGUGCACGUGCCUGGACGGGGCGGUGGGCUGCAUGCCCCUGUGCAGCAUGGACGUUCGUCUGCCCAGCCCUGACUGCCCCUUCCCGAGGAGGGUCAAGCUGCCCGGGAAAUGCUGCGAGGAGUGGGUGUGUGACGAGCCCAAGGACCAAACCGUGGUUGGGCCUGCCCUCGCGGCUUACCGACUGGAAGACACGUUUGGCCCAGACCCAACUAUGAUUAGAGCCAACUGCCUGGUCCAGACCACAGAGUGGAGCGCCUGUUCCAAGACCUGUGGGAUGGGCAUCUCCACCCGGGUUACCAAUGACAACGCCUCCUGCAGGCUAGAGAAGCAGAGCCGCCUGUGCAUGGUCAGGCCUUGCGAAGCUGACCUGGAAGAGAACAUUAAGAAGGGCAAAAAGUGCAUCCGUACUCCCAAAAUCUCCAAGCCUAUCAAGUUUGAGCUUUCUGGCUGCACCAGCAUGAAGACAUACCGAGCUAAAUUCUGUGGAGUAUGUACCGACGGCCGAUGCUGCACCCCCCACAGAACCACCACCCUGCCGGUGGAGUUCAAGUGCCCUGACGGCGAGGUCAUGAAGAAGAACAUGAUGUUCAUCAAGACCUGUGCCUGCCAUUACAACUGUCCCGGAGACAAUGACAUCUUUGAAUCGCUGUACUACAGGAAGAUGUACGGAGACAUGGCAUGAAGCCAGAGAGUGAGAGACAUUAACUCAUUAGACUGGAACUUGAACUGAUUCACAUCUCAUUUUUCCGUAAAAAUGAUUUCAGUAGCACAAGUUAUUUAAAUCUGUUUUUCUAACUGGGGGAAAAGAUUCCCACCCAAUUCAAAACAUUGUGCCAUGUCAAACAAAUAGUCUAUCAACCCCAGACACUGGUUUGAAGAAUGUUAAGACUUGACAGUGGAACUACAUUAGUACACAGCACCAGAAUGUAUAUUAAGGUGUGGCUUUAGGAGCAGUGGGAGGGUACCAGCAGAAAGGUUAGUAUCAUCAGAUAGCAUCUUAUACGAGUAAUAUGCCUGCUAUUUGAAGUGUAAUUGAGAAGGAAAAUUUUAGCGUGCUCACUGACCUGCCUGUAGCCCCAGUGACAGCUAGGAUGUGCAUUCUCCAGCCAUCAAGAGACUGAGUCAAGUUGUUCCUUAAGUCAGAACAGCAGACUCAGCUCUGACAUUCUGAUUCGAAUGACACUGUUCAGGAAUCGGAAUCCUGUCGAUUAGACUGGACAGCUUGUGGCAAGUGAAUUUGCCUGUAACAAGCCAGAUUUUUUAAAAUUUAUAUUGUAAAUAUUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUAUAUAUAUAUAUAUGUACAGUUAUCUAAGUUAAUUUAAAGUUGUUUGUGCCUUUUUAUUUUUGUUUUUAAUGCUUUGAUAUUUCAAUGUUAGCCUCAAUUUCUGAACACCAUAGGUAGAAUGUAAAGCUUGUCUGAUCGUUCAAAGCAUGAAAUGGAUACUUAUAUGGAAAUUCUGCUCAGAUAGAAUGACAGUCCGUCAAAACAGAUUGUUUGCAAAGGGGAGGCAUCAGUGUCCUUGGCAGGCUGAUUUCUAGGUAGGAAAUGUGGUAGCCUCACUUUUAAUGAACAAAUGGCCUUUAUUAAAAACUGAGUGACUCUAUAUAGCUGAUCAGUUUUUUCACCUGGAAGCAUUUGUUUCUACUUUGAUAUGACUGUUUUUCGGACAGUUUAUUUGUUGAGAGUGUGACCAAAAGUUACAUGUUUGCACCUUUCUAGUUGAAAAUAAAGUGUAUAUUUUUUCUAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-808.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -850.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 511.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.....((((((........)))))).......((((((((((((.....((((((.((((.(((((((((((((..((((..(((..(((((...((((.((...((((.........)))))))))).((((((..((...(((.(((((((((..(((((((.((((..((((((.(((((.(((((((..(((((((.((.(((......((((...))))))).))...))))))).......((((.((((((..(((((.....)))))....)))))).)))).((((((((.(......).)))))))).)))))))..)))))))).)))...)))).))).)))).))((((((((.(((....))).).)))))))))).)))).)))..))))))))..(((.((((...))))...)))......))))).))).))))...)))))..((((.......(((.(((((((((((..((.(((((.....))))).))..)))..))))))))))).))))........(((((.(((..((((........))))..)))))))).))))))))..))))(((((....(((((((.(((..(((((((((((((..(((..(.((...((((((.((.((......)).))))))))..)).)..)))..))))))...)))))))))).((((((...((((((((((.(((.((..(((((((.((....))))).).)))..))..))).))))))))))......((.....)).))))))...((((((..((((((....))))))....))))))(((((((.((((...((((((((....((.(((.((((((((((((((..........)))).....)))).))..)))).)))))....))))))))..))))..........(((.....(((((....))))))))...........)))))))((((....))))....)))))))..))))).........)))))).......))))))).)))))...((((....)))).(((((((((.((((..(((((.....))))).))))...((((((((.(((((((((.(((.(((.(......).))).))).))))).)))).(((......((((((...(((....((((((((((((((((((((((...........)))))).((((((((((((..((((..((((((.........))))))...))))((((((.(((((........((((((((....))))))))..)))))....)))))).........((((((.......(((((((....))))).))......)))))))))))))))))).........((((.........))))..)))))))))).))))))...)))))))))...((((...)))).....(((((..(((....)))..)))))))).))))).)))))))).))))..((((((((((((..(((...((((((((((...((((.......))))..)))))))))).(((((((((((((.....((((((((.((.((((((....((.....))..)))))))))))))))).....)))))(((((.(((.(((.(((((((..(((((((.........))))))).))))))))))))).((((((((((((((......))))..))))))))))((.(((.....))).))...(((((((((((......)))))....))))))(((((.(((((((..(((..(((.....((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))....)))..))))))))))..)))))..((........((((((((..(((((((((....(((.....(((......((((....(((...)))))))......)))....)))....))))))))))))))))).........))..((((((......))))))(((((((.((....)).)))))))(((...(((((.((....)).))))).))))))))((((((.....)))))).((((.....(((((((((((((((((((.((......(((((((((....((......))....)))))))))......))...))))))))).......((((.((((((((...)))))))))))).))))))))))..))))..))))))))...))))))))))).))))........))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((({{{,,((((((......|.)})))}.,.||{.((((((((((((.....((((((..(((,,,.|||..(((((..((({.,(((..(((((...((((.((...((((.........))))}})))).((((((..(({..{((.(((({(({{..(((((((.((((..((((((.(((((.(((((((..(((((((.{(,(((..,.,{(({{.,}))}}))).}),..))))))).......((((.((((((,.(((((,...,))))).}..)))))).)))).((((((((.{......}.)))))))).)))))))..)))))))).)))...)))).))).)))),)||((,||||}||{{.,{|||....))))}|))).)})).)})..},)))))){.(((.((((...))))...))),.....))))).}}},))))...)))))..,{{|.....,,(((.(((((((((((..((.(((((.....))))).))..))),.})))))))))).}|||(({{(((((((((..(((((((((({((({,((((((.((((((((.((((((({((((((((......))))))).(((..((((((({(((((..(((..(.((...((((((.((.((......)).))))))))..)).)..)))..)))))}...)))))))))).,,..,....((((((((((.(((.((..(((((((.((....))))).).)))..))..))).)))))))))).......)).})))))).)))))).{{,{.{.((((((.((((((((({.....,.})))))))))..)))))),.||||..,,...,.....||||,,|||,||||.,....}}}},))})).))))))))))...,.)))))..}))))..))))))).)}.,........(((.....(((((....))))))))....,}}}|{(((.......}}})),}}||{{..{|{(,..}}))..}},,.,....)))))).......))))))).))))).,.,|||,..{((((.(((((((((.((((..(((((.....))))).))))...((((((((.(((((((((.(((.{{{,(,,....),))).))).))))).)))).(((,...,.((((((...(((.,..((((((((((((((({((((((...........)))))).((((((((((((..((((..((((((.........))))))...)))){{{{((,{{{({........{(((((({....}))))))},,|,|||{{,.}}}))),,,.,,,..((((((......,(((((({....})))).)),,....)))))))))))))))))).........((((.........))))..})))))))))},)))))...))))))))),..{{((,..||}|,.,|.,((((..{{|....)))..)))))))).))))).)))))))).))))..))))|{{{{|||,.||,.,.((((((((((...(((.......,}}.,..)))))))))),{{.{{{{((({{({(...,,,(((((.((.((((((..,,({.....)}..)))))))))))))|||{.{{.,,,,,..}}}}}|.((((.(((((((..(((((((.........))))))).))))))))))),..,((((((((({{{({.....))))..)))))))))}||},||}}}},,))}}},..(((((((((((,....,)))))....)))))),{{{{.{{{{{{{{{{{{..{{{,,.,.((((((((((((((((((({....)))))))))))))}))))))....}}}..,}}}}}}})),})})))}},,.,,,,,..,,{{{(((..(((((((((....(((.....(((......((((,..,,{{...)})))))......)))....)))....)))))))))))))}})),,,...,{{{{{|{.,||,((({{{{{({,,(((.(((((..(((((((.{{({,,.(((((,((({(({{{{{|,||,,.,}}},))}}}{((((((((.((((({,((({(((((((.((((((((((.........)))))))))}..}))).}.,,,,,,,..}}}.}}})}}))))),))))))))},...}))))),.))))),.}}))))))))).))))).))),})))}})}))}|{(((((.....))))))}...|||||}||||,.,,,),,,.....)))),.....,,,,,,,,..
Back