Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001909.5
Sequence Length
2055 nt
GC Content
0.6360
AACUGCGGCGUCAUCCCGGCUAUAAGCGCACGGCCUCGGCGACCCUCUCCGACCCGGCCGCCGCCGCCAUGCAGCCCUCCAGCCUUCUGCCGCUCGCCCUCUGCCUGCUGGCUGCACCCGCCUCCGCGCUCGUCAGGAUCCCGCUGCACAAGUUCACGUCCAUCCGCCGGACCAUGUCGGAGGUUGGGGGCUCUGUGGAGGACCUGAUUGCCAAAGGCCCCGUCUCAAAGUACUCCCAGGCGGUGCCAGCCGUGACCGAGGGGCCCAUUCCCGAGGUGCUCAAGAACUACAUGGACGCCCAGUACUACGGGGAGAUUGGCAUCGGGACGCCCCCCCAGUGCUUCACAGUCGUCUUCGACACGGGCUCCUCCAACCUGUGGGUCCCCUCCAUCCACUGCAAACUGCUGGACAUCGCUUGCUGGAUCCACCACAAGUACAACAGCGACAAGUCCAGCACCUACGUGAAGAAUGGUACCUCGUUUGACAUCCACUAUGGCUCGGGCAGCCUCUCCGGGUACCUGAGCCAGGACACUGUGUCGGUGCCCUGCCAGUCAGCGUCGUCAGCCUCUGCCCUGGGCGGUGUCAAAGUGGAGAGGCAGGUCUUUGGGGAGGCCACCAAGCAGCCAGGCAUCACCUUCAUCGCAGCCAAGUUCGAUGGCAUCCUGGGCAUGGCCUACCCCCGCAUCUCCGUCAACAACGUGCUGCCCGUCUUCGACAACCUGAUGCAGCAGAAGCUGGUGGACCAGAACAUCUUCUCCUUCUACCUGAGCAGGGACCCAGAUGCGCAGCCUGGGGGUGAGCUGAUGCUGGGUGGCACAGACUCCAAGUAUUACAAGGGUUCUCUGUCCUACCUGAAUGUCACCCGCAAGGCCUACUGGCAGGUCCACCUGGACCAGGUGGAGGUGGCCAGCGGGCUGACCCUGUGCAAGGAGGGCUGUGAGGCCAUUGUGGACACAGGCACUUCCCUCAUGGUGGGCCCGGUGGAUGAGGUGCGCGAGCUGCAGAAGGCCAUCGGGGCCGUGCCGCUGAUUCAGGGCGAGUACAUGAUCCCCUGUGAGAAGGUGUCCACCCUGCCCGCGAUCACACUGAAGCUGGGAGGCAAAGGCUACAAGCUGUCCCCAGAGGACUACACGCUCAAGGUGUCGCAGGCCGGGAAGACCCUCUGCCUGAGCGGCUUCAUGGGCAUGGACAUCCCGCCACCCAGCGGGCCACUCUGGAUCCUGGGCGACGUCUUCAUCGGCCGCUACUACACUGUGUUUGACCGUGACAACAACAGGGUGGGCUUCGCCGAGGCUGCCCGCCUCUAGUUCCCAAGGCGUCCGCGCGCCAGCACAGAAACAGAGGAGAGUCCCAGAGCAGGAGGCCCCUGGCCCAGCGGCCCCUCCCACACACACCCACACACUCGCCCGCCCACUGUCCUGGGCGCCCUGGAAGCCGGCGGCCCAAGCCCGACUUGCUGUUUUGUUCUGUGGUUUUCCCCUCCCUGGGUUCAGAAAUGCUGCCUGCCUGUCUGUCUCUCCAUCUGUUUGGUGGGGGUAGAGCUGAUCCAGAGCACAGAUCUGUUUCGUGCAUUGGAAGACCCCACCCAAGCUUGGCAGCCGAGCUCGUGUAUCCUGGGGCUCCCUUCAUCUCCAGGGAGUCCCCUCCCCGGCCCUACCAGCGCCCGCUGGGCUGAGCCCCUACCCCACACCAGGCCGUCCUCCCGGGCCCUCCCUUGGAAACCUGCCCUGCCUGAGGGCCCCUCUGCCCAGCUUGGGCCCAGCUGGGCUCUGCCACCCUACCUGUUCAGUGUCCCGGGCCCGUUGAGGAUGAGGCCGCUAGAGGCCUGAGGAUGAGCUGGAAGGAGUGAGAGGGGACAAAACCCACCUUGUUGGAGCCUGCAGGGUGGUGCUGGGACUGAGCCAGUCCCAGGGGCAUGUAUUGGCCUGGAGGUGGGGUUGGGAUUGGGGGCUGGUGCCAGCCUUCCUCUGCAGCUGACCUCUGUUGUCCUCCCCUUGGGCGGCUGAGAGCCCCAGCUGACAUGGAAAUACAGUUGUUGGCCUCCGGCCUCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-895.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -930.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 496.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((.(((.((((((.....((((.((((((((((((((.((((......(((....)))((...((((((((...(((((((((.((((((((((.(((....))).....((((((((((.((.((((((.(((...(.(((((((((....(((.((.((((......)))).)).)))))))).)))).))))))))))(((((.(((((.....(((...((((((((((((((((((((.(((...(((((((((((....((((.((((......(((.(((....))))))...(((((((((((((((.(((.......))).))))....))))).))))))....)))).))))......))))).))))))....))).))....((((((((.(((((((((((.....))...))))....)))))...)))))))).............)))))))..((((((...(((...))).)))))).(((((((((((((((.((..(((....)))..))))))))).....(.((.((((....((....))....)))).)).).....))))))))........((((((((((....((..(((((.((.....((((((.(((...))))))))).))))))))).)))))).))))(((((((..(((.......((((((..(((...........)))))))))...(((((((((..((((....))))...))))))..)))...)))..)))))))..)))))))))))...)))(((.((((((((((((.(((..((...))..)))...)))))...........)))))))))).)))))..)))))(((((....)))))))))))))))))(((.((((((.(((.((.(...(((((.(((((...(((...))).))))).).)))).).)).))).)))))).)))..))))...)))))).)))))))))....)))))..))).)).....(((((.((........))))))).)))).)))(((((((((((((((..(((...))).)).))).(((....))).......((((.....))))..((((.(((((((((.((.((((((((((((..((.(((((((.(((((..((((..(((........)))))))..))))).)))........)))))).)))))).))))))))....)))))....)))).)))).......))))))))))..)))))))))))((((((............(((((....))))).......(((((((((((((.(.(((.(((((.(((..(((((((((.((......(((((.(((...(((((.(((...(((((......)))))(((((((...)))).))).......)))..)).)))..)))..)))))......))...))))).))))....))).))))))))...).)))))).)))))))))))))(((((.((((.(((((.((((.((......)))))).)))))......(((...(((((((...))))))).)))......((((((((((........)))))))))).....)))).))))).))))..)))))).))))))((((((((((.(((((((((((((((((((((((....((........)).....))))))))....((((((((.(....))))))))).((..((((((.((.(((((...(((((((((..(.(.((......)).).)..)))))).)))))))).)).))).)))..))))))......(((((((((........)))))))))..(((((((((...))))))))))))).......)))))))..)))))).))))...(((((((((.((((((.((((..((((((((.((((.(((((((.......))))))).))).)...)))))).)).))))........))))))..)))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{((({((,.,,,((({{...(((,.((((((((((((((.((((.....{(((....)))|,,..({.(((((...(((((((((.(((((({{((.(((....))).,,..((((((((((.{,.((((((.(((..,(,((({(((({...,(((.((.((({.,...,}))).)).)))))))).)))).})))))))))(((((.(((((..,,.{{{...(((((((((((.(((({{,..{{|...(((((((((.((((((.((((((...,..{.....|{.,..,,)))))).)))))}{,..(((((.(((......,))).))))),,...((((....))))..))))))))).....|,{((((({(,,,..{{.,{{{{,...((((((((.(((((((((({.....,}.,.})))....)))))...)))))))).....{{({{({..((((.{.{{{{{(((.{{{....(((((((((.,{((,....))}).)))))))))|||,{{{|||}}||||||{{({{{{,{,({,,,..{,||,,||}|,..|||||||}.}..,}||||{{,(|,{{.....((((((((((....((..(((((.{{.....{(((((.(((...))))))))).}}))))))).)))))).))))})},))))})})}...))).),)))).,}))))},}.....,.))))),.},.(({((((((..((({....})))...))))))..))).)))))))).}.)))).))))))))))),,,}}}{||,((((((((((((.{{{..{{...||..|}}...))))}.,},,}},..})))))))))}.)))))..)))))(((((....)))))})))))))))))(((.((((((.(((.{(,{...((((({(((((...(({...})).)))))}).)))))..)),))).)))))).)))..)))),,,)))))).)))))))))....))))).}))}.}},....(((((.((........))))))).)))).))}((((((((((...(({{,(({..{|,.|(((((.(((,..,(((...))))))))))),.,,....{,{|,|||,|||||}||.(((((((((((({{{,.{((,(((.(((((..((((..(((.......,))}))))..))))).))).}}.....))),}..)))))).)))))),,....,|||,|{,,,,,},,))).......)))))))))).,))))))))))),,|||,..}}}},.....||||,}}}}}}|||{{{....(((((((((((((.(.(((.(((((.(((..(((((((((.((......(((((.(({...{{,.....{..,(((((......)))))|{{{{({..,}})),||}...,|,,,}.}}}),)}}..}))..)))))......}}.,,))))),,)))....))).))))))))...).)))))).)))))))||||||(({((.{{({.(((((.((((.((......)))))).))))).,....(((...(((((((...))))))).)))......((((((((((........)))))))))),.,,,)})),}}}||,||}}..))))))})),))|((.(((((((.((((((((((({(,,((((((((....((.......,||.....})))))||,,,,((((((({.(....})))))))).,,..((((((.((.(((({..,(((((((((..,.{.((......)).,.,,.)))))).)))))))).)).))).)))})))))),,.....(((((((((........)))))))))..(((((((((...)))))))))})},.......)))))))..))))))).)))...(((((((((.((((((,((((..{{((((((.{(((.(((((((.......))))))).))).)...)))))).}}.)))}.....,..))))))..)))))))))....
Back