Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001957.4
Sequence Length
3970 nt
GC Content
0.4091
AGUCAUCCCGCUGGUCUGACGAUUGUGGAGAGGCGGUGGAGAGGCUUCAUCCAUCCCACCCGGUCGUCGCCGGGGAUUGGGGUCCCAGCGAGACCUCCCCGGGAGAAGCAGUGCCCAGGAGGUUUUCUGAAGCCGGGGAAGCUGUGCAGCCGAAGCCGCCGCCGCGCCGGAGCCCGGGACACCGGCCACCCUCCGCGCCACCCACCCUCGCCGGCUCCGGCUUCCUCUGGCCCAGGCGCCGCGCGGACCCGGCAGCUGUCUGCGCACGCCGAGCUCCACGGUGAAAAAAAAGUGAAGGUGUAAAAGCAGCACAAGUGCAAUAAGAGAUAUUUCCUCAAAUUUGCCUCAAGAUGGAAACCCUUUGCCUCAGGGCAUCCUUUUGGCUGGCACUGGUUGGAUGUGUAAUCAGUGAUAAUCCUGAGAGAUACAGCACAAAUCUAAGCAAUCAUGUGGAUGAUUUCACCACUUUUCGUGGCACAGAGCUCAGCUUCCUGGUUACCACUCAUCAACCCACUAAUUUGGUCCUACCCAGCAAUGGCUCAAUGCACAACUAUUGCCCACAGCAGACUAAAAUUACUUCAGCUUUCAAAUACAUUAACACUGUGAUAUCUUGUACUAUUUUCAUCGUGGGAAUGGUGGGGAAUGCAACUCUGCUCAGGAUCAUUUACCAGAACAAAUGUAUGAGGAAUGGCCCCAACGCGCUGAUAGCCAGUCUUGCCCUUGGAGACCUUAUCUAUGUGGUCAUUGAUCUCCCUAUCAAUGUAUUUAAGCUGCUGGCUGGGCGCUGGCCUUUUGAUCACAAUGACUUUGGCGUAUUUCUUUGCAAGCUGUUCCCCUUUUUGCAGAAGUCCUCGGUGGGGAUCACCGUCCUCAACCUCUGCGCUCUUAGUGUUGACAGGUACAGAGCAGUUGCCUCCUGGAGUCGUGUUCAGGGAAUUGGGAUUCCUUUGGUAACUGCCAUUGAAAUUGUCUCCAUCUGGAUCCUGUCCUUUAUCCUGGCCAUUCCUGAAGCGAUUGGCUUCGUCAUGGUACCCUUUGAAUAUAGGGGUGAACAGCAUAAAACCUGUAUGCUCAAUGCCACAUCAAAAUUCAUGGAGUUCUACCAAGAUGUAAAGGACUGGUGGCUCUUCGGGUUCUAUUUCUGUAUGCCCUUGGUGUGCACUGCGAUCUUCUACACCCUCAUGACUUGUGAGAUGUUGAACAGAAGGAAUGGCAGCUUGAGAAUUGCCCUCAGUGAACAUCUUAAGCAGCGUCGAGAAGUGGCAAAAACAGUUUUCUGCUUGGUUGUAAUUUUUGCUCUUUGCUGGUUCCCUCUUCAUUUAAGCCGUAUAUUGAAGAAAACUGUGUAUAACGAGAUGGACAAGAACCGAUGUGAAUUACUUAGUUUCUUACUGCUCAUGGAUUACAUCGGUAUUAACUUGGCAACCAUGAAUUCAUGUAUAAACCCCAUAGCUCUGUAUUUUGUGAGCAAGAAAUUUAAAAAUUGUUUCCAGUCAUGCCUCUGCUGCUGCUGUUACCAGUCCAAAAGUCUGAUGACCUCGGUCCCCAUGAACGGAACAAGCAUCCAGUGGAAGAACCACGAUCAAAACAACCACAACACAGACCGGAGCAGCCAUAAGGACAGCAUGAACUGACCACCCUUAGAAGCACUCCUCGGUACUCCCAUAAUCCUCUCGGAGAAAAAAAUCACAAGGCAACUGUGAGUCCGGGAAUCUCUUCUCUGAUCCUUCUUCCUUAAUUCACUCCCACACCCAAGAAGAAAUGCUUUCCAAAACCGCAAGGGUAGACUGGUUUAUCCACCCACAACAUCUACGAAUCGUACUUCUUUAAUUGAUCUAAUUUACAUAUUCUGCGUGUUGUAUUCAGCACUAAAAAAUGGUGGGAGCUGGGGGAGAAUGAAGACUGUUAAAUGAAACCAGAAGGAUAUUUACUACUUUUGCAUGAAAAUAGAGCUUUCAAGUACAUGGCUAGCUUUUAUGGCAGUUCUGGUGAAUGUUCAAUGGGAACUGGUCACCAUGAAACUUUAGAGAUUAACGACAAGAUUUUCUACUUUUUUUAAGUGAUUUUUUUGUCCUUCAGCCAAACACAAUAUGGGCUCAAGUCACUUUUAUUUGAAAUGUCAUUUGGUGCCAGUAUUUUUUAACUGCAUAAUAGCCUAACAUGAUUAUUUGAACUUAUUUACACAUAGUUUGAAAAAAAAAAGACAAAAAUAGUAUUCAGGUGAGCAAUUAGAUUAGUAUUUUCCACGUCACUGUUUAUUUUUUUAAAACACAAAUUCUAAAGCUACAACAAAUACUACAGGCCCUUAAAGCACAGUCUGAUGACACAUUUGGCAGUUUAAUAGAUGUUACUCAAAGAAUUUUUUAAGAACUGUAUUUUAUUUUUUAAAUGGUGUUUUAUUACAAGGGACCUUGAACAUGUUUUGUAUGUUAAAUUCAAAAGUAAUGCUUCAAUCAGAUAGUUCUUUUUCACAAGUUCAAUCUGUUUUUCAUGUAAAUUUUGUAUGAAAAAUCAAUGUCAAGUACCAAAAUGUUAAUGUAUGUGUCAUUUAACUCUGCCUGAGACUUUCAGUGCACUGUAUAUAGAAGUCUAAAACACACCUAAGAGAAAAAGAUCGAAUUUUUCAGAUGAUUCAGAAAUUUUCAUUCAGGUAUUUGUAAUAGUGACAUAUAUAUGUAUAUACAUAUCACCUCCUAUUCUCUUAAUUUUUCUUAAAAUGUUAACUGGCAGUAAGUCUUUUUUGAUCAUUCCCUUUUCCAUAUAGGAAACAUAAUUUUGAAGUGGCCAGAUGAGUUUAUCAUGUCAGUGAAAAAUAAUUACCCACAAAUGCCACCAGAACUUACGAUUCUUCACUUCUUGGGGUUUUCAGUAUGAACCUAACUCCCCACCCCAACAUCUCCCUCCCACAUUGUCACCAUUUCAAAGGGCCCACAGUGACUUUUGCUGGGCAUUUUCCCAGAUGUUUACAGACUGUGAGUACAGCAGAAAAUCUUUUACUAGUGUGUGUGUGUAUAUAUAUAAACAAUUGUAAAUUUCUUUUAGCCCAUUUUUCUAGACUGUCUCUGUGGAAUAUAUUUGUGUGUGUGAUAUAUGCAUGUGUGUGAUGGUAUGUAUGGAUUUAAUCUAAUCUAAUAAUUGUGCCCCGCAGUUGUGCCAAAGUGCAUAGUCUGAGUAAAAUCUAGGUGAUUGUUCAUCAUGACAACCUGCCUCAGUCCAUUUUAACCUGUAGCAACCUUCUGCAUUCAUAAAUCUUGUAAUCAUGUUACCAUUACAAAUGGGAUAUAAGAGGCAGCGUGAAAGCAGAUGAGCUGUGGACUAGCAAUAUAGGGUUUUGUUUGGUUGGUUGGUUUGAUAAAGCAGUAUUUGGGGUCAUAUUGUUUCCUGUGCUGGAGCAAAAGUCAUUACACUUUGAAGUAUUAUAUUGUUCUUAUCCUCAAUUCAAUGUGGUGAUGAAAUUGCCAGGUUGUCUGAUAUUUCUUUCAGACUUCGCCAGACAGAUUGCUGAUAAUAAAUUAGGUAAGAUAAUUUGUUGGGCCAUAUUUUAGGACAGGUAAAAUAACAUCAGGUUCCAGUUGCUUGAAUUGCAAGGCUAAGAAGUACUGCCCUUUUGUGUGUUAGCAGUCAAAUCUAUUAUUCCACUGGCGCAUCAUAUGCAGUGAUAUAUGCCUAUAAUAUAAGCCAUAGGUUCACACCAUUUUGUUUAGACAAUUGUCUUUUUUUCAAGAUGCUUUGUUUCUUUCAUAUGAAAAAAAUGCAUUUUAUAAAUUCAGAAAGUCAUAGAUUUCUGAAGGCGUCAACGUGCAUUUUAUUUAUGGACUGGUAAGUAACUGUGGUUUACUAGCAGGAAUAUUUCCAAUUUCUACCUUUACUACAUCUUUUCAACAAGUAACUUUGUAGAAAUGAGCCAGAAGCCAAGGCCCUGAGUUGGCAGUGGCCCAUAAGUGUAAAAUAAAAGUUUACAGAAACCUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1063.72 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1135.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 967.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((((((((((((((.((...((.((((((((....)).)))))))).))))))))))...(((((((((((((.(((.(((((((((..(((..........))).))))))))))))..(((((((((((((.(.(((((.((........((((.((((.((((....)))).....))))))))........))...)))))))))))))).)))))...((((..((((((((.........)))))))).))))(((((((((((((((((...(((((((((((........((((.(((......(((.......))).....((((((((((.(((..((((.......))))..)))))))))..))))..((((((..((((((((((.((.....(((((((((.........))))..(.((((((....)))))).).((((.....)))).......)))))..))))))))).)))...))))))......(((((((.......(((((((............)))))))........)))))))..........................)))))))))))))).)))).))))))))))(((((((((.((((..(((....))).(((((((........(((((..((((.((((((((((((((..(((((..(((((((((((((((.((((.......)))).).)))(((((((......))))))).....)))..)))))))))))))))).....................))).))))))))))))...))))).......((((((.......(((((((((....)))))).)))))))))....(((((..(((((...(((.(((((((((....((((((..((((...))))...))))))...)))))))))..)))...)))))..)).)))))))))).......)))).)))))))))(((((.....)))))....(((((....((((.((((.((((............)))).)))).))))))))).............))))))).....((((.....(((((((((((.....((((..(((....))).))))..(((((.(((((.(..((((((((..(((((.....))))).))).....)))))....(((((........)))))).))))).)))))...((((((((.(((..(((((..((((((((((.((((.(((((........((.....)).((((...((((((..............)))))).))))((.(((......))).))....((((((((((.((....(((........)))....))))))))))))..))))).))))..((((....)))).............((((..........))))..........))))))))))...)))))..))).)).)))))))))))))))))....))))...)))))))))))))(((((.((((((((((((...((((((((..((((((.(((((((((.((((...((((((((.(((((((((.(((((((.(((.......(..(((((...(((.(((.((((.((....(((....((........))...)))....)).))))))))))....)))))..)....((((((((((.....(((((((...(((((((((.(((.(((...........((((.((........)).))))...........)))..))).))))))..)))....................((((((....)))))).........))))))).))))))))))(((((.(((((..(((....((((((...........)))))))))...)))))...)))))))).))).))).).))))))))).))))))))...))))...))).((((((..(((.(((.(((((.(((.(((((((((((((.(((..(((((((((((((((((....((((..................))))..)))))))))...........(((((((((.((((((........)))).......)))))).)))))..((((((((...........)))))))).)))))))).......(((((((....(((((..(((((...........................................))))).))).))...))))))).(((((((((((((((.(((....))).(((((((((((((...(((.(((........))).)))...)))))))...........)))))))))))))).....)))).))).)))...))))))).)))))).))).)))))...........(((((.(..(((......)))..).)))))((((((((((((...))))))))))))....(((....((((...((((..((((((((((((((..((..(((((((((((((..((((...))))...))))))).............((........))(((..((((.((....)).))))..)))...))))))...))...))))))))))))))..))))............................(((((((((((...((((((((..(((......))).........((((((((((((((((..(((((..(.((((..((((....))))..)))).)..)))))....((((.(((((((((((((((((((.((((...(((((..((((((....(((.........)))....))))))((((..((.((.((((((((((((((..((((....((((((.(((.....(((((......)))))..(((((.(((..(((.((..((.(((((....(((((...(((.((((((....)))))).)))...))))))))))))..)).))).))).))))).))).))))))......)))).))).)))))).......))))).)).)).)))).((((((......))))))(((((((((...)))))))))....)))))...)))))))))....))).))))...(((((((.((...(((((((((..(((((((......((((((......((((...........))))....))))))......)))))))......))))))).)).....)))))))))....(((((((...((((....))))...))))))).((((....)))).))))))))))).....))))))))))).)))))......(((((((((.(((((.....(((.......)))......))))).)).))))))).))))))))(..((((((........))))))..)(((.((((((((((((((.....)))))......))))))))).))).)))))))))))..)))).....))))))))).))))))(((((.((((..((((.......((((((......(((((((((....................))))))))).....))))))......)))).)))).)))))....(((....)))...)))))).))...))))..)))))))).))))).))))))).)))))(((((.(((((((((........((((((((........)))))))).........))))))))).))))))))))))).........((((((.((.((.((((...)))).((((((((..(((((..............)))))....))))))))..)).)))))))).(((((((......))).))))......((((((.......)))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{,,..,.,{,||{,||||{{(((,((...((,((((({,,,,,,,|,|}}}||||.||||||}}}}}}}|||{{{{{{((((.(((.(((((((((..(((........,.))).))))))))))))..{|{{||{{{{{{|,|.||||{..{|,,,,}},((({{((((.((((....)))).....))))))))......,.,,.{,||||||}|||||}}{|||||...((((..((((((((..,....,.)))))))).))))(((((((((((((((((...(((((((((((.,,{((.{({...,||}.....(((.......))).....(((({(((((.(((..((((.......))))..))))))))}..))))..((((((,.((((((((((.((.....((((({{{{.........}}}}..{.((((((....)))))).}.((((.....)))).......)))))..)))))))))}})}.,.})))))...,,,(((((((.......(((((((............))))))).....,..))))))},,},.....}}},,....,,{|,...,,}}}}}})))))).)))).)))))))))){((((((((.((((..(((....))).(((((({.....,{{((,{,..{{{.,((((({{((((,,,..(((((..(((((((({{,((((.((((.......)))).).)))(((((((......))))))).....}})..))))))))))))).)}||..,,,.|,,,,..,,,...)}}{||||||||||||,{.,|},,..,..,,}|||||,,,....(((((((({....))))))}}))}}}|||{,...}|||,.(((((...(((.(((((((((....((((((.,((((...)))}.}.))))))...)))))))))..}}}...)))))..,,})))))))))).......)))).))))))))}(((((.....))))),...{((((,,,,({{{.,{{|,|||{....,,,,,...}}}}.)))),)}}}})))}............,)))))))....,((((,,...{{((((({(((...,,((((,,(((,,,,|||{|||,..|||||}|{(((.,.,{((({(((..(((((.....))))).))).},..))}))},,}||{||,,,,},..,})))},))))}.))))),..((((((((.(((..(((((..((((((((((.{((,.{{{{||,.,{{{{{(((..{((,((((...((((((..............)))))).})))|,}}|,...}}}}|},}||||,((((((((({.{{....(((.......,)}}..,|}|)))))))))).....}},}},,..((((....))))..........,,.{|{{,,,,.,,,,,))))}}}}}.....))))))))))...)))))..))).)).))))))}}|||||||||....}}}},..)))}}}})))}})(((((.((((((((((((..,((((((({..{{((({.{{{{{,(((.((((...((((((((.(((((((((..((((((.(((,......{..(((((...(((.(((.((((.((....(((....((........))...)))....)).))))))))))....)))))..}.,,.(((((((({,...,,(((((((...,{,((((({.(((.{{{.....,,....||((,((.,{,....,}.}}}}......,,}||}}}..))).)))))}..,||..........{{,.,,.,,.((((((....)))))),.....,}}))))))).)))))))))),||{{.(((((..(((....((((((...........)))))))))...}))))...}}))}))).))),}))..)))))))))).))))))))...))))...)))..(((((.((((((((...{(((((,......(((((((...((.((((.....))))))...)))))))(((.((((............)))).))).........}})))}...))),.})))))))))........|{{(({{,...|{{....{{{{{.{((((((((.....,,,,{{||||||||.,,,,,,{{{{{,.,,((((({(..,{({({{..{{(((,,.,{,|||..........|||{|,......,,}}},,.....}}}}}.}}},},...}}}}}}}.(((((((((((((((.(((....))).{{{{{{(((((((...(((.{((.,,...,,}}}.))),..)))))))...........)))))})))))))}.....)))).))}{{{{({{,{{{{{,||,,,..,,.}}}}},,.,}),)}},..(((((.(..(((......)))..).))))){(((((((((({...,))))))))))}...,{,{{,,{{{{{..,((((..((((((((((((((,.{{..(((((((((((((,,((({...))}}...))))))}.............,,{,,,,...,,(((,,{{{{.{{.,,.)).}}})..)))..}))))))...}}...})))))))))))))..}}}}..,,...,,,,..,......,,.{{{{.(((((((((((...((((((((..(((......)))......,,,((((((((((((((((..(((((..(.((((..((((....})))..)))).)..))))).,,.((((.(((((((((((((((((((.((((...(((((..((((((....(((.........)))....))))))((((..((.((,((((((((((((((..((((....((((((.(((..,,,(((((,.....}}}}).,{{{{{{{,,,||||,|,.,}|,{{({{....(((((...(((.((((({....)))))).)))...)))))},}}},,,.}}.,,......}))),.))).))))))......)))).))).)))))).....,,)))}).)).)).)))).((((((......))))))(((((((((...)))))))))....))))).,.)))))))))....))).))))..{(((,((({.,.({(((,(((,,{((((((........,{(((...,.{{(((.{((({...{{{{|{|.{{.|||,,|,,{,..,}))))},)}}}})),,,,,.)))}}.))))),),))}))))}||(((((.,,......))))}.))).))))),,,}}}}..)))})))))))))))..,..))))))))))).))))}..,,,}(((((((((.(((((.....,,{.......}},......))))).))}})))))).))))))))(..((((((........))))))..)(((.(((((((((((,,{.....,,}},...}}.))))))))).))).))))))))))).}))),........},}})}.,,.},}|||||,||||..{(((.......|{{|||.....}||||||{||.}|}},}},..,,,}}....}})))}}}}..,}})))))}......||||,|,,,.,,}},.}},|||....,}}...}))))).)}...)))),,)))))))).)))))}}}))))).))))){((((.(((((((((.{,,,...((((((((........))))))))...,,.,}.))))))))).)))))}}}|||||||,,...,,{{{{||,||,|,.((({...,))).{{{{|{{{..{{|||,,.....,,,.,,,|}}}}..,,))}))))}}.))})),.|||,,||||,.|,,}}))),)}))))}}},,.{(((((.......)))))).........
Back