Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_002996.6
Sequence Length
3285 nt
GC Content
0.5988
AAGGGGACAGCACUGAGCUCUGCCGCCUGGCUCUAGCCGCCUGCCUGGCCCCCGCCGGGACUCUUGCCCACCCUCAGCCAUGGCUCCGAUAUCUCUGUCGUGGCUGCUCCGCUUGGCCACCUUCUGCCAUCUGACUGUCCUGCUGGCUGGACAGCACCACGGUGUGACGAAAUGCAACAUCACGUGCAGCAAGAUGACAUCAAAGAUACCUGUAGCUUUGCUCAUCCACUAUCAACAGAACCAGGCAUCAUGCGGCAAACGCGCAAUCAUCUUGGAGACGAGACAGCACAGGCUGUUCUGUGCCGACCCGAAGGAGCAAUGGGUCAAGGACGCGAUGCAGCAUCUGGACCGCCAGGCUGCUGCCCUAACUCGAAAUGGCGGCACCUUCGAGAAGCAGAUCGGCGAGGUGAAGCCCAGGACCACCCCUGCCGCCGGGGGAAUGGACGAGUCUGUGGUCCUGGAGCCCGAAGCCACAGGCGAAAGCAGUAGCCUGGAGCCGACUCCUUCUUCCCAGGAAGCACAGAGGGCCCUGGGGACCUCCCCAGAGCUGCCGACGGGCGUGACUGGUUCCUCAGGGACCAGGCUCCCCCCGACGCCAAAGGCUCAGGAUGGAGGGCCUGUGGGCACGGAGCUUUUCCGAGUGCCUCCCGUCUCCACUGCCGCCACGUGGCAGAGUUCUGCUCCCCACCAACCUGGGCCCAGCCUCUGGGCUGAGGCAAAGACCUCUGAGGCCCCGUCCACCCAGGACCCCUCCACCCAGGCCUCCACUGCGUCCUCCCCAGCCCCAGAGGAGAAUGCUCCGUCUGAAGGCCAGCGUGUGUGGGGUCAGGGACAGAGCCCCAGGCCAGAGAACUCUCUGGAGCGGGAGGAGAUGGGUCCCGUGCCAGCGCACACGGAUGCCUUCCAGGACUGGGGGCCUGGCAGCAUGGCCCACGUCUCUGUGGUCCCUGUCUCCUCAGAAGGGACCCCCAGCAGGGAGCCAGUGGCUUCAGGCAGCUGGACCCCUAAGGCUGAGGAACCCAUCCAUGCCACCAUGGACCCCCAGAGGCUGGGCGUCCUUAUCACUCCUGUCCCUGACGCCCAGGCUGCCACCCGGAGGCAGGCGGUGGGGCUGCUGGCCUUCCUUGGCCUCCUCUUCUGCCUGGGGGUGGCCAUGUUCACCUACCAGAGCCUCCAGGGCUGCCCUCGAAAGAUGGCAGGAGAGAUGGCGGAGGGCCUUCGCUACAUCCCCCGGAGCUGUGGUAGUAAUUCAUAUGUCCUGGUGCCCGUGUGAACUCCUCUGGCCUGUGUCUAGUUGUUUGAUUCAGACAGCUGCCUGGGAUCCCUCAUCCUCAUACCCACCCCCACCCAAGGGCCUGGCCUGAGCUGGGAUGAUUGGAGGGGGGAGGUGGGAUCCUCCAGGUGCACAAGCUCCAAGCUCCCAGGCAUUCCCCAGGAGGCCAGCCUUGACCAUUCUCCACCUGCCAGGGACAGAGGGGGUGGCCUCCCAACUCACCCCAGCCCCAAAACUCUCCUCUGCUGCUGGCUGGUUAGAGGUUCCCUUUGACGCCAUCCCAGCCCCAAUGAACAAUUAUUUAUUAAAUGCCCAGCCCCUUCUGACCCAUGCUGCCCUGUGAGUACUACAGUCCUCCCAUCUCACACAUGAGCAUCAGGCCAGGCCCUCUGCCCACUCCCUGCAACCUGAUUGUGUCUCUUGGUCCUGCUGCAGUUGCCAGUCACCCCGGCCACCUGCGGUGCUAUCUCCCCCAGCCCCAUCCUCUGUACAGAGCCCACGCCCCCACUGGUGACAUGUCUUUUCUUGCAUGAGGCUAGUGUGGUGUUUCCUGGCACUGCUUCCAGUGAGGCUCUGCCCUUGGUUAGGCAUUGUGGGAAGGGGAGAUAAGGGUAUCUGGUGACUUUCCUCUUUGGUCUACACUGUGCUGAGUCUGAAGGCUGGGUUCUGAUCCUAGUUCCACCAUCAAGCCACCAACAUACUCCCAUCUGUGAAAGGAAAGAGGGAGGUAAGGAAUACCUGUCCCCCUGACAACACUCAUUGACCUGAGGCCCUUCUCUCCAGCCCCUGGAUGCAGCCUCACAGUCCUUACCAGCAGAGCACCUUAGACAGUCCCUGCCAAUGGACUAACUUGUCUUUGGACCCUGAGGCCCAGAGGGCCUGCAAGGGAGUGAGUUGAUAGCACAGACCCUGCCCUGUGGGCCCCCAAAUGGAAAUGGGCAGAGCAGAGACCAUCCCUGAAGGCCCCGCCCAGGCUUAGUCACUGAGACAGCCCGGGCUCUGCCUCCCAUCACCCGCUAAGAGGGAGGGAGGGCUCCAGACACAUGUCCAAGAAGCCCAGGAAAGGCUCCAGGAGCAGCCACAUUCCUGAUGCUUCUUCAGAGACUCCUGCAGGCAGCCAGGCCACAAGACCCUUGUGGUCCCACCCCACACACGCCAGAUUCUUUCCUGAGGCUGGGCUCCCUUCCCACCUCUCUCACUCCUUGAAAACACUGUUCUCUGCCCUCCAAGACCUUCUCCUUCACCUUUGUCCCCACCGCAGACAGGACCAGGGAUUUCCAUGAUGUUUUCCAUGAGUCCCCUGUUUGUUUCUGAAAGGGACGCUACCCGGGAAGGGGGCUGGGACAUGGGAAAGGGGAAGUUGUAGGCAUAAAGUCAGGGGUUCCCUUUUUUGGCUGCUGAAGGCUCGAGCAUGCCUGGAUGGGGCUGCACCGGCUGGCCUGGCCCCUCAGGGUCCCUGGUGGCAGCUCACCUCUCCCUUGGAUUGUCCCCGACCCUUGCCGUCUACCUGAGGGGCCUCUUAUGGGCUGGGUUCUACCCAGGUGCUAGGAACACUCCUUCACAGAUGGGUGCUUGGAGGAAGGAAACCCAGCUCUGGUCCAUAGAGAGCAAGACGCUGUGCUGCCCUGCCCACCUGGCCUCUGCACUCCCCUGCUGGGUGUGGCGCAGCAUAUUCAGGAAGCUCAGGGCCUGGCUCAGGUGGGGUCACUCUGGCAGCUCAGAGAGGGUGGGAGUGGGCCCAAUGCACUUUGUUCUGGCUCUUCCAGGCUGGGAGAGCCUUCCAGGGGUGGGACACCCUGUGAUGGGGCCCUGCCUCCUUUGUGAGGAAGCCGCUGGGGCCAGUUGGUCCCCCUUCCAUGGACUUUGUUAGUUUCUCCAAGCAGGACAUGGACAAGGAUGAUCUAGGAAGACUUUGGAAAGAGUAGGAAGACUUUGGAAAGACUUUUCCAACCCUCAUCACCAACGUCUGUGCCAUUUUGUAUUUUACUAAUAAAAUUUAAAAGUCUUGUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1383.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1439.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 859.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((..((((((((((((.((((....(((((.(((((((.(((....)))....((((.(((...((((((((((............))))))))))...((..((((........))))..))(((((..(((((......)))))..)))))((((.(........).)))))))..))))(((((...(((((..........))))).)))))..............)))))))....)))))................((((((((.((..((((.((((..(((((((......((((((((....((((..(((.((......)).))).)))).((((((((((((.............(((..(((((((((........)))..))))))..))).....(((((((((....))))))..)))....(((((((((..(((...)))..)))))))))....))))))))))))....).)))))))(((....)))))))))).))))((((((....))))))...((((.((((((....((((((((...)))))))).((((..((((.(((...))))).))..)))).)))))).))))((((.....)))).)))).)).)))))))).....)))).)))))))))))))))).((((((..(((((((((((...))))))...(((((((..(..((.((((((.(((((((..((((((.((..((((((((.....((.((((.((((((((((((((((....)))).)))).((((((((..(((.(((((((((((((.((...((((((((((....)))))).(((((((((((.((((((((.(((((.((((((((..((...((((((((((((((((((..((((((.............(((((((.(((....))))))))))((((((((((..(((((.(((...))).)))))..))))...)))).)).......))))))..))).)).)))))).((.(((((((((.....((....)).....))))))))).))(((((((..(((((((.((.(((((((..((....)).))))))).)).)))))))..))))))).(((.....((((((.(((.(((.((((((((.((....)).)))))..((..((((((((...))))))))..))))).)))))).)))))).....)))..))))))).))))))))).....).))))).......((((((((((...))))))))))..)))))))).)).))))).................(((((((((((((((((((((((...((((((((.((((((((.....((((.((...((((...))))....(((.((((...))))))).)))))).....)).)))))).)).(((.(((((((((((((..................................((((.((((..((((((((...))))))))))))...))))...((((((......))))))....)))..)))))))))).)))........(((((.....))))))))))))))))).......))).))))))))))))))...........))))..)))).)).)))).)))))))))(((((((..(((.........)))...)))))))...........(((((((((((......(((((((.(((((..(((((((..(((((........)))))..))))))).)))))..((((((..(((((.(((.((((((((((...((((.(((.((((((((.(((((.(((..((((((((....((((((((((((......(((.(((..((((.((..((.(((.(..((((............))))).)))))..)).)))).)))..))).....))))))))))))..)).)))))))))))))).......((((......)))).........(((((...)))))......))))))))))).))))))))))).((..(((((((((........)))).....)))))..))...((((((((((.(((((.....((((..((.(((...))).))..))))))))).)))))).((....))....((((....(((.(((.(..((((..(((...)))))))..).))).))).....))))(((((((.((((((.((.........)))))))).)))))))..(((....)))..((((((.((((((.((((.(....).))))...))))))..))))))))))...)))))).)))))))))))(((((((...)))))))(((((.((((......((((..((......))..))))(((((((((((.......(((.....)))...........(((........)))................((((((((..(((((((((.....(((((..((((........))))))))))))))))))...))...))))))......)))))))))))))))...)))))((((((((.((.(.(((.....)))).)).))))))))...)))).))).((((........))))))))))))))))))..))))))))((((((((((((((...((.(((((.(((.........))).))))))).)))))............)))))))))......))))))))...((((((.(((..((((....)))).)))...))))))..(((.(........))))(((((.........))))).......((((((((...(((((((((((..............)))))))).)))))))))))...)))).))...))))))))....)).)))))).(((((......))))).))))))).).)))))))..)..)))))))..((((((((((...))))))))))..)))))))))))....((......))((((((((.(((((...))))).))....)))))).....))))))..((((.(((((((((((((.....((((..((.(((((((..((.((((..(((...(((((....))))).((((((.(((....))).))))))...))).))))))...)))))))))..))))......)))))))........)))))))).)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((({.{(((..((((((((((((.((((....(((((.(((((((,{(,....)))...,{{((.{,,...((((((((((...,........))))))))))...,{..((((........))))..||,(((({{,,,,,...}}})))}}..}}|||(({,.,...,|,.,},}}.,))),.))}}|{(((...(((((.,,....,,.))))).)))}}...........}..)))))))....)))))......{,,.......((((((((.((..((((.((((.((((((((...,,.(((((((,....((((..(((.((......)).))).)))).((((((((((((.......,.....(((..(((((((((........)))..})))))..))).,,|.(((((((((....))))))..})).,..(((((((((..{((...))}..)))))))))....))))))))))))....}.))))))),{{...}),.))))))),))))((((((....))))))...((((.((((((....((((((((...)))))))).((((.,({{{.(((...))))).))..)))).)))))).))))((((|...,)))).)))).)).)))))))).}},.)))).))))))))))))))))))))((((({{(((.((((((....,({{{((((,..,,.}}}}.{.((((((((({{(((..((((((.((((,(.(((((.,,,.((((.(({(,{,,,..,,|,||||.}}}),,,.},)).})))).|.)}).).)))))).|||,{{{.,,,{({{{((((((....}}||||.{{||(({{{{{.{{{|||||,{||||.{(((((((..((...((((((((((((((((((..((((((..{((,....,))|((((((.(((....)))))))))|({((((((((..(((((.(((...))).)))))..))))...)))).)).......))))))..))).)).))))))}((.(((((((((.....((....,).....))))))))).))(((((((..(((((((.((.(((((({..((....)).})))))),)).)))))))..))))))),(((,....((((((.(({,(((.((((((((.((....)).)))))..((..((((((((...))))))))..))))).)))))).)))))).....,)),,))))))).))))))))).....),)))))},,....{(((((((((...))))))))))..,)))}}}}.}}.))))}...((((((((......((((((((((((({(((((((((..{(((((((((((((,((..(((((.(({((...((({...))))....,))}..,,,,.))))))).)))))..)).,}))))},{.(((((,(.(((((((((((({.........,,,,,..}},.....,,.,.}))))).).))))).}((((((((...))))))))..)))))))))...{((((,......})))}}....,..(((......)))....,{(((....((((((.................))))))....)))}))))))))))))))..((((((((((,{{{,({,{,,,,,.,{||,|||}|{,|{||,(((((((((..((((.,{{{(((...))))}{((((((((...{(((({(({{{{..(((((((.(((((..(((((((..(((((........)))))..))))))).))))).,,{{{{,,,,,...}))),),)))))))....,}}..}))...,)})))..))))))))}.))))..))))))))}.,{({((((((.{{.({..{{{{{|||{{{{|.{(((((((({{{,{{{{.,{{{{.{{.{{{(({............(((((((((({{{(((...((((.((..(((....)))..)))))),......{(({......}}||,....,,...((((((...((.((((((((({..{(((....,,{({({{,.((..(((((((((.,......)))),....,))))..)).,,{||,((((((.(((((.....((((..((.(({...})).))..))))))))).)))))).{{....}}....((((,,,,(((.({{.,..{|{{..(((...||||}||{,..|||.,,,.}}},))),||||{{{.((((((.((.........)})))))).))))}|}|.({(....))).{((((((.((((((.((((.{....}.))))...))))))..)))))))|||.},}.,||},,||{{|{{{(((((((((...))))))))|{{{.{{{{......((((..{{......)}|,))))({{{{{{{||{...,,..,,......|||.......,..,||||,,...,,}}|.,,,,,,,{{..,,..((((((...,{((((((((,...((((({..((((........))))}))))))))))))).|||}...))))}|...,,,}}}})))))))}))),,,}))}{||||||||,{{.{.({(.....)))),)).)})))}}}}}})))))))}.{|||,,..,,..)})})))))))))))))))))))))...(((((((((((,,,...(({(({({.,|,||........)),,,}}},,.}}},.,.,,,},}..))))))))))){((((.,{,((((({...}))))).)..))))}....))))))))))))))),)))))).))..))}},}}}}||{{{|,.|,..,,)))}),.,,.,}|(((((((...(((((((((((..............)))))))).))))))))))}.,,)))}.,,,}}))))))))},}})),}})),),|,,||,.}},,)))))}))),)))))))))).||,......}))....((((((((({...}))))))))).....))))))))....,|}},)))))))))|,,({(({{,...)))),}))})))))).))))))))).,,,.,{{((.(((((((((((((.....((((..((.(((((((..((.((((..{((...(((((....))))).{,...,,|{({{{{|,..,)))))},.))).))))))...)))))))))..))))......))))))),......,})))))}).)}.
Back