Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_003194.5

Sequence Length

1857 nt

GC Content

0.4658

AGUGAGGUCGGGCAGGUUCGCUGUGGCGGGCGCCUGGGCCGCCGGCUGUUUAACUUCGCUUCCGCUGGCCCAUAGUGAUCUUUGCAGUGACCCAGCAUCACUGUUUCUUGGCGUGUGAAGAUAACCCAAGGAAUUGAGGAAGUUGCUGAGAAGAGUGUGCUGGAGAUGCUCUAGGAAAAAAUUGAAUAGUGAGACGAGUUCCAGCGCAAGGGUUUCUGGUUUGCCAAGAAGAAAGUGAACAUCAUGGAUCAGAACAACAGCCUGCCACCUUACGCUCAGGGCUUGGCCUCCCCUCAGGGUGCCAUGACUCCCGGAAUCCCUAUCUUUAGUCCAAUGAUGCCUUAUGGCACUGGACUGACCCCACAGCCUAUUCAGAACACCAAUAGUCUGUCUAUUUUGGAAGAGCAACAAAGGCAGCAGCAGCAACAACAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGGCAGUGGCAGCUGCAGCCGUUCAGCAGUCAACGUCCCAGCAGGCAACACAGGGAACCUCAGGCCAGGCACCACAGCUCUUCCACUCACAGACUCUCACAACUGCACCCUUGCCGGGCACCACUCCACUGUAUCCCUCCCCCAUGACUCCCAUGACCCCCAUCACUCCUGCCACGCCAGCUUCGGAGAGUUCUGGGAUUGUACCGCAGCUGCAAAAUAUUGUAUCCACAGUGAAUCUUGGUUGUAAACUUGACCUAAAGACCAUUGCACUUCGUGCCCGAAACGCCGAAUAUAAUCCCAAGCGGUUUGCUGCGGUAAUCAUGAGGAUAAGAGAGCCACGAACCACGGCACUGAUUUUCAGUUCUGGGAAAAUGGUGUGCACAGGAGCCAAGAGUGAAGAACAGUCCAGACUGGCAGCAAGAAAAUAUGCUAGAGUUGUACAGAAGUUGGGUUUUCCAGCUAAGUUCUUGGACUUCAAGAUUCAGAAUAUGGUGGGGAGCUGUGAUGUGAAGUUUCCUAUAAGGUUAGAAGGCCUUGUGCUCACCCACCAACAAUUUAGUAGUUAUGAGCCAGAGUUAUUUCCUGGUUUAAUCUACAGAAUGAUCAAACCCAGAAUUGUUCUCCUUAUUUUUGUUUCUGGAAAAGUUGUAUUAACAGGUGCUAAAGUCAGAGCAGAAAUUUAUGAAGCAUUUGAAAACAUCUACCCUAUUCUAAAGGGAUUCAGGAAGACGACGUAAUGGCUCUCAUGUACCCUUGCCUCCCCCACCCCCUUCUUUUUUUUUUUUUAAACAAAUCAGUUUGUUUUGGUACCUUUAAAUGGUGGUGUUGUGAGAAGAUGGAUGUUGAGUUGCAGGGUGUGGCACCAGGUGAUGCCCUUCUGUAAGUGCCCACCGCGGGAUGCCGGGAAGGGGCAUUAUUUGUGCACUGAGAACACCGCGCAGCGUGACUGUGAGUUGCUCAUACCGUGCUGCUAUCUGGGCAGCGCUGCCCAUUUAUUUAUAUGUAGAUUUUAAACACUGCUGUUGACAAGUUGGUUUGAGGGAGAAAACUUUAAGUGUUAAAGCCACCUCUAUAAUUGAUUGGACUUUUUAAUUUUAAUGUUUUUCCCCAUGAACCACAGUUUUUAUAUUUCUACCAGAAAAGUAAAAAUCUUUUUUAAAAGUGUUGUUUUUCUAAUUUAUAACUCCUAGGGGUUAUUUCUGUGCCAGACACAUUCCACCUCUCCAGUAUUGCAGGACAGAAUAUAUGUGUUAAUGAAAAUGAAUGGCUGUACAUAUUUUUUUCUUUCUUCAGAGUACUCUGUACAAUAAAUGCAGUUUAUAAAAGUGUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-561.8 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -597

Frequency: 0.0000

Diversity: 450.78

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((..((((((((((((((((.(..(((.(((((((.(((..((........))..))).)))))))..)))..).))))))))).(((...(((((.((((((((((.....(((.(((((.((.((((.....)))).))........((((((((((...(((...................))).....)))))))))).))))))))....))))))))))..)))))......)))............))))))))))))))((((.((((.((((..(((....))).)))).)...)))((....)).....((((((((..(.((((....)))))))))))))....((((((.(((((.(((((..(((.(((((((...((((((((((((((....(((((((((...........((.((.((.((.((.((.((.((..........)).)).)).)).)).)).)).)).(((((.((.((..(((.(((((((.....((((((..(((((.((.(((((.((.((((..((((((...((((.............)))).......((((.((.((.((((((..(...((.((...(((((((((..((((.((...(((.((((((((..(((((.((...((((.((.((((((((..((((..(((((((...(....)...))).))))..))))....((((((((((((((....)))))....(((((..(((((((((......)))))..)))).)))))...((((....))))..((((..............))))..))))))))).))))).))).......(((.........)))(((((...))))))))))).....)).)))))..))))....((((...((..(((((((.((((((...........))))))...........((((((.....))))))......)))))))))...))))((((...(((((((.((.(((..((((.((.....((((((((....)))))))))))))).)))..........(((.....((((((..(((.(((((((((((.(((........))).))))((((((...................))))))...((.(((.....((((((((....(((.............)))))))))))...))).)).((((.......))))...)))))))..)))....)))))).....)))....))...)))))))...))))............(((((((....))))))))))).)))...)).))))..)))))))))...)))).)..))))))..)))).))))..((((((((((((((((....((.(((.....)))))....)))).)))))))))))))).)))).))))...))))))))).)))))..)))))).......)))))))..))).)).)))))))..((((((......))))))........)))))))))......(((((((.(((.((((((.(((((....(((((((..((.......)).))).)))).....))))).)))))).))).)))))))..((((((((.(((((...))))).))))))))((((....))))))))))))))))))......(((...((((((......((((.....))))....))))))..)))......))))))).)))..)))))........))))))))))).....................))))...(((((.......)))))...............

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((..((((((((((((((((.({,(((.(((((((.(((..((........))..))).)))))))..))).}),))))))))}.(((...(((((.((((((((((.....(((.(((((.((.((((.....)))).))........((((((((((.,{(((...................))).,,..)))))))))).))))))))....))))))))))..)))))......)))............)))))))))))))){({{.((({.((((..(((....))).)))).}...))}((....}}.....((((((((..{.((((....))))}))))))))....((((((.(((((.{((((..(((.(((((((...((((((((((((((...,({(({(({(,..........{{.({.({.{{.{(.({.({.((....||....}}.||.||.||.||.||.||.||.||.||.||.||.}}.||,||{||{||,|,((((((..(((((.((.(((((.((.((((..((((,...,((((.,..{........)))}.||,...((({.((.((.((((((..(.{,((.((..,(((((((((..((((.((...(((.((((,,,,..{{{{{.{{{,.,,(({(..,,,||||,..((((..(((((((...{....)...})).))))..))))....((((((((((((({....}))))....(((((..(((((((((......)))))..)))).)))))...{(((.{{.,,,,..||||,.............}))}..))))))))).,},}}}))},,.,,|,(((.........)))(((((...})))),}}|||,....||,|||||,,||||{{,.(({{{,,{{,,{(({{{,.((((((,,.........))))}}.||,|,.,...((((((,...,))))))....||||||}}}}),,,}}}},{{{,.,((((((((((.,.,..,.,.,||.,,,,((((((({....)))))))))))),)))))},...,,,,.((({...{(((((({.(,,..,{||||||||,{,|}}}.,,,,}}}.,,,},|||||}||||||....{(((((({{{((((...,,.,((,{,..,,|||||,....}}}}}}}}))}})...,}})}}}}}}}....,..,,.((((.......))))..,})))}}}..}}}.,..))))))}..}})}},,.,},.}}}}..,.....,}},............(((((({....})))))})))).)))...)).))))..)))))))))...)))},)..))))))..)))),))||,,{(((((((((((((((....((.(((.....)))}).,..))))))))))))))))))),)))).))))...))))))))).)))))..)))))).......)))))))..,||{||{,,,,)))}}|(((((......)))))}........))))))))).,..{.{((((((.(((.((((((.(((((,.,,(((((((..((.......)).))).))))..,)}))))).)))))).))).))))))),.((((((((.(((((...))))).)))))))){{{,....,}}}))))))))))))))...,,,(((,..{{||||,,,...((({....,))}}....}}}}}}..,}}......))))))).)))..)))))........)))))))))))...........,,,......,))||{..(((({.......}))))..}},...}}},,..