Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003241.4
Sequence Length
3391 nt
GC Content
0.4981
ACCGACUGUGUGGAAGCACCAGGCAUCAGAGAUAGAGUCUUCCCUGGCAUUGCAGGAGAGAAUCUGAAGGGAUGAUGGAUGCAUCAAAAGAGCUGCAAGUUCUCCACAUUGACUUCUUGAAUCAGGACAACGCCGUUUCUCACCACACAUGGGAGUUCCAAACGAGCAGUCCUGUGUUCCGGCGAGGACAGGUGUUUCACCUGCGGCUGGUGCUGAACCAGCCCCUACAAUCCUACCACCAACUGAAACUGGAAUUCAGCACAGGGCCGAAUCCUAGCAUCGCCAAACACACCCUGGUGGUGCUCGACCCGAGGACGCCCUCAGACCACUACAACUGGCAGGCAACCCUUCAAAAUGAGUCUGGCAAAGAGGUCACAGUGGCUGUCACCAGUUCCCCCAAUGCCAUCCUGGGCAAGUACCAACUAAACGUGAAAACUGGAAACCACAUCCUUAAGUCUGAAGAAAACAUCCUAUACCUUCUCUUCAACCCAUGGUGUAAAGAGGACAUGGUUUUCAUGCCUGAUGAGGACGAGCGCAAAGAGUACAUCCUCAAUGACACGGGCUGCCAUUACGUGGGGGCUGCCAGAAGUAUCAAAUGCAAACCCUGGAACUUUGGUCAGUUUGAGAAAAAUGUCCUGGACUGCUGCAUUUCCCUGCUGACUGAGAGCUCCCUCAAGCCCACAGAUAGGAGGGACCCCGUGCUGGUGUGCAGGGCCAUGUGUGCUAUGAUGAGCUUUGAGAAAGGCCAGGGCGUGCUCAUUGGGAAUUGGACUGGGGACUACGAAGGUGGCACAGCCCCAUACAAGUGGACAGGCAGUGCCCCGAUCCUGCAGCAGUACUACAACACGAAGCAGGCUGUGUGCUUUGGCCAGUGCUGGGUGUUUGCUGGGAUCCUGACUACAGUGCUGAGAGCGUUGGGCAUCCCAGCACGCAGUGUGACAGGCUUCGAUUCAGCUCACGACACAGAAAGGAACCUCACGGUGGACACCUAUGUGAAUGAGAAUGGCGAGAAAAUCACCAGUAUGACCCACGACUCUGUCUGGAAUUUCCAUGUGUGGACGGAUGCCUGGAUGAAGCGACCGGAUCUGCCCAAGGGCUACGACGGCUGGCAGGCUGUGGACGCAACGCCGCAGGAGCGAAGCCAGGGUGUCUUCUGCUGUGGGCCAUCACCACUGACCGCCAUCCGCAAAGGUGACAUCUUUAUUGUCUAUGACACCAGAUUCGUCUUCUCAGAAGUGAAUGGUGACAGGCUCAUCUGGUUGGUGAAGAUGGUGAAUGGGCAGGAGGAGUUACACGUAAUUUCAAUGGAGACCACAAGCAUCGGGAAAAACAUCAGCACCAAGGCAGUGGGCCAAGACAGGCGGAGAGAUAUCACCUAUGAGUACAAGUAUCCAGAAGGCUCCUCUGAGGAGAGGCAGGUCAUGGAUCAUGCCUUCCUCCUUCUCAGUUCUGAGAGGGAGCACAGACGACCUGUAAAAGAGAACUUUCUUCACAUGUCGGUACAAUCAGAUGAUGUGCUGCUGGGAAACUCUGUUAAUUUCACCGUGAUUCUUAAAAGGAAGACCGCUGCCCUACAGAAUGUCAACAUCUUGGGCUCCUUUGAACUACAGUUGUACACUGGCAAGAAGAUGGCAAAACUGUGUGACCUCAAUAAGACCUCGCAGAUCCAAGGUCAAGUAUCAGAAGUGACUCUGACCUUGGACUCCAAGACCUACAUCAACAGCCUGGCUAUAUUAGAUGAUGAGCCAGUUAUCAGAGGUUUCAUCAUUGCGGAAAUUGUGGAGUCUAAGGAAAUCAUGGCCUCUGAAGUAUUCACGUCUUUCCAGUACCCUGAGUUCUCUAUAGAGUUGCCUAACACAGGCAGAAUUGGCCAGCUACUUGUCUGCAAUUGUAUCUUCAAGAAUACCCUGGCCAUCCCUUUGACUGACGUCAAGUUCUCUUUGGAAAGCCUGGGCAUCUCCUCACUACAGACCUCUGACCAUGGGACGGUGCAGCCUGGUGAGACCAUCCAAUCCCAAAUAAAAUGCACCCCAAUAAAAACUGGACCCAAGAAAUUUAUCGUCAAGUUAAGUUCCAAACAAGUGAAAGAGAUUAAUGCUCAGAAGAUUGUUCUCAUCACCAAGUAGCCUUGUCUGAUGCUGUGGAGCCUUAGUUGAGAUUUCAGCAUUUCCUACCUUGUGCUUAGCUUUCAGAUUAUGGAUGAUUAAAUUUGAUGACUUAUAUGAGGGCAGAUUCAAGAGCCAGCAGGUCAAAAAGGCCAACACAACCAUAAGCAGCCAGACCCACAAGGCCAGGUCCUGUGCUAUCACAGGGUCACCUCUUUUACAGUUAGAAACACCAGCCGAGGCCACAGAAUCCCAUCCCUUUCCUGAGUCAUGGCCUCAAAAAUCAGGGCCACCAUUGUCUCAAUUCAAAUCCAUAGAUUUCGAAGCCACAGAGUCUCUCCCUGGAGCAGCAGACUAUGGGCAGCCCAGUGCUGCCACCUGCUGACGACCCUUGAGAAGCUGCCAUAUCUUCAGGCCAUGGGUUCACCAGCCCUGAAGGCACCUGUCAACUGGAGUGCUCUCUCAGCACUGGGAUGGGCCUGAUAGAAGUGCAUUCUCCUCCUAUUGCCUCCAUUCUCCUCUCUCUAUCCCUGAAAUCCAGGAAGUCCCUCUCCUGGUGCUCCAAGCAGUUUGAAGCCCAAUCUGCAAGGACAUUUCUCAAGGGCCAUGUGGUUUUGCAGACAACCCUGUCCUCAGGCCUGAACUCACCAUAGAGACCCAUGUCAGCAAACGGUGACCAGCAAAUCCUCUUCCCUUAUUCUAAAGCUGCCCCUUGGGAGACUCCAGGGAGAAGGCAUUGCUUCCUCCCUGGUGUGAACUCUUUCUUUGGUAUUCCAUCCACUAUCCUGGCAACUCAAGGCUGCUUCUGUUAACUGAAGCCUGCUCCUUCUUGUUCUGCCCUCCAGAGAUUUGCUCAAAUGAUCAAUAAGCUUUAAAUUAAACUCUACUUCAAGAAAACUCUGUGGUCCCUGAGUCCUUUUUUCUUUAUGCCAAUAAGCUUCUUAAAUGUGCUGGCGGUUUAUGCAGUCACUUGGGGAGCCAUGGAAUCCUUUGAUCUCCCCAGGCAAGGUGCUCUGAGGAGUUGGCUUCUUUAUUGUCUGUUCAGUACAUCCAACCCCUCUCUCAAAGGCUGUCACCCCAACUGGAUACACACCCUGGCAAAGGCACGUAGCUUGAAUGAGGGUUAUUUUGUGUCUAAUUCACAGGAGAGUCAUGGGUGGGAUACCUGUCAUCCUCUGCCUUUCCAGCUGUCCAAGUGAAAAAAACCUCAAUCCUGGUCACCCUUGCCCAAGUUGCCCACAUCCCUGGCAUACAGUAGGUGUUCAAUAAAUGUUUAUUGAAGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1108.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1163.7
Frequency: 0.0000
Diversity: 875.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((((((.((.....)).)).....((((.((((.((((......)))).)))).)))).(((((((..((((((((.....((((((........((((..(((((((((((((((((((...((((((((((.(((....))))))....))))).)).)))))).)))).((..((((((((((...)))))).(((((((.....))))))).......)))).)).....(((((.......)))))....(((.(((......(((((((((.........)))))))))))).)))((((....)))).............((.(((((...............))))).)))))))))))..)))).......)))))).....))).)))))((((((((...........((((.....(((((((((..(((((.....((((((.................))))))(((...))).....)))))..))))))))).......((((((.(.((.......)).).))))))....))))((((.((((...)))).)))).((((..((((...)))).....)))).....(((((((.(((((.......((((((((.(((.....(((((.(((.(((.(.(((......))).).))).))).)))))...((((((..(((.(((((...((((((((((((((..((((((((...(((((.(((((((.((((((((..(((((((((((((((.((..(((((.(((((((....))))...))).))))).((.((((((..(((((((......(((((((.......)))))))...)))))))(((((((((((((((((((((......(((...))))))))).)))))))))((((((.((.((((((((.(((((((((.((.((((.(..((((..(((((..((...))..))))).......(((.((.....)).))).......(((.(((...))))))...)))).).))))..)))).).)))))))))))..(((.....(((....))).....)))))).)).)))))).....)))))))))))).))(((((((((((.....(((((..(((..(((....)))..)))..........(((((.(((((..(((((((..(((((..((((((..(.((((.(.(..((....))..).).)))))..))))))..))))).))))))).))))))))))....(((((((((.(((.(((((.((((((((.................(((((((((((......)))...((((.(((((...((((.((((((.(((((....(((((...)))))(((((((((...)))).)))))..((((((((((....))))))))))......((((.(((..(((((....))))).))).))))(((((.((....)))))))..)))))..))).)))....))))..)))))))))..........))))))))................(((((((.(((((((((.((((((((((....((((((.((.((((.....(.(((((..((.....))..))))).)((((((((((.(..(((....)))..)))))))))))......................((((((.((((....))))))))))((((.(((((.((((....((((((((.((((((..((..(((..........)))..))..))))))..))))).)))...)))).)))))))))..((((((.....)))))).....)))).)).))))))))))))))))..))))))....(((.(((..(((.((((((....))))))........)))..))).)))....((((.....(((....))).....)))).((((((...(((.((..........))))).......))))))............))))))))))((((((.(.....).))))))........((((..((((.((((.((....)))))).)))).))))((((....)))))))))))))))))...))).))))))))).))))).....))))))).))))(((((...((((((...(((.(((((((..((........(((((((((..((((((..(((((((......((((.............................))))((((((((((....))))))...))))......(((((((......((((((((((((...................((((.((((((((.........))))))....)).)))).((((((((....))))).)))......(((((((.((..((.((((((((.((.(((.((.....(((((.(((((((((((..(((((((((((.((((....(((((((.(.(((.....)))).)))))))((((((.......)).))))......((((((((((.(((.((((((((((.(((............))))).............))))))((((.....)))).)).)))..))))))))))....((((.(((.....))).))))..)).)))))))))))))(..((((((....(((.....((((....)))).))).....))))))..)......)))))))...))))..)))))......)).))).)).)))...))))).))..)))))))))(((((((.((((...)))).)))))))(((.(((..((......))..)))))).........))))..)))..)))))......)))))))..)))))))..)))))).))))))))))).))))))).))).))))))...)))))...........(((......)))...)).)))))))))).)))))..)))........))))).))).......)))).))))).......(((.(..(((((((((.((.((....)).))..)))))))))...).)))...((((.(((((......(((((......)))))...))))).))))))))))))..))))).......))).))))))))))))))..))))))((((((......))))))...((((.......))))((((((.((.((((((........))))))..)).))))))))).)))).)).)).......)))))..)))))))..)))))))).........)))))))..)))))))).))).((((((((....)))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.(((((((({{.((.....)).}}.....{(((.((((.((((......)))).)))).)))}.(((((((.,((((((((.....((((((...,....((((..((((((((({{{,(((({{...((({{(((((.(({.,,,||||||,,,.}}}}),)).}))))),))}}.||.|||||{(((((...}})))){((((,(({{{{{|||||,,.....................,...})))..}))))}}}..|})}}...,{.((((((((((.........)))))))))).}.,,,((((....)))).|...........((.(((((.............,.))))).)))))))))))..))))..,....)))))).....}))}|}}}}((((((((,.,,..,....,((,....,(((((((((..(((((.....((((((.................)))))}{((...))).....)))))..))))))))).{{{{{.((((((.(.((.......)).).))))))....,.})|||{.((({...})||{||||((({(,,((.{{,...},....,,))}.}}}}))),|||,{{({(.......(({(((((.(((,....(((((.(((.(((.(.(((......))).}.))).))).)))))...{(((((..(((.(((((...(((((((((((((.{(((((((((...(((((.(((((((.((((((((..(((((((((((((({..((.(((((.(((((((....))))...))).))))))),.{(((((..(((((((......(((((((.,...,.))))))),..)))))))((((({(((((((((((((((......{{{...})))))))).)))))))))((((((.((.((((((((.{(((((({{.((.((((.,..((({..(({({,,((,,,,},.}|||,.,.,...(((.((.....)).)))...,.,.{||,|{{...)))))),..)))).}.))))..)))).)}}))))))))))..(((.....(((....))).....)))))).)).)))))).....}))))))))))},|,(((((((((((.{{{{((((,..,(({{((..{{{{{{{{{{{..,{,,...||{((({,,,,...||||,,{,.(((((..((((.(({(..,|}}}}}}}||}}}.))}}).,.,,}))}})))).,}})))),.,,,))))))))|||,,,,..,.{((((((((.{((.((((,,((((((((..............{{{((({,((((((......))),{.((,,.,||,|}..((((,(({{{{.{(({{.,{{((({{,{{|||||(((((((((...)))).))))),,((((((((((....)))))))))).,{,{.{{{{,|||..{((((,,,.|}}}}.}}}.|}||((((,,((....)))))))|||||||{,||,.||,..,|||||,,|||||||||...,|||...,}}},|||{...{{,,{{....}}|||,|||}|||||{(({.((((((((({....((((((.{(.{({{....|{|(((((..((.....))..})))}|,((((((((({{(..(((....)))..))))))))))).|,...{{,,,.........,.((((((.{(({....}))})))))),,,,.{{{||,|{||,..,|||{{{{{.|||||{,,||..|||..,,,,,,..}}),,)),.}}))})..))))),)))...}))),))}}}},}|,,{(((((.....)))))}...,,||||,}}.||||}}|||}}}})))..}}))))....{{|,|||},||,.{{((((....)))))).,}}},.,)))..))),|||,{{{(({({{,,.(((....)))....{||||,((((((...(((,({..........))})).......)))))).........,,|}|||,}},|,,,{{{,.{,,,.,)}),,))),},....,||||..||||.,,{|,||},,.,})))),)))).)},)||,,..}})))))))))))))))))...))}.))))))))}.},},,.....))))))).)))){||{(.,.{{{{{{,,.(((,(({((((,,,{........(((((((((..((((((..(((((((.....,(,..,,,,.......{(((((((..........,(((((({((((((....))))))}...,,|,.......{,{||,.....{{{,.((({,{{{,{{,..............((((.((((((({,........))))))....)).)))).{(((((((....))))).))}......(((((((,((..((.((((((((.((.(((.((.....(((((.((((((((((({.(((((((((((.((((....(((((((.,.(((.....)))}.)))))))|||((........))((((({.....}))))}((((((((...({,(((((.(((............)))},...,}}}......))))))}},{....{(((({,|...,..))))))||,|{{..((((.(((.....))).))))..)),))))))))))))),,.((,(((,,,,,{(.{,..((((....)))).}))..,,,,,},,,}})..,,.,)))))))...))))..)))))......)).))).)).)))...))))).))..))))))))|(((((((.((((...)))).)))))))}})}|..}}}......{||....},,.,,.....})))))...,,..)))))))}.}}))..)),..)))))))..)))))).))))))))),,.}}}}}}}.))).))))))...))))}...........{{{......}}}....},}))))))))).)))))..}})........))))).))).......)))).))))).......(((.{..(((((((((.{(.((....)}.))..)))))))))...}.)))...((((.(((((......(((((......)))))...))))).))))))))))))})))))).......))).))))))))))))))..)))))|((((((......)))))}...((((.......))))((((((.((.((((((.,....,.))))))..)).))))))})).)))),,).)).......))))}..,)))),,,.)))))))).,,,,,}},)))))))..)))))))).))).((((((((....)))))))).....
Back