Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003400.4
Sequence Length
4988 nt
GC Content
0.3982
AGGUUCCAAACGCUCCGCGGCGCCAUGGGCUGAAAACUCAACCGAGAUGGAAUCUCCCAGUCUGAACCGGUUUCAACCGGUUCCGAGUUUGAGGCACUAGGAGGAGGGGGAGAAGCGGCUGCAGCGGCCGCGGCAGGAGCAGCGGGAGCUACAGCAUCAGCAAGAGCAACAGUAGCUACAGCCCCGGCGGCGGUGCCUGUUCCAGUCUUUGCUGCUGCAGUCCGUGCAACCACCCAGAGGGGGAGGGGGGAACCACCAGUCGCUGAGGAACAAGAGAAGGGGGGAAAGUUUAGGCGAGCCUUGGGGGGGGGGGGGCCAGCGCCGGAGCCGCGUGAGAGAGGGAGCCGUGUUUUGGUAGGGGGGAGUCGGACUGCAACUGGCAGCAGAGCGUCUCCCCGGCCGUGUGGACUCUACACCCCCUACUCCUGCCGCUUCUGCUGCUGCCUGUGGCUGGAGGGUCCCCCUGGGGCUGAAUCUUUGGGACUUGACCCCGUUCCCUCCCCCUUCCCUCACUCCCCAGCCGGGCGGGAGCAUUUAUUCCCCAGAUUAAUUCCCCUUUUGGGGGGGGGCGGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGGGGGAAGCGUCCCUGAAAUAGUAAAUAUUAUUGAGCUCUUUUUGCCCUUUUCCUGUCCGUUUUUUUAAUUUCCUUUUUUGAGGUGGGAAAACUGAAACCCACCUUGAUUCGUCCCCUCUCCCCCCUCCCCACCUUCCCUCGCCCUAAUCCCCCAACGAGGAAGGAAGGAGCAGUUGGUUCAAUCUCUGGUAAUCUAUGCCAGCAAUUAUGACAAUGUUAGCAGACCAUGCAGCUCGUCAGCUGCUUGAUUUCAGCCAAAAACUGGAUAUCAACUUAUUAGAUAAUGUGGUGAAUUGCUUAUACCAUGGAGAAGGAGCCCAGCAAAGAAUGGCUCAAGAAGUACUGACACAUUUAAAGGAGCAUCCUGAUGCUUGGACAAGAGUCGACACAAUUUUGGAAUUUUCUCAGAAUAUGAAUACGAAAUACUAUGGACUACAAAUUUUGGAAAAUGUGAUAAAAACAAGGUGGAAGAUUCUUCCAAGGAACCAGUGCGAAGGAAUAAAAAAAUACGUUGUUGGCCUCAUUAUCAAGACGUCAUCUGACCCAACUUGUGUAGAGAAAGAAAAGGUGUAUAUCGGAAAAUUAAAUAUGAUCCUUGUUCAGAUACUGAAACAAGAAUGGCCCAAACAUUGGCCAACUUUUAUCAGUGAUAUUGUUGGAGCAAGUAGGACCAGCGAAAGUCUCUGUCAAAAUAAUAUGGUGAUUCUUAAACUCUUGAGUGAAGAAGUAUUUGAUUUCUCUAGUGGACAGAUAACCCAAGUCAAAUCUAAGCAUUUAAAAGACAGCAUGUGCAAUGAAUUCUCACAGAUAUUUCAACUGUGUCAGUUUGUAAUGGAAAAUUCUCAAAAUGCUCCACUUGUACAUGCAACCUUGGAAACAUUGCUCAGAUUUCUGAACUGGAUUCCCCUGGGAUAUAUUUUUGAGACCAAAUUAAUCAGCACAUUGAUUUAUAAGUUCCUGAAUGUUCCAAUGUUUCGAAAUGUCUCUCUGAAGUGCCUCACUGAGAUUGCUGGUGUGAGUGUAAGCCAAUAUGAAGAACAAUUUGUAACACUAUUUACUCUGACAAUGAUGCAACUAAAGCAGAUGCUUCCUUUAAAUACCAAUAUUCGACUUGCGUACUCAAAUGGAAAAGAUGAUGAACAGAACUUCAUUCAAAAUCUCAGUUUGUUUCUCUGCACCUUUCUUAAGGAACAUGAUCAACUUAUAGAAAAAAGAUUAAAUCUCAGGGAAACUCUUAUGGAGGCCCUUCAUUAUAUGUUGUUGGUAUCUGAAGUAGAAGAAACUGAAAUCUUUAAAAUUUGUCUUGAAUACUGGAAUCAUUUGGCUGCUGAACUCUAUAGAGAGAGUCCAUUCUCUACAUCUGCCUCUCCGUUGCUUUCUGGAAGUCAACAUUUUGAUGUUCCUCCCAGGAGACAGCUAUAUUUGCCCAUGUUAUUCAAGGUCCGUUUAUUAAUGGUUAGUCGAAUGGCUAAACCAGAGGAAGUAUUGGUUGUAGAGAAUGAUCAAGGAGAAGUUGUGAGAGAAUUCAUGAAGGAUACAGAUUCCAUAAAUUUGUAUAAGAAUAUGAGGGAAACAUUGGUUUAUCUUACUCAUCUGGAUUAUGUAGAUACAGAAAGAAUAAUGACAGAGAAGCUUCACAAUCAAGUGAAUGGUACAGAGUGGUCAUGGAAAAAUUUGAAUACAUUGUGUUGGGCAAUAGGCUCCAUUAGUGGAGCAAUGCAUGAAGAGGACGAAAAACGAUUUCUUGUUACUGUUAUAAAGGAUCUAUUAGGAUUAUGUGAACAGAAAAGAGGCAAAGAUAAUAAAGCUAUUAUUGCAUCAAAUAUCAUGUACAUAGUAGGUCAAUACCCACGUUUUUUGAGAGCUCACUGGAAAUUUCUGAAGACUGUAGUUAACAAGCUGUUCGAAUUCAUGCAUGAGACCCAUGAUGGAGUCCAGGAUAUGGCUUGUGAUACUUUCAUUAAAAUAGCCCAAAAAUGCCGCAGGCAUUUCGUUCAGGUUCAGGUUGGAGAAGUGAUGCCAUUUAUUGAUGAAAUUUUGAACAACAUUAACACUAUUAUUUGUGAUCUUCAGCCUCAACAGGUUCAUACGUUUUAUGAAGCUGUGGGGUACAUGAUUGGUGCACAAACAGAUCAAACAGUACAAGAACACUUGAUAGAAAAGUACAUGUUACUCCCUAAUCAAGUGUGGGAUAGUAUAAUCCAGCAGGCAACCAAAAAUGUGGAUAUACUGAAAGAUCCUGAAACAGUCAAGCAGCUUGGUAGCAUUUUGAAAACAAAUGUGAGAGCCUGCAAAGCUGUUGGACACCCCUUUGUAAUUCAGCUUGGAAGAAUUUAUUUAGAUAUGCUUAAUGUAUACAAGUGCCUCAGUGAAAAUAUUUCUGCAGCUAUCCAAGCUAAUGGUGAAAUGGUUACAAAGCAACCAUUGAUUAGAAGUAUGCGAACUGUAAAAAGGGAAACUUUAAAGUUAAUAUCUGGUUGGGUGAGCCGAUCCAAUGAUCCACAGAUGGUCGCUGAAAAUUUUGUUCCCCCUCUGUUGGAUGCAGUUCUCAUUGAUUAUCAGAGAAAUGUCCCAGCUGCUAGAGAACCAGAAGUGCUUAGUACUAUGGCCAUAAUUGUCAACAAGUUAGGGGGACAUAUAACAGCUGAAAUACCUCAAAUAUUUGAUGCUGUUUUUGAAUGCACAUUGAAUAUGAUAAAUAAGGACUUUGAAGAAUAUCCUGAACAUAGAACGAACUUUUUCUUACUACUUCAGGCUGUCAAUUCUCAUUGUUUCCCAGCAUUCCUUGCUAUUCCACCUACACAGUUUAAACUUGUUUUGGAUUCCAUCAUUUGGGCUUUCAAACAUACUAUGAGGAAUGUCGCAGAUACGGGCUUACAGAUACUUUUUACACUCUUACAAAAUGUUGCACAAGAAGAAGCUGCAGCUCAGAGUUUUUAUCAAACUUAUUUUUGUGAUAUUCUCCAGCAUAUCUUUUCUGUUGUGACAGACACUUCACAUACUGCUGGUUUAACAAUGCAUGCAUCAAUUCUUGCAUAUAUGUUUAAUUUGGUUGAAGAAGGAAAAAUAAGUACAUCAUUAAAUCCUGGAAAUCCAGUUAACAACCAAAUCUUUCUUCAGGAAUAUGUGGCUAAUCUCCUUAAGUCGGCCUUCCCUCACCUACAAGAUGCUCAAGUAAAGCUCUUUGUGACAGGGCUUUUCAGCUUAAAUCAAGAUAUUCCUGCUUUCAAGGAACAUUUAAGAGAUUUCCUAGUUCAAAUAAAGGAAUUUGCAGGUGAAGACACUUCUGAUUUGUUUUUGGAAGAGAGAGAAAUAGCCCUACGGCAGGCUGAUGAAGAGAAACAUAAACGUCAAAUGUCUGUCCCUGGCAUCUUUAAUCCACAUGAGAUUCCAGAAGAAAUGUGUGAUUAAAAUCCAAAUUCAUGCUGUUUUUUUUCUCUGCAACUCGUUAGCAGAGGAAAACAGCAUGUGGGUAUUUGUCGACCAAAAUGAUGCCAAUUUGUAAAUUAAAAUGUCACCUAGUGGCCCUUUUUCUUAUGUGUUUUUUUGUAUAAGAAAUUUUCUGUGAAAUAUCCUUCCAUUGUUUAAGCUUUUGUUUUGGUCAUCUUUAUUUAGUUUGCAUGAAGUUGAAAAUUAAGGCAUUUUUAAAAAUUUUACUUCAUGCCCAUUUUUGUGGCUGGGCUGGGGGGAGGAGGCAAAUUCGAUUUGAACAUAUACUUGUAAUUCUAAUGCAAAAUUAUACAAUUUUUCCUGUAAACAAUACCAAUUUUUAAUUAGGGAGCAUUUUCCUUCUAGUCUAUUUCAGCCUAGAAGAAAAGAUAAUGAGUAAAACAAAUUGCGUUGUUUAAAGGAUUAUAGUGCUGCAUUGUCUGAAGUUAGCACCUCUUGGACUGAAUCGUUUGUCUAGACUACAUGUAUUACAAAGUCUCUUUGGCAAGAUUGCAGCAAGAUCAUGUGCAUAUCAUCCCAUUGUAAAGCGACUUCAAAAAUAUGGGAACACAGUUAGUUAUUUUUACACAGUUCUUUUUGUUUUUGUGUGUGUGUGCUGUCGCUUGUCGACAACAGCUUUUUGUUUUCCUCAAUGAGGAGUGUUGCUCAUUUGUGAGCCUUCAUUAACUCGAAGUGAAAUGGUUAAAAAUAUUUAUCCUGUUAGAAUAGGCUGCAUCUUUUUAACAACUCAUUAAAAAACAAAACAACUCUGGCUUUUGAGAUGACUUAUACUAAUUUACAUUGUUUACCAAGCUGUAGUGCUUUAAGAACACUACUUAAAAAGCAAAAUAAACUUGGUUUACAUUUAUUUUUCCUUUAUUGACUCAUUUAUUCCUAUAUUAAUGAUAGUGGGUAUUUGUGUUUAAGCAUCAAGUAACAUUUUAAAUGAAGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1356.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1461.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 1373.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((....(((((....(.(((((((((..((((((.....((((((......))).)))((((((((....)))))))).))))))..)))....((.(((((((((((.(((((((...)))))))(((((((((((.(((((((.((((((..(((...((((((...((((((..(((((((((((((.(((...))).)...)))))))).....((((..((.(((.(..((((((((((((.....(((...)))(((....((.(((.((((..(((((((((..(((((((((((((((((((((((.(((((..((.(........)))..))).)).))))).((((((((.((..((((........))))..)).))))))..))((((((...))))))))))).((((.(((((....((....))..))))).))))..)))))))))))))...)))...))))))..)))).))).))...))))))))).))))))..).))).))..))))....(((((.........((((....)))))))))))))..)))).))...))).)))...)))..))))))(((((....)))))..((((((....)))))).))))))).)))).....)))))))....................((((((((((..........)))))))))).........))).)))))))))).((((((((((..............))))...))))))((((.(((....(((..((((((.....))))))..)))....)))))))((((((((((((((((....))))))((((((((((.......))))).))))).............)))))...)))))....)))))).)..)))))........(((((..(((........)))..)))))...)))))....(((((((((((((.(((((((.((((...(((.((((((.((((((.((.....................)).))))))))))))(((((.(((((((((((((((...))))))..((((.((((.((((((((((((((((((((....((((((..(((.((((.((..(((((........(((((((((((.((..((.((((.(((((...........(((((..(((((((.(((((...(((..(((((........))))).)))...)))))(((.(((((((..(.....)..)))))))..)))((((((.........(((.((.((..(.((((((.....))).))).)..))..)).)))...))))))............(((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..)))))))..((((..(((.....)))..))))..)))))))))...)))..)))...)))).)))))))))))).))))).....(((((((...((((((((.....((.((((...(((........)))..)))).)).......)))))))))))))))))))).)))))).(((((((((..((.(((.((.(((((....((((((......))))))......))))).)).))).....(((.((.....)).)))(((((((...((((((........))).)))...))).)))).....((((((......)))))))).))))))))))).))))))))))).(((((((((............)))).)))))............)))))...)))))))))))))))(((((((....(((.((..(((.((((.(((........(((((((((.((((...(((((((..(.(((((..(((((..((((((((((......))))).(((((((((((.((((((((..((((.(((((((.((..(((((....))))).)).))))))).)))).........((.((.....)).)).(((((....)))))((((((....))))))...)))))......))).)))))))))))...(((((((....((.(.(..((((.(((((((((((((((.....)))))))))..........((((((((.((..............((((..((.....))..)))).(((((..((((((.((((.(((((......)))))...(((((.(((.(((..........))).))).)))))((((((....((((((((((.(((..(.(((((((((..(((((...........((((((((((........(((((((((....(((((((........((.((((.((((.......)))).)))).)).....)))))))..))))))))).........((((((.((((..((....))..)))).))))))..))).))))))).)))))...)))))))))..)..)))))))))))))((((......))))(((.....)))........)))))).((((((...))))))((((((..(((((((.((((((((((....))))).((((((.............))))))(((........)))..)))))((((((.(((.((((((.....)))))).)))))))))...(((((.((......)).)))))............(((((((((((...((((.....))))..)).)))))))))(((((((((((.((((.((............)))))))))))).....)))))......(((.((((((((.(((((((((((....)))).))).....)))).)))))))).)))..((((((..(((((.........)))))(((((.(.(((((.....)))))))))))...((((....(((((((((.((((.....))))((((((....((....)).....))))))...)))))))))....))))...))))))...((((((((((..(((((((((((((......)))))))......))))))...((((.......(((((((((((((((((..(((.(((((..(((...)))))))).))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...(((((.......))))))))))))).....))))(((......))).((((((((((.(((........)))))))))))))..........)))))))))).....)))))))...))))))..............))))...))))))))))))).))))))))((((.....))))..((((...(((.(((....))))))..)))).((((.....)))).....(((((((......(((((((((((((...(((((..(((...((((((........(((...)))........))))))))).))))).((((((.....))))))...)))))))))))))((((((..........(((((((........))))).))))))))...........(((((........))))).))))))).(((((((((..((.(............).))........((((....))))....)))))))))...)))))).)))).).).))...))))))).....((((((...((((....((((.(((.......))))))).)))).))))))..))))).....)))))..))))).)..)))))))...)))).)))))))))))).)))).))).)).))).....)))))))...(((((((.......))))))).((((((((..((((((.((((((((((((..............)))))...)))))))..(((((((((((((((((((...............))))).)))))))(((((....((((((((((...((((((((.........))))))))))))))))))))))).((((.....))))..)))))))((((........))))......))).)))..))))))))))))))))))))))...((((...))))........))))))))))))))....))))))))).))))).............((((((((((((((((......)))))))........))))))))))))...))))(((((((((((((((((((.((...(((.....))).......(((((.......))))).............((((((.....................)))))))).)))))))))))))).....)))))..((((.((((((((((((.((((((((..((((((((....((((.(((.(((.((((.((((...(((.(((..(((((....((..(.(((((....((.....))...))))))..)).....))))).)))))).)))).)))))))))).))))....(..(((((((..((...(((((.(((.((((..((................))..)))).))).)))))...))..)))))))..))))))).))..)))))))).))))..(((.((((..(((((....)))))...))))..)))..(((((....((((((((.((.((.(((((....))))).)).)).))))))))...)))))...........((.(((........))).))..................(((..((((((.(((..(((((((((.......))))..)))))..)))..))))))..))).)))))))).)))).)))))))...(((((((((.......)))).)))))....))))))))))))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((....(((((.,,,{,{{,((((((..((((((....,((((((....,,)}}.))}((((((((....)))))))).))))))..))).,,,((.(((((((((({.(((((((...)))))))(((((((((((.(((((((.((((((..(((...(({{((...(({(({,,((((((((((({{.{{{,..)}),}...))))))))||.,,||{{..{{.(((.{.,((((((((((((..,..(((...}}).{{....,(.(((.((((..(((((((((..(((((((((((((((((((((((.(((((..((.(......,.,))..))).)).))))).,,((((((.((..((((........))))..)).)))))).,}}((((((...))))))))))).((((.(((((....((....))..))))).))))..,))))))))))))....)),..})))))..)))).))),))}}}))))))))).})}||}.,}.}}).|},.}}}}..,,,((((..,.....,((((....))))))))}))))..)))).)}...))),)))...)))..))))))(((({....)))))..{(((((....)))))).))))))).)))).....))))))),...................{(((((((((..........)))))))))).....,,,,)))))))))))))).(((({{{(((..............)))))))))..))}}}.((((({({..({{((((((.....}}}}|((({{{{{.{{{.{(({.,,,,,,,,.((((((....)))))){(((((((((.......))))).))))}.......}}}}.})),)),,,)))))..}}))},))})}.,))))},}}}...(((((..(((........)))..)))))...)))))....(((((((((((((.(((((({,,,.,{{{((,.{{((((.(({{{{.{{....{,........,,.....)).)))))))))}}}{{,,..|{{{{{{{{{(((((...)))))},,{{{.{((((.((((((({((((((((((({.((((((.(((((..((((..(((....)))....))))..{((((({(..{{{(({,{{{{{,,,,..,,,..,|}},.,,(((((((((...)))}}}))))..(((((........)))))..{{({..(((.(((.(((((((..(.....)..)))))))..))).)))..}}}}......,,,,,{{{{{..{((,,,,}}}.}}}}}}}}}}}},)))))))}((.(((((((,,((((...,((((((.(((((((..(((...((((((((((((((((..(((((.........)))))..))))))}..((((..(((.....)))..)))).,)))))))))...)))..)))...)))).)))))}.,,{((((((((,{,,.(((((.,.{((((..(((((((((({{(((((((.(((((((....(((({(({{,..,,,|||||||,..{{({({((((,..,(((((((((..(((((.{({.(((((.(((((((((({{{{{......}}}}},.{{{.{{{{.((((,(({{(..(((((((,.....{(((((((((((.........{((((((((.{(,,....(((((((,,{(((((((((......}))))),......(((((({,((({(((({.{{((,,..|||}......{,{{{|,||,||,,...{(({...}))}.{(((...((((...}))).)))),|,.,,}}.},}),}})}.,,},.,)})))},))))))).}}}}}}........{((((((((((((....,..((((((.......,..,{{({({{{....,})))),.....,..{{{{{,..{..,,,,(({((,{(({,,..,}))}))}),.,}})))),)))))).......))).),})))))))})))))))....,,,)}.))))))))),.......))))))))))))))))))).....},.)),.,}}}}})),))}}}}}..{(((((....(((((((((.....))))))))).....)))))}.....,))))))))))}}}))||,((((.{(({{...,,..,,,.....,}}}}..}}}},,..,,|}|))))).)))))..))))))))).)).))})))).....))))).)).)))))))}.......((((((....}))))).(((((((((..(((({.........,,((({{{,((({{.,....(((((,,,,}}}}|,|{|||}}}}..,.||,{{{,.,{{{......,|||||||||,|,.....,,))))).,))))))|},.......{,((((((.((((..((....))..)))).)))))),}}||||,,},)),)))))...)))))))))(((((((((((((((((((((((({.((((,{(((,....}})},,....))))...(((((((...))))))).{{{((((,{{(((((((({(((((....}}}},.||||||....,,,,,,,..},,,,.(((......,,|||.||}||}||||{.((((.((((((.....)))))).))))}}}||,,.{(|({|((.,....},.,)))}..,,,}||....(((((((((((...((((.....))))..)),})))))))){{{{((((((,{((({.((............))))))))))))}...,}}))),.,.,.(((.{(((((((.(((((,((((,....,,,,,}}}})}}.)))).}))))))).)))..,,,.,,},,....{(((((((.......,,,,.{.(((((.....))))),,,}}{{..(((.{{.....}},)))..)),.))))))))|||||||.{{(({{{.,.....}))))))...,,.,|||.,..{((((((.....((((((((((((((((..{{{{{{((((({{...,,,)))))}}{{.{{,..,,})}}}((((.......(((((((((((((((((..(((.{((((..{({...})}))))}.))).)))))....))))..(((..(((((...))))).)))...{{{((,......)}}}})))))))).....)))){({......})}.((((((((((.(((........))))))))))))),,........)))))))))|,{((.((((((..(((,{.(({....})),,.))).)))))).})),..........)))))))((((.....))))...........))))))}..,},)))))))))))))))))..}))).)))).........,,,.(((((((((((((...(((((..(((...((((((.,,,....,,.....}},}...}}))))...))).))))).((((((.....))))))...)))))))))))))((((((,,,.....,,{{{((((.,|.,,..}}}}},},))))))...,(({{((.(((((........))))).}})}}}))))))))))..))))}..................},.))))))).})))))))}..........,.{((((((.(((((((((((....{(({,{{..((((((((.((.{{{{.{{{((((.(((.......)))}}}},))}..(((((({{{{..{{{,{{{..{{{{.(((((.......))))).)))).,,.,.,{((((..(((({,.,{(.(((({.(.(((((....)))))).})))).)})))))),.}),)})))}.}))))}..)).)))))))),},)))}.........,,...{{({{.,.....))))}..,,,..)))))),..,)))).))))))),}}|.|||,...,|||,....((((((((({,,,((((((((.........)))))))))))))))))))))))))))))).))...))))).)))))}.,,.......|,..(((((...)))))...,}|,,||||}}}}}}}}}))),,,||||...|}}}..,,,...)))))))))))}}}.,||,,,,}}}}}{{((((({{.....,{,..(((((((((,((({.(((({....,))))}...)))}))))))))),,.({(((,,(((((((((((((((((((.((...,{{,,.,,}}|,,,,...,|||{.....,,|,,},.||},,,.,,...{(((({,{{,.{{,....,}}}},...)))))})).)))))))))))))),....})))).,))))},....{{{(((({{{((((((..((((((({....((({.{{.{(((,({((,{{{{..,{||,|||..{{((({{(.{{....,|,||},|{((,...,||...})},}|}}},,,,|,}}}|},}||}}|,}}}}.}))))))})).})})...,{..(((((((..((,,,((({({((({,,,(,.{{........,,...}},)),.,)))})))})))}}..,})..)))))))..))))))).))..))))))}|{|||...|||}|{,,..(((((....})))),{{||||..,,.,.}||||....((((((((.{{.{{.(((((....))))).}}.}}.)))))))).,}))))),..........,...,,,}}}}...))))))))}...............(((..((((((.{{{..(((((((((.......)))),,}))))..}}}..))))))..))).....,,})))},..})))))),..{{{{(({{(,,,...,)))),)))}}....))))))))))))).,...,.{,....,,}.....
Back