Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003465.3
Sequence Length
2248 nt
GC Content
0.5560
GGUUUGUAUGGGCUGCAGCCUGCCGCUGAGCUGCAUCAUGGUGCGGUCUGUGGCCUGGGCAGGUUUCAUGGUCCUGCUGAUGAUCCCAUGGGGCUCUGCUGCAAAACUGGUCUGCUACUUCACCAACUGGGCCCAGUACAGACAGGGGGAGGCUCGCUUCCUGCCCAAGGACUUGGACCCCAGCCUUUGCACCCACCUCAUCUACGCCUUCGCUGGCAUGACCAACCACCAGCUGAGCACCACUGAGUGGAAUGACGAGACUCUCUACCAGGAGUUCAAUGGCCUGAAGAAGAUGAAUCCCAAGCUGAAGACCCUGUUAGCCAUCGGAGGCUGGAAUUUCGGCACUCAGAAGUUCACAGAUAUGGUAGCCACGGCCAACAACCGUCAGACCUUUGUCAACUCGGCCAUCAGGUUUCUGCGCAAAUACAGCUUUGACGGCCUUGACCUUGACUGGGAGUACCCAGGAAGCCAGGGGAGCCCUGCCGUAGACAAGGAGCGCUUCACAACCCUGGUACAGGACUUGGCCAAUGCCUUCCAGCAGGAAGCCCAGACCUCAGGGAAGGAACGCCUUCUUCUGAGUGCAGCGGUUCCAGCUGGGCAGACCUAUGUGGAUGCUGGAUACGAGGUGGACAAAAUCGCCCAGAACCUGGAUUUUGUCAACCUUAUGGCCUACGACUUCCAUGGCUCUUGGGAGAAGGUCACGGGACAUAACAGCCCCCUCUACAAGAGGCAAGAAGAGAGUGGUGCAGCAGCCAGCCUCAACGUGGAUGCUGCUGUGCAACAGUGGCUGCAGAAGGGGACCCCUGCCAGCAAGCUGAUCCUUGGCAUGCCUACCUACGGACGCUCCUUCACACUGGCCUCCUCAUCAGACACCAGAGUGGGGGCCCCAGCCACAGGGUCUGGCACUCCAGGCCCCUUCACCAAGGAAGGAGGGAUGCUGGCCUACUAUGAAGUCUGCUCCUGGAAGGGGGCCACCAAACAGAGAAUCCAGGAUCAGAAGGUGCCCUACAUCUUCCGGGACAACCAGUGGGUGGGCUUUGAUGAUGUGGAGAGCUUCAAAACCAAGGUCAGCUAUCUGAAGCAGAAGGGACUGGGCGGGGCCAUGGUCUGGGCACUGGACUUAGAUGACUUUGCCGGCUUCUCCUGCAACCAGGGCCGAUACCCCCUCAUCCAGACGCUACGGCAGGAACUGAGUCUUCCAUACUUGCCUUCAGGCACCCCAGAGCUUGAAGUUCCAAAACCAGGUCAGCCCUCUGAACCUGAGCAUGGCCCCAGCCCUGGACAAGACACGUUCUGCCAGGGCAAAGCUGAUGGGCUCUAUCCCAAUCCUCGGGAACGGUCCAGCUUCUACAGCUGUGCAGCGGGGCGGCUGUUCCAGCAAAGCUGCCCGACAGGCCUGGUGUUCAGCAACUCCUGCAAAUGCUGCACCUGGAAUUGAGUCGCUAAAGCCCCUCCAGUCCCAGCUUUGAGGCUGGGCCCAGGAUCACUCUACAGCCUGCCUCCUGGGUUUUCCCUGGGGGCCGCAAUCUGGCUCCUGCAGGCCUUUCUGUGGUCUUCCUUUAUCCAGGCUUUCUGCUCUCAGCCUUGCCUUCCUUUUUUCUGGGUCUCCUGGGCUGCCCCUUUCACUUGCAAAAUAAAUCUUUGGUUUGUGCCCCUCUUCCCAAAGAUGUGGUGACUUAAGAGGCUCUCUAAGCACACUGUUGACUCCAAAACAUCCGCAGGUCAGAGCCAGGUGGGAAGGUGGUCCGUGCAGGAUGUGCCAGGCCCUGUGGCAGGUCUUGCCCCAUGAGUCCAUAUGCCAGUGGGCAGUUUCCAGUACACAGGUGAUGGCAGCCAGAGCGCGGCCCCAAGUGCAACACGUUCUUUGGUUAUUGGCUCAGAAGCCUGGAAACAGGAGCUUCUGCGGACCUUCACGCACGUGUUAUUCCCAAAAUGCCACUAGAUGGCAGCAGAGAAGAACUUUUCCCUGAUUUAAGCGCUCUGCGAGCAGCCACUCAGCAUUACACUAAGAAUUCAGACCCCUGGUACUCAGGGGUCUUCGAGAUAAAUCCUGUUUGGGCCCUUUGCAGGCCCUAUCUCACCUACUGCCCCCGUUCACCAGAUGAAGAAGGAACAAUGAUUAUUCUCACUUUAUAGGCAUUUAAACUGAAGACUGAUUCUAACCAAUUCUGAGUCCAGAACCAAGGCCUGAAAUGGGCCAGAGAGCAUGCACACGGUGUCCUGGUUAAAUAAAGUCAUCCCAACAUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-838.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -880.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 741.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.......((((((((((((((((.(((......)))))))).)).))))))))).((((((.........))))))((((((....(((((((.((((......((((.((((((..(((((.(((((((((.((....)).)))((((.....))))(((((((.(((((((((((...((((((.((((((((.(((((..(((...(((((..((......)))))))(((((....(((.(((((..(......)..))))))))..)))))..))).....(((((.......(((((((((((..((((.(((..((.((((((((....))))).))).)).))).))))....(((((((((((.......)))).........(((((...((((.(((((...(((........))).))))).))))))))).....(((((....)))))...(((((((((((.((.((........)))).)))).....)))))))...(((...(((....))).)))..(((((.(((((((....((((((((..(((.(((((((..((.(((((..((((..((((....))))..))))))))).))..(((((.((((((((...((((...)))))))))))).))))).((((((....((((((.......)))))).)))))).(((.(......))))(((((...)))))..))))))).)))((((((((((...((.......))..))))))))))..(((.(((((.(((((((...))))..(((..((((((.((((((...((((((((((((..((((((((.....(((((((.(.((........))).))))))).........((((((((....))))))))((((......)))))))))).)).(((..(((....)))..)))(((((((((((((.(((.......................))))))))....))))))))....)).)))))))))).....(((.((.....)).)))...))))))))))))..)))..((((((((..(((((.(((((((((((.((((....((((((((.....(((((((.......(((.....((((........))))....)))......)))))))..)))))))))))).))(((.((((((((........))))))))...)))...((((((((....))).)))))..))))))))).(((((((.((.((.....)))))))))))..((((....))))...((((.......))))..(((((((((((...((((((((((((((((((((..........))))))))..((((...(((........)))))))....))))))))..(((...(((..((....))..)))...))).))))..))))))))))).((((((((......((((((.....(((....))).((((((((.....))))))))))))))......))))))))......))))).)))))))))))))))))))))))))))...))))))).))))))))))))....................)))))))))))......)))))....))))).))))........((((((....(.((.((((.((..........)).))))))))))))).)))).)))))))))))..(((((((.(((((.......))))).))))))).....)))))).........)))))))..)))))).....))))))))))))))))))).))))))).(((((....(((((((((((.(((((((((((...(((((.(((...((((((.(((....(((....)))....)))))(((((((....(((((..((((((............((((.....((((((...)))).))...)))).................(((((((((.....)))))))))..((((((..........(((((.......)))))))))))..)).))))..)))))......((((((..((((.........))))..)))))).))))))).....)))).))).))))).....))))))).))))))))).(((((.....))))).)))))).))))).(((....)))..........)))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{..{({,{(((((((((((((((({{((,{{{{{|,,..)))))),)})))))},||||{((,,,{,,{{,}}}}}}{|{||,.,|.(((((((.((((,,....((((,((((((..{({((.{{{({{{{{,||,,,,}}.}||(((((....}}})||{|||{,(({((((({((...(((({{.{{(({({(((,(((..((((({(,((({.{(.....,||||||}(({{{..|,|||.||||,..{....,.|,|}}}}}}})}.)))},.,{{{,{,..,.,,,,,..{{{|,,{|||,.,.....}}}}))||.,))}|||((((((({(.,,,,,,.||||}}}.|||,...(((,.,.{{((,,,,...||||...}}}..,|||{{...((((.(((((...(((........))).))))).))))}}}}},,{..(((((....)))))..,(((((((((((.((.((........)))).)))).....)))))))..,||.,},|||}..,|||,{{(,||.||||}|{{.|.,{{{{||(((((....)))))})))))),}).}.))))))})))}||{.{{((,.,((({{((,((({...(((((.(((((((({..,(((...)))))))))))).))))).,,{{({{{..((({,,{(.((({((|||{.|{||,..(((.{......))))|}}}}.}})))),)}.))}).,.))))}|(((((({.{,({.......)).})))))))}|(({(((((((({,{{.(((({{{{{||{{(((..((((((.((((((,..((((((((((((,,{(((({{{...,,(((((((.{.((........)}},)))))}},,.{,,.,.((((((((....)))))))|{{{{....,|)}})}}}||..||,{(({,,,,..,.,)}},|}{(((((((((((({,(((.....{{...,,,....,}.,..}}}}}}}}.,,|))))})))}...}}.)))))))))),|||,,{|,||,....}).)))...))))))))))))..))}.,||||(((({{,,((({((((((((({(,((((....((((((((.,..{{{{(((({{.,,,.{((.....|(((........)}}}....}))}.}}..))))))}.,)))))))))))}.,,,{{.((((((((........))))))))...},,...((((((((....))),,))))..))))))))).(((((((.(,,((.....)))))))))))..,((({{.{|||,...((((.......))))..(((((((((((...((((((((((({((((((((..........)))))))),.((((...(((.....}}.,},))))}...,))))))}..(({,,,(((..((....))..))).},)})}))))..))))))))))).{(((((((......((((((.....(((....))).{(((((((.....}))))))}))))))......)))))))}{{,....,,))},,,,,,)))}))))),}})))))))))}.....))))))))){{{|,{{{.{{{(((({,{{.......{(((((((...{.......}...))))))))||}}||},,,|||,|}}.)))},))),)))}}||}..}}}}...))})}))))))),},)}},))))})))))))))))|.{{{||{{.|||||,|,,,},))))),)))))))}},..)))}))....,,,,,)))))}},.}))))).....))))}})))))))))}))),)))))}}.({(({....(({({{{((((.,{(((((((((,{{((,,..|||}.,||||||{({{....{{|,,,.)})....}}}..,{{((((,...,,|||||{(((.(({{....}))).|||,.....||{|||,,.}})).))...))}},..........,,....(((((((((,...,)))))))))..((((((..........(((((.......))))))))))).....))))},,,,|,,.....{(((((..{(({.......,.})))..)))))}.)))))})....,||}|,||,.}}}||..,..})))))).))))))))}.(((((.....))))).})}})}.}))}}.,||}},,}})},,.......)})}})}}.,,....
Back