Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003467.3
Sequence Length
1668 nt
GC Content
0.4580
AGUUUGUUGGCUGCGGCAGCAGGUAGCAAAGUGACGCCGAGGGCCUGAGUGCUCCAGUAGCCACCGCAUCUGGAGAACCAGCGGUUACCAUGGAGGGGAUCAGUAUAUACACUUCAGAUAACUACACCGAGGAAAUGGGCUCAGGGGACUAUGACUCCAUGAAGGAACCCUGUUUCCGUGAAGAAAAUGCUAAUUUCAAUAAAAUCUUCCUGCCCACCAUCUACUCCAUCAUCUUCUUAACUGGCAUUGUGGGCAAUGGAUUGGUCAUCCUGGUCAUGGGUUACCAGAAGAAACUGAGAAGCAUGACGGACAAGUACAGGCUGCACCUGUCAGUGGCCGACCUCCUCUUUGUCAUCACGCUUCCCUUCUGGGCAGUUGAUGCCGUGGCAAACUGGUACUUUGGGAACUUCCUAUGCAAGGCAGUCCAUGUCAUCUACACAGUCAACCUCUACAGCAGUGUCCUCAUCCUGGCCUUCAUCAGUCUGGACCGCUACCUGGCCAUCGUCCACGCCACCAACAGUCAGAGGCCAAGGAAGCUGUUGGCUGAAAAGGUGGUCUAUGUUGGCGUCUGGAUCCCUGCCCUCCUGCUGACUAUUCCCGACUUCAUCUUUGCCAACGUCAGUGAGGCAGAUGACAGAUAUAUCUGUGACCGCUUCUACCCCAAUGACUUGUGGGUGGUUGUGUUCCAGUUUCAGCACAUCAUGGUUGGCCUUAUCCUGCCUGGUAUUGUCAUCCUGUCCUGCUAUUGCAUUAUCAUCUCCAAGCUGUCACACUCCAAGGGCCACCAGAAGCGCAAGGCCCUCAAGACCACAGUCAUCCUCAUCCUGGCUUUCUUCGCCUGUUGGCUGCCUUACUACAUUGGGAUCAGCAUCGACUCCUUCAUCCUCCUGGAAAUCAUCAAGCAAGGGUGUGAGUUUGAGAACACUGUGCACAAGUGGAUUUCCAUCACCGAGGCCCUAGCUUUCUUCCACUGUUGUCUGAACCCCAUCCUCUAUGCUUUCCUUGGAGCCAAAUUUAAAACCUCUGCCCAGCACGCACUCACCUCUGUGAGCAGAGGGUCCAGCCUCAAGAUCCUCUCCAAAGGAAAGCGAGGUGGACAUUCAUCUGUUUCCACUGAGUCUGAGUCUUCAAGUUUUCACUCCAGCUAACACAGAUGUAAAAGACUUUUUUUUAUACGAUAAAUAACUUUUUUUUAAGUUACACAUUUUUCAGAUAUAAAAGACUGACCAAUAUUGUACAGUUUUUAUUGCUUGUUGGAUUUUUGUCUUGUGUUUCUUUAGUUUUUGUGAAGUUUAAUUGACUUAUUUAUAUAAAUUUUUUUUGUUUCAUAUUGAUGUGUGUCUAGGCAGGACCUGUGGCCAAGUUCUUAGUUGCUGUAUGUCUCGUGGUAGGACUGUAGAAAAGGGAACUGAACAUUCCAGAGCGUGUAGUGAAUCACGUAAAGCUAGAAAUGAUCCCCAGCUGUUUAUGCAUAGAUAAUCUCUCCAUUCCCGUGGAACGUUUUUCCUGUUCUUAAGACGUGAUUUUGCUGUAGAAGAUGGCACUUAUAACCAAAGCCCAAAGUGGUAUAGAAAUGCUGGUUUUUCAGUUUUCAGGAGUGGGUUGAUUUCAGCACCUACAGUGUACAGUCUUGUAUUAAGUUGUUAAUAAAAGUACAUGUUAAACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-468.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -503.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 644.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(((((((.((((....)))).))))))).).((((.((((..(((((..(((((....((.......(((((((((((((((((.(((.((((((.((.((.........((((((((((......((((((...((((.((((((((.((((.(((((((((((((.....((((((((((....................))))).(((((((.(((((..................))).)).))))))))))))..)))..))))..))))))))))(((((((.....(.(((((.(((..((((((....((((((........)))))).........)))))).))).)))))))))))))...((.((((.(((((...((((.(....(((((...))))).....).))))))))).)))).))..))))..((((....(((((((.((((..(((((........((.(((((.(((....)))....))))).))........)))))((((.(((((((((((.((.(((....(((((((..(((((((((.(((.....((......)).......))).))).........))))))(.((((..((.((((((((((....)))))((.(((..(((((((((....))).))))))..))).))..((...((((...((.((.((((..((((......))))..)))).))))...))))...)).....)))))))..)))).)........((((((.............))))))..)))))))..))).))..))...))))))))).))))....(((((((.........)))..))))...(((((...((((((.((.((.....)).))..)))))).))))))))).)))))))......((((....))))....))))))))))))))))))....)))))))))).........)))).)))))).)))))))............((((((.((.(((((((((((((((....))))))(((((.((((....((((......))))....)))))))))...(((((((.....(((.(..((((..........))))..)))).....)))))))(((((((...))))))).........((((((......))))))((((..((..(((.(((.(((((.((((((((.....((((....))))..)))))).))...))))).))).)))..))....))))(((((.....)))))......(((((.....))))).......))).)))))))).))))))....(((.(((..((((((((.....(((((((......(((((.........(((((..((((.(((((..(.(((.((.(((((.(((((((((.((.....))...))))..)))))....)))..)).)).)))..)..))))).))))))))))))))..))))))).....)))).))))..))))))(((((.(((..........))))))))....)))))))))))))......))..))))..)..)))))..))).).))))((((((((.((((((....)))))).))).)).)))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.(((((((.((((....)))).))))))).|.{{((,({(({,((({(,.{{((({..{({...,,..((((((((((((((,{(,{({{(({((({{{,{,........,|{{{({{{{(,,,,..(((((,{{((({{(((((,.{{,((,,.{|||{,{||,.||}}}..|||||(((((,,,{....,}}}........}}}}}.(((((((.({{{{..................))).}}.))))))),,))),,|||.,}}}|,,|||||}}||,{((((((.....{.(((((,(((,,(({{{(....((((((........))))))...,,..,},})))),)}}.)))))})))))))|.{(({((((|{(((({{{(,{{{{...(((((({..,,,,,.{{{,(((|{{|{{|({({||.{{{.{(,{.,({((,,(((((({,(({{.....(((((((..,{,((,{{(((.(({...{|||,..,},,,}.}}......,.},..))))))}}))},))}))))},})}..}))),|,||,|||}}|||,,||||,..||||}.|..|||,,,...,}}}}}}..,||,,}}}}||,|||,.{(({{((|((,,{((((,.....,(({(({,(({,(((((((({....})).)))))).,|||{|,,,,...,||||},....((.((((..(({({.,,,,||}}..}}}}.}},|...(((....)))...........}}}}.}}}}}|.....((((((....,..,,,...)))))}.,{({,,,,{|||,..,......,|||,.,,.,.}})}}}}|,)}}||}}}}}.....}},,,}}))}}}}}}}|,..,.{{({,,,||{,,.,.,..,{{,||||{|{|}|,,}|||,,||}},}}....,|||||,,,},,...,.|||||}},.))))),,))}},,))}|})|}}},.|||,||{|,,|{||||||{{||||,.............{(((((.((,({({{{(({{{{{{|,|,|}}||}}((({,.{{{{....{{{{,,,,..)))),,,,)))))))}}...{({{{({.....{{|||,.{(((,{.....,.,|||||,,,||,,,,.|||}}||{((((({...})))))}},.,,....((((((......))))))...,...,,}|||,{{{{((((({({{((,,...},.}}}}}}}},},,)})),,))......))))))))),}}}.,}))}..})))|||||.....))))},.....{{{({.....,}})}...,...}))}))))),)),))))))}..,||}}||||.{{{{{,|{,,|||{{||||{.,,,,,,}}}},}}||,,.,||||,,,,,.,.||}}|,.({(((.,,....,)}}}}..,{{|.{...,,,}},},}|||{||,.,}|,,,|},..,,..(((({....})))){{{{{{|,,....,,..})))))))}}.,}))))})))}},)))),,.,,,..,,,..,,}}...,))))),,|,..,)))))))))))))....,.}}.||||||,|..,}))),,))),).))}}||{{{{({.((((((....)))))}.))).)).}))........
Back