Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003600.4
Sequence Length
2258 nt
GC Content
0.4650
GAAUUCUAACGGCUGAGCUCUUGGAAGACUUGGGUCCUUGGGUCGCAGGUGGGAGCCGACGGGUGGGUAGACCGUGGGGGAUAUCUCAGUGGCGGACGAGGACGGCGGGGACAAGGGGCGGCUGGUCGGAGUGGCGGAGCGUCAAGUCCCCUGUCGGUUCCUCCGUCCCUGAGUGUCCUUGGCGCUGCCUUGUGCCCGCCCAGCGCCUUUGCAUCCGCUCCUGGGCACCGAGGCGCCCUGUAGGAUACUGCUUGUUACUUAUUACAGCUAGAGGCAUCAUGGACCGAUCUAAAGAAAACUGCAUUUCAGGACCUGUUAAGGCUACAGCUCCAGUUGGAGGUCCAAAACGUGUUCUCGUGACUCAGCAAUUUCCUUGUCAGAAUCCAUUACCUGUAAAUAGUGGCCAGGCUCAGCGGGUCUUGUGUCCUUCAAAUUCUUCCCAGCGCAUUCCUUUGCAAGCACAAAAGCUUGUCUCCAGUCACAAGCCGGUUCAGAAUCAGAAGCAGAAGCAAUUGCAGGCAACCAGUGUACCUCAUCCUGUCUCCAGGCCACUGAAUAACACCCAAAAGAGCAAGCAGCCCCUGCCAUCGGCACCUGAAAAUAAUCCUGAGGAGGAACUGGCAUCAAAACAGAAAAAUGAAGAAUCAAAAAAGAGGCAGUGGGCUUUGGAAGACUUUGAAAUUGGUCGCCCUCUGGGUAAAGGAAAGUUUGGUAAUGUUUAUUUGGCAAGAGAAAAGCAAAGCAAGUUUAUUCUGGCUCUUAAAGUGUUAUUUAAAGCUCAGCUGGAGAAAGCCGGAGUGGAGCAUCAGCUCAGAAGAGAAGUAGAAAUACAGUCCCACCUUCGGCAUCCUAAUAUUCUUAGACUGUAUGGUUAUUUCCAUGAUGCUACCAGAGUCUACCUAAUUCUGGAAUAUGCACCACUUGGAACAGUUUAUAGAGAACUUCAGAAACUUUCAAAGUUUGAUGAGCAGAGAACUGCUACUUAUAUAACAGAAUUGGCAAAUGCCCUGUCUUACUGUCAUUCGAAGAGAGUUAUUCAUAGAGACAUUAAGCCAGAGAACUUACUUCUUGGAUCAGCUGGAGAGCUUAAAAUUGCAGAUUUUGGGUGGUCAGUACAUGCUCCAUCUUCCAGGAGGACCACUCUCUGUGGCACCCUGGACUACCUGCCCCCUGAAAUGAUUGAAGGUCGGAUGCAUGAUGAGAAGGUGGAUCUCUGGAGCCUUGGAGUUCUUUGCUAUGAAUUUUUAGUUGGGAAGCCUCCUUUUGAGGCAAACACAUACCAAGAGACCUACAAAAGAAUAUCACGGGUUGAAUUCACAUUCCCUGACUUUGUAACAGAGGGAGCCAGGGACCUCAUUUCAAGACUGUUGAAGCAUAAUCCCAGCCAGAGGCCAAUGCUCAGAGAAGUACUUGAACACCCCUGGAUCACAGCAAAUUCAUCAAAACCAUCAAAUUGCCAAAACAAAGAAUCAGCUAGCAAACAGUCUUAGGAAUCGUGCAGGGGGAGAAAUCCUUGAGCCAGGGCUGCCAUAUAACCUGACAGGAACAUGCUACUGAAGUUUAUUUUACCAUUGACUGCUGCCCUCAAUCUAGAACGCUACACAAGAAAUAUUUGUUUUACUCAGCAGGUGUGCCUUAACCUCCCUAUUCAGAAAGCUCCACAUCAAUAAACAUGACACUCUGAAGUGAAAGUAGCCACGAGAAUUGUGCUACUUAUACUGGUUCAUAAUCUGGAGGCAAGGUUCGACUGCAGCCGCCCCGUCAGCCUGUGCUAGGCAUGGUGUCUUCACAGGAGGCAAAUCCAGAGCCUGGCUGUGGGGAAAGUGACCACUCUGCCCUGACCCCGAUCAGUUAAGGAGCUGUGCAAUAACCUUCCUAGUACCUGAGUGAGUGUGUAACUUAUUGGGUUGGCGAAGCCUGGUAAAGCUGUUGGAAUGAGUAUGUGAUUCUUUUUAAGUAUGAAAAUAAAGAUAUAUGUACAGACUUGUAUUUUUUCUCUGGUGGCAUUCCUUUAGGAAUGCUGUGUGUCUGUCCGGCACCCCGGUAGGCCUGAUUGGGUUUCUAGUCCUCCUUAACCACUUAUCUCCCAUAUGAGAGUGUGAAAAAUAGGAACACGUGCUCUACCUCCAUUUAGGGAUUUGCUUGGGAUACAGAAGAGGCCAUGUGUCUCAGAGCUGUUAAGGGCUUAUUUUUUUAAAACAUUGGAGUCAUAGCAUGUGUGUAAACUUUAAAUAUGCAAAUAAAUAAGUAUCUAUGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-687.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -727.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 741.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((.(((...))).))))))(((..(((((((((((((.((((.((((((((..(((((((((.(.(((.(((((((.(((((.((((((.(((..((((((((((....((((..(.(((.....))).)..))))..)))))).)))).))).)))))).)))))))))))).)))......).)))))))))..)).....)).))).).))))))).)))))).)))).((((....))))......((((..((((((.((((((.(((((.((..(((........(((.((((((((.(((....)))...(((.(((...(((((((.....((((((((((((((((..((..(((((((((((((...(((((((...((((.....((..((((((.((((.....(.((((((((.((((((.(((.(((((((((((((((......))))))............((((((((....((((..((((..((..((((.........((((...(((.((((....))))....)))...))))........))))...))..))))..((((...))))........))))....))))))))...............(((....)))....))))).)))).)))..)))))).))))))...)).))))).))))))...))...)))))))))))....))))))))).)))).))..))......(((((((((((((...(((((........(((((((((((.....(.((((((.((((.((((((...(.(((((((..((((((((((......))................))))))))..)))))))).))).))).(((((((.......)))))))...)))).)))))).)....((((((((((((((((((((((((...))))))....(((((....))))).................(((....))).((((((..((..((((.....))))....))..)))))).....(((((((.((..((((((.(((((.((((((.((........))...)))))).)))))....((((((((....((((((..(.((((.....)))))..))))))..((((.....(......).....)))).))).)))))..))))))..)).)))))))....))))))))))...)))))))))))))))))))..(((((.....))))).))))).....))))).))......)))))))))))((((((.(((...((((((.............))))))((((((.......(((((((((.((..(((((...((........))...)))))..))..))).))))))...))))))......((((...................)))).........))))))))).(((.....((....))....)))((((((((((((((......((((.(((((......((.((((((..((((((...((((.((((..((((((((((.(((((..((......))..))...(((((.....)))))........((((..(.(((((..(((((....(((((..........................)))))((((.(((((((.((((...))))))))))).))))............))))).))))).)..)))).(((((..(((((((((((((((((.(.(((.(((((((((.((((.........))))..)))))))))...((..((((((...((((......))))....)))).))..))...))).)))))))))...(((((((.....))))))))))))))))..))..)))..))).)))..)))).))).))))..))))...)))))).....(((((((((.((....)).)))))))))........((((((((....)))))))).....)))))).))......))))).))))...)))))))...)))))))....(((...((((......))))..))).......))))))))).....))))))).....))).))))))))))).))).))))))))))))))))..)))))))))).((((((((.(((......(((((((((((.....))))...)))))))......))).))))))))......)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((.(((...))).)))))),,{..(((((((((((((.((((.((((((((..(((((((((.{.(((.(((((((.(((((.((((((.({(,,((((((((((..,,{(({.{(.(((,...,))).}.})}))..)))))).)))).})),)))))).)))))))))))).)))......,.)))))))))..)).....)).))).).))))))).)))))).)))).{{{({{{{||},,{{{{.((((..((((((.((((((.(((((.((..(({...,,...{{{.{{|||(((,,{{{{,.}}|,.,{{{,(((.,.(((((((.....(((((((((.{(({,{,,((..{((((((((((({...(((((((...,,{,..(..((..((((((.((((.....{.{{{(((({.((((((.(((.(((((((((((((((......)))))}............((((((((....((((..((({..{{..,{{{.{(,...,.(((,...{{{.((((....})))...,))|...||||......,.||....,|},,}|||,.{{{|...)))}........))))....)))))))).......,,}.....{{{....}},....})))).)))).)))..)))))).}))))}...)).))))).))))))...)}..},}||)))))))..,.))))))))).)))).))..,}}..|,,|,{{{{(((({({...|{{{|,,,,,..,|{{{|||||||,..{{({((((((.((,,.,|(((....|,|,,(((,..,|||,||{||}..}}}))}........,,,,,,.|||||||},,||,,||||{}|,,|||.(((((((.......}))))))..,||}},|}}||}}),,.{(((({{{({{{{{{{{{{{{((({...})))}},,,{(((((....))))}.,,......,{{{....(((....)))}|||((({.((({,{{,,,,..,}}}..,,}...)})))).,,}}(((((((.{{..{{(({{,|,{{{{(({{,,,{({,,,,,{,}}.}}))))))})|}})}}}.{{{{{{{{,,,.((((((.,{.((((.....))))}.,))))))..,{{{.....{,.....,.....)))).))}.))))).}}))))),,)).})))))).,,.}}))))}||||.||||}}}}}}}}))))}))),.(((((.....)))))..,,,}.....}}}}),})},,...}}}}}}|||,|||,||,.,,|.,.,{{|{{,.,,|,.......))))),((((((.......(((((((((.(({.{((((...{(,.....,.))...)))))}}}...))).))))))...))))))......{{,,,{{,...............}))}.........))}),,))).|||,,,,,||,,,}))}}.|}}}{{||||||{{{|||,,||,,|{{|,||||{......{|,||||||,|{{{{{|...|{{{,,.,,..,,,,{,,|||}||||{..|||...,||},,|},..,,{{{..,,,,|||||,,.....((((.|{.(((((..(((((...,(((((..{..................),,..)))))((((.(((((({{((({...})))))))))).)))){{{,...,,}}.))))).})))).}|.)))).{{,{(,,(({((((({{{((((((,,,(((((((((...))))))}...}||..))}|}|)|||||||..{{,{.,.,,,,,,,,||||}}}}}.,}}},,.,))}})))}},....))}.})))}||||{{,(((((((.,...})}}}}|}))}}))}}.,)),,))),,})}.}}||||,}|{|||,|||,||||||{,.,,,,,}|,...{((((((((.((....)).))))))))),,..,,,,((((((((....))))))))},},{||||}|,||....,,))))),))}|,||||}}}})},,))}}}}}....(((...((((......))))..))).......))))))))),,,,.})))))).,},.)}).}))))))))}),))).,,.)))))))))))))..)))))))))){((((,,,,.,........,,,||||}...(({{{{,|,...,,,,},.}))))).}},)),}})))}})}..,..
Back