Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003661.4
Sequence Length
2795 nt
GC Content
0.5156
AUUAUACAGACGCAUAACUGGAGGUGGGAUCCACACAGCUCAGAACAGCUGGAUCUUGCUCAGUCUCUGCCAGGGGAAGAUUCCUUGGAGGAGGCCCUGCAGCGACAUGGAGGGAGCUGCUUUGCUGAGAGUCUCUGUCCUCUGCAUCUGGAUGAGUGCACUUUUCCUUGGUGUGGGAGUGAGGGCAGAGGAAGCUGGAGCGAGGGUGCAACAAAACGUUCCAAGUGGGACAGAUACUGGAGAUCCUCAAAGUAAGCCCCUCGGUGACUGGGCUGCUGGCACCAUGGACCCAGAGAGCAGUAUCUUUAUUGAGGAUGCCAUUAAGUAUUUCAAGGAAAAAGUGAGCACACAGAAUCUGCUACUCCUGCUGACUGAUAAUGAGGCCUGGAACGGAUUCGUGGCUGCUGCUGAACUGCCCAGGAAUGAGGCAGAUGAGCUCCGUAAAGCUCUGGACAACCUUGCAAGACAAAUGAUCAUGAAAGACAAAAACUGGCACGAUAAAGGCCAGCAGUACAGAAACUGGUUUCUGAAAGAGUUUCCUCGGUUGAAAAGUGAGCUUGAGGAUAACAUAAGAAGGCUCCGUGCCCUUGCAGAUGGGGUUCAGAAGGUCCACAAAGGCACCACCAUCGCCAAUGUGGUGUCUGGCUCUCUCAGCAUUUCCUCUGGCAUCCUGACCCUCGUCGGCAUGGGUCUGGCACCCUUCACAGAGGGAGGCAGCCUUGUACUCUUGGAACCUGGGAUGGAGUUGGGAAUCACAGCCGCUUUGACCGGGAUUACCAGCAGUACCAUGGACUACGGAAAGAAGUGGUGGACACAAGCCCAAGCCCACGACCUGGUCAUCAAAAGCCUUGACAAAUUGAAGGAGGUGAGGGAGUUUUUGGGUGAGAACAUAUCCAACUUUCUUUCCUUAGCUGGCAAUACUUACCAACUCACACGAGGCAUUGGGAAGGACAUCCGUGCCCUCAGACGAGCCAGAGCCAAUCUUCAGUCAGUACCGCAUGCCUCAGCCUCACGCCCCCGGGUCACUGAGCCAAUCUCAGCUGAAAGCGGUGAACAGGUGGAGAGGGUUAAUGAACCCAGCAUCCUGGAAAUGAGCAGAGGAGUCAAGCUCACGGAUGUGGCCCCUGUAAGCUUCUUUCUUGUGCUGGAUGUAGUCUACCUCGUGUACGAAUCAAAGCACUUACAUGAGGGGGCAAAGUCAGAGACAGCUGAGGAGCUGAAGAAGGUGGCUCAGGAGCUGGAGGAGAAGCUAAACAUUCUCAACAAUAAUUAUAAGAUUCUGCAGGCGGACCAAGAACUGUGACCACAGGGCAGGGCAGCCACCAGGAGAGAUAUGCCUGGCAGGGGCCAGGACAAAAUGCAAACUUUUUUUUUUUUCUGAGACAGAGUCUUGCUCUGUCGCCAAGUUGGAGUGCAAUGGUGCGAUCUCAGCUCACUGCAAGCUCUGCCUCCCGUGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUUGGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCGCCUACCACCAUGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAAUAGAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCUUGAUCUGCCCACCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCAUCGCUUUUGACCCAAAUGCAAACAUUUUAUUAGGGGGAUAAAGAGGGUGAGGUAAAGUUUAUGGAACUGAGUGUUAGGGACUUUGGCAUUUCCAUAGCUGAGCACAGCAGGGGAGGGGUUAAUGCAGAUGGCAGUGCAGCAAGGAGAAGGCAGGAACAUUGGAGCCUGCAAUAAGGGAAAAAUGGGAACUGGAGAGUGUGGGGAAUGGGAAGAAGCAGUUUACUUUAGACUAAAGAAUAUAUUGGGGGGCCGGGUGUAGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCGAGCACUUUGGGAGGCCAAGGCGGGCGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAACACAGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCCGGGCAUGGUGGCGGGCGCCUGUAGUUCCAGCUAACUGGGCGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCGUGAACCUGGGAGGUGGAGCUUGCAGUGAGCCGAGAUAUCGCCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGCGAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAUAUAUUGACGGAAGAAUAGAGAGGAGGCUUGAAGGAACCAGCAAUGAGAAGGCCAGGAAAAGAAAGAGCUGAAAAUGGAGAAAGCCCAAGAGUUAGAACAGUUGGAUACAGGAGAAGAAACAGCGGCUCCACUACAGACCCAGCCCCAGGUUCAAUGUCCUCCGAAGAAUGAAGUCUUUCCCUGGUGAUGGUCCCCUGCCCUGUCUUUCCAGCAUCCACUCUCCCUUGUCCUCCUGGGGGCAUAUCUCAGUCAGGCAGCGGCUUCCUGAUGAUGGUCAUUGGGGUGGUUGUCAUGUGAUGGGUCCCCUCCAGGUUACUAAAGGGUGCAUGUCCCCUGCUUGAACACUGAAGGGCAGGUGGUGGGCCAUGGCCAUGGUCCCCAGCUGAGGAGCAGGUGUCCCUGAGAACCCAAACUUCCCAGAGAGUAUGUGAGAACCAACCAAUGAAAACAGUCCCAUCGCUCUUACCCGGUAAGUAAACAGUCAGAAAAUUAGCAUGAAAGCAGUUUAGCAUUGGGAGGAAGCUCAGAUCUCUAGAGCUGUCUUGUCGCCGCCCAGGAUUGACCUGUGUGUAAGUCCCAAUAAACUCACCUACUCAUCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1224.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1267.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 548.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((........)))(((.((((((.(((((((.((((.....((((....(((...((((((.((((((((...)))))))).))))))...)))((((((.(((((..(((((((.(((((((.....(((((((.(((((.(((.(((....))).)))..)))))(((((.(((((.((((((.(((((((.(((((.((........(((((....)))))...((((.(((...)))..)))).)))))))(((.((.(..((..(((...((((((((((((((.((((.(((.(((((.((((((......))))))(((((....(((.(((.(((.(((((((....(((.(((..(.......).)))..))).))))))))))))))))(((.(.(((((((....)).))))).).)))((((........))))...))))).........((.((......))))....(((((.(......))))))))))).))).)))).)))))).....((((((((((((........))).)))))).))).......)).))))))((((((((((.(((((.((((....(((((..(((.........)))..)))))..)))))))))...(((.(((((((((((.((((((((.((((.(((.((((((((.(.(((((....))))).).)))((..(((((.(((((((((((...(((((.((.........)))))))..))))).)).)))).)))))...))(((((........)))))........))))).))).))))...))))........((((.(.....).))))(((.((((((((...((((((......)))))))))))))).)))....((((....((..(((((((....)))...))))..))......(((........))).))))((((((.(((((..(((((........((((((((((.((((((((..((((((((.....))))).)))...))).)....))))))).(((((....))))).((((((........((((.(((((..(((((.((((.........)))).)))))..))))).)))))))))).((((.(((((((((.(..........).)))))))))))))...(((...))).))))))).))))).)))))))))))))))))))))))))).)))...........................)))))))).)).)))))..).)).)))(((((((((((.(.((((((((((((((.((((((((....)))))).))..........((((((((((((.(((((..((((((((((((((((((..(((((((((((.(((((..(((((.((((((((((((((((((((((((.(((((.((.(((((((((((((((((.((((..(((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((.((((((..((((..(.(..(((((((.((((.................(.((((((((....(((.....)))..)))))))).).(((((...((((....))))...)))))......((((........))))...........(((((..(....)..)))))...................)))))))))))..).).)))).))))))((((((...))))))......((((((.((...)).)))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).)))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))))).))))))))).)))))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))..)))).))))))))))))))))).)).))))).)))))))))))))))))))))))).)))))..))))).)))))))))))...))))))))))))))))))..))))).))))))))))))........((((........))))....(((((.......(((((.....((.(..(((..((..........(((............)))((((..((....))..)))).....((((..(......)..))))........))..))))))))))).....)))))..........)))))).)))))))..).).)))))))))))..))))))).)))..))))))))...))))))))))))..))))))).)))))))..)))))....((((((((((((..(((((.((((((..(((((.((((.((((((.....((((........)))).....))).))).))))(((.(((.(((((((....)))))))))).))).....((((....))))...))))).((((......)))))))))).))))).)))))))........)))))..((((.((((((...(((((..(((...........))).....)))))..))))))))))(((((((....)).)))))....))))))...))))..)))).)))))))...)))))).....))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((........}}}{(((((((((.(((((((.((({...,{({{{....,||,..((((((.((((((((...}))))))).)))))),,,||,((((((.(((((..(((((((.(((((((.,((((((((((((((((.(((.{((....))}.)))..))))))},...})))))))))|,.{{,,,.,((((((.((........(((((....)))))...((((.(((...)))..)))}.)))))))}((({..{(((((.,((({...{((.....((((((((..(((,|.{((({{((((......))))))}}},||....(({.,,.}}},}}..})))).))),{(((((((((..{{..(((((((..{{,,{{{((((,{(((((((,.(((((((....)).)))))..(((((......))))),({,,..||{(,(({(,.....,.||......},,.....(((((.(......)))))),,,,.{{{{,|,,,.,}}}}}...,.(({(((((((((........)))},))))).}}}...,.{{((({,{{.||||,|||,{{{|{{|,|||{..{({({{...(((((((((.,,.....,}))))))))),|{{.,.,,}))...,,,,.}))},}}))||,|}|}}}},}}},))}},|||{.{((((|...))))).}}}})}}}}{||||}|||{||(((((..,(((({{((.........))))))),.))))).,,.,)))})))))})}))|(((.(((((((({{{{{{,...,..((((({{{|{||.|(({,,|||{{,....{{||,|.....},)})}}}))}|})}.}}.,}})))).......,,})))})))))))))).))).{((.........))}.{{{....{|(((({.|({{......))))))}}}}}...}),,)))).))).))..))))))))))))}..)))).))))}))}}(((((((((((((((((.....))))).))}....||.|.(((((.((((((((((....))))).((((((.{....(((((.{(....})..)))))}))))))(((((((...((((((((..{(((.((,({{...((((.(((((((((.{..........,.)))))))))))))...}))}}..))))..)))))))).....))).))))..((((((((({(((((........)))))........,,....{.{{{{{{{(,....,,.,},,))))},..(((((((((((.,,{(((((((((((((.{(((((((....)))))).)}.........,((((((((((((.(((((..((((((((((((((((((,.(((((((((((.(((((..(((((.((((((((((((((((((((((((.(((((.((.(((((((((((((((((.((((.,(((((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((.((((((..((((..{.(..(((((((.{({{.................(.((((((((....{((.....}))..}))))))).).{((((.,.((({..,.|}||...}}},..,,,..{{|,....}}.,))))}}.........{((({..(.,,.}..})))).....,,.....,,,....))),)))))))..).,.)))).))))))((((({...))))))......((((((.((...)).)))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).)))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))))))).)))))))))))))))))))).))))))))))).))))))))))))))))))))).,)))).))))))))))))))))).)).))))).)))))))))))))))))))))))).)))))..))))).))))))))))).}.))))))))))))))))))..))))).}))))))))))),,,,....,,{{..,,,,.,|||,,,,.(({((({.,..,{,,((..,..,.....||{,.,,..........{||,....,|,.....,,((((..((....))..)))).....((((..(......)..))))........,},})))}).,,)))..,,})}))),.........)))))))))))))).,),).)))))))))))..))))))).)))..))))))))))}}.)))))))))...))))))).)))))))..))))).,.(((((((((((((..(((((.((((((,.(((((,((((.((((((.....((((........)))).....))).))).))))(((.(((.(((((((....)))))))))).))).....((((....)))).,.})))).,(((......)}}))))))).))))).)))))))........)))))}.{(((.((((((...(((((.,(((...........))}..,}.)))))..)))))))))}(((((((....)).))))).,,.)))))).},}}))}.}))).)))))))...))))),.......,,}},.........
Back