Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003686.4
Sequence Length
3208 nt
GC Content
0.4105
GCCUAAGGAAACGUGUCGUCUGGAAUGGGCUUGGGGGCCACGCCUGCACAUCUCCGCGAGACAGAGGGAUAAAGUGAAGAUGGUGCUGUUAUUGUUACCUCGAGUGCCACAUGCGACCUCUGAGAUAUGUACACAGUCAUUCUUACUAUCGCACUCAGCCAUUCUUACUACGCUAAAGAAGAAAUAAUUAUUCGAGGAUAUUUGCCUGGCCCAGAAGAAACUUAUGUAAAUUUCAUGAACUAUUAUAUCCGUUUUCCUCGGAGUGAGAGAAAACUCUUUUUAGAUAUCAUCUGAGAGGUAGUUAAUUUGGCACCAUGGGGAUACAGGGAUUGCUACAAUUUAUCAAAGAAGCUUCAGAACCCAUCCAUGUGAGGAAGUAUAAAGGGCAGGUAGUAGCUGUGGAUACAUAUUGCUGGCUUCACAAAGGAGCUAUUGCUUGUGCUGAAAAACUAGCCAAAGGUGAACCUACUGAUAGGUAUGUAGGAUUUUGUAUGAAAUUUGUAAAUAUGUUACUAUCUCAUGGGAUCAAGCCUAUUCUCGUAUUUGAUGGAUGUACUUUACCUUCUAAAAAGGAAGUAGAGAGAUCUAGAAGAGAAAGACGACAAGCCAAUCUUCUUAAGGGAAAGCAACUUCUUCGUGAGGGGAAAGUCUCGGAAGCUCGAGAGUGUUUCACCCGGUCUAUCAAUAUCACACAUGCCAUGGCCCACAAAGUAAUUAAAGCUGCCCGGUCUCAGGGGGUAGAUUGCCUCGUGGCUCCCUAUGAAGCUGAUGCGCAGUUGGCCUAUCUUAACAAAGCGGGAAUUGUGCAAGCCAUAAUUACAGAGGACUCGGAUCUCCUAGCUUUUGGCUGUAAAAAGGUAAUUUUAAAGAUGGACCAGUUUGGAAAUGGACUUGAAAUUGAUCAAGCUCGGCUAGGAAUGUGCAGACAGCUUGGGGAUGUAUUCACGGAAGAGAAGUUUCGUUACAUGUGUAUUCUUUCAGGUUGUGACUACCUGUCAUCACUGCGUGGGAUUGGAUUAGCAAAGGCAUGCAAAGUCCUAAGACUAGCCAAUAAUCCAGAUAUAGUAAAGGUUAUCAAGAAAAUUGGACAUUAUCUCAAGAUGAAUAUCACGGUACCAGAGGAUUACAUCAACGGGUUUAUUCGGGCCAACAAUACCUUCCUCUAUCAGCUAGUUUUUGAUCCCAUCAAAAGGAAACUUAUUCCUCUGAACGCCUAUGAAGAUGAUGUUGAUCCUGAAACACUAAGCUACGCUGGGCAAUAUGUUGAUGAUUCCAUAGCUCUUCAAAUAGCACUUGGAAAUAAAGAUAUAAAUACUUUUGAACAGAUCGAUGACUACAAUCCAGACACUGCUAUGCCUGCCCAUUCAAGAAGUCAUAGUUGGGAUGACAAAACAUGUCAAAAGUCAGCUAAUGUUAGCAGCAUUUGGCAUAGGAAUUACUCUCCCAGACCAGAGUCGGGUACUGUUUCAGAUGCCCCACAAUUGAAGGAAAAUCCAAGUACUGUGGGAGUGGAACGAGUGAUUAGUACUAAAGGGUUAAAUCUCCCAAGGAAAUCAUCCAUUGUGAAAAGACCAAGAAGUGCAGAGCUGUCAGAAGAUGACCUGUUGAGUCAGUAUUCUCUUUCAUUUACGAAGAAGACCAAGAAAAAUAGCUCUGAAGGCAAUAAAUCAUUGAGCUUUUCUGAAGUGUUUGUGCCUGACCUGGUAAAUGGACCUACUAACAAAAAGAGUGUAAGCACUCCACCUAGGACGAGAAAUAAAUUUGCAACAUUUUUACAAAGGAAAAAUGAAGAAAGUGGUGCAGUUGUGGUUCCAGGGACCAGAAGCAGGUUUUUUUGCAGUUCAGAUUCUACUGACUGUGUAUCAAACAAAGUGAGCAUCCAGCCUCUGGAUGAAACUGCUGUCACAGAUAAAGAGAACAAUCUGCAUGAAUCAGAGUAUGGAGACCAAGAAGGCAAGAGACUGGUUGACACAGAUGUAGCACGUAAUUCAAGUGAUGACAUUCCGAAUAAUCAUAUUCCAGGUGAUCAUAUUCCAGACAAGGCAACAGUGUUUACAGAUGAAGAGUCCUACUCUUUUGAGAGCAGCAAAUUUACAAGGACCAUUUCACCACCCACUUUGGGAACACUAAGAAGUUGUUUUAGUUGGUCUGGAGGUCUUGGAGAUUUUUCAAGAACGCCGAGCCCCUCUCCAAGCACAGCAUUGCAGCAGUUCCGAAGAAAGAGCGAUUCCCCCACCUCUUUGCCUGAGAAUAAUAUGUCUGAUGUGUCGCAGUUAAAGAGCGAGGAGUCCAGUGACGAUGAGUCUCAUCCCUUACGAGAAGAGGCAUGUUCUUCACAGUCCCAGGAAAGUGGAGAAUUCUCACUGCAGAGUUCAAAUGCAUCAAAGCUUUCUCAGUGCUCUAGUAAGGACUCUGAUUCAGAGGAAUCUGAUUGCAAUAUUAAGUUACUUGACAGUCAAAGUGACCAGACCUCCAAGCUACGUUUAUCUCAUUUCUCAAAAAAAGACACACCUCUAAGGAACAAGGUUCCUGGGCUAUAUAAGUCCAGUUCUGCAGACUCUCUUUCUACAACCAAGAUCAAACCUCUAGGACCUGCCAGAGCCAGUGGGCUGAGCAAGAAGCCGGCAAGCAUCCAGAAGAGAAAGCAUCAUAAUGCCGAGAACAAGCCGGGGUUACAGAUCAAACUCAAUGAGCUCUGGAAAAACUUUGGAUUUAAAAAAUUCUGAAAAGCUUCCUCCUUGUAAGAAACCCCUGUCCCCAGUCAGAGAUAACAUCCAACUAACUCCAGAAGCGGAAGAGGAUAUAUUUAACAAACCUGAAUGUGGCCGUGUUCAAAGAGCAAUAUUCCAGUAAAUGCAGACUGCUGCAAAGCUUUUGCCUGCAAGAGAAUCUGAUCAAUUUGAAGUCCCUGUUUGGGAAUGAGGCACUUAUCAGCAUGAAGAAUUUUUUCUCAUUCUGUGCCAUUUUAAAAAUAGAAUACAUUUUGUAUAUUAACUUUAUAAUUGGGUUGUGGUUUUUUUGCUCAGCUUUUUAUAUUUUUAUAAGAAGCUAAAUAGAAGAAUAAUUGUAUCUCUGACAGGUUUUUGGAGGUUUUAGUGUUAAUUGGGAAAAUCCUCUGGAGUUUAUAAAAGUCUACUCUAAAUAUUUCUGUAAUGUUGUCAAGUAGAAAGAUAGUAAAUGGAGAAACUACAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-849.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -910.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 913.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.............(((((((((((((((((((((((((((.((..((((((((.(((................))).)))).))))...........((((((((((....(((((....(((((.(((........))))))))...)))))....))..(((((.((.......)))))))......))))))))......)).)))))).........(((((.......))))).........((((.......))))((.(((...((((((((((((((...)))))))))).))))..))).)).(((((((.((((((((..(.(((((((((((((.....(((((...((........))...)))))....((.((((((((((((((((((..((......))..))))).....))))))))))))).))..............(((....)))..)))))))).))))).))))))))).......((((.....))))...)))))))..)))))))))))))....(((..(((((.(.((((((.((((....)))).))))))).)))))..)))...))))))))((((....((((((.((((((((((((((((.(((.(((((((.((((((....))))))...)))).)))((((((((...........((((((((((......(((((((..(((...((((.((((((((......(((....)))))))).))).)))).(((((((((..(((..(((....))).)))))))))))))))..)))))))(((((.((.((....)).))))))))))))).....))))........))))))))......(((((((.(((((((((......(((..(((.((((((((......((((((((((((..((((.(((.....((...(((((((.(((.((((((....(((((((....(((((((...((((((..((((((..(((..((((((((.((((....))))..(((((..((..((((..........))))..))..)))))...(((((....))))).............((((((...........(((((....)))))..........))))))......(((((.((((((...((((((((((.....)))))......(((((((.((....((((........)))).....)).)).)))))..((((((..((.(((((..(((........)))...))))).))..))))))......)))))...)))))).)))))............))).))))))))..))))))....)))).))...)))))))....((((((((.((..((((....)))).)).))))))))...((((((((.(((.(((....))))))....((((((.....((((((......(((...)))......))))))..)))))))))))))).(((((....((((.....((.((((((.....))).))).))...))))....)))))((((((((.((((..(((((....).))))...)))).((((......)))).............)))))))).(((((.............)))))((((((.(((....(((((..(((((...((((.((((.(((.....(((((....)))))......................((((.(((((((................))))))).))))))))))).))))...)))))...)))))......))).)))))).....((.(((.(((.....))).))).))(((((((...)))))))........)))))))....))))))...(((.((((........)))).))).(((..((........))..)))..))).)))))))))....)))..))))..)))))))(((((....))))))))))...)))))))))).)..))).....(((((.((...(((((((...))))))))).)))))...))))).))))..)))))))....((((...))))..))).)))))))))))))...((((.(((((((((((((((...(((.........)))....)))))).((...))((((((((((((((...(((.....((((((.(...(((((((.(((.((...((((.....)))).)).))).))))))).).))))))((((((.((...(((((.((........)).)))))..(((((((((..((....))..)))))))))))))))))((((((((...(((.....(((.........)))...))).)))))))).)))...)))).))).))))))).....(((((((........))))))).))))))))).))))..............................))).))))))....)))).(((((((.....)))))))((((.((.(((.(((((((((..((((.....(((..(((((((((.(((((((..((.((((........)))).))..))........(((.((((.((((((..(((((......((((((((.((............))))))))))......)))))..)))........)))...)))).)))....................((.((((((((((.((............(((((((((((..((.((((((((.......)))))))).)).(((((...)))))...))))......(((((....)))))..)))))))...(((((((((((...(((((((((((((((.....))).....(((((.....((.((((.(((....))))))).)))))))..............(((((...)))))....)))))).)))))).....)))))))))))..(((((((((((....)))))))))))...............)))))))))))).))..)))))))))))))).)))..))))..........((((((..((....))..))))))((((((.....)))))).....))))))))).)))...)).)))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{{..(({...{((({(((((((((((((((({((((({.({,.((((((((.(((........,,......}}}.}}}||||||.,.........{(((((({(|....{((((....{((((.{((......,,}}}}}})},,,))})},...,,..{((((.{{.......)))))}}.....,}}}|||||,,{...||.||||||{,.((.{((.(((,{((((((((({......,..{(((.{..(((((({.(({,{({,.((((((((((((((...)))))))))).))))..))).,)}),.})))))...,.))}},.(((((((((((({..,..({(((...,{...,....}},.})}|||....((.((((((((((((((((((..((......))..))))),....})))))))))))).)).....,,}.,|,..{||,...}}}..)))))))).))))),},.,,.})))))))))},..}}}.))).},.}}),.}})).)))}))}))))))|,..,{{..(((((.(.((((((.((((....,)))}))))))).)))))..}||{{,||}}||}|.{({..,,(((({{{(({(((((((((((((.(((.(((((((.((((({....}))))).,.}))).)))((((((((...,....,,,.((((,(((,......(((((({..(((,,,({{{.{{{,{|||,,,...{{{..,,)))}}))}.))}.))}}.(((((((((..(({..(((....})).))})))))))))))),.))}}}}},{(((,,,.{{...,)),,)))},))))))}.....}}},.,,,,...)))))))).....,(((((((.(((((((((......((({.,({.((((((((.,....((((((((((((..((((.(((.....((...(((((((.(((.,(({{{,,,,({(((((....{((((((.|,((((({..((((((..(({..((({{{{{.{(((....}}}}.{(((((..((..((((..........))))..))..))))).,.(((((....))))}.......{{{...((((((...........(((({....}))))..........)))))).,|.{|(((((,((((((...((({{(((({.....})))}..,...(((((((.((..,.((((........)))).....)).)).)))))..{(((((..{{.(((((..(((........)))...))))).}}..)))))}....|||}}||...}}}}||,|}}},.......},,..))},}}}}}}}}..}}}}}}....})}}.}},}}))))}}}....{(((((((.({,.((((....)))).)).)))))))).}.((((((((,{((.{{(,,.,||}|||{,,,({{{||,.,||||{{{{......(({...)))....,,)})))}.,)))}}})))))))}.{((((....((({...,.,|,{{{(((.....))).))).)}...})))....})))|{(((((((,{(((..{((((,...}.}})}...}}}|{((((......))}),,},....,....}}))))))}.{{{{..,,,.}}}||}||}},}}}}}})}}}})}))|||||..(((((...((((.((((.(((.....(((((....)))))...........,..........((((.(((((((.,..........,...))))))).))))))))))).))))...)))))..,}})))}}}}}|||||}}|||......{{.|((,(({.....}}}.|||.}}(((((((...)))))))..,}},,}))))))).,..}}}}},...||||{,{|,..,}}},}}}|.}||{({....|,.....,.))))))}.,))).)))))))))....)))..))))..)))))))(((({....))))))))))..}))))))))}}.}.,|||,....|||||.,,...(((((((...}))))))}}.))))..,.))))).))))..)))))))....((({...))))..))).))))))))))))).,,{(((.(((((((((((((({...{{{..,....,,)))....)))))),|{...}}{{{{{{{{{(((({...{,,.,,},((((((.(...(((((((.(((.((...((((.....)))).)).))).))))))).).)))))){{({((,{{...|||{|.{|,|,,..},)).)))))..{((((((((..((....))..))))))))}}}}}}}}}((((({{{...{{{.....,{|,,,,,.,}}))}.,.))).)))))))).}}),,,))}}.))).))))))}.....(((((((,.....,.))))))).,)))))))),)))},|},,.,,,,.|||,........}))}}},},)}).||||{{..,))))))(((((.....)))))|{((((.((.(((.(((((((((..,,,,....{(((((((((((((({{(((((({.((.((((........}))),))..||...,,...(((.,,({,((,((({.((({{......||||{|||,,,||,....,}}..}}})))))))......}||||,,}},.....,|||}}..,|}}}.,,,,}},..}},.....|||,,..,,|{|||{({{{,{{,,,.......||{,|,,||||||,.((.{(((((({.......))))))),.)).{((((...))))}.,.}}},......{((((....))))}..}},}}})}..(((((((((((,{{(((((((((((((((.....)))}....(((({....,((.((({,(((....))))))).)))))))..........|||,(((({...}))))....}))))).)))))),)),.)))))))))))..(((((((((((....)))))))))))..............,))))))))))}))))))))))))))))),,},,,,..,,|(({...,})}.((((((..({....}}..))))))((((((.....)))))).....))))))))).)))...)).)))},}}....................
Back