Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_003836.7
Sequence Length
4657 nt
GC Content
0.5514
GGCAGCUCCCCGGCAGCGGCGGUGGAGAGCGCAGCGCGCAGCCCGGUGCAGCCCUGGCUUUCCCCUCGCUGCGCGCCCGCGCCCCCUUUCGCGUCCGCAACCAGAAGCCCAGUGCGGCGCCAGGAGCCGGACCCGCGCCCGCACCGCUCCCGGGACCGCGACCCCGGCCGCCCAGAGAUGACCGCGACCGAAGCCCUCCUGCGCGUCCUCUUGCUCCUGCUGGCUUUCGGCCACAGCACCUAUGGGGCUGAAUGCUUCCCGGCCUGCAACCCCCAAAAUGGAUUCUGCGAGGAUGACAAUGUUUGCAGGUGCCAGCCUGGCUGGCAGGGUCCCCUUUGUGACCAGUGCGUGACCUCUCCCGGCUGCCUUCACGGACUCUGUGGAGAACCCGGGCAGUGCAUUUGCACCGACGGCUGGGACGGGGAGCUCUGUGAUAGAGAUGUUCGGGCCUGCUCCUCGGCCCCCUGUGCCAACAACAGGACCUGCGUGAGCCUGGACGAUGGCCUCUAUGAAUGCUCCUGUGCCCCCGGGUACUCGGGAAAGGACUGCCAGAAAAAGGACGGGCCCUGUGUGAUCAACGGCUCCCCCUGCCAGCACGGAGGCACCUGCGUGGAUGAUGAGGGCCGGGCCUCCCAUGCCUCCUGCCUGUGCCCCCCUGGCUUCUCAGGCAAUUUCUGCGAGAUCGUGGCCAACAGCUGCACCCCCAACCCAUGCGAGAACGACGGCGUCUGCACUGACAUUGGGGGCGACUUCCGCUGCCGGUGCCCAGCCGGCUUCAUCGACAAGACCUGCAGCCGCCCGGUGACCAACUGCGCCAGCAGCCCGUGCCAGAACGGGGGCACCUGCCUGCAGCACACCCAGGUGAGCUACGAGUGUCUGUGCAAGCCCGAGUUCACAGGUCUCACCUGUGUCAAGAAGCGCGCGCUGAGCCCCCAGCAGGUCACCCGUCUGCCCAGCGGCUAUGGGCUGGCCUACCGCCUGACCCCUGGGGUGCACGAGCUGCCGGUGCAGCAGCCGGAGCACCGCAUCCUGAAGGUGUCCAUGAAAGAGCUCAACAAGAAAACCCCUCUCCUCACCGAGGGCCAGGCCAUCUGCUUCACCAUCCUGGGCGUGCUCACCAGCCUGGUGGUGCUGGGCACUGUGGGUAUCGUCUUCCUCAACAAGUGCGAGACCUGGGUGUCCAACCUGCGCUACAACCACAUGCUGCGGAAGAAGAAGAACCUGCUGCUUCAGUACAACAGCGGGGAGGACCUGGCCGUCAACAUCAUCUUCCCCGAGAAGAUCGACAUGACCACCUUCAGCAAGGAGGCCGGCGACGAGGAGAUCUAAGCAGCGUUCCCACAGCCCCCUCUAGAUUCUUGGAGUUCCGCAGAGCUUACUAUACGCGGUCUGUCCUAAUCUUUGUGGUGUUCGCUAUCUCUUGUGUCAAAUCUGGUGAACGCUACGCUUACAUAUAUUGUCUUUGUGCUGCUGUGUGACAAACGCAAUGCAAAAACAAUCCUCUUUCUCUCUCUUAAUGCAUGAUACAGAAUAAUAAUAAGAAUUUCAUCUUUAAAUGAGUAAGAGAAAUAAGUAUGUUAUUCUAAAAUCUAAACUCAAAUGAAAUUUCAAAAAAGACCAAAAAAAAACAAGGCAACAGAACCAGGGCUCAGUGCCGACGCCCCUACCCUGGGGGUCUCGGCCACAUGGUCCUCGUGAAACCGUUACGAGUGCUGUACAUGACCACCCACUGUGCAAAGAGCUACGAUUGCUUUCGUUCGUUAAUUCUCACACACCACAUCCGACUCGCACUCACAUCCAGCUCAACAUCGCUACCUUUAGAUCUUUCCGAUUGAUUUGAGAUUUAGCGGAGUGCAGCGGCUGUGUGUCAGUCAGAGAGAGCCCCAGGUUGGCUGCUGGGGGGCCGGGCCUCUGUGCCAGCCCUGCCACUAACUCGCUGUGUGAUCCUUGGCGAGUCCCUAUCCCAAUCCUGGGCCCACUUUCUCGCCCCUCUCGAGGGAGGGGUUUGAACACCGACCACCAUGGUCCUCUCUGGCUCUAAAACUCUGAAUUAGGAACGAGGGGGUAUGAACCAAAACACUUCCUGACCCCAACAAUUGGGAUCUGAUGAAGACGAAUUCUCAUCCUGGGAUCCGAAAGGUUUUGGCCUAUCCUGGAUGAACGCUUGAUGUUGAAAUUUAUCCUAACUGUGUUUCUCAAAGUGGGGAGCCUCCUGGCCCACUUCCCUUUUGGGAAAAAAUAGCCCCUUUGAGUCAUAAUGUGCCAUCUGGAGUUGCCACUUAGGCAGCCAGCCCUCCCCCACCCCUCUUUGCCCACCCAGAACCCCAACACUAUACCUGCCUCUACCCUAUAGAGACAUCCCUUGAGACUUGAAUGUACUUUGAGCCGCAAGUGCCCCUGGCAGAAUCUGAGCAGCAACACAGCCCUCACCAAGGUUUUCACAGGGAUUAGUGGAAAUUGUCACUUGUGGGGCGCUUACUAGUUUUGUGGCAAAUGUGGUCCAAGACCUGGCCCACACAGCCAUGGGUUUACAUUUGUGUUGCUGAGUUAAUAAUCCUCAGAUCUCAAAAGACCUAGCCAGCUUCUGAAUUUUGAAUUUGACUUUUUUUUUUUUUUUAACAAAGAGCAUCUAUCUUUUUUGCAAAAAUAGAAAGAAAUGGGACAGAGCUCUGUUUAGCUUUUCAGCUUUUGGGGUUGGACAGCUAAACAGCCCUUGGGUACCAGAUAGGAAUAUUUUGCUUCUUAGAUUAUUUGGAUAAGAAUCUAUACUCUUAGCUUUAUUGAGCAUUGCCUGCCGUGUUUACCUUGCUCCAGGUGUUUAUUUCUAAGUCAUCAUCACCUUCGUCAUCUACAGUCAGUCACAUCAGUCACCCACACACAACUCACAGUCACCCAUCCAUUGGUCACCUGCGCCAUCGUCAUGACACAAUAUCGACCUCAUCACCUCAUCGUCCUCCAGCCACUACCCAAGCCCCCUCAUCCUGACUCAAAGCCCGACCAGCAUCUGCCCAAACUCCCAACACCCCACUCUCCCCACCAAGCCAUUGGUCUCCUCACUCCCGGUCCUUUGUCAUCCUGAUUCCAAGCCCCGCCCCACCCUCACCGCCUCCUCCGCAUCAUCUGCACUCUGCAGAGCCCCUCCUACCCGCCUCUGUCCCCACCAGGCCCCUCCCUACCGUCAGCCCUGAGUCCCACAGCACGCGUCCCCAGCCCCUCCCAGCCUCACCCCAAAAACCCUGUCACCCCACCGACCACCAUCAUCACUGGCAAGCCCCUUCCCCUUCUCCAGCUCCCGUCCCCACUACCCCUCCCGUCCCCCAAUCCUUCCCCUCCUGUUAGCCCACCCCUCCUUUCCUAUCACCCCCACCUUUCCCUUCCCAUUCUCCCCACCCUUCCCCUCCGAUCCCACCACCCUUCCCUUCCGAUCCCCGUCAUCCUUCCCCUCUGAUCCCCCACCCUUCCCCUCCUGUCCUCCCCAGCCCUCCCUUCCUAUCACCCUCACCCUUCCCCUCCCGUUCUCCCCACCCUUCCCCUCCUGUCUCCACCAGCCCUCCCUUCCUAUCACCCCCACCCUUCUCCUCCCUUCCCUCACCCCAAACCCCUGGGUCCUCCACCCCAAUCUCUGACAACCGCCCCAAGUCCCUCUUCCUUCCCCACGAAGUCAUUCAUAAGUCACCAUCUCAUCUCAUUUUGAGUUUGUUUUAAGAAAUAAAAAAAUUAAAAAGACAAAAAAAAGAAUUGUUGGCAUGUGUCAGGCGGGCGUCUGGUACCCUGCCUGGCCUCUCUCAGCGUGAGACCUGGACUGAGCCUGCUAACGAUUCUGUUCCUCAGUUUCCCCAAAUAGAAAAUUCUAAGAUUGGUCAGAUGAUCAAAUUAUCUAUGUUUUCGAUCUUGAUGCUAUAGAGAACAGCCAUGUUCCCCUGAUAACAAGAAAAAGACGUCCCACGGUCGAGGUAUCCUUGACCAACUCCCCAUCCAUUCAUUUGUUCACCGUCCACAACCCAUCUGAUCAGGAAGCAUUUCCAGGCACCUGCGGAGCACUAGGCAGUGUGCGGAAGCUGCAGGGCAGGCAGGACGAGGGGGCAGUCUGGAGGGGGGUGGACACACAGCUGUCCCCAGGGAGCCCAGCGCGGUGCCGGUCACAUGCCGUGGGAGUGGAGGGUCUUGAGCAGACGCCUCCCUUGGAGAAGAGCCACCAUCUCACCUUCCCACGCAACAAAUUAUCUAUUACCAGCACCCGAUGAGGCCGUCCCUCCCAAAUUCCACAGUGCCCACCACUCGCACUACCCCCCCCGUGCCACAGAAGCAGUGUCAGCAGCCUCGCCACGGUCUUCACGUCAUGCAGAAAUGGUCAUUCCAUGUUCUAUGGCCACCAGAUUCUGCUGAGAGUGUCGGGAUCCUUGACUGCCCAGCCACACCUUGUGUGUGUCUGGUGUAGUGUGUAGUUUACGAAACAAACGGAAAAGCUCAAAGACAGCGAUCCAAGACAUGAUCAGCAAUUUGGUCCCAAAUUAGGAGAGGAGGAAGAGGAGUAUCAAUUUUGUCACCAAAAUGUUAAAAAAAAUGUCCUUGGCGCUCUUUUUAGCUUUCCCGUUUACUACCAGUCCAGACAUGCAAAAAAACCUUGUUUAUUGAAAAAUAAACAACAAGGGCUAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1461.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1544.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 1072.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((....(((((((.((.(((((((.(((.(((((......))).)).)))))))))))))))))))(((..((((........))))..)))..(((.........(((((.(((.((((((((...((((((((.........))))..))))...)))))......((((.(((((((...((.....)).)))).))).))))((....)).(((.(((((((.((.......)).))))))).)))))).))))))))..........)))..((((((((.((....)).)))))))).((((((...))))))((((((((......((((.(((.((((........((((((...(((.(..(((((((......((((..((((....)))).(((((((((((.((((((((.(((.(..((((((...(((((........)))))(((((.......)))))......(((((.((((.....(((......((.(((....((((....(((.(((((((....(((.(..((.....(((.(((((.((.(((......(((.......)))...((((((((...((((.(((((.((((((..((((.....((((((((.(((((((((....(((((((((..(((.....)))))))....))))).((((((((((((.....((.(((.((((..(((.((.(((((.((((((.(.((((.....))))((((((.....))))))((((((........((((((..((..((((.((..((((....))))(((((......))))))))))).))))))))........))))))...).)))))).))))).))))).))))((((((...))))))..............((((......))))(((((((((((..(((....))).))))).))))))..))).))......)))))))...)))))..)))))))..)).))))....)))).(((((((((..((((..((((................)))).......((.(((((((((.((((((.(((((..((((.........))))..)))))((((((((((..((((((.((.((((((.((.((.(((.(((.(.(((((.....))))).))).)...))).)).)).)))))).))...))))))))).)))))))...))))))..)).))))))).))....((((((((.....)))))).))))))..)))))))))(((((.((((((.((.(((((((((((((..((.........))...)).)))))....((((((..((((((((..........((((((((((.......(((((((((((((....(((...)))...)))))))))))))((.((((...........))))..))(((((.....)))))(((((..........................)))))(((..(((((((((.((...(((((.((((.........)))))))))...)))))))))))...)))..........(((....)))....................)))..)))).))).((((((((((((((.(((((((...))))))).)))).))).))((.(((((((.....))))))).))((((((((......)).))))))...(((.((((......))))..))).........((((.(((.(((.((.((((((................(((((..((((((((.........))))))))...)))))))))))))))).))))))).((((((((((...((((((((((....((((((((.((((..........)))).)))....((((((((.........)))))))))))))..)))).))))))......(((..((((((((....))))))))..)))....(((((...))))))))))))))).........(((.((((((..((((((((.((..............((((((((((...)))))...((((((((........((((((.((((((((((....)))))...))))))))))).....(((((.(((...........((..(((..(((((((.((((.(((....))).)..(((((....))))).......))))))))))..)))..))..((((((((((.........(((((.((((((............(((((((((......................((.(((((.....))))).))...((((.(.((((((.....)))))).).))))((((...))))(((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((((........)))))))).....))))))))))(((....)))((((((((...(((((.(((.....))).)))))..))))))))........))))))))))...........))))))).)).........((.(((.(((........))).))).))(((((((((.((((..(((((((........)))))))..)))).))))))))))))).)))))..((((((((((.((((((((...)))))))).)))))))))).....)))).(((((((((((........)))).....))))))).(((((........)))))((((....))))..)).)))))...........))))))))))............))).))))).))))))))......)))))........................................((((((((...(((....)))..)))).))))...(((..............)))..............)).)))))))).)))))).))).)))))....))).)))))...))))))..................(((((....)))))))))))..)))))))))))))....................))))..)))))).))..)))..))))...((((((...)))))).............))))))))...)))))))))).)))))..))))...))))))))))...)))))))))....)))....)))).)))))............(((........)))...)))).))..).))))))....))))).)).)))))...)))).............................(((((((.(...((((...........................................................((((..................))))...((((...........)))).......((((..(((((((((((...((((......((((...(((.((...(((....((((......................(((.......)))............................................((((......))))................((((((...(((.(((.((.......((((.....))))..................((((........))))((((((((...................)))))))).....)).)))..)))...))))))(((((.((((((....((.(((((......((((.(((.(...((((((((((........((..(((.....)))..)).((((.((((....))))...))))..(((((((...)))))))(((((((...(((((.((...(((.(((((....)))))..))).)).)))))..))))))).....((((((((...))))))))....................)))))..)))))...).)))))))))))).)).....)))))).)))))))))....))).)).))).)))))))).)))))))).)))..))))))))...).)))))))((.(((((......)))))))((((((((((.((.(((((.(((....(((.(((((((.(((((((((.....)))).)))))....((((.(......).))))...))))))))))..............))).))))))).)).)))..)))))............(((((.........)))))......))))..)))))))..).)))...)))))))))))))))))..(((.(((.((((((.((((....(((((...)))))..))))..)))))))))..)))..)))))))).))))))).((((....(((((((((((((((...(.((.(((((.........((((((.((((((.(((((.((((..(((((((((....((((.((((((.((......)).((.((((..((......))..)))).)))))))).)))).......)))).))))))))).))))))))))).))))))))))))).)))))))))))..........((((((((....)))))))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({(,,,(((((.(((((.,({((,{.((((.(((((((((..((.|.(((....)))..,}))..))))))))){((,({..{{{...(((.((((,.,..{.......|)))))))).}||.|||||...,)}}}}}}).)}}}}.}))))..,}},..,,|||,{{{..,{((,.(({{(({...{,.....}}.}})),))).)))|||..,,||,(((,{{{{(({.({,......}},)))))}}.}}}....))),.})}...,{{,...}))..{(((((((.((....)).)))))))},((((((...))))))|(((((((......((((.(((.((((........((((((...(((.(..(((((((......,(((..((((....)))).((((({{(((((((((((((..((((({(.{,,,...(((((........)))))(((((.......)))))....,.(((((.((((..{,.(({......(.{(((....((((....(((.(((((((....(((.{..{(.....(((.((({((((.(((......(((.......))).{.((((((((...((((.((({(.((((((..((((..,,,..(((((((((,(({(({{{{,.||,...{|||||,...,,.|,|}},,,{{(({.....|||||,(((((((..(((((,{({{((....)))))))).})...))))))),{.....,||{({{(({,,.,,||||||{{{.{,,,,..|..,|||||,.((,,((({.{{..((((,,,.||||({(((,,....}|||||||}}},||}}|}||,.{,,.,,{|||,|},.|,.|,|||{{{{|..{{.,..},,|||{{|{,,,)))))))},..,,,)).}),))}}.}}}},)})){((((((((((..(((....))).))))).)))))}...)))))}.,}).)))).))))).))|||.|||||}}{.}},)}.))}}}))}..(((((((((..((((..,(((........,.......}))}.......((.(((((((((.((((((.(((((..((((.........))))..)))))((((((((((..((((((.((.((((((.((.((.(((.{{(.{.{((((.....))))}.))).,...))).)).)).)))))).))...))))))))),,))))))...))))))..)).))))))).))....{(((((((.....)))))).)}))))..))))))))){{|||}|||{{{.{{.((((((((((({(..((,,.......))...}}.)))))....((((((..((((((((..........((((((((((......{(((((((((((((....{{{...}}}...)))))))))))))}...,,,...,{{((.((((({.(((,(({{.....))))).,)))},.)))},....,{,,,{,..,,,,..,.,,((,..,{{{{,,,..,,...{{{||,||,|,....}}}.}))))))}}...}})))}}}}},....,,..........,||....}},....,},.............)))..)))),,)).(((((,,(((((((.(((((((...))))))).))))},)).,|((.(((((((.....))))))).))|(((((((......)).)))))}.,(((,.((((..,...,}),}})).....}}...((({{(((.(((.((.((((((................(((((..{(((((((.........))))))))...)))))))))))))))).))))))).((((((((((.({((((((((((..,.((((((((.((((..........)))).)))....((((((({.{.....,.})))))))))))).,)))).))))))}.....(((..((((((((....))))))))..)))....(((({...})))))))))))))).........(((.((((((..((((((((.((..............,,((,((((,...})))).,|((((((,({{{{....((((((.((((({{{{{.,,,}))))...))))))))))).....(((((.(((...........{({{(({..(((((((.((((.(((....))),}..{((((....))))).......})}))))))).{|}|,,||.,((((((({((,{,{.....|||||,,,{,,,............(((((((({..{{{.................{{.(((((.....))))).},...((((.(.((((((.....)))))).).)))){{{{.,,||||{,{((((((((((((((((((((,(({,(((((((((((........)))))))).....)))))))))}||{....||,{(((((((...(((((.(((.....))).)))))..)))))))}........))))))))))...........))))))),||..........|,|||.|||,,......))}.,}}..{(((((((({(((((,,,(((((,......}})))}))).})))).)))))))),)))).)))))..((((((((((.((((((({...}))))))).)))))))))).....)))).||||||{||,|}},..,,.}}},,,,.,,}}}}}},(((((........)))))((((....))))..}|,|||}}|||........))}}))))))......,,,,,,)}).)}}},.,}}}))}.......}},}},.,,....}|.................,,|}.........{{((((({..,(({....})}.,)))).)))}..,||,..,,,........,}},.....,........)).)))))))).)))))).))).)))))....))).)))))...)))))).,................(((((....)))))))))))..})))))}))}}}}|{,...|},......}....))))..)))))).}}..)))..))))...((((({...}))))).............))))))))...)))))))))).)))}}...)))...))))))))))...)))))))),...,))),.},)))).)))))..........,}|||,,......}}}...,,,,,,,,,,||.,{{...,,,.,,.......)))))))))))}...........,,}}}..............,..,.{...{,,,.....................................................,,,,,,(({{..................|||}...|,,,...........,}}}........,,{{{((((,,(((((.{,,.(((((,.(((((...,,,.............,....{....................,{(....,..,||,,....,,,,,,................................{{{{......}))).........||{,,,,,{(((....,,...,,|,,...,,,.((((.....))))..........,.......((((........)))){(((((({....,.,.......,,...})))))},....{{{{{{{{{|||{.,,|{|||{{||{.{{...,.||}||||||||},,{{({(({.,{|,,,,{,{|,,,|||,.}}}}}}}}}}}}},,..,,}}|,,{,......((((....)))),,,}|||{{(((((,,...,,,,}}}(((((((...(((((.{{...,,(.(((((....)))))..,}}.,,.)))))..}))))}}.....((((((((...))))))))...................||,...............})))))))})))))),...,}}}))}}}}}),))))..,,))),)).))),)))))..).))))),)).))))}))))))).,}.,.)))))))||}||{{,..,}}})))),..((((((((((.((.(((((.(((....((,{(((((((.(((((((((.....)))).)))))...,((((.(......).))))...,)))))))))..............))).))))))).)).)))..)))))............(((((.........)))))...,..,,,},,)))))))..).)))...)))))))))))))))))..(((.(((.((((((.((((....(((({...}))))..))))..)))))))))..)))..)))))))}.,|})))){(({{,..{{{{{{((((((((((...|.((.(((((.........((((((.((((((.(((((.((((..(((((((((....((((.((((((,((......)).|,.((,{,,({.,,...))..}))).)))))))).)))).......))))},)))))))).))))))))))).))))))))))))).}))))))))))}........{((((((((....)))))))))}}))))))...
Back