Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004054.4
Sequence Length
3434 nt
GC Content
0.4173
ACUGUGGCUAAGUGUGGGGACCAGACAGGACUCGUGGAGACAUCCAGGUGCUGAAGCCUUCAGCUACUGUCUCAGUUUUUUGAAGUUUAGCAAUGGCGUCUUUCUCUGCUGAGACCAAUUCAACUGACCUACUCUCACAGCCAUGGAAUGAGCCCCCAGUAAUUCUCUCCAUGGUCAUUCUCAGCCUUACUUUUUUACUGGGAUUGCCAGGCAAUGGGCUGGUGCUGUGGGUGGCUGGCCUGAAGAUGCAGCGGACAGUGAACACAAUUUGGUUCCUCCACCUCACCUUGGCGGACCUCCUCUGCUGCCUCUCCUUGCCCUUCUCGCUGGCUCACUUGGCUCUCCAGGGACAGUGGCCCUACGGCAGGUUCCUAUGCAAGCUCAUCCCCUCCAUCAUUGUCCUCAACAUGUUUGCCAGUGUCUUCCUGCUUACUGCCAUUAGCCUGGAUCGCUGUCUUGUGGUAUUCAAGCCAAUCUGGUGUCAGAAUCAUCGCAAUGUAGGGAUGGCCUGCUCUAUCUGUGGAUGUAUCUGGGUGGUGGCUUUUGUGAUGUGCAUUCCUGUGUUCGUGUACCGGGAAAUCUUCACUACAGACAACCAUAAUAGAUGUGGCUACAAAUUUGGUCUCUCCAGCUCAUUAGAUUAUCCAGACUUUUAUGGAGAUCCACUAGAAAACAGGUCUCUUGAAAACAUUGUUCAGCCGCCUGGAGAAAUGAAUGAUAGGUUAGAUCCUUCCUCUUUCCAAACAAAUGAUCAUCCUUGGACAGUCCCCACUGUCUUCCAACCUCAAACAUUUCAAAGACCUUCUGCAGAUUCACUCCCUAGGGGUUCUGCUAGGUUAACAAGUCAAAAUCUGUAUUCUAAUGUAUUUAAACCUGCUGAUGUGGUCUCACCUAAAAUCCCCAGUGGGUUUCCUAUUGAAGAUCACGAAACCAGCCCACUGGAUAACUCUGAUGCUUUUCUCUCUACUCAUUUAAAGCUGUUCCCUAGCGCUUCUAGCAAUUCCUUCUACGAGUCUGAGCUACCACAAGGUUUCCAGGAUUAUUACAAUUUAGGCCAAUUCACAGAUGACGAUCAAGUGCCAACACCCCUCGUGGCAAUAACGAUCACUAGGCUAGUGGUGGGUUUCCUGCUGCCCUCUGUUAUCAUGAUAGCCUGUUACAGCUUCAUUGUCUUCCGAAUGCAAAGGGGCCGCUUCGCCAAGUCUCAGAGCAAAACCUUUCGAGUGGCCGUGGUGGUGGUGGCUGUCUUUCUUGUCUGCUGGACUCCAUACCACAUUUUUGGAGUCCUGUCAUUGCUUACUGACCCAGAAACUCCCUUGGGGAAAACUCUGAUGUCCUGGGAUCAUGUAUGCAUUGCUCUAGCAUCUGCCAAUAGUUGCUUUAAUCCCUUCCUUUAUGCCCUCUUGGGGAAAGAUUUUAGGAAGAAAGCAAGGCAGUCCAUUCAGGGAAUUCUGGAGGCAGCCUUCAGUGAGGAGCUCACACGUUCCACCCACUGUCCCUCAAACAAUGUCAUUUCAGAAAGAAAUAGUACAACUGUGUGAAAAUGUGGAGCAGCCAACAAGCAGGGGCUCUUAGGCAAUCACAUAGUGAAAGUUUAUAAGAGGAUGAAGUGAUAUGGUGAGCAGCGGACUUCAAAAACUGUCAAAGAAUCAAUCCAGCGGUUCUCAAACGGUACACAGACUAUUGACAUCAGCAUCACCUAGAAACUUGUUAGAAAUGCAAAUUCUCAAGCCGCAUCCCAGACUUGCUGAAUCGGAAUCUCUGGGGGUUGGGACCCAGCAAGGGCACUUAACAAACCCUCGUUUCUGAUUAAUGCUAAAUGUAAGAAUCAUUGUAAACAUUAGUUCUAUUUCUAUCCCAAACUAAGCUAUGUGAAAUAAGAGAAGCUACUUUGUUUUUAAAUGAUGUUGAAUAUUUGUCGAUAUUUCCAUCAUUAAAUUUUUCCUUAGCAUUGUCUAAGUCUUCCAGAUUCCAUUUAAAACCAUUUCUUGUUCUCCUACGUGAGUGAAAGAUGAUCAUAUAUCCUAAUGCUUUGUUGUCGUGUGGUGUUGAUGGUUUUAAACGAAAAGAAAGUGCAAAAAGAAAAUGCCUGUGAAGACAAGAAGCCAUGAGACUGAGUCUGGAGCAUAGGGUUAUGCAAUGAUGCCUGUCCCUGGGAACACCCCUGGGUACAGGAUAUAGAAAUUUCCACUAUUACAUAGAGUUUCCACUAUUACAACUAAAUAAGCAUCUAUUGUGUGAAAACUGACUCAUGAAAUGUUAUGAAAGCUGUGGUUUGGGGAGUUCUGUUUCUUCUAACUGCCUACCGGUUGGGCACCUAUUUUCCACUCCUCUUCCUAAGCUCCUUAAUUUCCUUAUUACUCCCCAGCCUCCAAAUCUUCCACAUCAGACUUUGUGCCUCAAACAACCUCUAAUUUCGUAAGAUUCUAGUUACUCCCUUCCUCUUGCUCCAAAUGAAUACUUUCUAAGAAAGUAUUUCAAGUGGAAGGAGAAAGAGGGUGGAGGAUGGAGCAGCAAUUCUUCUACUCUCUGCAACUGAGUACCCUACCAGGCUUGCCAUCACAUUUUAAAACAUGACGACAGGCAACUUACAUGCCAAAAUUACCAAAUAUAUCUUCUGGGUUUUUUAAAUCCUUUUCUUUGCCAAAGUAAUACAUGCACAUAGUUUUAAAAUAAUUUAAUAAGGUAUAUAAUGAAAUAUGAGGUCUCCUACCUCACUGUGCCCAAAAGUUCCCUCCUCCCACUCUCAUUUCCCAGAGAUAAUCCUUGCACAAUUUUAGAUGUUUCCUUUGAUAAUUAUCAUGAUGUUUCUAAAUCAUGUGCUUAUGCUGCUCUUUUCUGGAGGCAUGAUAAAACGACUUCUUGUUUUGAAAGAUGAAGAUGUUUAUCCAAGCACCCCAUAUUUUUAAUUUGUUUAUCCAGCAUCCCAACAUUCAUUAAUAACCAUAUUUUAAUUCAUUCAUGACCACAUAUUUUUCUUCUACUUUGUCUAUACACUCCAACCAUUUAUAUAGCUUUCCUUCUGUCCCUUUUUCAUUUAAAACAAAAUUACCUAACUCCCUACCACCUUCUCAUUUUUCUGUAUAUAUAAAUGUUUGUGUCAAACGUCUGAAAUUUCUGGCUUGUUUGUAUCACAACGUGGCCUCAUCUAAACCAAAUACAAUGAUGUAGUCUAAAAACAGAAAAUGACAUGUGUUUUAGACCUGCAAGACACUAUCUGUUCAAUGGCUGAGGUGAGGGUCUGGACUACAGAUUUUUUAUAAAGUAUAUGCAGAAAAAUUACAAAUCACUAGGAAUUCUUUCAGUUGUGAAGAAUGUCUGACAUAAGAUUUGAAGUGCUACCUUUCCAGCUUAUAUAUUAAUUUGCUUAUAUAUUUGAUAUGAAUAAAUGCUUUUUUUCUCAUGGGUCCUUGCGAGGCUCAGAGAUUUAUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-899.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -961.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 1078.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.((.(((((...(((...((.((((((((((.(((((..(((((((..((((((..((((...))))...))))))))))))).))).))...))))))).))).)).......))).))))).))...))))))))...((((.((((((((..........(((........)))........))))))))...((((((...((((((((((....((((((..((.....(((.((((((((....((((........)))).(((.((.......)).))).....)))))))).)))))))))))....))))))))))))))))..((((((...((((((.....((((((....(((((((((..........((....))..........))))))..)))....))))))....))))))..))))))..((((....(((((((((((....((((.((((((((.((.(((((((..(((((...((((........((((.((((...(((((((((.....(((((.....((((((.((......))))))))(((..((((((((((((((((....((((((..........((((((((...((((((..((((.((((........))))))))....(((....((((((.((((((....((.(((......((((((...(((.(((.......))).)))...))))))......))).)).....(((((((....)))))))..............)))))))))))))))(((((...(((((...))))))))))((((..((((((........(((((((((((((.((((....((((((((((((((............((((((((((......(((...))).......))))))))))........((......))................(((((((((..((((((((((.((((((((..(((((....(((((((((..(((((...(((((.....))))))))))...(((....))).((((...(((((.(.......)))))).....))))..((((((((((((((((........))))......)))))..))))))).....(((((.(((.(........)))).)))))((((.(((((...(((((((......)))).)))))).)).)))))))))))))......)))))..((.((((((((...........)))))))).))...(((.(((((((((((....((((...))))..((......)).))))).))).))).))).(((....))).(((((.....(((((((..(((.....(((.(.(((....))).).))).....)))..)))))))))))).......)))))))))))))))).))...(((((.(((((......)))))...)))))...........(((((((((((.......((((....(((((((((...((((((((..((........)).)))))...))).)))))))))......)))).......))))))))))))).)))))))...........(((((...((((((........))))))...)))))....)))))....))))))))).....)))).))..))))).)))))).((((.((((.(........).))))..)))).(((((((..(((((((((..(((.....)))..)).....)))))))((((((((((..(((.....)))..)))))..).))))........((((((....................))))))..((((((......)))))).(((((((..(((((((....))))))).))))))).........(((((......)))))......)))))))..............))))))..)))).))))))...))).)))))))))))...)))....)))))).)))))))..))).((((((((.(((((((((((((((((((((((....(((((((((((((((.....((((...))))((((.(((((((((((((((((((((((((((.(((.....))).))).))))......(((((((.............)))))))...................))))).)))))))))........((((((....)))))).((((..((...(((((((...(((......)))((((((.....))))))..........)))))))..))..)))).........))))))..)))).((((((((((((((((......(((..((((.......))))..)))......).))))))..........((((((.((((........((((((((((...)))))))))))))).)))))).((((((((((((((((.(((((.((((.(((..(((((.........))))).......))).))))......(((((((((((((......((((.......))))...(((((..............((((((...))))))..............))))).......))).))))))))))..........((((((..........((((((.....)))))).)))))).....))))).)))).)))))))).))))..((((.........(((((..((((((....((...((((....)))).))....))))))...)))))........))))....))))))).)).........)))))))))))....((((((((((((.....(((((................)))))....))))))......)))))).................(((....))).))))...)))))))....)))))........................))))))...........))))).))))))))...)))))........)))))))))....((((((((((((((((..(((((.(((.((((((((.((....)).)))..)))))...))))))))..((((((((...(((..........(((((((((((((((..........))).))))))).))))).((((.....))))...)))...))))))))(((((.....)))))..........))))))))))))))))))))..))))))))...)))))..))))))).))...)))))))).))))))).)))))))).....))))..........(((((.((((((.....)))))).)))))))))....((((.((((.(((....)))))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((.{(,(((((,..{{({,,({.{{({(((({{..||||.,{((((({..{{||||,.{{{(,,,||||...,}|}}}}}}}||}.}}).,,,.,)},,}))}))),},...,,..,}}.}}}}}.))...))}}}}}|,,.((((.((((((((..........(((........)))........))))))))...((((({{..{{|{|||||(,,{.(((((({.(({..{.(((.((((((((..{.(({{.,.....||}}||,((,{{......,)).))),,...)))))))).))),)..))),...,||||||||||||}||}..,||((({,{((((({..,..((((((...,,.,((((((..........{{....})..........)))))).}},}....)))))).,,,||||||,{||||||{{({((,.,,((((((((({.{,,{,{{|,||{{{{||}|,,|||||{{{{((({,{,,||||,,,,{{{{(((({({,,,{{{{((((((({{,..((((,{....((((((.((......)))))))),,|.,|||{{{|{{{,,({{{,...{||||||{{......,(((,.,,,||||..{{{{{((({{(((({.......||||||,}||.{{{{,.,(((((...(((({....,,,|||||..,.)))}}((((((..(({.,(({{.(({|.,,..,.,..,,........}},}......(((((((....)))))))...}}}}))}..))))))...(((((...(((((...(((((...)))))))))).)))))..,,,|,....}},|||,|||||{|||.|||,....{((((,(((((((({,.....,,.,,({{{{|||{{......||,.,,})),,....,))))))))))}}}}.}}}||}|......................((((,,,,,,,||((({{{{|,{{{{{{{,..,,|||,,,||||||||||..|||..,,.||,|{.........}}}|}}.,}|||,,||||{,{{{{..,(((({.{.......})))))....,)))}.|||||}})))))}||{{..|||,.,}|||,.,||,}}|||||.{||,},.....|||||}|||,,....,}..))),,)))||((((.(((((...(((((((......)))).))))))},).))))))|||||||{{{,,.||}}}.,((.((((((((...........)))))))).},{{.(((.(((((((((((..,,{({{..,||},...|,,.,..)).))))).))).))).))).||{...,}}|.(((((.....(((((((..,,,{{{{{({,.{.(((....))).}.,,,....})))}})))))))))))).,,....}))))}}}||}))))).})},,|||{{.(((((......)))))..,)))))}}}},......(((((((((((.......((((....(((((((((...((((((((..((........)).)))))...))).)))))))))......)))).......)))))))))))))}))))))))}|{,,,,,..(((((...((((((........))))))...)))))...|||||,....}||||||||||||.}|||.||,{||}||,,,|}}}..}||,|,||,|}}},}.,||,,.|||{|{{{,((((,,{,{(((((((((,.(((.....)))..}}.....}}))))}},}},||{{{.,(((,.,..|}}..}}}}}.,,..,{||,{{|||,{,{{{{,.......,,..,|,,|||,||}}},,||{{{{{,,...,}}}}||.(((((((..(((((((....))))))).))))))).........,||||}}}},})},||{{{...})))},,.,,,,....{{,,{{{(,,.{{{..,.,.))),,.}))},|,,,|,,,,.,...,||....}}}}}},})))))),,)))}((((((((.((((((,,{(,({{.,{,{{{{,,||.{((({({{{{{{{{(....,((({.{{||,,((((.{((((((((((,((((({{((((((((.(((.....))).))).)))))..,..({{{{{,...{{{,...||}||||||}.....,,...........,}}}}},}}})))})}....,,.,((((((,,,,|}}}|},{({(,,(({,,(((((((...({,....,,|||(({{{{..,,,))))}}..........}},}}}}..}},,||}}.,.,,........},.}}}}},||(((((({,{(({{,,,,{,.{((..((((.......))))..})}..,...|,||}}}}....,,.,,,((((((.((((........((((((((((...)))))))))))))).)))))).|{{{((((((((((((.(((((,{{{,..,...{((((.........))))}....,..})),}}}}......{((((((((({{{......((((.......))))...,,,,,..............((((({...}))))).......,,,....)}}},....,,.}}}.)))))))))}..........((((({..........((((((.....)))))).)))))).....))))).))))}}})))))).}}}}..||||.........(((({..{(((((.,,.{{...((({....}))).}}....))))))...)))))...,,,..}}}}....})))))).}}.,{{{{{{,,,,,)))))))|...(((({{((((({.....{((({................))))}....))))))......)))}}}...,....,........})))))))))}),},,,,.,,,)}}..,}}},))}}.,...,........,}},}},,))}}},.,,.}}}...}))))).)))))))).....,,,.......{|||,,,,,,....((((((((((((((((..((({{((((.((((((((.((....)).)))..)))))...))))))))..((((((((...(((...{,,..,.(((((((((((((((.{........).)))))))))},)))).,,,,...,.))),...)))...))))))))(((((.....)))))..........)))))))))))))))).,,,...,..)))).{{||||||{,,}}))),)),,,))))}}},.)))))))))))))))),,...))))..,,,,,...{,,,{.{|||||.....}}}}}}.}}}},}}}}.,,,{{{{.{{{||{||.,,,,)))))))))}........
Back