Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004092.4
Sequence Length
1277 nt
GC Content
0.5497
GGGCGAGGAGUCCAGAGAGCCAUGGCCGCCCUGCGUGUCCUGCUGUCCUGCGUCCGCGGCCCGCUGAGGCCCCCGGUUCGCUGUCCCGCCUGGCGUCCCUUCGCCUCGGGUGCUAACUUUGAGUACAUCAUCGCAGAAAAAAGAGGGAAGAAUAACACCGUGGGGUUGAUCCAACUGAACCGCCCCAAGGCCCUCAAUGCACUUUGCGAUGGCCUGAUUGACGAGCUCAACCAGGCCCUGAAGACCUUCGAGGAGGACCCGGCCGUGGGGGCCAUUGUCCUCACCGGCGGGGAUAAGGCCUUUGCAGCUGGAGCUGAUAUCAAGGAAAUGCAGAACCUGAGUUUCCAGGACUGUUACUCCAGCAAGUUCUUGAAGCACUGGGACCACCUCACCCAGGUCAAGAAGCCAGUCAUCGCUGCUGUCAAUGGCUAUGCCUUUGGCGGGGGCUGUGAGCUUGCCAUGAUGUGUGAUAUCAUCUAUGCCGGUGAGAAGGCCCAGUUUGCACAGCCGGAGAUCUUAAUAGGAACCAUCCCAGGUGCGGGCGGCACCCAGAGACUCACCCGUGCUGUUGGGAAGUCGCUGGCGAUGGAGAUGGUCCUCACUGGUGACCGGAUCUCAGCCCAGGACGCCAAGCAAGCAGGUCUUGUCAGCAAGAUUUGUCCUGUUGAGACACUGGUGGAAGAAGCCAUCCAGUGUGCAGAAAAAAUUGCCAGCAAUUCUAAAAUUGUAGUAGCGAUGGCCAAAGAAUCAGUGAAUGCAGCUUUUGAAAUGACAUUAACAGAAGGAAGUAAGUUGGAGAAGAAACUCUUUUAUUCAACCUUUGCCACUGAUGACCGGAAAGAAGGGAUGACCGCGUUUGUGGAAAAGAGAAAGGCCAACUUCAAAGACCAGUGAGAACCAGCUGCCCCUGCUUCACACCUCUGCUUGGAGAGGACAAGUGCAGCCUGUCAGUUUUAGAAGCAAGUAAAUCAUCCUCUUUUCAAGAGCAGUGUCCGUGGUGUGCAGUUCCUCUCCAAUUGCUGCGUGGUCGUGGCCCGACCUCUCACGGCAUGACAGCCUUCGUCACCCAGCCUGUGAGGGUCCUGACUGGAGCACCUUCUAAAUCUAAGAUUCUGCUGAGGAGCCCCCGCUGGUCCCUCUGGGCAUGCUGUGCUCGGACGGAAAGCGGGGCCUGCGGGUCCUUGUGUCCCUGCCGCUGAAGAAUGGGGCUGCUCUGAGGGAAACGCUGUCUGCUGCCUUCAUACAGAUGCUGAUUAAAGUGAUAGCGAUUCAGAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-484.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -504.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 343.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((...(((.((((((.((....)))).)).)))))...)))).)))))(((((((.....((((((((((.((..((((..((.((((......))))..))(((((.......)))))..(((((((((.....(((((..........((.((((((.(.((.....)).).)))))).))))))).......)))))))))(((((.((((.....)))).)))))((((((....))).))).)))).)))))..)))))))....((.(((.(((((((((((((((((..((((((((((.(((((((..((((((.(((...))).))))))..)).)))))))))))).............((((((.((..((((((..(((..(((.((.((((((.(((.(((((((.(((...))).))))))).))).)))).)).))..((((((...)))))))))..)))))))))..)))))))).((((((.(((((.(((((((((((.(((((((((..(((.((((((.(((((((((......)).)).)))))..)))))).))).))).))))))......(((((.((((........)).)).))))).....((((((((((....)))))))))))))))))))((((((((((......))).)))))))(((........)))..((..((((((((((((((......(((((.....(((((((...((((((((((............)))))).......(((((((((((...)))))..))))))..)))))))))))..(((.(((...((.....))...))).)))..........)))))..((((........)))).....(((((....((((....(((((......)))))..)))))))))))).)))))))))))))............(((((...)))))..)).)))).).))))))(((((((.......((((((....))))))..((((.((((((((.((((.......))))....))).)))))))))........((((...(((.......)))...)))))))))))(((((((..(((.(((((((((...))))))))).))).)))))))..)))))).)))..))))))))))).))).))...)))))))((((((.....(((((((.(((....(((.........)))....)))))))))).))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((({(((...(((.({((({.(({{{{.,.|||.|,||||{,,}},,,}}}}}|||||{|||.,.||||,{{|||||{||||||||||,((((,,{{,,|}}},{||(((((.......)))))..(((((((((.....(((((..........((.((((((.(.((.....)).).)))))).))))))).......)))))))))(((((.((((.....)))).)))))((((({....})).})).}}||{{|{{{{{{|{||||...}||}|||.||||||||||||((((,{{((.(((((((.(((((((..((((((.(((...))).))))))..)).))))))))))))...........{{((((((.((..((((((..(((..{{{.((.{(((((.(((.(((((((.(((...))).))))))).))).)))),)).)).,((((((...))))))))}..)))))))))..)))))))}.|||,{,.((((,.(((|,...(((,{((((((((..(((.((((((.((((((({(......)}.)).)))))..)))))).))).))).))))))))}...,|||,.}}}|.,{{{{{,,},||{|||...,,..||{(((((((....)))))))))))))))))))((((((((((......))).)))))))((({......,}}}..((((((....}))))).,..}}}},||||.....(((((((...(({{((((((...,........))))))...|,,.(((((((((({...})))),.}))))).,}))))))))))..|||}..,}}}}|}}}}.)){({|||||||,........,|||,,.,,,,..{{{,,{(({....,{{((,{{,,{,|({{|{,.((((|,,,{{{{||||{..|,{|{||{{||.||{||||.||||..,{.........||||}))}.))))}.,)},}}}.)})})))),||||||}}}},..((((((....))))))..((((.((((((((.((((.......))))....))).))))))))).....|||(({{...{{{.......}))...}))}))))||}(((((((..(((.(((((((((...))))))))).))).))))))).})|||||.}}},..},})))))}}.))),)...))))),))|{{{{|,....|||||||,{{{,,,,||,}}},,,}},}}}....}}}))))))).})))},...
Back