Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_004308.5
Sequence Length
3395 nt
GC Content
0.5729
GUUCCACCGCGGAGCCGGAUGUUUGCCGAGCCUUGACAGGCGUGGCAGAGGGAGCAGUGCCCGAGCGCGGUUUCUCUUAAGGUUCUGCAGGGCAAGGCUGUCUGGGACAGGCUUGGCCAUGGAUCCGCUCUCAGAGCUGCAGGAUGAUCUGACCUUGGAUGACACCAGCGAGGCUCUGAACCAGCUGAAGCUGGCCUCCAUCGAUGAGAAGAACUGGCCCUCGGAUGAAAUGCCUGACUUCCCCAAGUCAGAUGACUCCAAAAGCAGCUCCCCGGAACUUGUCACACACCUGAAGUGGGAUGACCCAUACUAUGACAUCGCCCGGCACCAGAUCGUGGAGGUGGCAGGAGAUGACAAGUAUGGGCGGAAGAUCAUUGUGUUUAGUGCCUGUCGAAUGCCCCCCAGCCACCAGCUCGACCACAGCAAGCUCCUGGGGUACCUGAAGCACACCCUGGACCAGUACGUGGAGAGUGACUACACACUUCUGUAUCUGCACCACGGCCUGACCAGCGACAACAAGCCCUCCCUCAGCUGGCUCCGUGAUGCCUACCGGGAGUUUGACCGCAAGUACAAGAAAAACAUCAAGGCCUUGUACAUCGUGCAUCCAACCAUGUUCAUCAAAACUCUGCUCAUCCUCUUCAAGCCCCUCAUCAGCUUCAAGUUCGGGCAGAAGAUCUUCUAUGUGAAUUACCUGAGCGAGCUGAGCGAGCACGUGAAGCUGGAGCAGCUGGGGAUCCCUCGCCAAGUGCUCAAAUAUGACGACUUCCUGAAAUCCACACAGAAGAGCCCCGCGACAGCCCCCAAGCCCAUGCCCCCACGGCCCCCCCUGCCCAACCAGCAGUUUGGAGUCUCGCUGCAGCACCUCCAGGAGAAGAAUCCAGAGCAGGAGCCCAUUCCCAUUGUACUCAGGGAGACUGUUGCCUACUUACAGGCCCACGCUCUCACCACCGAGGGCAUCUUCCGGAGGUCGGCCAACACCCAAGUGGUCCGGGAAGUGCAGCAGAAGUACAACAUGGGGCUGCCUGUGGAUUUCGACCAGUACAAUGAGCUGCACCUGCCAGCAGUCAUCCUCAAGACCUUCCUCCGGGAGCUUCCUGAGCCCCUGCUCACCUUUGACCUCUACCCCCAUGUGGUGGGCUUCCUCAACAUUGAUGAAAGCCAGAGGGUGCCAGCGACACUGCAGGUCCUCCAGACGCUGCCCGAGGAGAACUACCAGGUGCUUCGUUUCCUGACUGCUUUCCUGGUGCAGAUUUCUGCACACAGUGACCAGAACAAGAUGACCAACACUAACCUGGCUGUUGUUUUCGGCCCUAACCUGCUGUGGGCCAAGGAUGCGGCCAUCACCCUCAAGGCCAUUAAUCCCAUCAACACCUUCACCAAGUUCCUUCUGGAUCACCAAGGGGAGCUGUUCCCAAGCCCGGACCCCAGCGGGCUCUGAACCUGGCCCCUGCCCCACCAGCCCCUUCUCUGGUAGCCCGGGUUUGGACUCUUCCUCCUGGCAUCAGGGGCCAUGAAGCCCCCUGGAGAGAGAUGUUGGAGCCACCCAUCAGGCAUGCUCUCCCCCACCUCUGUCCAGCCCGCCUCACGGCCCUGGCGGCCUCGCUGUUACCAGAAGACGUUUUUCUCUGCCUUACACUUCUCACUGCCUCUCUGGACACCGGGCUUUUGCUGGGCUCUCCAGAGCUGGGCUUGGCUCUUCCAGCUGGAGAAGGACUGAGCCCCAGUAACCCCUUUCCUGCUUUUUCCUGCCUCUGUUUCCCUAGCAAGUGUGGAUGAAUCAAAUGACUGCCGGCUGGGCUGGUAGCAGGGGCCAGUCCUCCCCUCUUGAUUGCUGGGAAUGAGCAGCUGAGCUCUUUGGUGUGGACACCGCCCCAAGCUGAGGUGCCUCCCUAUCUGGUAGGCUGCCCUGCUUUGCAGAAGCCCCACUGCAUGAAGGCCUGAGUGCAAGCACCCUUGCUCCUGUACUGCCCCCAGCAGCGCAGUCUGGGGUAUUUCCCCUGCUGAGGAGUGACAGGGCUGGAGACUGUGUCUGCUUUCUGCCUCCUCUUCCACACAUCCUGGGUCAGCCUUUCCCAAGUGAUACUGCCCCUGGGGUGUCCUAACCCCUUGGUUGUGCAGGGACUGGUAGCUUGGAUGACAUGGCUCAGAGUCCCAGCAUCCACUUGAAACCUCCCUCUCCACCUCCCCGCCCCCGAGAGCUACAGCGUGUGAUGGAAUCAGUGACCGGCCAGGUUAGCCUCUCCCCUCUUGGCCUCCUUUCCCACACGGGCAGAUCAUCAGCCUUCAUGUUCUUGUGGACCUGUCUGUUACGGAGUCACACUGGCCCCUGCCCCAGCCAGAGGUGACUCAGUGCCUCAGGAUCUUAUGGCUCCUUCCUCCAGCUGGGGGACUCUUAAAGGGGCUGGGGUAGAGACUAAGAGUGCCCGUAGGAGGGGCAGAGAUUGUGCUGAUAGGUCAGUCCAGAUAGGUGGGUUCUAGCAAUUUCCCCAGGGGAUUAAGGGGCUCUAGGGCCACCUUUUUUUUUUUUUUUCUGAGAUGGAGUCUCGCUCUGUCACCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCGAUCUCGGCACACCUCCGCCUUCUGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACUAUAGGUGCAUGCCACCAUGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUGACCUCAUGAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUCCAGGCGUGAGCCACUGCACCCGGCCAGCCCUGUUGUCUUUCAAAGAACCUCGGCCCCAGUGAUGGCUGAUCUCACUCCCACUGUCUCGUAGAAUUACACUCCUUCCUGGGGAUCCCUCUUCCUGCAGCCUUGUCCUUGGGGAGUACAGGGAAGUACCUGCAGUGACCCUGCCCCCAUGACCUUGGCCAGGCAGGAUGAUUCCAGAGCCCGUACUGUGGGGAUCCUCACUGACCAGCCCAGCCCCAUCCGCAAGCCAGGCUGGGCCUGGGCAUAACUUCGCUGGGCUCUCCCAAGACCAUCAGCAGUGCAUCCAGCCCCCUGGGGCCUGGGCUGCUGCUGGUUCUUCAUCAGUCCCUUGGUCUCUAGCCUCGGCCAGGGCUGCUCUGCUCUCCGCCCUCCUUUGUGUAUCAAGUGUCGCUCACAGCCCCAUUCACUGGGGAGCCUUUCGGAUCUAUUUGGUCUUUCUCAUGUCCCCCACUGGUCUGUACCCCAGGGAGCGGGUGCUUGUACUGUGUGAAUCCAGUGUUCACAUUCACACUUAAUGACUUCCUUGGCACCAAUCAUGUAUUUCACCGUUUGCACUUUUUGUAUUUCAAUAAAAAUGUUGAUGCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1283.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1339.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 954.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((...((((((((.....(((((((.((((....)))).)))))))((((((.((((....)))).)))))).....)))))))).((.((((.(((((...))))).)))).))...............(((((((.((((.(((((((.((((..((..(((((..((((.......))))...)))))..)).........((((....(((..((....))...)))...)))).))))))))))).).)))....)))))))...))))).((((.((((((....(((((((..((((((((.((.((((.((.(.((((..........)))).).)).)))).)))))))))).(((((.((.(((((((((((((.((.(((..(..(((((((..((((((..((.....((((((((((((((.((.............))))).(((((.((((.(((....))).)))))))))..(((.(((((...(.(((((...................)))))).))))).)))...)))))))))))...(((.(((((((..............)))))))....))).........(((((.(((...(((.(((((...(((((..((((..................)))).)))))..(((.....))).....)))))))).)))..))))).))..))))))....)))))))..)..))).)).))))).)))))))).)))))))....)))).))).(.(((((((.((((.(((((...(((....(((.(((.((((......(((((..((((((.(((((((.((((((..((((((.(.(((......))).(((((((.((...............((((((((......((((......))))....((((((......))))))..((((((((((..(((((.(......)))))).((.(.(((((((....((((..((((((....))))))...........)))).....))))))).).))....(((........)))...)))))))))))))))))))).))))))).........(.((((......)))).)((((((.(((....))).).))))).).)))))))))))).)))(((((((.....))).))))(((((((.(((..((((((...((((((.....(((...(((((((((((....)))))).))).)).)))....)))))).........))))))..))).)))))))..)))).)))))))))))...((((..((((...........))))....)))).................((((((((.(((....))).))))))))((((...((((((........))))))..)))).(((((((((....(((((........))))).(((.(((...(((....))).))))))..)))))))))(((.((...(((((.((((.((..(((((...((....))...)))))....)).)))).)))))...)).))).)))).))).)))...)))....(((((.((.((.........................)).))))))).....))))).)))).))))))).)((((((.((((..(((((((((((..(((((((((((.(((((..............((.(((.(((.((((.((((.....)))))).))))).))).))..((.((((((((...))))))))))))))))))))))....))))....)))))))..)))))))).))))))..)))))))))).......((((.(.(((((((.((.....)).)))).)))).))))((((((........(((((((.((((..(((((((((((((..((((((((.((((.....)))).)))..(((((((((...((..((((..((((((((((((((((((((((((..((.....))..........))))......((((((..........(((((.((((((..(((((......)))))..))....((((((.(((((....(((.((.(((((((((((((((((((((.....(((((((.((.((((...(((((((((((.(((((......((((((..((((..((.((..(((((((..............))))))))))))))))))))).(((((....(((..((((((....)))))).))))))))(((.(((((((.(((((..........)))))..))))))).)))....((((((....)).))))((((((....)))))))))))...))))).)))).))..(((((((((((.....((((((((.((((((((((((....(.((.(((((..((((((.((((((......((((..........))))..)))))))))))).............((((.((((((((...))))))))..))))))))).)))..)))))))))))).)).).)))))((((...))))....(((.......)))(((((....)))))((((((((.(.((.((((.....)))))))))))))))......))))))))))).)))).))))))))).......(((((((.(((....((((............))))...)))))).)))).......))))))))))))......))))))).)))).))))))))))))))..((((...))))...((((((........))))))..................)))).))))).........((((((((((((.((((((.(((..(((..(((((.(..(((((...(((.....))).))))))))))).)))...)))...)))))).))...((.((......)).)))))))))))))))))).((((((.((((.((........)).)))).))))))...........(((((.....(((((((.(((((((....(((((((....))).))))))))))).))).))))....)))))...)))))))))))).(((.(((((......)))))..)))....((((.....)))))))))))).))))..........(((((.......(((((.....)))))........)))))....))...)))))))))))))))))))))))))))((((((((...........))))))))..............))).)...)))))))........))))))..(((((((..((((((....)))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.....)))))(((.{{,,(((((.((((....)))).)))))|{((((((.((((....)))).})))))}},..((((,.((((((,,.((((((..(((,||((({{((,,.,{{.,,,({{{{,.(((((((.((((.((((((,,((((,{{{..{((((..((((......,|||}...)))))..}|,||,...|,((((....(((..{{,,..}}...}}),,.}}}}.})))))))))).}.)))....))))))),,{||,.,,{{{,...,..{{|..((((({{,.((((((((.((.((((.((.(.((((..........)))).).)).)))).)))))))))),(((((.((.(((((((((((((.((.(((..{..(((((((..((((((..{{....,((((((((((((((.((.,...........))))).(((((.((((.(((....))).))))))))}..(((.(((((...(.(((((...................)))))).))))).)))...)))))))))))...{{,.(((((((..............)))))))...|}||.........|{{{{.{{{...{((,((((,...,((({..(({{......,|||,..,},,.)))),))}}}..,{{.....)),...,,)))))))),))),.))))}.)),.)))))).,..)))))))..}..))).)).))))).)))))))).)))))))....,}}}.,,,.,.,}}||,,.|{..,,}|,.}}}}))}..,|}}}..}})))}..}}}}||,,|}}|(((((.(((((((.((((((..((((((,..(((......))).(((((((.({...........,..,((((((((...{,.((((......))))..,,((((((......))))))..((((((((((..(((({,(......))))}),{(.{.(((((((..,.((((..((((((....)))))).....,...,.))))..}..))))))).).))....(((........)))...)))))))))))))))))))).)))))))........,{.{(((,.....),))})|(((((.(((....))).)}))))).)})))))))))))).)))(((((((.....))).))))(((((((.(((..((((((...({((((..({.(((...(((((((((((....)))))).))).)).)))..,,}))})),........))))))..))).)))))))..)})).)))))}|||||{{{(((.{.((((...........)))).....,,,........{{{{{,...{((((((,.{{(,.,.}}},||||||}}((((...((((((........))))))..))))(((((((((((...((((((((.....((((((({(((((...(((....))).))))),..,,{(((((.(((.((...(((((.((((.((..(((((...((....))...)))))....)).)))).)))))...)).))).))))))|((({|..,)))}}},,||||{{{.,,...||}|}|....,{,,,.......{(({(((((((.,((.(((....))).)).}.))))))),.}|||..{((,,.,,,{((.{({{{|((((((.{{{,||||....,.,}}},,|}|,,.{{{.|||,.((((.....)))))),))))).}},.,,...|.}}}||))|.)))))))).)))))))))))..}}|||}},.,,,,,},,)))),.{|((|.||.|))))..{((.((((...)))).))}|||,{.(({((((.((.....)).)))).}))),))),{((((........))))}}}}})),..,(((((((((((((..((((((((.((((.....)))).)))},(((((((((..,{{,.((((..((((((((((((((((((({{{{{,.{{...,,}}..........,,,|{,{,{(((..,{.....}}},,|,||{,{{((({..(((((......)))))..)),.}||{{((({(((({.,,,{((.{(.{{{((((({((((((((((({.....{((((((.({.((((..,{{(((((((((.(((((,.....((((((..((((..((.((..(((((((...,..........)))))))))))))))))))))((({({...,|,|}},,{{,|,,,.})}))}||||,,,|,{((.(((((((.(((((..........)))))..))))))).))),,.}|||{,{....)),}}},((((((....))))))}})}}...))))).)))).}).,(((((((((((.{.{{(((((((({(((((((((((({...,,||}|(((({.(((((({{((({({...,{(({,.,}}}}..,{||||{{,,,,)))),))),.............(((.((((((((...))))))))..)))})})))||||.{{|||||||}}|)|}},}.},}))|||},}}))},....|||,.,}},,)))|{{{{}}}})))})((((((((.{.{{.((((.....))))}})))))))))......}}}}}}})))).)))).))))))))}....{..(((((((.,(({...((((...,,....,,.)))).}})}}))).)))).......))))))))))))......})})))).)))),)}))))}})))))}.,{{{,...,}}}...,{((((,{{{.{..||}||}..,,,|.....,.,,...|||},..,,}.,,||.,.,|||||{,,,.,|.||||||}|||.,{{|{{((((({(,.(((,({{{(.....{{{{{{.{|||{|,|||.,....})),..}))))),.||{{{((.((......)).)))))))).)))))).,,.((((((.((((.((........)).)))).))))))...}}})}.))),}))}.))))||((((.(((((((....(((((((....)))}})))))))))).)))),,,..,.}}},}|},,}))))))})))}.{||,{((((......)))))..)))....,{{(.....}}}}}))))))).)))).........{(((({{{.....(((((.....))))).......})})))}}..))...)))))))))))))))))))))))))))((((((((...,.....,,)))))))).....,.,.}))))))).))}.....,.....,,})),,,},...,((((((..((((((....)))))))))))),
Back